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Otimizar código - executar em lote
by Marcelo Laia 24 Abr '22

24 Abr '22

Olá Saberia me ajudar com uma otimização (execução em lote) do código abaixo? A análise é a seguinte (exemplo): 1 - pego os dados da coluna 25 e obtenho o lambda (boxcox); 2 - crio uma nova coluna com os dados corrigidos 3 - aplico um lm 4 - checo as pressuposições 5 - calculo e jogo em um objeto o boxplot (função ggboxplot) 6 - ploto o boxplot 7 - armazeno no hd o boxplot com o nome da coluna lida no passo 1 acima 8 - vou para a coluna seguinte, 26 Estou fazendo isso com o código abaixo. Só que eu tenho 120 colunas. Por ser muito igual, já fiz confusão umas quatro ou cinco vezes com os valores, com os nomes dos arquivos ou com os nomes das colunas. Há como otimizar isso ou é melhor ir na "unha" mesmo? Obrigado! #### LINALOL #### colnames(dados01)[25] # retorna o nome da coluna boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE) boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE, lam = seq(-1, 1, 1/10)) boxcox(LINALOL ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01, plotit = TRUE, lam = seq(-0.7, -0.65, 1/1000)) ## vou ajustando até achar o lambda mais próximo ## o valor aproximado de lambda é -0.655 dados01$LINALOL.boxcox <- (dados01$LINALOL^(-0.655) - 1)/(-0.655) fit25 <- lm(LINALOL.boxcox ~ Genotipo * Tratamento, data=dados01) summary(fit25) anova(fit25) ggqqplot(residuals(fit25)) # Os pontos devem estar ao longo da linha # de referência. Senão, não é normal shapiro_test(residuals(fit25)) # se p-value for significativo, # não é normal ### teste de homocedacidade das variâncias ### se p < 0.05 (significativo), as variâncias não são homogêneas dados01 %>% levene_test(LINALOL.boxcox ~ Genotipo * Tratamento) bxp <- ggboxplot( dados01, x = "Genotipo", y = "LINALOL.boxcox", color = "Tratamento", palette = "Set1", ylab = "LINALOL - boxcox", ) bxp pdf(file="LINALOL_boxcox.pdf") bxp dev.off() Obrigado -- Marcelo

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 135, assunto 1
by Samuel Carvalho 07 Abr '22

07 Abr '22

Obrigado Cid Edson,Estou quase lá. Desafio agora é exportar este resultado para MS Word ou Excel.Pela save_kable ele perde a formatação e não há opção de exportar para estes formatos.Outra tentativa sem sucesso foi forçar a transformação em flextable.Obrigado. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]============================================= Em quarta-feira, 6 de abril de 2022 12:00:52 BRT, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. texto formatado em tabela (Samuel Carvalho) 2. Re: texto formatado em tabela (Cid Póvoas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 5 Apr 2022 18:37:11 +0000 (UTC) From: Samuel Carvalho <samukajm(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] texto formatado em tabela Message-ID: <1064409059.950553.1649183831762(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá pessoal,Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas.Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna Intraspecific em itálico.Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: library(tidyverse); library(kableExtra); data("bryophytes")bryophytes %>% filter(!is.na(Intraspecific)) %>% kbl() %>% kable_styling() %>% column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # Aqui esta o erro Obrigado.At.te. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]============================================= -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220405/cb4290df/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Tue, 5 Apr 2022 18:25:35 -0300 From: Cid Póvoas <cidedson(a)gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] texto formatado em tabela Message-ID: <CAAmR27-X6ZODnUiL8GrA0944syvZnevyyp7kqjwJLJ8Vn39fmA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" library(tidyverse); library(kableExtra);library(Taxonstand) data("bryophytes") bryophytes %>% filter(Intraspecific!="") %>% mutate(Scientific.name = paste( paste0("$",Genus,"$$~$"), paste0("$",Species,"$$~$"), Var, paste0("$",Intraspecific,"$$~$","."))) %>% kbl(longtable = F, "html", escape = F) %>% kable_styling() *Cid Edson Mendonça Póvoas* *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>* *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist* *CREA-BA: 051984991-4* *Técnico em Segurança do Trabalho * *Nº: **0012669/BA* *Tel: +55 73 99151-9565* *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537 *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/ *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565 Em ter., 5 de abr. de 2022 às 15:37, Samuel Carvalho por (R-br) < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Olá pessoal, > Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas > regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas. > Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas > Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna > Intraspecific em itálico. > Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: > > library(tidyverse); library(kableExtra); > data("bryophytes") > bryophytes %>% > filter(!is.na(Intraspecific)) %>% > kbl() %>% > kable_styling() %>% > column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% > mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # > Aqui esta o erro > > Obrigado. > At.te. > > > > *====================================* > > *Samuel P. C. Carvalho*Engº Florestal [UFLA] > Mestre em Ciências Florestais [UFLA] > Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP] > ============================================= > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220405/f0c768de/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 135, assunto 1 *****************************************

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texto formatado em tabela
by Samuel Carvalho 05 Abr '22

05 Abr '22

Olá pessoal,Gostaria de uma ajuda de vocês para criar uma variável que tem algumas regras de formatação. No caso são nomes científicos de plantas.Envio o database bryophytes como exemplo. Nesta nova variável, as colunas Genus e Species são em itálico, a coluna Var normal e a coluna Intraspecific em itálico.Aqui vai um exemplo de uma tentativa sem sucesso: library(tidyverse); library(kableExtra); data("bryophytes")bryophytes %>% filter(!is.na(Intraspecific)) %>% kbl() %>% kable_styling() %>% column_spec(c(2,3,5), italic = T) %>% mutate(Scientific.name = paste(Genus, Species, Var, Intraspecific)) # Aqui esta o erro Obrigado.At.te. ====================================Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP]=============================================

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Ajuda em análise de cluster p/ tese
by Suelen Takano 30 Mar '22

30 Mar '22

Bom dia pessoal, tudo bem? Gostaria de solicitar uma ajuda ao Luis Alberto, que está desenvolvendo uma tese e precisa de ajuda na replicação de algumas análises em R... O trabalho dele tem como base o objetivo o desenvolvimento de um índice composto para a Bioeconomia Circular, identificando de um conjunto aplicável de indicadores utilizando análise multicritério. É muito interessante, mas infelizmente não estou com disponibilidade para ajudá-lo. Alguém poderia auxiliá-lo? Ele segue em cópia aqui no email e tem total disponibilidade para falar esclarecer quaisquer dúvidas! Agradeço desde já! Att, Suelen Takano.

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Buscar conjunto de códigos para executar rotina no R.
by Diogo Jerônimo 24 Mar '22

24 Mar '22

Boa tarde a todos!!! Novamente agradecido pela ajuda anterior, e já pedindo desculpas por nova perturbação, mas de novo apareceu uma situação que não sei resolver. Segue o código R parecido com o outro para baixar dados via URL, onde agora x1 representa o código de modulo de um serviço, x2 o ano e x3 o código da rodada trimestral de realização desse serviço:baixa_bancos<-function(x1,x2,x3){ dados<-read.csv2(paste('http://.../arquivo_m", x1 ,"_a",x2,"_s", x3,".csv'",sep=""),header=T, sep="|", dec =".", encoding = "UTF-8")} A chamada da macro fica algo assim: a<- vetor de código de módulos; b<-vetor de anos; c<-???? for(i in 1:length(a)); for(j in 1:length(b)); for(k in 1:length(c)){x1<-a[[i]]; x2<-b[[j]]; x3<-c[[k]]baixa_bancos(x1,x2,x3)} Coloquei interrogação no vetor c em vermelho por causa da dúvida. Os códigos de módulo e ano (óbvio) são fixos, basta vetorizar. Mas os códigos de realização de serviços trimestrais, identificados por código numérico, podem por conveniência de atraso, não ser iguais, embora sejam sempre quatro. Assim por exemplo: Mód:108;Ano:2020;codserv:1,2,3,5 Mód:108;Ano:2021;codserv:1,2,3,4 Mód:429;Ano:2020;codserv:1,2,3,4Mód:429;Ano:2021;codserv:1,3,4,5 Dessa forma o vetor c depende do código de serviço e do ano em que ele foi realizado. Para me ajudar nisso, o TI daqui me deu uma outra consulta que também baixo por URL, que após alguns ajustes, faço virar uma tabela dentro do RStudio, com essa cara: Resumindo agora: o que eu queria é adaptar meu código da seguinte forma: se viu que o módulo é 108 e o ano é 2020, então ele deve ler como parâmetros para k3 o valores 1,2,3,5; se for módulo 108 e ano 2021, ele deve ler para k3 o valores 1,2,3,4. E assim sucessivamente, até finalizar o baixar das bases de dados requeridas. Eu consegui ser claro? Se sim, alguém saberia como se faz isso? Obrigado novamente pela disponibilidade do time!!! Att, Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Renomear arquivo dentro do R
by Diogo Jerônimo 22 Mar '22

22 Mar '22

Prezados boa tarde!!! Lá vou eu incomodar os amigos, rs... Estou fazendo uma macro para baixar dados "*.csv" de uma fonte URL, com um formato semelhante a esse (desculpa, não consegui fazer um reproduzível), onde k1 designa meses do ano e k2 é um conjunto de cinco (ou mais) substâncias: baixa_bancos<-function(k1,k2){ dados<-read.csv2(paste('http://.../arquivo_m", k1 ,"_s", k2 ,".csv'",sep=""), header=T, sep="|", dec =".", encoding = "UTF-8") } A chamada da macro fica algo assim: a<-seq(1:12);b<-seq(1:5) for(i in 1:length(a)) for(j in 1:length(b)) { k1<-a[[i]] k2<-b[[j]] baixa_bancos(k1,k2) } A dúvida: se eu executar assim a macro, dados vai sempre ser subscrito pelas informações de outro mês e outra substância. Assim, queria que o arquivo (tabela) fosse salvo no ambiente RStudio de forma similar abaixo (obs: sei que não está certo, é mais para entender o que estou precisando):paste("arquivo_m",k1,"_s",k2)<-dados E em seguida reunir todos eles via rbind ou outro comando. Consegui explicar certo? Se sim, alguém saberia como resolver? Obrigado e bom fim-de-semana!!! Diogo Jerônimo Bacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Correlação e Chi Squared
by Márcio Midon 10 Mar '22

10 Mar '22

Pessoal... Alguém pode me ajudar neste teste? Preciso ajustar dados para um artigo. Matrícula Aluno Especial Cordialmente, *Márcio Midon*Arquiteto e Urbanista UFPel Especialista Geoprocessamento UFPR Mestre Geomática UFSM Doutorando Geografia UFSM Tel 53 3305 7075 | Cel 53 98100 2020 SKYPE marcio_midon

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factoextra - Erro na instalação
by Toni 09 Mar '22

09 Mar '22

Olá Pessoal!!! Agradeço pelo aceite na lista, estou começando os estudos com o R e utilizando o Rstudio para compor as necessidades gráficas sobre as discussões que venho tendo nas pesquisas mas estou tentando instalar o pacote *factoextra* para obter resultados sobre clusterização mas não estou conseguindo instalar, tentei: install.packages("factoextra") Erro: installation of package ‘factoextra’ had non-zero exit status Ao carregar o pacote: library(factoextra) Error in library(factoextra) : there is no package called ‘factoextra’ Ao tentar instalar por Tools -> Install Packages: Aparece o mesmo erro. Peguei o arquivo tar.gz em: ‘/tmp/RtmpPqouSy/downloaded_packages’ E tento instalar pelo Rstudio e nada E para finalizar, baixei o pacote *r-cran-factoextra_1.0.7-2_all.deb* Quando tento instalar aparece um erro com várias dependências Problemas com dependências impedem a configuração de r-cran-factoextra: r-cran-factoextra depende de r-cran-ggplot2 (>= 2.2.0); porém: Pacote r-cran-ggplot2 não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-abind; porém: Pacote r-cran-abind não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-dendextend; porém: Pacote r-cran-dendextend não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-factominer; porém: Pacote r-cran-factominer não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-ggpubr (>= 0.1.5); porém: Pacote r-cran-ggpubr não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-reshape2; porém: Pacote r-cran-reshape2 não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-ggrepel; porém: Pacote r-cran-ggrepel não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-tidyr; porém: Pacote r-cran-tidyr não está instalado. Estou usando: SO Debian 10 R version 4.1.2 (2021-11-01) RStudio 2022.02.0 Build 443 Alguma sugestão de como posso resolver esse problema? Algum repositório que eu possa adicionar para contornar esse problema de dependência? Já fiz várias pesquisas mas ainda não consegui encontrar uma solução. Grato!!! Toni

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Calculo do Volume a partir de imagens MDT
by julio cesar oliveira 23 Fev '22

23 Fev '22

Prezados Pretendo realizar o cálculo do volume de um MDT (no formato raster) para os pixels que estão acima ou abaixo de um determinado valor. Por acaso existe algum pacote / função que faça esse cálculo? Grato Julio

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Dúvida reestruturar variáveis.
by Diogo Jerônimo 16 Fev '22

16 Fev '22

Prezados, bom dia de novo, lá vou perturbar os amigos... Segue outro exemplo reproduzível (tem a ver com minha dúvida de ontem): library(dplyr) x01<-c(1001,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2) x02<-c(2000,"Potássio",4.18,4.21,4.15,4.86,4.36,3)x03<-c(1002,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2)x04<-c(1003,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2)x05<-c(2001,"Potássio",4.18,4.21,4.15,4.86,4.36,3)x06<-c(2000,"Albumina",2.35,2.36,2.21,2.15,2.27,10)x07<-c(3000,"Albumina",2.69,2.78,2.88,2.91,2.84,12)x08<-c(2001,"Albumina",2.35,2.36,2.21,2.15,2.27,10)x09<-c(3001,"Albumina",2.69,2.78,2.88,2.91,2.84,12) exemplo<-data.frame(rbind(x01,x02,x03,x04,x05,x06,x07,x08,x09))names(exemplo)<-c("CodCli","Substância","v1","v2","v3","v4","v5","Cluster")row.names(exemplo)<-NULL exemplo<-exemplo %>%mutate(v1=as.numeric(v1),v2=as.numeric(v2),v3=as.numeric(v3),v4=as.numeric(v4), v5=as.numeric(v5)) exemplo$Média<-rowMeans(exemplo[,3:7],na.rm = TRUE) Como o de ontem, esse banco tem variáveis que identificam o código do cliente, a média dos dados (iguais entre laboratórios) e o Cluster, que foi obtido previamente. A substância é detalhe adicional. O que eu gostaria é: reestruturar esse banco, colocando como variáveis de identificação a substância, o cluster e a média, e o código do cliente indo para as colunas, como está nessa tabela abaixo: Subst Cluster Média CodCli.1 CodCli.2 CodCli.3Albumina 10 2,2680 2000 2001 Albumina 12 2,8200 3000 3001 Potássio 2 3,5340 1001 1002 1003Potássio 3 4,3520 2000 2001 Eu tentei usar o comando reshape, com esse código abaixo, mas ele não funcionou comigo (tentei também o spread, do tidyr): exemplo<-exemplo %>% select(CodCli,Substância,Cluster,Média) exemplo_quebra<-reshape(exemplo, direction="wide", idvar=c("Substância","Cluster","Média"), timevar="Cod.Cli") Algum amigo poderia indicar onde estou errando? Ou se teria uma rotina melhor para realizar esse procedimento? Novamente obrigado!!! Diogo Jerônimo Bacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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