Março 2012 - R-br

Colocar Linha no Meio de um Gráfico no R
by Jodavid Ferreira 28 Mar '12

28 Mar '12

Estou precisando de algum comando que coloque uma linha reta na horizontal no meio de um gráfico. Tem esse exemplo aqui em baixo. O Comando lines, coloca uma linha, mas ela não fica na horizontal! x=seq(-5,5,0.5) y=x^2 plot(x,y,type='l',main="Teste",xlab='X', ylab='Y',col='red') lines(x,x+10,col='blue') -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com

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Cálculo de Volume de Sólido Irregular
by Tiago Vieira 28 Mar '12

28 Mar '12

Olá a todos, Você sabem me informar se há alguma função, já implementado no R, que calcule o volume de um sólido irregular. As dados que tenho é um grid (X, Y e Z) e uma variável indicadora que informa se o ponto pertence ou não ao sólido, resultados de uma krigagem indicativa. Att, Tiago Vieira.

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Criar um banco selecionando casos
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 27 Mar '12

27 Mar '12

Olá Tenho um banco com um conjunto de variáveis e gostaria de criar um outro banco atraves do primeiro. Exemplo: Id Sexo x y 1 M 1 0 2 M 0 1 3 F 0 1 4 F 1 0 5 M 0 0 6 F 0 0 7 M 0 0 8 F 0 1 9 F 0 0 10 M 1 1 Quero criar um outro banco se as variáveis do primeiro banco forem x ou y iguais a 1 No SPSS eu uso o seguinte comando, como faço para rodar no R? SELECT IF (x = 1 OR y = 1). EXECUTE. Obrigado mais uma vez!!! -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Ajuda definir efeitos e contraste polinomial
by andre neves 27 Mar '12

27 Mar '12

Prezados, Ajustei o seguinte modelo: ResLme=lme (Differ~Medication,random=~1|Person/Period,data=Ch30pr11,method="REML") e gostaria de pedir ajuda para incluir na mesma tabela de análise da REML, os efeitos (linear, quadrático, etc) com os contrastes polinomiais como descrito no link: _https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2006-January/085724.html _ Um abraço. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

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Problemas FixedBreaks
by Julianna Trindade 27 Mar '12

27 Mar '12

Bom dia, Estou com problemas na hora de implementar meu intervalo de classes pra mapas coropleticos. O código utilizado é: brks <- classIntervals(dados$ano_2007, n = 7,style="fixed", fixedBreaks=c(-1, 0, 20, 40, 60, 80, 100)) e meu objetivo é que os números sejam agrupados assim: "Sem informação", "0", "]0,20]", "]20,40]", "]40,60]", "]60,80]","Acima de 80" Já utilizei IntervalClosure = right mas não dá certo. Alguém pode me ajudar a entender como o R determina os intervalos?? Se arredondando ou não? Alguém já implementou algo parecido e pode postar o exemplo?? -- Julianna Trindade "Exalta-te, Senhor, na Tua força! Nós cantaremos e louvaremos o Teu poder." Salmos 21; 13

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Ajuda definir efeitos e contraste polinomial
by andre.neves＠cpatc.embrapa.br 27 Mar '12

27 Mar '12

Prezados, Ajustei o seguinte modelo: ResLme=lme (Differ~Medication,random=~1|Person/Period,data=Ch30pr11,method="REML") e gostaria de pedir ajuda para incluir na mesma tabela de análise da REML, os efeitos (linear, quadrático, etc) com os contrastes polinomiais como descrito no link: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2006-January/085724.html Um abraço. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

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linas repetidas após unir duas data.frames com comando merge
by Lucas Fernandes de Souza 27 Mar '12

27 Mar '12

A questão da memória, resolvi dividindo a planilha por tratamentos. Porém, quando faço o merge, reparo que ocorre repetição de várias linhas. Abaixo um exemplo das planilhas que quero unir: p1 - dim: 3326 10 TRAT RUN year DOY das dap laid yield CWAD DTTD 14144 5 125 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 14145 5 125 1979 33 217 1 0 0 0 15.94 14146 5 125 1979 34 218 2 0 0 0 16.24 14147 5 125 1979 35 219 3 0 0 0 17.57 14148 5 125 1979 36 220 4 0 0 0 15.94 14149 5 125 1979 37 221 5 0 0 0 17.47 p2 - dim: 9999 6 RUN PRED SRAD PARD TMXD TMND 55840 125 0.0 16.2 32.4 26.6 6.7 55841 125 0.0 15.7 31.4 25.9 7.2 55842 125 0.2 14.6 29.2 25.9 9.9 55843 125 0.0 15.2 30.4 27.2 9.9 55844 125 0.0 15.5 31.0 27.4 9.6 55845 125 0.0 15.3 30.6 27.1 9.7 Como resultado deveria vir uma nova planilha com dim: 3326 15, porém, o resultado é uma planilha gigantesca, com várias linhas repetidas: p3 - dim: 1073748 15 RUN TRAT year DOY das dap laid yield CWAD DTTD PRED SRAD PARD TMXD TMND 1 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.0 16.2 32.4 26.6 6.7 2 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.0 15.7 31.4 25.9 7.2 3 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.2 14.6 29.2 25.9 9.9 4 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.0 15.2 30.4 27.2 9.9 5 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.0 15.5 31.0 27.4 9.6 6 125 5 1979 32 216 0 0 0 0 14.78 0.0 15.3 30.6 27.1 9.7 Alguma sugestão? obrigado Lucas -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Ajuda com criação de loop para transforma lista em matrix de presença e ausencia
by Augusto Ribas 26 Mar '12

26 Mar '12

Ola pessoal. Estou aqui denovo pra pedir uma ajudinha. Eu estou com uns dataframes com 2 colunas, uma são nome de especies de hospedeiro e outra nome de especie de parasita. Ai a lista é na verdade parasita tal ocorreu em hospedeiro fulano Até aqui tudo bem, agora eu empaquei pq queria transformar isso em uma matriz de presensa e ausencia, com colunas sendo parasitos e linhas hospedeiro, ai onde tem interação entre os 2 fica preenchido com 1 e onde nao tem com 0. Eu fiz um exemplo com uma matriz pequenininha e como eu estou tentando resolver. Pensei em usar um teste de logica pra ir preenchendo a matriz mas eu não sei como fazer isso de modo eficiente. Pq o maximo que cheguei foi testar cada celula da matriz com toda a lista, e como a lista é meio grande é meio perdido fazer assim. Mas segue o exemplo que acho que ta facil entender, se alguem tiver uma solução facil na manga faria minha semana muito feliz :) #------------------------------------------------------------------------------------------------- #exemplo de dados dados<-data.frame(parasito=c("a","b","b","c","d","d"), hospedeiro=c("1","1","1","2","2","3")) #como eles estão agora dados #Eu preciso de uma matriz de presença e ausencia #dai faço uma matriz matriz<-matrix(data=NA,nrow=length(unique(dados$parasito)), ncol=length(unique(dados$hospedeiro)), dimnames=list(c(as.character(unique(dados$parasito))), c(as.character(unique(dados$hospedeiro))))) #blz agora preciso que a lista em dados seja representada #atraves dessa matriz matriz #Eu imaginei um teste assim #Linha 1 coluna 1 matriz[1,1]<-ifelse(colnames(matriz)[1]==dados$hospedeiro[1] & rownames(matriz)[1]==dados$parasito[1] ,1,0) #aqui eu testei se a primeira linha do data.frame corresponde a essa interação, como corresponde ele coloca 1 matriz #linha 1 Coluna 2 matriz[1,2]<-ifelse(colnames(matriz)[2]==dados$hospedeiro[1] & rownames(matriz)[1]==dados$parasito[1] ,1,0) #o mesmo pra linha 1 coluna 2, ele coloca 0 pq a a primeira linha do data.frame não corresponde a essa interação matriz #Blz, mas eu não consegui pensar em um jeito de faze ele rodar pra #toda a matriz que eu tenho de forma direta, eu queria monta um loop #ou algo do tipo que eu so fala-se o tamanho da matriz e ele testa-se #logo tudo, ou melhor acho que seria faze algo que olhe a lista #e teste pra cada linha da lista e ponha um 1 la na matriz Obrigado e boa semana a todos. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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problema com for loop
by Vitor Aguiar 26 Mar '12

26 Mar '12

Boa noite a todos. Sou novo em programação e estou tentando montar um for loop, então gostaria de pedir ajuda aos que estão familiarizados com isso. A explicação abaixo é longa, mas há poucos códigos de programação. Desde já agradeço aos que puderem ajudar. Isso é muito importante pra mim. ---- # Salve o arquivo "www.datafilehost.com/download-ce4b3fc2.html" no seu diretório de trabalho e leia-o da seguinte forma: > Pop = read.csv(file = "nist.csv", row.names = 1) # Pop = meu conjunto de dados (dataset). Cada 2 colunas é uma unidade de análise, ou seja, preciso analisar os dados de duas em duas colunas. Pode-se observar que as colunas de uma unidade tem o mesmo nome, diferenciadas por .1 e .2 # Nomes = níveis de dados presentes na 1ª unidade (1ª e 2ª colunas). Vou usar isso para nomear as linhas e colunas da matriz que vem adiante. > Nomes = levels(factor(c(Pop[,1], Pop[,2]))) # matrix ObsV = Valores observados para a 1ª unidade. Aqui, estou criando uma matriz de "0" (zeros) e depois usando um loop para preenche-la com os valores do meu dataset. > ObsV = matrix(0, nrow = length(Nomes), ncol = length(Nomes), dimnames = list(Nomes, Nomes)) > for(i in 1:nrow(Pop[,1:2])) { ObsV[paste(Pop[i,1]), paste(Pop[i,2])] = ObsV[paste(Pop[i,1]), paste(Pop[i,2])] + 1 } > ObsV # Muito simples: Leia a 1ª unidade de dados do dataset: quando aparecem na 1ª linha os valores 13 - 14 é somado +1 no spot "linha 13, coluna 14" da matriz ObsV. E assim por diante contando todos os valores observados. Então, se no spot "linha 10, coluna 14" da matrix ObsV eu tenho o valor 11, isso é porque o valor 10 - 14 apareceu 11 vezes no meu dataset. # Isso funciona bem pra mim. Mas eu preciso fazer isso funcionar para todo o dataset de uma vez só, sempre trabalhando de duas em duas colunas. Ou seja, como tenho 30 colunas, preciso produzir 15 matrizes como a ObsV. # Eu pensei em por esse loop dentro de outro loop como for(j in ncol(Pop)) {}, mas não to conseguindo escrever isso e também preciso saber como modificar minhas variáveis, como "N" e "Nomes" para que funcionem para todos os marcadores. #todos os códigos acima podem ser substituídos pelos códigos abaixo, produzindo os mesmo resultados. Se for mais fácil resolver assim. > Pop = read.csv("nist.csv", row.names=1) > Nomes = levels(factor(c(pop[,1], pop[,2]))) > ObsV = table(factor(Pop[,1], levels = Nomes), factor(Pop[,2], levels = Nomes)) > ObsV -------- Obrigado, Vitor Rezende da Costa Aguiar --------------------------------------------------- PhD student in Biotechnology Rede Nordeste de Biotecnologia Universidade Federal do Espírito Santo --------------------------------------------------- Current Adress: Department of Integrative Biology University of California, Berkeley 2033 Valley Life Sciences Building, office 4134 Berkeley, CA - USA 94720 Phone: 1 (510)-643-0060

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Definir efeitos
by andre neves 26 Mar '12

26 Mar '12

Prezados, Bom dia! Estou começando a utilizar o R, já fiz algumas análises e por isso gostaria de parabenizar a todos os coloboradores desta lista pela disponibilidade em responder às perguntas. Pergunta: Como definir os efeitos linear (L), quadrático (Q), cúbico (C) e quártico (Qt) em modelos mistos (melhor ajuste), considerando 5% como nível de significância. Quais comandos utilizar? Um abraço. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

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