- R-br - DINF UFPR

Leitura de valores no csv
by Elias Carvalho 28 Ago '23

28 Ago '23

Bom dia amigos Tenho um arquivo .csv com uma variável chamada patrimônio que possui valores acima de 100.000 reais, assim: Patrimonio 100.000,00 110.000,00 120.000,00 120.000,00 120.000,00 Leio no RStudio com o comando: read.csv("dados.csv", sep = ',', dec = ",", header = TRUE), porém a variável vem sem casas decimais [image: Captura de tela de 2023-08-25 09-58-01.png] Tentei converter com: data.to.work$Patrimonio <- as.double(data.to.work$Patrimonio) Porém só mudou para num e sem casas decimais. Onde estou errando? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado / Thank you* *Prof. Dr. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

3 4

Problemas atalhos
by Alfredo Diaz 28 Fev '23

28 Fev '23

Cordiais cumprimentos, Preciso de sua ajuda porque, quando estou trabalhando no Rstudio, os atalhos *CTRL + 1, CTRL + 2* não estão funcionando, também quando uso o atalho *CTRL + SHIFT + M *o operador que recebo é: |>. Atalhos como *CTRL + ENTER, ALT + -, ALT + SHIFT + K* estão funcionando perfeitamente, então eu não entendo o que está acontecendo, por que está acontecendo, o que devo fazer para resolver este problema? Muito obrigado de antemão por suas respostas. Fraternalmente, --- José Diaz E.

3 8

RMarkdown - Aplicação knitr e render
by Diogo Jerônimo 28 Fev '23

28 Fev '23

Bom dia amigos, minha dúvida é específica do RMarkdown hoje. Seguinte, irei automar relatórios que serão formatados no Mark, sendo salvos em html. Como reproduzível, coloco abaixo esse exemplo, que é executado em arquivo *.Rmd. ---title: "Relatório"author: "Diogo"output: html_document--- ```{r informações do participante, echo = FALSE, include = FALSE} library(tidyr) library(dplyr)library(rmarkdown)library(kableExtra)cli<-rep(1,10);x<-round(rnorm(10,10,1),2);e<-round(rnorm(10,0,1),2);y<-x+e;dados_ini<-data.frame(cbind(cli,x,y)) dados<-dados_ini %>% filter(cli==1) ``` ```{r tabela, echo = FALSE}tabela<-data.frame(dados[,c(2,3)]) tabela %>% kbl()``` ```{r gráfico, echo = FALSE}plot(x,y) ``` Aplicando o famoso botão "knitr", ele me retorna o relatório em html COM o gráfico. Acontece que para a automação, terei de usar o comando render dentro de uma function, para poder formatar o relatório. Ao aplicar o mesmo comando nessa estrutura, eu gero tabela e gráfico dentro de um arquivo R, e depois chamo o comando render. Da seguinte forma: library(tidyr)library(dplyr)library(rmarkdown)library(kableExtra)cli<-rep(1,10);x<-round(rnorm(10,10,1),2);e<-round(rnorm(10,0,1),2);y<-x+e;dados_ini<-data.frame(cbind(cli,x,y)) dados<-dados_ini %>% filter(cli==1) tabela<-data.frame(dados[,c(2,3)]) graf<-plot(x,y) render(input="c:/users/diogo/desktop/rmarkdown_via render_listaR.Rmd", output_format = "html_document", output_file = "relatório.html", output_dir = "c:/users/diogo/desktop/") Sendo que o arquivo Rmarkdown "rmarkdown_via render_listaR.Rmd" tem essa estrutura dentro: ---title: "Relatório"author: "Diogo"output: html_document--- ```{r tabela, echo = FALSE}tabela %>% kbl() ``` ```{r gráfico, echo = FALSE}print(graf)``` O meu problema é que em ambos os casos, eu até obtenho as mesmas tabelas, mas nesse segundo modo (que é o que viabiliza a function, para formatar vários relatórios), ele me retorna o relatório em html dessa vez SEM o gráfico. Enfim a dúvida: alguém sabe se tem algum subcomando dentro do render, ou opção, para forçar o gráfico a aparecer na segunda forma (usando o comando render)? Ou se estou aplicando alguma funcionalidade erradamente? Obrigado e bom dia aos amigos!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQIhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

1 0

[ OFF TOPIC ] Qual abordagem utilizar - associação de compostos com resistência a praga/doença
by Marcelo Laia 23 Fev '23

23 Fev '23

Caro(a) listeiro(a), Possuo um grupo de dados com valores representando a proporção de dado composto na planta. Esses valores variam de 0 a 100%. Assim, o composto Y pode apresentar valor 41 e o Z valor 0,02, por exemplo. Há em torno de 70 compostos. Nem todas as plantas contém todos os compostos. Hipótese: plantas resistentes possuem compostos exclusivos e/ou em proporção significativamente diferente das plantas suscetíveis. Para os compostos exclusivos, é tranquilo, pois, se o Z está presente somente no resistente, é muito possível que ele tenha influência sobre a resistência. O problema são aqueles que aparecem tanto no resistente quanto no suscetível em proporção diferente. Outra questão que pode acontecer é a interação entre compostos. Ou seja, dois ou mais compostos explicarem o efeito de resistência ou suscetibilidade. Neste caso, um composto pode agir como facilitador para a ação de outro, que seria o composto tóxico. Logo, sem o primeiro, o composto tóxico, sozinho, não teria efeito. Pensei em usar abordagem genômica, tratando cada composto como um gene. Não deu certo. Resultado estatístico não explica o biológico. Outra opção seria pensar na análise de QTLs. Não tentei essa. Mas, lendo trabalhos na área médica, vi que alguns utilizam vários sintomas para explicar a doença. Por exemplo, associam faixas de valores de hemoglobina, ácido úrico e proteína X para explicar a ocorrência de determinado câncer. Pergunto: você já viu ou já fez análises estatísticas no R para esse último caso? Explicar a doença com base em um roll de sintomas? Qual pacote usou? Poderia sugerir alguma literatura? Tutorial? Site? Muito obrigado Marcelo

2 1

Pacote grDevices - função plotmath
by Luiz Paulo Serrano 17 Fev '23

17 Fev '23

Prezadas (os), bom dia! Estava usando normalmente em legendas nos gráficos as notações %+-%, %~~% da função plotmath. Atualizei a versão do R para 4.2.2 e não consigo mais usar essas notações. Algum dos colegas está enfrentando esse problema? Como posso resolver? Solicito a habitual atenção. Forte abraço, Luiz Paulo Serrano 31 99899-0866

2 1

Pesquisa online
by Glaucia Ferreira 14 Fev '23

14 Fev '23

Gente desculpa incomodar com um assunto diferente do escopo do grupo mas eu estou com essa pesquisa em andamento se puderem responder e me ajudar a divulgar agradeço imensamente 📢 Galera gostaria de 2 minutos do seu tempo pra responder essa pesquisa sobre mercado de trabalho 👩🏽‍💻👨🏽‍💻 Para acessar, clique aqui: https://pt.surveymonkey.com/r/trabalhobr👆🏾🗂 As informações coletadas terão o sigilo preservado. Em caso de dúvidas, nos escreva no endereço de email br.gender.pep(a)gmail.com .Muito Obrigada!

1 0

GEOquery package
by Michele Claire Breton 03 Fev '23

03 Fev '23

Boa tarde caros colegas, Espero que todos estejam bem. Eu preciso de ajuda de quem tenha experiência com o GEOquery package. Eu gostaria de fazer a anotação das sondas e entender porque alguns genes possuem 2 ou mais valores de expressão (representados cada um por uma sonda) e com valores muito diferentes entre si, dentro de uma mesma amostra. E saber se este pacote que escolhi para trabalhar é o ideal para este fim, pois não tenho familiaridade com a técnica. Como resultado final, quero valores únicos de expressão de cada gene, em cada amostra, para plotar heatmaps. Por favor, há alguém disponível para me ajudar? Muito obrigada, Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Researcher in Bioinformatics PhD in Cellular and Molecular Biology CICS - Health Sciences Research Center Faculty of Health Sciences University of Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal

1 0

(sem assunto)
by Ana Rita Saraiva 27 Jan '23

27 Jan '23

1 0

Simular sobrevivência por KM
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 27 Jan '23

27 Jan '23

Salve Amigos de R, Estou analisando dados intermediários de uma pesquisa que ainda está recrutando participantes sobrevivência por Kaplan-Meier. Esses dados são dados incompletos de 3 anos de seguimento de um estudo com um dispositivo de saúde. Um dos questionamentos é se é razoável interromper o recrutamento agora e somente seguir os já em seguimento. Pra isso, o grupo acho interessante que houvesse uma projeção do riscos e IC até 10 anos de seguimento. Um exemplo de tabela de resultado de interesse saída de um survival::survfit Time N at risk Events 1-Surv 12 186 1 0.004 24 85 1 0.010 36 15 1 0.023 Outro exemplo da saída de outro desfecho Time N at risk Events Cum Hazard 12 213 3 0.014 24 139 5 0.043 36 11 1 0.051 A pergunta é se há uma função que a partir desses resultados ou dos dados de onde vieram esses resultado que consigam projetar a sobrevivência e o Hazard até 10 anos de seguimento. Olhei por ai mas não achei nada que me ajudasse. A maioria dos que achei simula comparações de curvas KM. Mas não uma única curva e os ICs. Alguma luz? Abraço forte, Pedro Brasil

1 0

Cluster - agrupar grupos de pessoas
by Chiara Lubich 20 Jan '23

20 Jan '23

Boa tarde, pessoal Estou com dificuldade para entender como fazer para juntar os dados e formar grupos na análise e mostrar graficamente isso. Estou usando o seguinte banco de dados: encr.pw/Gs0ZK Estou usando o seguinte comando: dac<-read.table("clipboard",sep="\t", header=T, dec=".", row.names=1) dac attach(dac) # Ward Hierarchical Clustering d<-vegdist(dac[,-1],distance="jaccard")# distance matrix fit <- hclust(d, method="ward.D2") plot(fit) # display dendogram groups <- cutree(fit, k=5) # cut tree into 5 clusters # draw dendogram with red borders around the 5 clusters rect.hclust(fit, k=5, border="red") que gera esse gráfico: [image: image.png] No entanto, queria que formasse de acordo como nome dos grupos, semelhante a esse gráfico, mas em função dos meus dois atores avaliados (pescador e comunidade). [image: image.png] Só que no meu caso, ao invés de ser as cidades, são os grupos de pessoas. Aos que puderem ajudar eu agradeço Muito obrigada Abraços,

3 5