Março 2012 - R-br

Erro ao plotar 2 climatogramas no mesmo frame
by Marcelo Claro de Souza 14 Mar '12

14 Mar '12

Tentei plotar 2 climatogramas em um mesmo frame, mas não sei o pq que está sendo plotado uma única figura entre as colunas 1 e 2 ao invés de plotar uma figura em cada coluna. Estou usando o pacote "climatol". Segue abaixo o script e o conjunto de dados do próprio pacote. layout(matrix(1:2,nrow=1,ncol=2)) par(mar = c(2.5,5,1,1)) data(datcli) diagwl(datcli,est="Example station",alt=100,per="1961-90",mlab="en") Muito obrigado pela ajuda. Abraço. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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duvida sobre presunção de homocedasticidade
by Fernando Antonio de souza 14 Mar '12

14 Mar '12

Caros amigos Estou trabalhando com dados de desenvolcimento de fetos ovinos. Estou modelando o seu crescimento ao longo da gestação. Para tal tenho utilizado o modelo de gompertz da forma log(Y)= a-b*exp(-c*x) sendo x a idade gestacional em dias e Y o peso do feto. Os meus dados atendem o presuposto de normalidade, porém não o faz para o pressuposto de igualdade das variâncias. Tenho lido na literatura a possibilidade de modelar a variância nestes casos. A variância residual observada graficamente se eleva e em seguida rebaixa conforme as médias do modelo se elevam. Na própria literatura comenta que este tipo de comportamento pode ser modelado utilizando o método VarPower() na função glns do pacote nlme. Eu assim o fiz entretanto o novo modelo não obteve melhor ajuste que o anterior quando comparados pela função Anova (p-value e AIC,BIC). Minha dúvida é a seguinte sem a igualdade das variâncias eu não posso validar o modelo. Existe alguma forma de corrigir este problema? abaixo disponho do CMR library(nlme) dput(gestsimp) gompertz1<-nls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),data=gestsimp) gompertz2<-gnls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),weights=varPower(),data=gestsimp) summary(gompertz1) plot(log10(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp,main="Peso do feto em função da idade de cordeiros") curve(5.697742-8.360311*exp(-0.003531*x),add=T,col=2) caso o dput()não funcione segue a saída dele dput(gestsimp)structure(list(Animal = c(3L, 51L, 83L, 89L, 91L, 92L, 93L, 48L, 52L, 55L, 69L, 76L, 78L, 11L, 25L, 41L, 42L, 46L, 50L, 53L, 57L, 10L, 19L, 20L, 30L, 38L, 45L), Manejo = c(1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), Gest = c(90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L), Fetos = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L ), PV = c(51.1, 46.4, 53.5, 58.2, 30.7, 43.2, 41.5, 42, 43.4, 48.1, 42.2, 47.5, 32, 64.1, 49.9, 40.5, 42, 40.4, 50, 49, 52, 60.1, 55.9, 57, 51.5, 45, 42.8), PCVZ = c(36.93, 36.135, 46.125, 48.02, 23.095, 33.75, 32.575, 34.99, 34.465, 39.578, 30.84, 38.045, 27.455, 54.797, 43.595, 32.12, 33.841, 33.16, 42.06, 40.605, 42.325, 50.436, 46.515, 48.845, 43.075, 36.55, 35.435), PESO.FETO = c(0.215, 0.555, 0.49, 0.53, 0.225, 0.465, 0.61, 1.465, 0.585, 1.755, 0.62, 1.615, 1.045, 0.985, 2.79, 2.42, 2.286, 2.41, 2.3, 3.1, 3.105, 5.38, 4.065, 4.258, 3.878, 3.49, 3.032), FETOGKG = c(60.5065, 50.8621, 67.9386, 32.7586, 41.7391, 46.1815, 47.7506, 51.0421, 66.0087, 63.5711, 50.8569, 60.5784, 49.8817, 62.1197, 60.1357, 0, 0, 62.2886, 0, 55.4768, 53.5301, 68.0826, 58.413, 59.6224, 61.1382, 50.2531, 62.5518 )), .Names = c("Animal", "Manejo", "Gest", "Fetos", "PV", "PCVZ", "PESO.FETO", "FETOGKG"), row.names = c(11L, 13L, 15L, 19L, 20L, 21L, 22L, 30L, 31L, 32L, 35L, 36L, 38L, 42L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 51L, 55L, 63L, 66L, 67L, 71L, 76L, 80L), class = "data.frame", na.action = structure(22L, .Names = "62", class = "omit"))

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Krigagem em 3D
by Tiago Vieira 14 Mar '12

14 Mar '12

Bom dia a todos! Vocês sabem me informar se existe algum pacote do R que faça krigagem em 3D? Também aceito sugestões de literaturas, pois estou com dificuldades para encontrar. Desde já, agradeço pela atenção de todos! Att, Tiago Vieira.

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Estatisticas de uso do R frente a outros programas
by Marcelo Laia 14 Mar '12

14 Mar '12

Prezado, Tempos atras foi postado aqui na lista um site ou paper com as estatisticas de uso do R frente a outros programas. Se nao me engano foi o Benilton quem postou. Mas, não estou achando a postagem. Alguem teria ela ai pronta ou teria os dados atuais? -- Marcelo

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Abrir conexões com os nós de um sock cluster
by Lucas Barbosa 14 Mar '12

14 Mar '12

Boa noite pessoal, Eu estava tentando executar em paralelo uma função -- distancia() -- que baixa certas informações de páginas (html) e retorna alguns valores de meu interesse. Eu tentei fazer usando o snow em uma só máquina (sock cluster), mas todas as vezes que eu tento acessar a internet a partir de um "snow worker" resulta nesse erro: *Erro em checkForRemoteErrors(val) : 4 nodes produced errors; first error: não é possível abrir a conexão *Já deu tudo certo usando o multicore em uma máquina com linux, mas eu pretendo usar esse tipo de função em um cluster com várias máquinas e isso o multicore não resolve. Há algum tipo de opção que eu devo usar na makeCluster() para poder abrir esse tipo de conexão a partir dos nós do cluster?

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Re: [R-br] Teste de Kruskal Wallis!
by Thiago de Paula Protásio 13 Mar '12

13 Mar '12

Muito obrigado pela dica Emmanuel Arnhold . Já peguei o livro que vc me sugeriu e de fato tem um exemplo muito bom sobre o teste. Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Re: [R-br] Teste de Kruskal Wallis!
by Thiago de Paula Protásio 13 Mar '12

13 Mar '12

Olá Fernando! Abaixo seguem os resultados. A linha de comando é relativamente simples para as funções dos dois pacotes. > require(agricolae)> kruskal(O, Clone, alpha = 0.05, group=F, main = "Clone") Study: Clone Kruskal-Wallis test's Ties or no Ties Value: 11.6483 degrees of freedom: 6 Pvalue chisq : 0.07029077 Clone, means of the ranks O replication G008 22.5 5 G084 16.4 5 G122 6.8 5 U030 14.4 5 U034 20.3 5 U060 26.8 5 U083 18.8 5 Comparison between treatments mean of the ranks Difference pvalue sig LCL UCL G008 - G084 6.1 0.301092 -5.7600575 17.96006 G008 - G122 15.7 0.011312 * 3.8399425 27.56006 G008 - U030 8.1 0.172796 -3.7600575 19.96006 G008 - U034 2.2 0.706832 -9.6600575 14.06006 U060 - G008 4.3 0.463864 -7.5600575 16.16006 G008 - U083 3.7 0.527988 -8.1600575 15.56006 G084 - G122 9.6 0.108468 -2.2600575 21.46006 G084 - U030 2.0 0.732354 -9.8600575 13.86006 U034 - G084 3.9 0.506096 -7.9600575 15.76006 U060 - G084 10.4 0.083256 . -1.4600575 22.26006 U083 - G084 2.4 0.681656 -9.4600575 14.26006 U030 - G122 7.6 0.199964 -4.2600575 19.46006 U034 - G122 13.5 0.027140 * 1.6399425 25.36006 U060 - G122 20.0 0.001776 ** 8.1399425 31.86006 U083 - G122 12.0 0.047532 * 0.1399425 23.86006 U034 - U030 5.9 0.316920 -5.9600575 17.76006 U060 - U030 12.4 0.041064 * 0.5399425 24.26006 U083 - U030 4.4 0.453640 -7.4600575 16.26006 U060 - U034 6.5 0.271122 -5.3600575 18.36006 U034 - U083 1.5 0.797474 -10.3600575 13.36006 U060 - U083 8.0 0.177984 -3.8600575 19.86006 > require(pgirmess)> kruskalmc(O~Clone, probs = 0.05, cont=NULL) Multiple comparison test after Kruskal-Wallis p.value: 0.05 Comparisons obs.dif critical.dif difference G008-G084 6.1 19.68897 FALSE G008-G122 15.7 19.68897 FALSE G008-U030 8.1 19.68897 FALSE G008-U034 2.2 19.68897 FALSE G008-U060 4.3 19.68897 FALSE G008-U083 3.7 19.68897 FALSE G084-G122 9.6 19.68897 FALSE G084-U030 2.0 19.68897 FALSE G084-U034 3.9 19.68897 FALSE G084-U060 10.4 19.68897 FALSE G084-U083 2.4 19.68897 FALSE G122-U030 7.6 19.68897 FALSE G122-U034 13.5 19.68897 FALSE G122-U060 20.0 19.68897 TRUE G122-U083 12.0 19.68897 FALSE U030-U034 5.9 19.68897 FALSE U030-U060 12.4 19.68897 FALSE U030-U083 4.4 19.68897 FALSE U034-U060 6.5 19.68897 FALSE U034-U083 1.5 19.68897 FALSE U060-U083 8.0 19.68897 FALSE Obrigado! -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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distância entre municípios
by jairan dionizio 13 Mar '12

13 Mar '12

Bom dia a todos ! Estou querendo saber como faço para usar distancia entre municipíos na análise de agrupamento. Jairan Dionizio Graduando em Estatística Skype:jairan.dionizio Facebook: Jairan Dionizio Twitter: @jairandionizio Tel.:(84) 9423-5286 "A força não provém da capacidade física e sim de uma vontade indomável." (Mahatma Gandhi) Cuidados ao enviar e-mail Ao reenviar apague o meu e-mail e o meu nome, apague também os endereços dos amigos antes de reenviar qualquer e-mail, encaminhe como cópia oculta (Cco ou Bcc) aos SEUS destinatários.Agindo sempre assim dificultaremos a disseminação de vírus, spams, banners e outros.

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Re: [R-br] Teste de Kruskal Wallis!
by Thiago de Paula Protásio 13 Mar '12

13 Mar '12

Prezados membros da R-Br; Como nas postagens anteriores estou tentando encontrar respostas sobre o teste t que a função kruskal() pacote agricolae executa após o teste não paramétrico em questão. Contudo, analisando as postagens antigas dos demais membros percebi que existe um outro pacote que faz o teste de Kruskal-Wallis: pgirmess função kruskalmc (). O problema é que essa função retornou um resultado diferente do obtido pela função kruskal() do agricolae. Alguém poderia me ajudar a esclarecer essa dúvida.? Muito obrigado!! Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Re: [R-br] Teste de Kruskal Wallis!
by Thiago de Paula Protásio 13 Mar '12

13 Mar '12

Obrigado Allaman pela dica! Olhei com atenção a documentação do pacote, mas não encontrei uma explicação sobre o teste t-Student que é aplicado após a função kruskal(). Não mencionam se é um teste t simples ou com algum tipo de proteção como Bonferroni. Muito obrigado! Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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