Março 2012 - R-br

Análise de covariância
by Gisele Correia 26 Mar '12

26 Mar '12

Bom dia, Alguém teria um exemplo de análise de covariância no R para eu ver como se aplica? Att., -- Gisele Batista Correia Engenheira de Pesca Mestranda em Ciências Pesqueiras nos Trópicos Universidade Federal do Amazonas - UFAM Av. Gen. Rodrigo Octávio Jordão Ramos, 3000, Campus Universitário. Bairro Coroado I. CEP 69077-000. Manaus/AM. Fone:(92) 3305-4063 Celular: (41) 9818-6424 (TIM) (92) 8142-3352 (TIM) (92) 9322-5668 (VIVO) ‎"Agradeço por todas as dificuldades que enfrentei (e ainda enfrento)... se não fosse por elas, não teria saído do lugar. A facilidade nos impede de caminhar. Mesmo as críticas nos auxiliam muito..." Chico Xavier

3 2

Re: [R-br] problema memória
by Benilton Carvalho 26 Mar '12

26 Mar '12

Lucas, por favor, nao mando anexos para a lista... e muito menos para enderecos pessoais sem previa confirmacao (ao ler minhas msgs em dispositivos moveis, eu nem sempre tenho a opcao de nao baixar os anexos, que no seu caso resumem-se a 10MB). as sugestoes que enviei anteriormente continuam validas: 64 bits e mais RAM. boa sorte, b 2012/3/26 Lucas Fernandes de Souza <luc.souza(a)usp.br>: > tenho o windows 7 de 32 bits e 3G de memória ram. > > Segue em anexo as duas planilhas que quero unir. > Já tentei separar por tratamentos, ou seja, primeiro escolho um tratamento e > faço o merge. Com isso, já consegui fazer o merge, porém, os dados aparecem > repetidos. Como coluna em comum (para o merge) já usei o "year", "doy" e > continua aparecendo linhas repetidas... > na verdade, o que me interessa é o "comprimento" da planilha "growth", ou > seja, tenho que adequar os dados da planilha "weatherobs" com o da planilha > "growth". > Não consegui fazer um scrip que resolva isso...se puderem me ajudar, > agradeço. > > > > Citando Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com>: > >> As sugestoes, ja listadas aqui algumas vezes, sao: >> >> 0) De um exemplo reproduzivel >> 1) Instale um SO de 64 bits e o R com 64 bits >> 2) Aumente a RAM disponivel no seu computador >> >> No entremeio, vc pode tentar trabalhar apenas com segmentos do seu >> arquivo... ou ate' jogar tudo num banco de dados SQL e fazer o merge >> por la... (que muito possivelmente se resumira a um INNER JOIN). >> >> O que eh necessario para sugestoes mais uteis eh que vc descreva com >> detalhe o volume de dados e sua estrutura (novamente, encapsulada num >> exemplo reproduzivel) e tambem nos informe informacoes sobre o >> equipamento que voce usa, incluindo RAM e sistema operacional. >> >> b >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > > -- > Lucas F. de Souza > Eng. Agrícola - CONAB > M.Sc. Produção Vegetal - UENF > Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP > tel: (19) 8160-7068

2 3

problema memória
by Lucas Fernandes de Souza 26 Mar '12

26 Mar '12

Bom dia a todos. Tentei unir duas planilhas, com o comando merge, porém aparece o seguinte erro: Error: cannot allocate vector of size 16.0 Mb In addition: Warning messages: 1: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 2: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 3: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 4: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) O que posso fazer para solucionar isso? obrigado -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

2 2

Re: [R-br] Ajuda com os benditos contrastes.
by Walmes Zeviani 26 Mar '12

26 Mar '12

Olympio, Não é possível fazer testes para níveis de Trat1 dentro de Trat2 com a formula assim ~Trat1/Trat2, isso por causa da codificação das matrizes envolvidas. Você tem que usar Trat2/Trat1, ou Tra3*Trat2 (ou inverso), ou ainda criar um novo fator combinando os níveis desses que pode ser conseguido com a interaction(). No seu caso, você deve ajustar o modelo com Trat2/Tempo/Trat1, o fator de níveis a serem comparados deve ser o último na fórmula do modelo. Se for usar a contrast::contrast() o modelo tem que ter estrutura cruzada e não aninhada. Veja, Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) str(d) #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. #Ajuste que fiz usando lme library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) summary(f) m0 <- lme(Y~Trat2/Tempo/Trat1, random=~1|Id,d) fixef(m0) anova(m0) require(aod) # 8 parâmetros = 8 g.l. da interação grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0)), value=TRUE) idx <- grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0))) # última linha da anova(m0) wald.test(Sigma=vcov(m0), b=fixef(m0), Terms=idx, df=nrow(d)-length(fixef(m0))) # assim é possível fazer testes de desdobramento de interação usando a wald.test() # é só saber que índices passar para Terms= para ter as hipóteses adequadas require(contrast) levels(d$Trat2) levels(d$Trat1) levels(d$Tempo) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) # modelo tem que estar na forma cruzada (*) e não aninhada (/) m0 <- lme(Y~Trat2*Tempo*Trat1, random=~1|Id,d) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) c0 c0$X # vetor de contrastes Depois é só você trocar os niveis na contrast() para demais comparações. Você pode reunir os vetores de contraste e fazer esses contrastes com a multcomp::glht() para ajustar o p-valor dos testes, visto que são muitas hipóteses não ortogonais. Consulte a documentação dessas funções. Aconselho você a sempre enviar perguntas para a R-br pois o sucesso de resposta é maior, sua dúvida pode ajudar os demais além de ficar no arquivo da lista para consulta futura. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2012/3/25 Olympio Neto <olympiotneto(a)gmail.com> > Walmes, muito obrigado por você estar sempre disponível a ajudar... Olha, > eu deveria te pagar, porque já me ajudou milhares de vezes com suas > intervenções. > > Então, cara, eu tenho um problema. Vou colocar o que fiz aqui, usando > aquele CMR que mandei. > > Id: Unidade Amostral > #Estrutura dos dados: > set.seed(13032012) > d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) > d$Trat2=gl(2,9,108) > d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) > d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) > > #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo > d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. > > #Ajuste que fiz usando lme > > library(nlme) > f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) > > Veja, e "f" é meu modelo final, o melhor e tal. Acontece que quero fazer > comparações múltiplas considerando somente Trat1 e Tempo, desprezando Trat2 > dentro de Trat1. Estou me matando há 3 dias tentando isso e não consigo. > Quando coloco Trat2, ela entra nos contrastes e não quero isso. > Queria fazer isso, mas nem sei como te mostrar, desculpe, mas vai > literalmente. > > Trat1:1 X Tempo:1 - Trat1:2 X Tempo:1 > Trat1:1 X Tempo: 1- Trat1:3 X Tempo:1 > Trat1:2 X Tempo:1 - Trat1:3 X Tempo:1 > > Eu vi um exemplo parecido em > http://www.ats.ucla.edu/stat/R/faq/testing_contrasts.htm, mas lá cria-se > um novo modelo univariado com o comando interaction nos fatores. Poderia > até fazer isso, mas isso iria alterar muito meu modelo, que já é > complicado. Você vislumbra alguma forma de se resolver isso? Não queria > perder a caracterização do aninhamento de Trat2 dentro de Trat1. Já tentei > contrast, multcomp e tudo mais, mas sempre solicitam os níveis de saliva ou > se coloco, eles aumentam as comparações. > > Desculpe te encher com esta dúvida idiota, mas os contrastes no R me > arrebentam, e há anos. Já li um zilhão de livros do R, mas quando preciso > ir às vias de fato, me mato. > > Abs e muito obrigado. > > Olympio >

1 0

chuvapr
by Gilbert Queiroz 26 Mar '12

26 Mar '12

"chuvapr" alguém tem este bd, para pratcar no aRT???? Abs.

3 2

Como ler dados .DAT e CTL
by Victor Eduardo 25 Mar '12

25 Mar '12

Pessoal, estou utilizando os dados do INPE e nele, vem em formato .DAT e um outro com o formato CTL. Como poderia ler no R esses dois formatos? Abraços, Victor Eduardo

6 6

Ajuda com particionamento de soma de quadrados usando nlme
by Olympio Neto 25 Mar '12

25 Mar '12

Pessoal, recorro novamente a vocês para me ajudarem em um problema que já foi objeto de outra mensagem que postei aqui. Estou com um modelo de ANOVA com medidas repetidas em que um dos tratamentos é aninhado a outro. O que gostaria de fazer é particionar o tratamento aninhado como se faz com o comando aov (..., split..) (Vi exemplo no site R-idiculas (excelente, por sinal)). A estrutura dos meus dados é a seguinte: Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. #Ajuste que fiz usando lme library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) #Gostaria de realizar algo do tipo, só que com o modelo misto usando o pacote nlme m1=aov(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo,d) names(coef(m1))[5:7] grep("Trat11", names(coef(m1))[5:7]) grep("Trat12", names(coef(m1))[5:7]) grep("Trat13", names(coef(m1))[5:7]) ### As partições, mas sem considerar o modelo misto (queria algo semelhante). summary(m1) summary(m1, split=list("Trat1:Trat2"=list( " Trat1-1"=c(1), "Trat2-2"=c(2), "Trat3-3"=c(2) ))) Fico na dúvida, se devo fazer isso na interação tripla, já que nos meus dados reais foi significativa ou se os coeficientes estimados delas também devam entrar no contraste, enfim, eu sempre tenho muitas dúvidas em contrastes no R. Alguém sabe como posso fazer isso? Já tentei os contrastes com multcomp, mas não é isso que quero... gostaria de ter partição da soma dos quadrados, semelhante ao exemplo com o aov. Alguém pode me ajudar? Desde já, muito obrigado. Olympio

2 3

Teste
by Gilbert Queiroz 25 Mar '12

25 Mar '12

Isto aqui é um teste, p/ contato c/ a lista...

1 0

Conectando o R ao TerraView
by Gilbert Queiroz 24 Mar '12

24 Mar '12

Amigos, Estou trabalhando com dados no TerraView. Estava pensando em usar Regessão Espacial. Para isso, iria exportar os dados p/ o R, e trabalhar independentemente, e depois voltar com os resultados prevsitos pelo modelo para o TerraView. Mas encontrei material sobre o aRT. Porém, não estou sabendo fazer a conexão entre os programas. Alguém pode me ajudar nesta tarefa? Abs. Gilbert.

1 0

Teste de comparação de médias e contrastes ortogonais no R
by andre neves 23 Mar '12

23 Mar '12

Prezados, Bom tarde! Gostaria de pedir uma ajuda sobre como rodar (comandos) comparação de médias pelo teste Tukey , quando considero os efeitos fixos e aleatórios, o que constitui um modelo misto. E como faço para rodar (comandos) contrastes ortogonais para definir os efeitos linear (L), quadrático (Q), cúbico (C) e quártico (Qt), considerando 5% como nível de significância. Um abraço a todos. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

2 1