Março 2012 - R-br

Tobit espacial
by Diego andre 30 Mar '12

30 Mar '12

Olá pessoal, alguém sabe como eu posso estimar um tobit espacial com o R? Obrigado. -- Diego André Doutorando em Economia - CAEN/UFC cel: 85-87576600 lattes: http://lattes.cnpq.br/6480130040427049<http://www.orkut.com.br/Interstitial?u=http://lattes.cnpq.br/64801300404270…>

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BRugs_windows 7
by Daniele Portela de oliveira 30 Mar '12

30 Mar '12

Caros colegas eu troquei de computador e o novo veio com windows 7 64 bits. Depois disso não consegui mas usar o pacote BRugs, sempre dá erro quando peço a library. Alguém já teve problema semelhante e poderia me ajudar a solucioná-lo? Sem mai, agradeço > >Daniele Portela de Oliveira > >Doutoranda em Zootecnia >UNESP - Jaboticabal-SP >Cel: 16 8221 6815 > >

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Problemas com fixed breaks
by Julianna Trindade 30 Mar '12

30 Mar '12

Boa Tarde, Gostaria de uma solução para o FixedBreaks obedecer os limites superiores e inferiores das minhas classes de intervalos. No entanto, ele deve associar algum método estatístico e burla minha configuração. Eis o código que eu utilizo: brks <- classIntervals(dados$ano_2006, n = 7,style="fixed", intervalClosure="right", fixedBreaks=c(-2, -0.5, 0, 20, 40, 60, 80, 10000), main="Fixed") brks<- brks$brks Eis o breaks gerado pelo R: c(-11.1, -0.5, 16.665, 41.665, 58.335, 83.335, 110.1) Alguém pode me ajudar, por favor? -- Julianna Trindade "Exalta-te, Senhor, na Tua força! Nós cantaremos e louvaremos o Teu poder." Salmos 21; 13

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Problemas para modificar vetor
by Augusto Ribas 29 Mar '12

29 Mar '12

Ola Pessoal, venho aqui pedir uma ajudinha. Eu tenho um conjunto de dados que são varios nomes de especies. Ai eu resumo eles em siglas para fazer um grafico. Com uma dica anterior do Benilton e do Paulo eu aprendi a resumir os nomes em 3 letras, a primeiro do genero e as duas primeira da especie. Meu problema é o seguinte eu tenho especies como: [1] "Aplectana crossodactyli" "Aplectana crucifer" Que as duas viram "Acr" O que eu gostaria de fazer é qd isso acontece, que são poucos casos dar o nome de Acr1 e Acr2, somente nesses casos. Seguem embaixo como estão os dados e como eu estava fazendo as coisas #dados nomes.lin<-c("Anuracanthorhynchus tritaxisentis", "Aplectana crossodactyli", "Aplectana crucifer", "Aplectana delirae", "Aplectana lopesi", "Aplectana membranosa", "Aplectana meridionalis", "Aplectana micropenis", "Aplectana pintoi", "Aplectana vellardi", "Capillaria recondita", "Catadiscus cohni", "Catadiscus cordeiroi", "Catadiscus inopinatus", "Catadiscus marinholutzi", "Catadiscus mirandai", "Catadiscus propinquus", "Catadiscus pygmaeus", "Catadiscus uruguayensis", "Centrorhynchus giganteus", "Centrorhynchus tumidulus", "cestoda não-identificado", "Choledocystus elegans", "Cosmocerca brasiliense", "Cosmocerca cruzi", "Cosmocerca freitasi", "Cosmocerca ornata", "Cosmocerca parva", "Cosmocerca podicipinus", "Cosmocerca rara", "Cosmocerca travassosi", "Cruzia tentaculata", "Cylindrotaenia americana", "Diplostomum compactum", "Falcaustra mascula", "Glypthelmins linguatula", "Glypthelmins palmipedis", "Glypthelmins parva", "Glypthelmins proximus", "Glypthelmins pseudium", "Glypthelmins repandum", "Glypthelmins simulans", "Glypthelmins vetelliniphilum", "Gorgoderina carioca", "Gorgoderina cedroi", "Gorgoderina cryptorchis", "Gorgoderina diaster", "Gorgoderina festoni", "Gorgoderina pigulevskyi", "Gorgodernina parvicava", "Gyrinicola chabaudi", "Haematoloechus freitasi", "Haematoloechus fuellborni", "Haematoloechus legrandi", "Haematoloechus lutzi", "Haematoloechus ozoroi", "Halipegus dubius", "Infindum infindum", "Maicuru solitarium", "Mesocoelium monas", "Mesocoelium travassosi", "Monostoma sulcatum", "Neohaematoloechus iturbei", "Neohaematoloechus neivai", "Ochoterenella convoluta", "Ochoterenella digiticauda", "Opistogliphe amplicavus", "Oswaldocruzia belenensis", "Oswaldocruzia lopesi", "Oswaldocruzia mazzai", "Oswaldocruzia proencai", "Oswaldocruzia subauricularis", "Oswaldocruzia vaucheri", "Oxyascaris oxyascaris", "Oxysomatium baylisi", "Paraoxyascaris travassosi", "Parapharyngodon alvarengai", "Physaloptera retusa", "Physalopteroides venancioi", "Plagiorchis lenti", "Plagiorchis rangeli", "Polystoma lopezromani", "Pseudoacanthocephalus lutzi", "Pteroxyascaris caudacutus", "Pteroxyascaris similis", "Raillietnema minor", "Raillietnema simples", "Raillietnema spectans", "Rhabdias androgyna", "Rhabdias elegans", "Rhabdias fuelleborni", "Rhabdias hermafrodita", "Rhabdias sphaerocephala", "Rudolphitrema rudolphi", "Schrankiana formosula", "Schrankiana freitasi", "Schrankiana fuscus", "Schrankiana inconspicata", "Schrankiana larvata", "Schrankiana schranki", "Schrankianella brasili", "Schulzia subventricosa", "Schulzia travassosi", "Strongyloides carinii", "Strongyloides pereirai", "Subulascaris falcaustriformis", "Thelandros owaldocruzia", "Travtrema stenocotyle") #fazendo siglas nomes.lin<-rownames(as.data.frame(matriz.final2)) for(i in 1:length(rownames(matriz.final2))) { nomes.lin[i]<-paste(substring(strsplit(nomes.lin[i]," ", fixed="TRUE")[[1]][1], 1,1), substring(strsplit(nomes.lin[i]," ", fixed="TRUE")[[1]][2], 1,2), sep="") } #ai o problema é assim: #no caso do Acr length(nomes.lin[which(nomes.lin==unique(nomes.lin)[2])])>1 #ele ocorre mais de uma vez, então qd isso for verdadeiro #tinha que virar Acr1 e Acr2 #então esses objetos which(nomes.lin==unique(nomes.lin)[2]) #que são iguais tinha que virar o Acr1 e Acr2 Eu tava tentando fazer algo tipo um loop pra testar cada situação unica, igual acima, se ela fosse verdadeira, ai eu tentei fazer um outro loop dentro pra ver qts casos era e ir adicionando 1 2 3 do lado da sigla Mas entrou em loop dentro de loop e me embananei todo :( Alguém poderia dar uma mão? -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Versão do R 2.14.2 mac os travando
by Edson Lira 29 Mar '12

29 Mar '12

Estou rodando um banco do excell xlsx com 1,6 mb. Consigo ler o arquivo, porém, quando uso a rotina names(), o computador está travando. Achei estranho, visto que minha máquina é um mac 2.7 ghz de clok com 4 gb de memória sendo um i7. Alguém tem alguma sugestão? Estou pensando em baixar novamente o R e instalar novamente. Ah! não desisntalei a versão anterior, pode ser isso? []'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Comparar modelos com gnls
by Jonas Brito 29 Mar '12

29 Mar '12

Quero comparar modelos para duas espécies de peixes. Consigo fazer usando nls mas não gnls. Alguém tem alguma idéia de como fazer? dados<-structure(list(Peixes = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2"), class = "factor"), Tempo = c(0L, 0L, 0L, 30L, 30L, 30L, 60L, 60L, 60L, 90L, 90L, 90L, 240L, 240L, 240L, 270L, 270L, 270L, 0L, 0L, 0L, 30L, 30L, 30L, 60L, 60L, 60L, 90L, 90L, 90L, 240L, 240L, 240L, 270L, 270L, 270L), Peso = c(6.09, 6.09, 6.09, 65.73, 52, 53.13, 102.88, 115.8, 129.31, 161.06, 174.94, 213.63, 233.67, 291.93, 301.33, 258.47, 326.84, 337.04, 8.92, 8.92, 8.92, 78.8, 72.07, 85.8, 167.82, 146.13, 179.31, 255.75, 230.73, 207.06, 320.67, 280.2, 243.93, 376.55, 441.96, 349.84)), .Names = c("Peixes", "Tempo", "Peso"), row.names = c(NA, -36L), class = "data.frame") library(nlme) m1 <-gnls(Peso~a*(1-b*(exp(-c*Tempo)))^3, weights=varPower(), data=dados, start=c(a=350,b=1, c=0.01)) m2<- nls(Peso~a*(1-b*(exp(-c*Tempo)))^3,data=dados, start=c(a=300,b=10, c=0.05)) m3<-gnls(Peso~a[Peixes]*(1-b[Peixes]*(exp(-c[Peixes]*Tempo)))^3,, weights=varPower(), data=dados, start=list(a=c(300,300),b=c(10,10), c=c(0.05,0.05))) m4<-nls(Peso~a[Peixes]*(1-b[Peixes]*(exp(-c[Peixes]*Tempo)))^3,data=dados, start=list(a=c(300,300),b=c(10,10), c=c(0.05,0.05))) anova(m1,m3) anova(m2,m4)

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ajuda contar subperiodos no R
by Lucas Fernandes de Souza 29 Mar '12

29 Mar '12

Boa tarde. Tenho a seguinte planilha, onde as colunas são anos. Cada linha, represente um determinado dia do ciclo da cultura do milho. Os valores "0" representam que nesse dia, não houve chuva. Os valores "1" representam os dias que choveram. Pois bem, preciso contar os períodos de chuva e seca em cada ano. Porém, não é o perído total, e sim os subperíodos. Exemplo: No ano de 1979, tenho 1 dia de chuva (1° subperiodo), depois tenho 6 dias de seca (2° subperiodo), depois 1 dia de chuva (3 subperiodo), depois 2 dias de seca (4 subperiodo) e assim vai..... Existe um jeito de fazer isso no R automaticamente? Tenho vários anos para fazer isso..se for ficar contando, vou demorar muito... Desde já agradeço a ajuda. obrigado Exemplo: 1979 1980 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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gráfico de áreas
by D'Apolito 29 Mar '12

29 Mar '12

Olá, Alguém saberia informar uma função ou pacote que desenhe gráficos de áreas, como estes exemplos: a parte verde http://www.pnas.org/content/102/31/10904/F3.large.jpg a parte azul http://www.ncdc.noaa.gov/paleo/drought/images/grimpollen.jpg grato Carlos

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Tabela Personalizada
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 29 Mar '12

29 Mar '12

Olá Estou aqui mais uma vez para pedir ajuda aos meus amigos. Gostaria de gerar uma tabela como abaixo: Ano do óbito por uma doença X 2007 2008 2009 UF Rio de Janeiro Município Nova Iguaçu 10 9 11 Rio de janeiro 20 21 19 Petrópolis 15 16 14 São Paulo São Paulo 50 55 53 Santos 5 7 10 Guarulhos 12 10 9 Minas Gerais Belo Horizonte 25 22 20 Juiz de Fora 10 12 15 Ipatinga 9 10 11 Os números representam a contagem dos óbitos em cada ano Estou usando o comando: ftable(dados[c("uf", "municipio", "anoobt")]) Existe um comando melhor para isso? Como faço para exportar essa tabela? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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duvida formatação de arquivo .csv em R
by Vitor Aguiar 28 Mar '12

28 Mar '12

Boa tarde, senhores, alguém pode por favor ajudar na dúvida abaixo? Tenho uma planilha de excel (.csv) com 30 colunas e dezenas de milhares de linhas. Estou tentando edita-la no excel mas como é muito grande o programa sempre trava, talvez culpa do meu computador com 2Gb de RAM. Como fazer isso usando R? Nas minhas 30 colunas, eu quero trabalhar com 2 a 2, ou seja, tenho 15 grupos de 2 colunas. Nessas duas colunas tenho valores numéricos como nesse exemplo: coluna 1 coluna 2 13 15 11 10 9 18 14 9 Quando você compara cada linha, as vezes eu tenho valores maiores na 2ª coluna, e as vezes o valor maior está na 1ª coluna e o menor na 2º. Eu queria transferir todos os valores menores para a primeira coluna e todos os maiores para a 2ª. E assim para todas as 30 colunas (15 grupos de 2 colunas). No excel dá pra fazer com: coluna 1 coluna 2 MIN(A1:B1) MAX(A1:B1) Desde já agradeço, Vitor Rezende da Costa Aguiar --------------------------------------------------- PhD student in Biotechnology Rede Nordeste de Biotecnologia Universidade Federal do Espírito Santo --------------------------------------------------- Current Adress: Department of Integrative Biology University of California, Berkeley 2033 Valley Life Sciences Building, office 4134 Berkeley, CA - USA 94720 Phone: 1 (510)-643-0060

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