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Rcomander
by Emerson Cotta Bodevan 05 Jun '22

05 Jun '22

Prezados. Não estou conseguindo instalar o RComander no Linux ubuntu 20.04. Retorna erro de falta de repositórios e dependências. Alguém teria um passo a passo? A ideia é usar com alunos da educação física. Agradeço qualquer ajuda. *Emerson*

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Loop para criar diferentes bancos de dados usando o mesmo script
by barbaramnascimento＠gmail.com 03 Jun '22

03 Jun '22

Boa tarde a todos! Estou com dificuldade em gerar um loop e espero que alguém possa me ajudar aqui. Estou trabalhando com dados de sobrevivência de animais até 5 idades determinadas e o efeito individual de 19 características dentro de um servidor. A partir de um banco inicial, eu preciso rodar o mesmo script para combinar todas as idades com todas as características, gerando 95 bancos de dados diferentes. Até agora, eu consegui fazer 5 bancos relativos a cada idade através do commandArg: #Loop ---------------------------------------------------------------------------- ------ ## Level 1: DATE OF BIRTH ==> z sdrumthreshold = c("2019-01-01", "2018-01-01", "2017-01-01", "2016-01-01", "2015-01-01") ### Level 2: SURVIVAL AGE ==> t sdactthreshold = c(36, 48, 60, 72, 84) ## Connection with the code in Linux. args = commandArgs(trailingOnly = TRUE) index.sdrum = as.numeric(args[1]) index.sdact = as.numeric(args[2]) Quando eu chamo as variáveis dentro do loop no Linux, o script roda certinho. Segue como ilustração a forma como eu chamei o loop no Linux. #!/bin/bash sdrumth_leader=(1 2 3 4 5) sdactth_leader=(1 2 3 4 5) for z in "${sdrumth_leader[@]}" do for t in "${sdactth_leader[@]}" do if [[ "$z" != "$t" ]] then continue else sbatch Survival.Rcode.bash $z $t #calling indexes. sleep 1 fi done done Porém, tentei fazer a mesma coisa, criando um vetor com o nome das colunas e não tive sucesso: ### Level 3: TYPE TRAITS ==> q sdtypetrait = c("Stature", "Strength", "FinalScore", "DairyForm", "RumpAngle", "RumpWidth", "RearLegs", "ForeUdder", "RearUdderHeight", "RearUdderWidth", "FootAngle", "UdderDepth", "UdderCleft", "TeatPlacement", "TeatLength", "RearTeatPlacementRv", "RearTeatPlacementSv", Pasterns", "RearTeatLength") ## Connection with the code in Linux. args = commandArgs(trailingOnly = TRUE) index.sdrum = as.numeric(args[1]) index.sdact = as.numeric(args[2]) index.typet = as.numeric(args[3]) Quando eu chamo a variável dentro do script, ela vem com as aspas e dá erro. As entradas da variável do vetor são: type13 <- subset(type12, sdtypetrait [index.typet] <= 50) count(type13, sdtypetrait [index.typet]) model <- lm(formula = sdtypetrait [index.typet] ~ CalvingAge + I(CalvingAge^2) + appraisalDIM + I(appraisalDIM^2), data = type15) dados_completo$sdtypetrait [index.typet]_adj <- dados_completo$residuals dados_completo$sdtypetrait [index.typet]_adj2 <- (dados_completo$sdtypetrait [index.typet]_adj)*2 dados_usar <- select(dados_completo, RegId, SireRegId, DamRegId, CG, Cross, AFC, AFC2, Inbreeding, Inbreed2, sdtypetrait [index.typet]_adj, sdtypetrait [index.typet]_adj2, Survival) write.table(dados_usar, file = paste0("/teste/", sdactthreshold[index.sdact],"/", sdtypetrait [index.typet],"/Survival.dat"), sep = " ", row.names = F, quote = F, col.names = F) Será que alguém tem alguma ideia de como eu posso chamar a variável sem entrar as aspas, ou se a forma como estou rodando tem algum erro? Obrigada! ____________________________________ Barbara Mazetti Nascimento Postdoctoral Researcher Department of Animal and Dairy Sciences University of Wisconsin-Madison

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 136, assunto 10
by Andrea Vita Reis Mendonca 02 Jun '22

02 Jun '22

Ferreira, E. B., Cavalcanti, P. P., Nogueira, D. A. (2021). ExpDes.pt: Experimental Designs pacakge (Portuguese). Rpackage version 1.2.2. Disponível em: https://cran.r-project.org/web/packages/ExpDes.pt/ExpDes.pt.pdf. Acesso em: 25/05/2022 Em ter., 31 de mai. de 2022 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Trifatorial com trat adicionais (Alessandro Dal Col Lúcio) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 31 May 2022 11:27:44 -0300 > From: Alessandro Dal Col Lúcio <adlucio(a)ufsm.br> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Trifatorial com trat adicionais > Message-ID: > < > CAHVsyO4fQU4z_jBpT5cx2tTqmX2o0x4mB4Wxab09tMxyoSDojg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bom dia. > Alguma dica de pacote para analisar experimentos trifatoriais com mais de > um tratamento adicional? > Abraços. > Alessandro > -- > Enviado via Windows Phone. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220531/65ec63c9/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 136, assunto 10 > ****************************************** >

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Problemas com a paleta de cores
by Michele Claire Breton 31 Mai '22

31 Mai '22

Caríssimos(as), boa tarde! Espero que todos se encontrem bem. Estou tentando plotar um gráfico de bolhas e estou com problemas com as cores. A mensagem de erro é a seguinte: [image: image.png] O comando foi: bubble_plot <- ggplot(m3,aes(replicates_list, gene_per)) + geom_point(aes(size=gene_per, fill=gene_col),shape=21,color="black") + theme(panel.grid.major=element_line(linetype=1,color="grey"), axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0), panel.background = element_blank()) + ylab("Gene ID") + xlab("Prostate Adenocarcinome cell types") + scale_fill_discrete(name="Expression values")+ scale_size(name="% of cells with expression") bubble_plot Minha intenção é que haja um gradiente de cores (tipo heatmap) para valores que vão de 0.01 a 5. e o resultado que espero ver é algo semelhante a isto: [image: image.png] Por favor, me ajudem! Falta só isto para plotar o gráfico! Aproveito a oportunidade para perdir-lhes indicações de cursos online brasileiros de R. Muitíssimo obrigada pela atenção, Michele -------------------------------------------------------------------------- *Dra. Michele Claire Breton* Técnica Superior em Bioinformática Doutora em Biologia Celular e Molecular CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde Faculdade de Ciências da Saúde Universidade da Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal

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Trifatorial com trat adicionais
by Alessandro Dal Col Lúcio 31 Mai '22

31 Mai '22

Bom dia. Alguma dica de pacote para analisar experimentos trifatoriais com mais de um tratamento adicional? Abraços. Alessandro -- Enviado via Windows Phone.

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(sem assunto)
by Elias Carvalho 30 Mai '22

30 Mai '22

Boa noite Digamos que extrai dados sobre mortalidade de uma população de certa cidade. Daí quero avaliar a taxa de mortalidade de brancos na faixa etária de 25-34 anos. Se a cidade tem 100.000 habitantes, porém brancos de 25-34 anos são apenas 50.000, eu devo normalizar a taxa de mortalidade por 100.000 ou 50.00?

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função geom_oint
by Michele Claire Breton 25 Mai '22

25 Mai '22

Caríssimos(as) colegas(as), muito bom dia! Espero que todos se encontrem bem. Estou com uma dificuldade. Quero fazer um bubble plot usando as funções ggplot2 e dplyr, onde pretendo plotar no eixo x o gene_ID (são 84 linhas), no y a % de ocorrência da expressão na célula e no color, o valor da expressão. O meu primeiro problema é que no y são 9 tipos celulares diferentes e cada um tem, na tabela de entrada de dados, uma coluna com os dados de expressão e outra com os dados de % de ocorrência (amostra abaixo). Como eu escrevo a função geom_point para plotar o gráfico? Amostra da tabela de entrada gene BE-exp BE% CE_exp CE% E_exp E% F_exp F% HE_exp HE% L-exp L% LE-exp LE% N-exp N% SM-exp SM% ACTB 4.006 99.8 3.690 99.6 2.691 95.2 2.377 80.1 2.901 97.7 3.182 94.1 2.864 94.0 3.243 96.0 3.214 93.5 ACTG1 3.850 5.9 3.592 7.1 2.469 1.5 2.252 1.1 3.129 6.4 2.451 0.6 2.979 1.1 3.104 0 2.500 2.4 AJUBA 1.185 5.9 0.972 7.1 1.042 1.5 0.912 1.1 1.043 6.4 0.865 0.6 1.024 1.1 0 0 1.149 2.4 Muitíssimo obrigada pela ajuda! Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Técnica Superior em Bioinformática CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde Faculdade de Ciências da Saúde Universidade da Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal

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Anaconda/Jupyter erro :Graphics API version mismatch -
by Fernando Souza 25 Mai '22

25 Mai '22

Boa noite pessoal, Após atualizar para a versão 4.1.3 do R no Anaconda passei a receber esta mensagem: "Error in Cairo::Cairo(width, height, tf, "png", pointsize, bg, "transparent", : Graphics API version mismatch Em pesquisa na rede vi que tem a ver com uma mudança na api Cairo do R. Vi sugestões de desinstalar e instalar o Cairo entre outras, porém nehuma funcionou. No Rstudio, tudo funciona bem, então acredito ser um problema no Anaconda/Jupyter. Alguém passou por isso? Sabe como resolver? Att

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Heatmap com dois conjuntos de dados
by Michele Claire Breton 20 Mai '22

20 Mai '22

Caríssimos(as) mestres(as), bom dia! Estou com uma dúvida sobre como deve ser meu ficheiro de entrada para plotar um gráfico como o terceiro deste link: https://stackoverflow.com/questions/67746044/r-heatmap-with-circles Eu criei 2 ficheiros .csv, um contento os valores de expressão gênica nos diferentes tipos celulares (col->genes, lin->tipos de células); e o outro, contendo os valores de freqüência em que a expressão do gene ocorre em cada célula, com a mesma estrutura do primeiro. A representação destes dados no gráfico deve ser: a área do círculo construído a partir dos dados de frequencia e a cor do círculo deve corresponder aos valores de expressão, como em um heatmap. Eu tenho que trabalhar com os ficheiros em separado ou tenho que montar um único ficheiro para ter este resultado? Muitíssimo obrigada pela ajuda!! Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Técnica Superior em Bioinformática CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde Faculdade de Ciências da Saúde Universidade da Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal

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Ajuda sobre licença
by Alexandre Loures 19 Mai '22

19 Mai '22

Bom dia, Listeiros! Com relação ao package covid19italy alterei apenas os endereços, no arquivo data_refresh.R, para busca da base para meu github bem como os nomes, nos arquivos data.R e data_refresh.R, de covid19italy para covid19brazil, italy_total para brazil_total, etc. Gostaria de subir este pacote para o Cran, mas minha dúvida é sobre direitos autorais. A licença do covid19italy está definida como: MIT + file LICENSE. Com essa licença do covid19italy posso subir meu pacote? Package: covid19italy Type: Package Title: The 2019 Novel Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) Italy Dataset Version: 0.3.1 Authors@R: person("Rami", "Krispin", email = "rami.krispin(a)gmail.com", role = c("aut", "cre")) Maintainer: Rami Krispin <rami.krispin(a)gmail.com> Description: Provides a daily summary of the Coronavirus (COVID-19) cases in Italy by country, region and province level. Data source: Presidenza del Consiglio dei Ministri - Dipartimento della Protezione Civile <https://www.protezionecivile.it/>. License: MIT + file LICENSE Encoding: UTF-8 LazyData: true Depends: R (>= 3.0.2) Imports: devtools Suggests: knitr (>= 1.28), readr (>= 1.3.1), remotes (>= 2.1.1), rmarkdown (>= 2.1), testthat (>= 2.1.0) URL: https://github.com/RamiKrispin/covid19italy BugReports: https://github.com/RamiKrispin/covid19italy/issues RoxygenNote: 7.1.1 VignetteBuilder: knitr NeedsCompilation: no Packaged: 2021-07-28 05:39:41 UTC; ramikrispin Author: Rami Krispin [aut, cre] Repository: CRANDate/Publication: 2021-07-28 06:00:02 UTC Meu pacote no github: https://github.com/AlexandreLoures/covid19Brazil -------- Alexandre Loures Programa de Pós-Graduação em Organizações e Mercados Universidade Federal de Pelotashttp://www.wp.ufpel.edu.br/economia/ www.rodriguesloures.com Sent with [ProtonMail](https://protonmail.com/) secure email.

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