- R-br - DINF UFPR

Analise Geoespacial
by Elias Carvalho 18 Mai '22

18 Mai '22

Boa tarde Alguém poderia por favor indicar um bom livro com exemplos de análise geoespacial? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

1 0

Cores do heatmap
by Michele Claire Breton 18 Mai '22

18 Mai '22

Caríssimos conterrâneos, bom dia! Espero que todos se encontrem bem. Eu estou trabalhando em um heatmap e resolvi mudar o esquema de cores, entretanto, após a mudança, aparece a mensagem de erro: Error in image.default(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5 + c(0, nc), ylim = 0.5 + : must have one more break than colour. A princípio, eu usei: my_palette <- colorRampPalette(c("green","yellow","red"))(n=299) col_breaks = c(seq(-2,-1,length=100), seq(-0.9,0.9, length=100), seq(1,2,length=100)) E quis mudar para: my_palette <- colorRampPalette(c("blue","white","red"))(n=20) col_breaks = c(seq(-2,-1,length=100), seq(-0.9,0.9, length=100), seq(1,2,length=100)) ... e enttão surgiu a mensagem de erro. O que fiz de errado? Muito obrigada por me ajudarem Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Técnica Superior em Bioinformática CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde Faculdade de Ciências da Saúde Universidade da Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal

2 2

Mudar script encoding
by Diogo Jerônimo 28 Abr '22

28 Abr '22

Procurei nas ridículas e não achei... Tem como mudar, no RStudio, a opção de default text encoding de "UTF-8" para "ISO8859-1"? Nas opções em que eu entrei, ora desconfigura meu código, ora apaga o mesmo... Obrigado!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

2 1

Otimizar código - executar em lote
by Marcelo Laia 24 Abr '22

24 Abr '22

Olá Saberia me ajudar com uma otimização (execução em lote) do código abaixo? A análise é a seguinte (exemplo): 1 - pego os dados da coluna 25 e obtenho o lambda (boxcox); 2 - crio uma nova coluna com os dados corrigidos 3 - aplico um lm 4 - checo as pressuposições 5 - calculo e jogo em um objeto o boxplot (função ggboxplot) 6 - ploto o boxplot 7 - armazeno no hd o boxplot com o nome da coluna lida no passo 1 acima 8 - vou para a coluna seguinte, 26 Estou fazendo isso com o código abaixo. Só que eu tenho 120 colunas. Por ser muito igual, já fiz confusão umas quatro ou cinco vezes com os valores, com os nomes dos arquivos ou com os nomes das colunas. Há como otimizar isso ou é melhor ir na "unha" mesmo? Obrigado! #### LINALOL #### colnames(dados01)[25] # retorna o nome da coluna boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE) boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE, lam = seq(-1, 1, 1/10)) boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE, lam = seq(-0.7, -0.65, 1/1000)) ## vou ajustando até achar o lambda mais próximo ## o valor aproximado de lambda é -0.655 dados01$LINALOL.boxcox <- (dados01$LINALOL^(-0.655) - 1)/(-0.655) fit25 <- lm(LINALOL.boxcox ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01) summary(fit25) anova(fit25) ggqqplot(residuals(fit25)) # Os pontos devem estar ao longo da linha # de referência. Senão, não é normal shapiro_test(residuals(fit25)) # se p-value for significativo, # não é normal ### teste de homocedacidade das variâncias ### se p < 0.05 (significativo), as variâncias não são homogêneas dados01 %>% levene_test(LINALOL.boxcox ~ Genotipo * Tratamento) bxp <- ggboxplot( dados01, x = "Genotipo", y = "LINALOL.boxcox", color = "Tratamento", palette = "Set1", ylab = "LINALOL - boxcox", ) bxp pdf(file="LINALOL_boxcox.pdf") bxp dev.off() Obrigado -- Marcelo

2 1

Re: [R-br] Digest R-br, volume 135, assunto 1
by Samuel Carvalho 07 Abr '22

07 Abr '22

Obrigado Cid Edson,Estou quase lá. Desafio agora é exportar este resultado para MS Word ou Excel.Pela save_kable ele perde a formatação e não há opção de exportar para estes formatos.Outra tentativa sem sucesso foi forçar a transformação em flextable.Obrigado. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]============================================= Em quarta-feira, 6 de abril de 2022 12:00:52 BRT, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. texto formatado em tabela (Samuel Carvalho) 2. Re: texto formatado em tabela (Cid Póvoas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 5 Apr 2022 18:37:11 +0000 (UTC) From: Samuel Carvalho <samukajm(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] texto formatado em tabela Message-ID: <1064409059.950553.1649183831762(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá pessoal,Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas.Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna Intraspecific em itálico.Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: library(tidyverse); library(kableExtra); data("bryophytes")bryophytes %>% filter(!is.na(Intraspecific)) %>% kbl() %>% kable_styling() %>% column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # Aqui esta o erro Obrigado.At.te. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]============================================= -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220405/cb4290df/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Tue, 5 Apr 2022 18:25:35 -0300 From: Cid Póvoas <cidedson(a)gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] texto formatado em tabela Message-ID: <CAAmR27-X6ZODnUiL8GrA0944syvZnevyyp7kqjwJLJ8Vn39fmA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" library(tidyverse); library(kableExtra);library(Taxonstand) data("bryophytes") bryophytes %>% filter(Intraspecific!="") %>% mutate(Scientific.name = paste( paste0("$",Genus,"$$~$"), paste0("$",Species,"$$~$"), Var, paste0("$",Intraspecific,"$$~$","."))) %>% kbl(longtable = F, "html", escape = F) %>% kable_styling() *Cid Edson Mendonça Póvoas* *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>* *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist* *CREA-BA: 051984991-4* *Técnico em Segurança do Trabalho * *Nº: **0012669/BA* *Tel: +55 73 99151-9565* *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537 *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/ *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565 Em ter., 5 de abr. de 2022 às 15:37, Samuel Carvalho por (R-br) < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Olá pessoal, > Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas > regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas. > Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas > Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna > Intraspecific em itálico. > Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: > > library(tidyverse); library(kableExtra); > data("bryophytes") > bryophytes %>% > filter(!is.na(Intraspecific)) %>% > kbl() %>% > kable_styling() %>% > column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% > mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # > Aqui esta o erro > > Obrigado. > At.te. > > > > *====================================* > > *Samuel P. C. Carvalho*Engº Florestal [UFLA] > Mestre em Ciências Florestais [UFLA] > Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP] > ============================================= > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220405/f0c768de/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 135, assunto 1 *****************************************

2 1

texto formatado em tabela
by Samuel Carvalho 05 Abr '22

05 Abr '22

Olá pessoal,Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas.Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna Intraspecific em itálico.Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: library(tidyverse); library(kableExtra); data("bryophytes")bryophytes %>% filter(!is.na(Intraspecific)) %>% kbl() %>% kable_styling() %>% column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # Aqui esta o erro Obrigado.At.te. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]=============================================

2 1

Ajuda em análise de cluster p/ tese
by Suelen Takano 30 Mar '22

30 Mar '22

Bom dia pessoal, tudo bem? Gostaria de solicitar uma ajuda ao Luis Alberto, que está desenvolvendo uma tese e precisa de ajuda na replicação de algumas análises em R... O trabalho dele tem como base o objetivo o desenvolvimento de um índice composto para a Bioeconomia Circular, identificando de um conjunto aplicável de indicadores utilizando análise multicritério. É muito interessante, mas infelizmente não estou com disponibilidade para ajudá-lo. Alguém poderia auxiliá-lo? Ele segue em cópia aqui no email e tem total disponibilidade para falar esclarecer quaisquer dúvidas! Agradeço desde já! Att, Suelen Takano.

1 0

Buscar conjunto de códigos para executar rotina no R.
by Diogo Jerônimo 24 Mar '22

24 Mar '22

Boa tarde a todos!!! Novamente agradecido pela ajuda anterior, e já pedindo desculpas por nova perturbação, mas de novo apareceu uma situação que não sei resolver. Segue o código R parecido com o outro para baixar dados via URL, onde agora x1 representa o código de modulo de um serviço, x2 o ano e x3 o código da rodada trimestral de realização desse serviço:baixa_bancos<-function(x1,x2,x3){ dados<-read.csv2(paste('http://.../arquivo_m", x1 ,"_a",x2,"_s", x3,".csv'",sep=""),header=T, sep="|", dec =".", encoding = "UTF-8")} A chamada da macro fica algo assim: a<- vetor de código de módulos; b<-vetor de anos; c<-???? for(i in 1:length(a)); for(j in 1:length(b)); for(k in 1:length(c)){x1<-a[[i]]; x2<-b[[j]]; x3<-c[[k]]baixa_bancos(x1,x2,x3)} Coloquei interrogação no vetor c em vermelho por causa da dúvida. Os códigos de módulo e ano (óbvio) são fixos, basta vetorizar. Mas os códigos de realização de serviços trimestrais, identificados por código numérico, podem por conveniência de atraso, não ser iguais, embora sejam sempre quatro. Assim por exemplo: Mód:108;Ano:2020;codserv:1,2,3,5 Mód:108;Ano:2021;codserv:1,2,3,4 Mód:429;Ano:2020;codserv:1,2,3,4Mód:429;Ano:2021;codserv:1,3,4,5 Dessa forma o vetor c depende do código de serviço e do ano em que ele foi realizado. Para me ajudar nisso, o TI daqui me deu uma outra consulta que também baixo por URL, que após alguns ajustes, faço virar uma tabela dentro do RStudio, com essa cara: Resumindo agora: o que eu queria é adaptar meu código da seguinte forma: se viu que o módulo é 108 e o ano é 2020, então ele deve ler como parâmetros para k3 o valores 1,2,3,5; se for módulo 108 e ano 2021, ele deve ler para k3 o valores 1,2,3,4. E assim sucessivamente, até finalizar o baixar das bases de dados requeridas. Eu consegui ser claro? Se sim, alguém saberia como se faz isso? Obrigado novamente pela disponibilidade do time!!! Att, Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

2 1

Renomear arquivo dentro do R
by Diogo Jerônimo 22 Mar '22

22 Mar '22

Prezados boa tarde!!! Lá vou eu incomodar os amigos, rs... Estou fazendo uma macro para baixar dados "*.csv" de uma fonte URL, com um formato semelhante a esse (desculpa, não consegui fazer um reproduzível), onde k1 designa meses do ano e k2 é um conjunto de cinco (ou mais) substâncias: baixa_bancos<-function(k1,k2){ dados<-read.csv2(paste('http://.../arquivo_m", k1 ,"_s", k2 ,".csv'",sep=""), header=T, sep="|", dec =".", encoding = "UTF-8") } A chamada da macro fica algo assim: a<-seq(1:12);b<-seq(1:5) for(i in 1:length(a)) for(j in 1:length(b)) { k1<-a[[i]] k2<-b[[j]] baixa_bancos(k1,k2) } A dúvida: se eu executar assim a macro, dados vai sempre ser subscrito pelas informações de outro mês e outra substância. Assim, queria que o arquivo (tabela) fosse salvo no ambiente RStudio de forma similar abaixo (obs: sei que não está certo, é mais para entender o que estou precisando):paste("arquivo_m",k1,"_s",k2)<-dados E em seguida reunir todos eles via rbind ou outro comando. Consegui explicar certo? Se sim, alguém saberia como resolver? Obrigado e bom fim-de-semana!!! Diogo Jerônimo Bacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

3 5

Correlação e Chi Squared
by Márcio Midon 10 Mar '22

10 Mar '22

Pessoal... Alguém pode me ajudar neste teste? Preciso ajustar dados para um artigo. Matrícula Aluno Especial Cordialmente, *Márcio Midon*Arquiteto e Urbanista UFPel Especialista Geoprocessamento UFPR Mestre Geomática UFSM Doutorando Geografia UFSM Tel 53 3305 7075 | Cel 53 98100 2020 SKYPE marcio_midon

2 3