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Help Teste de Dunn
by ana paula coelho madeira 19 Dez '21

19 Dez '21

Boa noite a todos Apliquei um teste de Kruskal Wallis visando comparar grupos independentes e no posto hoc apliquei o teste de Dunn. Utilizei os pacotes FSA e dunn.test e nenhum dos dois apresenta na saída as tradicionais letras usadas nos testes paramétricos. Encontrei um material que faz referência a um pacote "rcompanion" porém não está mais disponível. Desta forma, gostaria de saber se há alguma indicação de pacotes que fazer o teste de Dunn e apresentem na saída as letras para indicar diferenças entre os grupos. Desde já agradeço, Ana Paula OBS: Peço desculpas caso o mesmo email tenha sido enviado mais de uma vez, achei que não estava mais inscrita

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k means em variável 2d
by Stefane Fonseca Freitas 18 Dez '21

18 Dez '21

Boa tarde usuários, Sou iniciante no uso do R e tenho dúvidas em relação ao uso da função de clusterização kmeans. Meu banco de dados é um perfil de refletividade, logo tenho observações para cada nível na vertical, neste caso, 144 níveis. Meu objetivo é aplicar o kmeans nesse banco de dados, preservando a estrutura inicial dele, que é 2d. Já realizei testes no R para outra variável 1d e li que era necessário preparar o dado em formato data frame para então usar o kmeans. No entanto, fiquei em dúvida se para esse caso específico, é possível realizar a clusterização sem modificar essa estrutura que é importante que se mantenha. Desde já agradeço,

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Teste de Dunn
by ana paula coelho madeira 18 Dez '21

18 Dez '21

Boa tarde a todos, Apliquei um teste de Kruskal Wallis visando comparar grupos independentes e no posto hoc apliquei o teste de Dunn. Utilizei os pacotes FSA e dunn.test e nenhum dos dois apresenta na saída as tradicionais letras usadas nos testes parametricos. Encontrei um material que faz referência a um pacote "rcompanion" porém não está mais disponível. Desta forma, gostaria de saber se há alguma indicação de pacotes que fazer o teste de Dunn e apresentem na saída as letras para indicar diferenças entre os grupos. Desde já agradeço Ana Paula Obter o Outlook para Android<https://aka.ms/AAb9ysg>

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Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 16 Dez '21

16 Dez '21

Saudações amigos do R, Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns valores gostaria de uma luz dos amigos de R. O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa. library("survival") fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) > fit Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) n events median 0.95LCL 0.95UCL x=Maintained 11 7 31 18 NA x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA # Summary com todos os momentos de eventos > summary(fit) Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) x=Maintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944 x=Nonmaintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620 45 1 1 0.0000 NaN NA NA # Summary com os momentos desejados > summary(fit, times = c(14,28,35)) Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) x=Maintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875 x=Nonmaintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664 > plot(fit) > plot(fit, cumhaz = T) > Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit, times = c(14,28,35)) sem muito trabalho? Abraço forte, Pedro Brasil

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Download de dados públicos do DATASUS
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 07 Dez '21

07 Dez '21

Saudações turma, Talvez seja meio off topic mas não estou sabendo a quem recorrer. Eu estou procurando uma maneira inteligente de acessar dados públicos que estariam disponíveis pelo DATASUS. 1. Tem alguém na lista que trabalha com dados secundário do PNI (programa nacional de imunizações)? Alguém que poderia me ajudar a encontrar dados públicos dos CRIE? 2. Há alguns lugares meio escondidos do ministério da saúde e do datasus que dão acesso a algumas coisas a partir de um ftp como aqui ftp://ftp.datasus.gov.br/ Mas aqui os dados que me interessariam só vão até 2019, ou seja, não há continuidade na disponibilização. Neste exemplo eu acho que usar um utils::download.file() daria certo pra baixar por dentro do R. Alguma sugestão mais inteligente para baixar arquivos por dentro do R? 3.Como baixar dados que me interessam de um sítio que não tem um ftp visível e eu deveria dar um monte de cliques pra ver a o botão de baixar em csv? http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/dhdat.exe?bd_pni/cpnibr.def por exemplo nesse endereço eu deveria marcar na caixa "periodo" todos os anos, na caixa "linha" marcar ano, na caixa "coluna" marcar imuno, depois na seleções Imuno+ marcar "Sarampo" e clicar em pesquisa e só depois aparece o botão salvar como csv ou excel. Não há um jeito inteligente de fazer isso por dentro do R? Aceito sugestões de leitura!!! Eu tentei umas paradas no RCurl, downloader e remotes mas sem sucesso. Abraço forte a todos, Pedro Brasil

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Análise de experimento fatorial com parcela subdividida no tempo
by Maurício Sangiogo 04 Dez '21

04 Dez '21

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 129, assunto 3
by Luzia Aparecida Trinca 03 Nov '21

03 Nov '21

Re: Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R Bom dia! Obrigada Fernando e César pelas dicas. Como previsto a alternativa via dump() não funcionou... Tentarei o contato com o grupo que desenvolveu (embora já vislumbro dificuldades pois o autor já não trabalha mais no grupo). O pacote é de 2013 e estava publicado há anos. A data de 2020 que aparece no site é devido a uma reorganização da página deles. Abraços, Luzia Trinca Depto de Bioestatística, IBB Rua Prof. Dr. Celso Wagner Zanin, 250 Unesp, Campus de Botucatu 18618-689 Botucatu, SP Brasil Em sex., 29 de out. de 2021 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R > (Luzia Aparecida Trinca) > 2. Re: Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R > (Fernando Mayer) > 3. Re: Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R > (Cesar Rabak) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 28 Oct 2021 17:20:50 -0300 > From: Luzia Aparecida Trinca <luzia.trinca(a)unesp.br> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R > Message-ID: > <CA+rQDHwQuE9J_bSaC=ukgTWCde311sjdBQ= > ab8G85tY4BkT2tQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa tarde pessoal > > Uso muito o pacote lcca (não está no CRAN e nem github, ets), seu zip está > disponível em: > > > https://scholarsphere.psu.edu/catalog?button=&page=3&q=methodology+center&s… > > Mas ele foi criado em 2013 para uma versão bem antiga do R. Ainda não > encontrei nada similar no R (lida com covariáveis e delineamento amostral > complexo). > > Alguém saberia me dizer se, tendo o zip, é possível reconstruir/atualizar > o pacote para uma versão mais recente do R? > Estou com o problema de que não consigo abrir o banco de dados na versão > antiga do R e não consigo executar o lcca na versão atual do R... > > Agradeço caso tenham qualquer dica. > abs > Luzia Trinca > Depto de Bioestatística, IBB > Rua Prof. Dr. Celso Wagner Zanin, 250 > Unesp, Campus de Botucatu > 18618-689 Botucatu, SP > Brasil > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20211028/3baf8de5/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 28 Oct 2021 19:16:23 -0300 > From: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova > R > Message-ID: > < > CAO4bAdOyTTu7QtPPEH-pxxHRP2cKiRyE3hgW-4iFcOuySG5zeQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá Luzia, > > eu vi que o pacote só foi disponibilizado já no formato binário do Windows. > Se tivesse o código fonte seria mais fácil. No entanto o que eu sugiro > fazer é: > > 1. Instalar o pacote em uma versão do R que ele funcione > 2. Fazer um dump() de todas as funções do pacote: > > library(lcca) > dump("package:lcca", file = "lcca.R") > > Depois disso, vc pode voltar para a versão mais recente do R e fazer > > source("lcca.R") > > Isso funcionaria em teoria, mas como o pacote é antigo é muito provável que > possa dar problema (além disso acho que ele tem uma dll que precisa ser > copiada também). > > Se isso não funcionar, a solução seria escrever para o autor e pedir o > código fonte. > > > --- > Fernando de Pol Mayer > Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG > Departamento de Estatística - DEST > Universidade Federal do Paraná - UFPR > URL: http://leg.ufpr.br/~fernandomayer > e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} > > > On Thu, Oct 28, 2021 at 5:21 PM Luzia Aparecida Trinca por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Boa tarde pessoal > > > > Uso muito o pacote lcca (não está no CRAN e nem github, ets), seu zip > está > > disponível em: > > > > > > > https://scholarsphere.psu.edu/catalog?button=&page=3&q=methodology+center&s… > > > > Mas ele foi criado em 2013 para uma versão bem antiga do R. Ainda não > > encontrei nada similar no R (lida com covariáveis e delineamento amostral > > complexo). > > > > Alguém saberia me dizer se, tendo o zip, é possível > reconstruir/atualizar > > o pacote para uma versão mais recente do R? > > Estou com o problema de que não consigo abrir o banco de dados na versão > > antiga do R e não consigo executar o lcca na versão atual do R... > > > > Agradeço caso tenham qualquer dica. > > abs > > Luzia Trinca > > Depto de Bioestatística, IBB > > Rua Prof. Dr. Celso Wagner Zanin, 250 > > Unesp, Campus de Botucatu > > 18618-689 Botucatu, SP > > Brasil > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20211028/a48704ec/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 29 Oct 2021 11:37:49 -0300 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova > R > Message-ID: > <CAKrF98nu2L45g3oRoFrOy+TyvKmdPzr= > GgWtLgvBuoiNdVWbZg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Esse procedimento só seria totalmente aplicável se o pacote não tiver > nenhuma parte compilada em binário nativa do Windows, como uma DLL, por > exemplo. > > O pacote parece ter sido criado em 2013 mas foi colocado no *site* do > *link* > acima em 2020. > > Um contato com os autores pode ser apropriado para acelerar o trabalho, > evitando desnecessária "engª reversa". > > HTH > > -- > Cesar Rabak > > > On Thu, Oct 28, 2021 at 7:16 PM Fernando Mayer por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Olá Luzia, > > > > eu vi que o pacote só foi disponibilizado já no formato binário do > > Windows. Se tivesse o código fonte seria mais fácil. No entanto o que eu > > sugiro fazer é: > > > > 1. Instalar o pacote em uma versão do R que ele funcione > > 2. Fazer um dump() de todas as funções do pacote: > > > > library(lcca) > > dump("package:lcca", file = "lcca.R") > > > > Depois disso, vc pode voltar para a versão mais recente do R e fazer > > > > source("lcca.R") > > > > Isso funcionaria em teoria, mas como o pacote é antigo é muito provável > > que possa dar problema (além disso acho que ele tem uma dll que precisa > ser > > copiada também). > > > > Se isso não funcionar, a solução seria escrever para o autor e pedir o > > código fonte. > > > > > > --- > > Fernando de Pol Mayer > > Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG > > Departamento de Estatística - DEST > > Universidade Federal do Paraná - UFPR > > URL: http://leg.ufpr.br/~fernandomayer > > e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} > > > > > > On Thu, Oct 28, 2021 at 5:21 PM Luzia Aparecida Trinca por (R-br) < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > >> Boa tarde pessoal > >> > >> Uso muito o pacote lcca (não está no CRAN e nem github, ets), seu zip > >> está disponível em: > >> > >> > >> > https://scholarsphere.psu.edu/catalog?button=&page=3&q=methodology+center&s… > >> > >> Mas ele foi criado em 2013 para uma versão bem antiga do R. Ainda não > >> encontrei nada similar no R (lida com covariáveis e delineamento > amostral > >> complexo). > >> > >> Alguém saberia me dizer se, tendo o zip, é possível > >> reconstruir/atualizar o pacote para uma versão mais recente do R? > >> Estou com o problema de que não consigo abrir o banco de dados na versão > >> antiga do R e não consigo executar o lcca na versão atual do R... > >> > >> Agradeço caso tenham qualquer dica. > >> abs > >> Luzia Trinca > >> Depto de Bioestatística, IBB > >> Rua Prof. Dr. Celso Wagner Zanin, 250 > >> Unesp, Campus de Botucatu > >> 18618-689 Botucatu, SP > >> Brasil > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20211029/8662ca2f/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 129, assunto 3 > ***************************************** >

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Pacote R antigo (em arquivo zip) para versão nova R
by Luzia Aparecida Trinca 29 Out '21

29 Out '21

Boa tarde pessoal Uso muito o pacote lcca (não está no CRAN e nem github, ets), seu zip está disponível em: https://scholarsphere.psu.edu/catalog?button=&page=3&q=methodology+center&s… Mas ele foi criado em 2013 para uma versão bem antiga do R. Ainda não encontrei nada similar no R (lida com covariáveis e delineamento amostral complexo). Alguém saberia me dizer se, tendo o zip, é possível reconstruir/atualizar o pacote para uma versão mais recente do R? Estou com o problema de que não consigo abrir o banco de dados na versão antiga do R e não consigo executar o lcca na versão atual do R... Agradeço caso tenham qualquer dica. abs Luzia Trinca Depto de Bioestatística, IBB Rua Prof. Dr. Celso Wagner Zanin, 250 Unesp, Campus de Botucatu 18618-689 Botucatu, SP Brasil

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Substituir/apagar strings.
by Diogo Jerônimo 26 Out '21

26 Out '21

Boa tarde prezados!!! Parece um do "ridículas", mas não consegui resolver. Segue o vetor de exemplo: teste<-c(rep("EIA/EF/EQ/Q (Índice) IgG - Valor (DO/CO, Índice)",3),rep("EIA/EF/EQ/Q (U/mL) IgG - Valor (U/mL)",5))data.frame(teste) Eu preciso apagar os trechos do meu data.frame onde aparece o termo "EIA/EF/EQ/Q (U/mL)". Tentei usar o comando abaixo: gsub("EIA/EF/EQ/Q (U/mL)","",teste) mas não obtive sucesso. Alguém teria uma ideia de onde estou errando, ou se tem algum comando melhor no tidyverse ou dplyr para fazer isso? Obrigado!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE Ahttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Extrair parte do texto de um string
by Diogo Jerônimo 30 Set '21

30 Set '21

Bom dia!!! Estou com um vetor de texto como nesse exemplo abaixo: texto_exemplo<-c("Laborclin#Laborclin Bioliquid - Oxidase/ Peroxidase","Labtest#Labtest Liquiform - Hexoquinase/ Desidrogenase","Siemens#Advia - Oxidase/ Peroxidase") Eu gostaria de aplicar uma extração de texto, de tal forma que o que estivesse depois do traço (" - ") fosse apagado, ficando o vetor de texto resultante assim: texto_fim<-c("Laborclin#Laborclin Bioliquid","Labtest#Labtest Liquiform","Siemens#Advia") Alguém saberia me ajudar? Eu tentei com o gsub, mas depois do traço, o tamanho dos textos para excluir depois do "-" seria variável, e então não extrairia exatamente o que eu quereria... Obrigado a todos pela ajuda!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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