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factoextra - Erro na instalação
by Toni 09 Mar '22

09 Mar '22

Olá Pessoal!!! Agradeço pelo aceite na lista, estou começando os estudos com o R e utilizando o Rstudio para compor as necessidades gráficas sobre as discussões que venho tendo nas pesquisas mas estou tentando instalar o pacote *factoextra* para obter resultados sobre clusterização mas não estou conseguindo instalar, tentei: install.packages("factoextra") Erro: installation of package ‘factoextra’ had non-zero exit status Ao carregar o pacote: library(factoextra) Error in library(factoextra) : there is no package called ‘factoextra’ Ao tentar instalar por Tools -> Install Packages: Aparece o mesmo erro. Peguei o arquivo tar.gz em: ‘/tmp/RtmpPqouSy/downloaded_packages’ E tento instalar pelo Rstudio e nada E para finalizar, baixei o pacote *r-cran-factoextra_1.0.7-2_all.deb* Quando tento instalar aparece um erro com várias dependências Problemas com dependências impedem a configuração de r-cran-factoextra: r-cran-factoextra depende de r-cran-ggplot2 (>= 2.2.0); porém: Pacote r-cran-ggplot2 não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-abind; porém: Pacote r-cran-abind não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-dendextend; porém: Pacote r-cran-dendextend não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-factominer; porém: Pacote r-cran-factominer não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-ggpubr (>= 0.1.5); porém: Pacote r-cran-ggpubr não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-reshape2; porém: Pacote r-cran-reshape2 não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-ggrepel; porém: Pacote r-cran-ggrepel não está instalado. r-cran-factoextra depende de r-cran-tidyr; porém: Pacote r-cran-tidyr não está instalado. Estou usando: SO Debian 10 R version 4.1.2 (2021-11-01) RStudio 2022.02.0 Build 443 Alguma sugestão de como posso resolver esse problema? Algum repositório que eu possa adicionar para contornar esse problema de dependência? Já fiz várias pesquisas mas ainda não consegui encontrar uma solução. Grato!!! Toni

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Calculo do Volume a partir de imagens MDT
by julio cesar oliveira 23 Fev '22

23 Fev '22

Prezados Pretendo realizar o cálculo do volume de um MDT (no formato raster) para os pixels que estão acima ou abaixo de um determinado valor. Por acaso existe algum pacote / função que faça esse cálculo? Grato Julio

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Dúvida reestruturar variáveis.
by Diogo Jerônimo 16 Fev '22

16 Fev '22

Prezados, bom dia de novo, lá vou perturbar os amigos... Segue outro exemplo reproduzível (tem a ver com minha dúvida de ontem): library(dplyr) x01<-c(1001,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2) x02<-c(2000,"Potássio",4.18,4.21,4.15,4.86,4.36,3)x03<-c(1002,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2)x04<-c(1003,"Potássio",3.49,3.62,3.63,3.49,3.44,2)x05<-c(2001,"Potássio",4.18,4.21,4.15,4.86,4.36,3)x06<-c(2000,"Albumina",2.35,2.36,2.21,2.15,2.27,10)x07<-c(3000,"Albumina",2.69,2.78,2.88,2.91,2.84,12)x08<-c(2001,"Albumina",2.35,2.36,2.21,2.15,2.27,10)x09<-c(3001,"Albumina",2.69,2.78,2.88,2.91,2.84,12) exemplo<-data.frame(rbind(x01,x02,x03,x04,x05,x06,x07,x08,x09))names(exemplo)<-c("CodCli","Substância","v1","v2","v3","v4","v5","Cluster")row.names(exemplo)<-NULL exemplo<-exemplo %>%mutate(v1=as.numeric(v1),v2=as.numeric(v2),v3=as.numeric(v3),v4=as.numeric(v4), v5=as.numeric(v5)) exemplo$Média<-rowMeans(exemplo[,3:7],na.rm = TRUE) Como o de ontem, esse banco tem variáveis que identificam o código do cliente, a média dos dados (iguais entre laboratórios) e o Cluster, que foi obtido previamente. A substância é detalhe adicional. O que eu gostaria é: reestruturar esse banco, colocando como variáveis de identificação a substância, o cluster e a média, e o código do cliente indo para as colunas, como está nessa tabela abaixo: Subst Cluster Média CodCli.1 CodCli.2 CodCli.3Albumina 10 2,2680 2000 2001 Albumina 12 2,8200 3000 3001 Potássio 2 3,5340 1001 1002 1003Potássio 3 4,3520 2000 2001 Eu tentei usar o comando reshape, com esse código abaixo, mas ele não funcionou comigo (tentei também o spread, do tidyr): exemplo<-exemplo %>% select(CodCli,Substância,Cluster,Média) exemplo_quebra<-reshape(exemplo, direction="wide", idvar=c("Substância","Cluster","Média"), timevar="Cod.Cli") Algum amigo poderia indicar onde estou errando? Ou se teria uma rotina melhor para realizar esse procedimento? Novamente obrigado!!! Diogo Jerônimo Bacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Contagem de fatores
by Sergio Pinto 15 Fev '22

15 Fev '22

Prezados Tenho um data-frame (dfp21) com duas variáveis, a primeira variável, chamada Deficiências, é categórica com sete níveis ('TEA', 'SCe', 'NE', 'DV', 'DF', 'DA/S', 'AH/S') a segunda, chamada p21, também é categórica com dois níveis ("8" e "9"). Coloquei os dados em anexo. Não consegui usar o DATAFILEHOST. > dfp21 # A tibble: 127 × 2 p21 DEFICIÊNCIAS <fct> <fct> 1 9 TEA 2 9 TEA 3 8 TEA 4 9 TEA 5 9 TEA 6 9 TEA 7 9 TEA 8 9 TEA 9 9 TEA 10 9 TEA # … with 117 more rows *A dúvida:* como criar uma nova coluna com a contagem da segunda variável em cada nível da primeira? ex: TEA 8 20 TEA 9 13 NE 8 17 NE 9 15 ... Estou tentando usar o dplyr para isso. Desde já agradeço a atenção. -- *_______________________________________* *Prof. Dr. SERGIO MEDEIROS PINTO* LABICOM/IEFD-UERJ FAMERC-RJ UNESA-RJ http://lattes.cnpq.br/5897044784217523

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Dúvida lógica do código R.
by Diogo Jerônimo 15 Fev '22

15 Fev '22

Boa tarde a todos!!! Dúvida boba, mas tenho de explicar antes: estou fazendo uma análise de cluster, para poder identificar resultados iguais de laboratórios analíticos. O resultado foi um banco parecido com esse reproduzível: library(dplyr) x01<-c(8.49,8.62,8.63,8.49,8.44,2) x02<-c(9.18,9.21,9.15,8.86,9.36,3)x03<-c(8.49,8.62,8.63,8.49,8.44,2)x04<-c(9.74,9.69,9.81,9.25,9.98,3)x05<-c(9.74,9.69,9.81,9.25,9.98,3)x06<-c(8.15,9.52,9.89,9.95,8.33,2)x07<-c(8.32,8.73,9.60,9.04,9.97,3)x08<-c(7.42,7.01,7.31,7.20,7.61,1)x09<-c(9.79,8.76,9.68,8.31,9.37,3)x10<-c(7.42,7.01,7.31,7.20,7.61,1) dados<-data.frame(rbind(x01,x02,x03,x04,x05,x06,x07,x08,x09,x10)) names(dados)<-c("v1","v2","v3","v4","v5","Cluster") Para facilitar essa identificação, ordenei os resultados por cluster, pelos dados das variáveis, e então calculei a média em cada linha: dados<-dados %>% arrange(Cluster, v1,v2,v3,v4,v5) for (i in (1:nrow(dados))){dados$Média[i]<-mean(dados$v1[i],dados$v2[i],dados$v3[i],dados$v4[i],dados$v5[i],na.rm = TRUE)} MEU PROBLEMA: para finalmente identificar os resultados iguais, eu apliquei esse código abaixo, onde em resumo, se o cluster for igual e a média do resultado do laboratório da linha i for igual a média do resultado do laboratório da linha i+1, então ambos os laboratórios responderam resultados iguais. Apliquei o código abaixo, e ele está resultando em erro: i=1for (i in (1:nrow(dados))){if ((dados$Cluster[i]==dados$Cluster[i+1]) & (dados$Média[i]==dados$Média[i+1])){dados$sit[i] == "Resultado Igual"dados$sit[i+1] == "Resultado Igual"}else {}i=i+1} Alguém poderia dizer qual o meu erro? Ou se faltou algo no código? Muito agradecido pela atenção, e desculpa a extensão!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Problema de reconhecimento de projeções no RGDAL
by Helder Gramacho 09 Fev '22

09 Fev '22

Boa tarde pessoal, Estou tendo problemas em reconhecer o sistema de coordenadas de imagens de satélite no R, provavelmente devido a algum problema com o rgdal, quando executo o comando crs aparece o seguinte erro: crs(imagem_de_satelite) Coordinate Reference System: Deprecated Proj.4 representation: NA Warning message: In wkt(x) : CRS object has no comment Alguém já teve este problema e conseguiu resolver? Desde já agradeço, *Hélder G. dos Santos*

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Texto na margem do ggplot
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 03 Fev '22

03 Fev '22

Amigos de R, Saudações a todos. Gostaria de colocar um texto nas margens superior e direita do gráfico de tal forma que eu consiga diferenciar duas variáveis que têm as mesmas categorias. No graphics seria equivalente a função mtext(). Por exemplo... plot(bla bla bla) mtext("Esquema inicial", side = 3) mtext("Reforço", side = 4) Mas no ggplot não estou sabendo fazer. Alguma luz? # Simulando os dados x <- rbind( data.frame(id = 1:20, Visita = "Visita 1", Inicial = "Vacina 1", Reforço = "Vacina 1", Titulos = rnorm(20, 20, 5)), data.frame(id = 1:20, Visita = "Visita 2", Inicial = "Vacina 1", Reforço = "Vacina 1", Titulos = rnorm(20, 30, 5)), # data.frame(id = 21:40, Visita = "Visita 1", Inicial = "Vacina 2", Reforço = "Vacina 1", Titulos = rnorm(20, 40, 5)), data.frame(id = 21:40, Visita = "Visita 2", Inicial = "Vacina 2", Reforço = "Vacina 1", Titulos = rnorm(20, 50, 5)), # data.frame(id = 41:60, Visita = "Visita 1", Inicial = "Vacina 1", Reforço = "Vacina 2", Titulos = rnorm(20, 15, 5)), data.frame(id = 41:60, Visita = "Visita 2", Inicial = "Vacina 1", Reforço = "Vacina 2", Titulos = rnorm(20, 30, 5)), # data.frame(id = 61:80, Visita = "Visita 1", Inicial = "Vacina 2", Reforço = "Vacina 2", Titulos = rnorm(20, 15, 5)), data.frame(id = 61:80, Visita = "Visita 2", Inicial = "Vacina 2", Reforço = "Vacina 2", Titulos = rnorm(60, 30, 5))) head(x) # Fazendo o grafico... ggplot(x, aes(x = Visita, y = Titulos, group = id)) + geom_line(colour = "lightgreen", show.legend = FALSE) + geom_smooth(aes(group = 1), method = lm, colour = "red", na.rm = TRUE) + facet_grid(rows = vars(Inicial), cols = vars(Reforço))+ theme_light() + ylab("Titulos de anticorpos") + xlab("Visitas de seguimento") Abraços fraternos, Pedro Brasil

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Usando objetos do .GlobalEnv no rmarkdown para pdf
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 19 Jan '22

19 Jan '22

Caros amigos de R, Estou trabalhando num relatório de um projeto para gerar um pdf e um html periodicamente no final de cada semana. O passos são os seguintes: 1 - importar os dados; 2 - aplicar as etiquetas; 3 - editar os dados; 4 - Fazer o grafico 1; 5 - fazer o grafico 2; bla bla etc. 10 - gerar o relatório; 11 - mandar por email periodicamente. Pra cada passo eu tenho um script separado e um script principal que chama todos eles em sequência e assim consigo me organizar. A minha questão é que já trabalhei diversas vezes com o Sweave e nunca passei por este problema, e agora começando com o rmarkdown estou batendo cabeça. A minha questão é que no script do primeiro gráfico eu gero um objeto "fluxp" que está salvo no disco ("meusdados.RData") e tambem está no .GlobalEnv. Quando eu renderizo para html dá certo. Mas quando renderizo para pdf, o arquivo vem sem a figura. Depois de pedir pra retornar os erros, vem que ele não acha o objeto do grafico. Fuçando por ai, entendi que a renderização abre uma sessão nova no segundo plano e por isso não consegue achar o objeto. Mas não estou conseguindo contornar a situação. Alguma luz? --- title: "Resultado do projeto" author: "Pedro Brasil" date: output: always_allow_html: true --- ```{r setup, include = FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE) knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE) knitr::opts_chunk$set(error = TRUE) ``` ## Fluxograma de inclusão e exclusão ```{r fluxograma, echo=FALSE, message=TRUE, warning=TRUE, paged.print=TRUE} DiagrammeR::grViz(fluxp) ``` Error in DiagrammeR::grViz(fluxp): objeto 'fluxp' não encontrado Pedro Brasil

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Alocação aleatória não balanceada 3:1:1 por blocos
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 05 Jan '22

05 Jan '22

Aigos de R, Estou aqui no esforço de fazer um tabela de alocação aleatória para um ensaio clínico. Eu já fiz muito isso antes usando o pacote blockrand. Fucei por aí e acabei achando outros pacotes interessantes como o randomizr e randomizeR. Todos fazem alocação por blocos, ou seja, defino tamanhos de blocos variáveis como 6, 12 e 18 e a função aloca, por exemplo, 3 tratamentos garantindo que ao final de cada bloco haja um número equilibrado de tratamentos. A minha questão é que após uma discussão interna decidiu-se que um dos braços deveria ter mais participantes que outros, por exemplo, numa proporção de 3:1:1. Neste caso, os blocos deveriam ser múltiplos de 5. Mas a minha questão é que eu achei funções de alocação que aceitam probabilidades diferentes de alocação e achei funções que determinam tamanhos de blocos para alocação, mas não achei qualquer função que faça as duas coisas ao mesmo tempo. Comecei inclusive a me perguntar se isso faz sentido na prática porque olhando os livros que tenho aqui não consegui achar nenhum exemplo ou considerações a respeito de blocos com alocação de probabilidades diferentes. Alguém conhece alguma função que executa esta operação ou consegue fazer alguma consideração a esse respeito? Recomenda alguma leitura? Abraço forte, Pedro Brasil

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ggplot + geom_bar
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 21 Dez '21

21 Dez '21

Amigos de R, Estou num esforço de tentar aprender a usar o tidyverse. Gostaria de manter a consistência de um relatório que estou trabalhando com gráficos do ggplot. Mas há um particular gráfico de barras que não estou conseguindo fazer. Alguém pode me ajudar a fazer o gráfico no ggplot + geom_bar? Segue abaixo um exemplo como eu faria com o graphics. # Preparando os dados simulados tab <- array(c(92,74,11,0,0,94,98,10,1,0, 83,56,13,2,0,96,68,9,7,0, 46,28,7,1,1,54,59,16,7,0, 26,20,3,0,0,36,32,16,4,0, 8,2,0,0,0,3,3,1,0,0), c(5, 2, 5)) dimnames(tab) <- list(c("Definitively satisfied", "Satisfied", "Little satisfied", "Little dissatisfied", "Definitively dissatisfied"), c("Surface 1","Surface 2"), c(1:5)) names(dimnames(tab)) <- c("Satisfaction","Intervention","Visit") tab a <- epitools::expand.table(tab) a$Visit <- paste0("Visit ", a$Visit) head(a) # Fazendo as tabelas ja com os percentuais x <- sapply(unique(a$Visit), function(i) prop.table(table(a$Satisfaction[a$Visit==i],a$Intervention[a$Visit==i]),2), simplify = FALSE) # Criando o objeto height do barplot y <- x[[1]] ; for(i in 2:length(x)) {y <- cbind(y,x[[i]])} ramp <- colorRampPalette(c("darkgreen","red")) # Criando o gráfico z <- barplot(y, beside = T, col = ramp(5), legend = T, args.legend = list(x="top",xpd=NA,inset=-.15,bty="n",cex=.8, ncol = 2), axisnames = FALSE) axis(2, at = seq(0,1,.025),labels = FALSE, tck = -.01) text(z[3,], -.005, colnames(y), cex = .5, srt = 35, xpd = NA, adj = 1, offset = 5) axis(1, at = sapply(seq(0,ncol(z)-2,2),function(i) mean(z[,c(1:2) + i])),labels = unique(a$Visit), line = 1.5, tick = FALSE) sapply(1:ncol(y), function(i) text(x = z[1:5,i], y = y[1:5,i], labels = round(y[1:5,i],2), pos = 3, cex = .5, xpd = NA)) Abraço forte a todos, Pedro Brasil

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