Março 2012 - R-br

Re: [R-br] Ajuda com modelos mistos (medidas repetidas)
by Ivan Bezerra Allaman 13 Mar '12

13 Mar '12

continuando as perguntas, d) o intervalo de 48 h entre as medidas foi o suficiente para torná-las independentes? (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Re: [R-br] Teste de Kruskal Wallis!
by Ivan Bezerra Allaman 13 Mar '12

13 Mar '12

Coisas interessantes em http://tarwi.lamolina.edu.pe/~fmendiburu/ talvez encontre resposta para sua pergunta! (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Ajuda com modelos mistos (medidas repetidas)
by Olympio Neto 13 Mar '12

13 Mar '12

Pessoal, gostaria de uma ajuda de vocês. Estou com um problema de estudo fatorial com medidas repetidas (assim considero) com as seguintes características: 1- Cada corpo de prova foi submetido a 1 tratamento com 3 níveis distintos, sendo que cada grupo continha 18 unidades amostrais (fator 1), 54 corpos de prova ao total; 2- Dentro de cada grupo definido pelo nível do tratamento no fator 1, metade das unidades amostrais do grupo (9) foram submetidas ao tratamento 2 com 2 níveis (fator 2), de modo que o i-ésimo indivíduo está submetido ao j-ésimo nível do fator 1 e k-ésimo nível do fator 2, ou seja, são independentes com relação ao fator 2. 3-A variável resposta foi medida em dois tempos distintos, tempo 0 e tempo 48h, por isso considerei medidas repetidas. Para cada unidade amostral, portanto, eu considerei um modelo assim: fixando-se a unidade amostra i,que foi somente submetida a 1 tratamento do fator 1 e 1 tratamento do fator 2. Logo, j e k também estão fixos e o que varia dentro de cada indivíduo é o tempo (l) em que a medida foi obtida. O modelo abaixo Y_l=b0+b1Trat1_l+b2*Trat2_l+b3*Tempo_l+todas as interações+a_i+e_il, l=1,2, a_i ~N(0, var_1) (efeito aleatório) e e_il~Normal(0, var_2) Desta maneira, as pseudorrepresentações são os tempos, com tamanho 2 para cada unidade e isso vem causando sérios problemas, porque acredito que o tratamento 2 deveria estar aninhado no tratamento 1, mas quando tento algo, os graus de liberdade são, obviamente insuficientes e um erro ocorre. Estimado o modelo acima, com a função lme, (algo do tipo lme(y~Trat1*Trat2*Tempo, random=1|Id)), os resíduos não são normais. Existe alguma maneira de utilizar a transformação de box-cox para tentar normalizar os resíduos. Eu fiz um aproximação usando o modelo linear comum com estes dados e a função boxcox do pacote MASS, e depois usei a transformação indicada no modelo linear neste misto, variando os valores de lambda em torno do valor estimado e vendo qual se aproximava mais da normalidade. Ficou muito ruim, ainda. Então, lanço as minhas perguntas: a) Com a experiência de vocês me digam, por favor; estou usando um modelo adequado para que quero encontrar? b) Existe algum pacote no R que calcule a transformação de box-cox em objetos lme? c) Será que o fator 2, dada natureza do experimento, deve ser aninhada ao fator 1 como efeito fixo? Algo como Y~Trat1*Trat1/Trat2*Tempo? Sei que estas perguntas fogem ao escopo deste fórum, mas logo imaginei que vocês pudessem me ajudar. Desde já muito obrigado. Olympio

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Teste de Kruskal Wallis!
by Thiago de Paula Protásio 12 Mar '12

12 Mar '12

Prezados membros da R-Br; Novamente recorro ao conhecimento de vcs. Estou tendo algumas dúvidas sobre a função kruskal() do pacote agricolae. Essa função executa o teste de kruskal e posteriormente um teste t. Recorri ao help() para entender esse teste t, mas não obtive sucesso. Gostaria de saber se alguém poderia confirmar ou não se esse teste t tem algum tipo de proteção como Bonferroni ou se é apenas um teste t simples (nesse caso não seria o mais apropriado eu acho). Alguém poderia indicar uma função que executa o teste de kruskal e posteriormente o teste t com a proteção de Bonferroni? Grato pela valiosa ajuda. -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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problemas com função nls
by Fernando Antonio de souza 11 Mar '12

11 Mar '12

caros amigos estou tentando rodar um modelo não linear de Gormpertz da forma Log(Y) = a-b*exp(-c*X) utiliando a função nls. A função é como segue: gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=3.4,b=22.99,c=0.018),data=gestsimp) dput(gestsimp) Acontece que toda vez que rodo, recebo o aviso de erro:" Erro em nls(log(PESO.FETO) ~ a - b * exp(-c * Gest), start = list(a = 3.4, : número de iterações excedeu o máximo de 50 Ja tentei elevar o máximo de interação utilizando o comando controle mas nunca converge. Alguem pode me esclarecer em que estou errando. os valore iniciais foram obtido sutilizando a função manipulate. um grande abraço

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erro "initRefFields"
by D'Apolito 11 Mar '12

11 Mar '12

Olá, Alguém sabe como solucionar o erro: "Error in initFields(scales = scales) : could not find function "initRefFields" " ...sem ter que reinstalar o R 2.14.1? obrigado Carlos

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Re: [R-br] problemas com função nls
by Ivan Bezerra Allaman 11 Mar '12

11 Mar '12

Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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fatorial 5x3 + testemunha
by Marcelo Claro de Souza 10 Mar '12

10 Mar '12

Preciso rodar uma análise fatorial 5x3 + testemunha e estou usando i seguinte script segue em anexo o conjunto de dados para tornar o script reproduzível mamona=read.csv2(file.choose(),h=T) mamona.f1=TukeysHSD(aov(IVG~palha:test,data=mamona)) mamona.f2=TukeysHSD(aov(IVG~posicao:test,data=mamona)) mamona.f1.f2=TukeysHSD(aov(IVG~palha*posicao:test,data=mamona)) Vcs poderiam me informar se o erro está no script ou se meu conjunto de dados está organizado errado? Muito onrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Fwd: [R-pkgs] ggmap : ggplot2 and RgoogleMaps
by Benilton Carvalho 09 Mar '12

09 Mar '12

---------- Forwarded message ---------- From: David Kahle <david.kahle(a)gmail.com> Date: 5 March 2012 17:20 Subject: [R] [R-pkgs] ggmap : ggplot2 and RgoogleMaps To: r-packages(a)r-project.org, ggplot2 <ggplot2(a)googlegroups.com> Dear useRs - ggmap v1.2 is now available on CRAN. ggmap is a relatively new package which combines the power of ggplot2 with the spatial contextual information in Google Maps or OpenStreetMaps (via RgoogleMaps) to provide an easy, consistent and modular framework for spatial graphics. For examples on how to get started with ggmap, see ?ggmapplot for several examples of its use. Happy mapping! Cheers david kahle. ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- David J. Kahle, Ph.D. Assistant Professor of Statistical Science Department of Statistical Science Baylor University One Bear Place #97140 Waco, Texas 76798 Office : (254) 710-6102 http://sites.google.com/site/davidkahle/

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arvore de decisão
by Vinicius Brito Rocha 09 Mar '12

09 Mar '12

Senhores, estou com um problema que me parece de uma árvore de decisão, mas não sei se é popssível resolve-lo da forma que gostaria no R. É o seguinte tenho observações diárias de uma árvore, algo mais ou menos assim(extamente assim em uma planilha excel). Data Nível 1 Nível 2 Nível 3 Nível 4 Nível 5 Dia 1 - (Nível 1, Evento 2) - (Nível 2, Evento 1) - (Nível 3, evento 6) Dia 2 - (Nível 1, Evento 3) - (Nível 2, Evento 1) - (Nível 3, evento 1) Dia 3 - (Nível 1, Evento 3) - (Nível 2, Evento 1) - (Nível 3, evento 1) - (Nível 4, evento 1) . . . ou seja, Tenho 5 níveis (não preciso percorrer necessáriamente os 5 níveis) onde dentro de cada nível tenho uma gama de possibilidades, e ao final uma decisão é tomada. Minha pergunta é se existe alguma forma de ajustar uma árvore de decisão, onde eu force cada varíavel a classificar na orde que eu desejo, por exemplo: A oder de particionamento deve sempre seguir a ordem natural dos níveis, não posso começar a particionar pelo nível 3, sempre nível 1,2,3,4,5. Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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