Março 2012 - R-br

Ajuda com Análise de Similaridade - ANOSIM
by Flávia Souza 21 Mar '12

21 Mar '12

Bom dia a todos, parabéns pela iniciativa da lista. Muito bom mesmo. Solicito auxílio quanto a realização de uma análise de Similaridade do tipo ANOSIM, pois preciso realizar e gostaria de usar o R, entretanto, não tenho certeza da entrada dos dados na planilha excel (csv) e os procedimentos quanto a comandos para gerar a análise e respectivo gráfico no software. Minha análise são de três ambientes distintos e três hábitats em cada ambiente. Alguém pode me ajudar, por favor.... Se houver necessidade envio os dados Grata pela atenção, Flávia -- MSc. Flávia Kelly S. Souza Universidade Federal do Amazonas - UFAM Faculdade de Ciências Agrárias - Depto. de Ciências Pesqueiras Manaus - Amazonas flavia.souza(a)piatam.org.br flakel.souza(a)gmail.com flaviasouza(a)ufam.edu.br skype: fla_kel

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[dúvida] Vários plots no mesm frame com margens diferentes
by Marcelo Claro de Souza 21 Mar '12

21 Mar '12

Preciso plotar 8 figuras no mesmo frame em duas colunas e 4 linhas, mas gostaria de juntar as quatro figuras em cada coluna e colocar apenas um eixo na figura inferior. estou fazendo a divisão do frame por layout(matrix(1:8,nrow=4,ncol=2) e a determinação da margem geral do frame por par(mar=c(4.5,4.5,1,1) Como ajusto individualmente as margens de cada figura? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Dúvida exportação PNG
by Julianna Trindade 21 Mar '12

21 Mar '12

Pessoal, gostaria que meu plot fosse automaticamente transformado em um arquivo png em paisagem. Estou usando *png(filename="c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/produtos_nascvivos/2006.png", height=1360, width=768, bg="white")* e está exportando em retrato. Alguém, por favor, pode me ajudar?? -- Julianna Trindade "Exalta-te, Senhor, na Tua força! Nós cantaremos e louvaremos o Teu poder." Salmos 21; 13

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Ajuda modelo misto ordinal - MCMCglmm.
by Ivan Bezerra Allaman 20 Mar '12

20 Mar '12

#Boa noite senhores! Após vários dias estudando sobre dados categóricos e pesquisando (vários fóruns com respostas do dono da library - todas incipientes) como interpretar o 'output' da função MCMCglmm venho recorrer a ajuda dos senhores, caso alguém já tenha trabalhado com função MCMCglmm no caso de variáveis dependentes ordinais. Já li e reli todos os pdf's do pacote, coursenotes do Jarrod, enfim, estou esgotado. Para esclarecer a base de dados, os tratamentos (denominado FASES) consistem de 3 níveis (1-pre, 2-própolis, 3-vincris), cujo as variável resposta ordinal tem 3 categorias (1-normal, 2-agudo, 3-cronico). Vide tabela! du <- transform(read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/Dados/Dtest.txt',h=T),FASES=factor(FASES),ALT.RENAIS=ordered(ALT.RENAIS)) summary(du) library('MCMCglmm') du <- subset(du, ALT.RENAIS != 'NA') tabela <- table(du[,c(2,4)]) tabela colnames(tabela) <- c('Normal','Aguda','Crônica') rownames(tabela) <- c('Pre','Propolis','Vincr') tabela #Um modelo misto seria: set.seed(1) mod1 <- MCMCglmm(ALT.RENAIS ~-1+FASES, random= ~ ANIMAIS, family='ordinal',pl=TRUE,data=du) summary(mod1) #Aí começa o sofrimento, pois a documentação é insuficiente neste caso. Segundo o próprio Jarrod (fóruns), as médias a posteriori dos coeficientes das covariáveis estão na escala probit. Segundo o meu estudo, estes coeficientes são os scores da distribuição normal padrão. Mais os escores não deveriam corresponder aos cutpoints? Neste caso, teríamos j(categorias da variável resposta)-1 cutpoints, ou seja, 2 cutpoints. O output só me apresenta um cutpoint. Como é possível então calcular as probabilidades com apenas um cutpoint? Segundo a documentação(Vignettes, pag 22), se P(y=k)=F(yk|l(vlatente),1) - F(yk-1|l,1), esse 'um' provavelmente seria a categoria 'um' da variável dependente? Enfim senhores, como posso extrair as probabilidades para as fases referentes a cada categoria da variável dependente? Desde já agradeço a atenção de todos. #embora um pouco lógico, os resultados são absurdos! latentv <- mean(mod1$Liab) cutpoint <- mean(mod1$CP) pnorm(-(latentv), 0, sqrt(2)) pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2)) - pnorm((latentv),0, sqrt(2)) 1- pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2)) #isso teria algum resultado lógico até certo ponto, mais seria apenas referente a categoria 1 da variável dependente. E as outras? bre <- c(mean(mod1$Liab),mean(mod1$Sol[,1]),mean(mod1$Sol[,2]),mean(mod1$Sol[,3])) pnorm(bre[2])-pnorm(bre[1]) pnorm(bre[3])-pnorm(bre[2]) pnorm(bre[4])-pnorm(bre[3])#probabilidade negativa nãooo! \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Anova para delineamento hierarquico
by Gisele Correia 20 Mar '12

20 Mar '12

Bom dia a todos, Gostaria de um exemplo de como funciona uma análise em anova num delineamento experimental hierárquico, sendo o primeiro fator fixo e o segundo fator aleatório. Att., -- Gisele Batista Correia Engenheira de Pesca

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dúvida gráfico ponto frequencia relativa
by Lucas Fernandes de Souza 20 Mar '12

20 Mar '12

Boa tarde. Tenho esse intervalo de frequencia relativa de precipitação, conforme abaixo: int freq 0-10 0.8719 10-20 0.06878 20-30 0.03211 30-40 0.01452 40-50 0.00705 50-60 0.00299 60-70 0.00141 70-80 0.00058 80-90 0.00058 90-100 0.00008 quero plotar um gráfico de ponto e linha com esses dados, onde o eixo X fique conforme o intervalo acima. Alguma sugestão? obrigado -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Estouro de Inteiros
by Jodavid Ferreira 20 Mar '12

20 Mar '12

Eu estou realizando um cáculo onde chega uma certa hora, que aparece este mensagem! Warning message: NAs produzidos por estouro de inteiro Alguem sabe com resolver? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com

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Ajuda - coeficientes estatisticamente diferentes entre MQO e métodos espaciais.
by Ariene Salgueiro 20 Mar '12

20 Mar '12

Olá pessoal, estou precisando de ajuda para saber se os coeficientes estimados por MQO e por SAR de Kelejian e Prucha são estatisticamente diferentes. E também entre MQO e o SEM e entre o MQO e o SARMA. Alguém pode me ajudar, por favor!? Ariene.

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Erro do shape no linux
by Jodavid Ferreira 20 Mar '12

20 Mar '12

Quando eu chamo o shape no R, acontece este erro da segunda linha: > mapa <- readShapePoly(".../shapes/shape/Municipios.shp") Erro em make.names(onames, unique = TRUE) : string multibyte inválida 6 Alguém sabe dizer o que é, como resolver? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com

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Re: [R-br] Dúvida exportação PNG
by Jodavid Ferreira 20 Mar '12

20 Mar '12

Está exportando porque o 'height' está maior do que o 'width', no seu código. O height representa a altura da image, e o width a largura. tente inverter colocar assim *height=**768**, width=**1360* * * *png(filename="c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/produtos_nascvivos/2006.png", height=768, width=1360, bg="white")* e está exportando em retrato. Abraço, -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Em 19 de março de 2012 17:21, Julianna Trindade [via R-br] < > ml-node+s2285057n4486243h68(a)n4.nabble.com> escreveu: > > Pessoal, >> >> gostaria que meu plot fosse automaticamente transformado em um arquivo >> png em paisagem. >> Estou usando *png(filename="c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/produtos_nascvivos/2006.png", >> height=1360, width=768, bg="white")* e está exportando em retrato. >> >> Alguém, por favor, pode me ajudar?? >> >> >> >> -- >> Julianna Trindade >> >> "Exalta-te, Senhor, na Tua força! Nós cantaremos e louvaremos o Teu >> poder." >> >> Salmos 21; 13 >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4486243&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-exportacao-PNG-tp4486243p4486… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > > -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com

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