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Re: [R-br] Problema com a instalação de pacotes no R!
by Andre Oliveira 27 Abr '20

27 Abr '20

Oi Rodrigo, obrigado pelas ponderações! Faz poucos dias que coloquei a versão do R mais nova na tentativa de resolução do problema e alguns destes pacotes não estão instalados e tem o mesmo problema! att,.André Em segunda-feira, 27 de abril de 2020 09:27:54 BRT, Rodrigo Araujo e Castro <webyard1(a)yahoo.com.br> escreveu: Bom dia André, Inicialmente eu sugiro desinstalar manualmente esses pacotes com o "uninstall.packages()" e te tentar novamente a instalação. Uma atualização de todos os pacotes e do R (e do R Studio se você usa) pode ajudar também, pois algo pode ter sido corrigido nos últimos patches. Se nada disso funcionar, reinstalar o R não costuma dar tanto trabalho e não afeta seu trabalho já feito, já que você não perde nada. Se alguma dessas dicas resolver, avise. Rodrigo Sent from Yahoo Mail on Android On Mon, Apr 27, 2020 at 9:11, Andre Oliveira por (R-br)<r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: bom dia, mesmo depois de executar o R como administrador tenho alguns problemas para instalar alguns pacotes no R (nlme e lubridate entre outros). Alguma dica para solução deste problema? > install.packages("nlme") Installing package into 'C:/Users/andreoliveira/Documents/R/win-library/3.6' (as 'lib' is unspecified) tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/.../contrib/3.6/nlme_3.1-147.zip' Content type 'application/zip' length 2374568 bytes (2.3 MB) downloaded 2.3 MB package 'nlme' successfully unpacked and MD5 sums checked Warning: cannot remove prior installation of package 'nlme' Warning: restored 'nlme' The downloaded binary packages are in C:\Users\andreoliveira\AppData\Local\Temp\RtmpMH69CO\downloaded_packages Warning message: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) : problem copying C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\00LOCK\nlme\libs\x64\nlme.dll to C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\nlme\libs\x64\nlme.dll: Permission denied att,.André _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Subset a data.frame com base no valor absoluto de uma coluna
by Marcelo Laia 26 Abr '20

26 Abr '20

Prezado(a), Tenho o seguinte problema: data <- replicate(5, rnorm(10)) colnames(data) <- paste("Sample", c(1:ncol(data))) rownames(data) <- paste("Gene", c(1:nrow(data))) head(data) Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Gene 1 -1.29177540 2.61720282 -0.64705357 -2.05636255 0.5752323 Gene 2 -1.20619719 1.13791932 1.12844157 -0.04053514 1.2973240 Gene 3 -0.15952476 -0.56391140 -1.34226004 -1.21020574 -1.1353717 Gene 4 1.58893451 -1.33082381 0.02267418 1.42659928 2.2377680 Gene 5 -0.56417983 -0.14454059 -0.14543579 0.43021823 -1.1564112 Gene 6 -0.01443123 0.08013149 0.44877039 -0.38360173 1.7286058 Gene 7 -0.40133700 -0.84755154 -1.05251409 1.87298617 0.7788947 Gene 8 -1.81773166 -1.50967753 0.30168885 1.06245963 0.2409281 Gene 9 -2.27682903 0.83455263 -0.93035283 -0.49503281 -0.7293654 Gene 10 -0.19309118 -0.84698014 -0.12649364 -1.32398348 1.3218277 Eu desejo fazer um subset em um novo data.frame com os dados das colunas 1 e 2 (Sample 1 e Sample 2) baseados no valor absoluto da coluna 4 (Sample 4). Eu tentei o seguinte: mydata <- subset(data, (data[ ,4]>abs(1.3))) mydata Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Gene 4 1.588935 -1.3308238 0.02267418 1.426599 2.2377680 Gene 7 -0.401337 -0.8475515 -1.05251409 1.872986 0.7788947 No entanto, neste primeiro passo ele só pega os positivos da coluna 4 que são maiores que 1,3. Os valores negativos maiores que módulo de -1,3 são todos excluídos. No segundo passo eu excluiria as colunas 3, 4 e 5. myvars <- colnames(mydata) %in% c("Sample 3", "Sample 4", "Sample 5") mydata2 <- mydata[!myvars] Como não consegui obter o primeiro passo, o segundo também não rodou. Obrigado -- Marcelo

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Manter o R atualizado no linux mint 9.3
by Emerson Cotta Bodevan 24 Abr '20

24 Abr '20

Pessoal não estou obtendo sucesso para manter o R atualizado no linux mint 9.3. O que estou fazendo: Adicionei o repositório deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ pelo synaptic Quando pedi para recarregar aconteceu o seguinte erro ##### Não foi possível baixar todos os índices de repositórios O repositório pode não estar mais disponível ou pode não ter sido possível entrar em contato com o mesmo devido a problemas de rede. Caso esteja disponível, uma versão mais antiga do índice que falhou será usada. Senão o repositório será ignorado. Verifique sua conexão de rede e certifique-se de que o endereço do repositório esteja correto nas preferências. The repository 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Release' does not have a Release file. ###### Depois disso minha intenção é instalar o pacote Rcmdr, pois com a versão atual do R 3.4.4 está ocorrendo o seguinte erro: #### > install.packages("Rcmdr") Installing package into ‘/home/ecbodevan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning message: package ‘Rcmdr’ is not available (for R version 3.4.4) #### Alguém poderia me ajudar? *Emerson*

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Rotina: interferência de plantas daninhas
by Cleiton Fernando Barbosa Brito 22 Abr '20

22 Abr '20

Boa tarde, Alguém poderia disponibilizar uma rotina sobre a determinação dos períodos críticos de interferência de plantas daninhas. Cleiton Fernando Barbosa Brito

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Regressão Logística pode ser influenciada pelo balanceamento de resultados de variável dependente
by Elias Carvalho 22 Abr '20

22 Abr '20

Tenho um banco de dados com 3074 linhas sem missing. Uma variável dependente binária e mais 42 variáveis independentes também binárias (todas como fator). Minha pergunta é quals VIs contribuem para a doença que está em VD. Meu summary da VD apresenta o seguinte resultado: summary(data.to.work.train$NMM) Sem doença Com doença 2715 359 removi as variáveis com alta correlação (multicolinearidade) e fiz uma RL com todas as variáveis e nada deu signficativo. Fiz tambem com variáveis individuais e nada de significativo. A maioria das variáveis apresenta uma prevalência pequena da doença: Não Sim Não 2683 32 Sim 353 6 Alguém poderia opinar sobre uma possível solução? Ou outros passos a seguir? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by sznelwar＠uol.com.br 15 Abr '20

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by sznelwar＠uol.com.br 15 Abr '20

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by verginio＠unesc.net 15 Abr '20

15 Abr '20

Boa tarde Flávio, Fiz um teste acrescentando o nome do país e separando por vírgula. O que ajuda a busca a entender que se trata de um município. library(RgoogleMaps) # Município, Estado, País aux_city <- c( "Vitória, ES, BR", "Serra, ES, BR", "Vila Velha, ES, BR", "Cariacica, ES, BR", "Colatina, ES, BR" ) aux_city_coord <- data.frame(Municípios = aux_city, lat = NA, long = NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord, data.frame(Municípios = aux_city_coord$Municípios, t( sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode) ))) aux_city_coord Atenciosamente, Max Richard Verginio _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by Flávio Fagundes 14 Abr '20

14 Abr '20

boa noite, colegas. Gostaria de uma ideia para o seguinte problema: Estou buscando as coordenadas de alguns municípios do estado de ES usando o seguinte código: library(RgoogleMaps) aux_city <- c("Vitória ES","Serra ES","Vila Velha ES","Cariacica ES","Colatina ES") aux_city_coord <- data.frame(Municípios=aux_city, lat=NA, long=NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord,data.frame(Municípios=aux_city_coord$Municípios, t(sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode)))) aux_city_coord Que retorna essas coordenadas. > aux_city_coord Municípios lat lon 1 Vitória ES 42.84651 -2.6724025 2 Serra ES 39.68388 -0.4288545 3 Vila Velha ES -20.32973 -40.2920284 4 Cariacica ES -20.26320 -40.4165490 5 Colatina ES -19.53467 -40.6287836 Notem que as coordenadas de Vitória e Serra estão totalmente erradas Porém, na tentativa e erro eu descobri que Vitória, não precisada do "ES" e retornou corretamente, mas Serra, sem chances de encontrar. aux_city <- c("Vitória","Serra","Serra-ES","Serra.ES") aux_city_coord <- data.frame(Municípios=aux_city, lat=NA, long=NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord,data.frame(Municípios=aux_city_coord$Municípios, t(sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode)))) aux_city_coord > aux_city_coord Municípios lat lon 1 Vitória -20.32009 -40.3376682 2 Serra 43.07201 1.1727739 3 Serra-ES 39.68388 -0.4288545 4 Serra.ES 39.68388 -0.4288545 Provavelmente poderá acontecer isso com outros municípios. Eu gostaria de saber se existe alguma uma forma de obter/consultar/verificar a grafia correta de, por exemplo, um ou todos os municípios de um determinado estado, sem que tenha que digitar o nome do mesmo. Mas qualquer outra forma de contornar este problema será bem vinda. Obrigado Att Flávio

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Gráfico de network para o comércio internacional entre países
by Alexandre Loures 13 Abr '20

13 Abr '20

Boa noite, Listeiros! Gostaria de fazer um gráfico de rede para o comércio internacional entre um grupo de países. Nesse sentido, estou tentando replicar o seguinte exemplo: http://beyondvalence.blogspot.com/2014/05/text-mining-7-term-network-analys… Porém, no meu caso, possuo pares de países: ARE-JPN, AUS-JPN,... Ademais, gostaria que cada node fosse proporcional ao volume comercializado pelo país (variável exports). dput (df) structure(list(ido = c("ARE", "AUS", "CHN", "GBR", "GBR", "GBR", "HKG", "IDN", "IRN", "JPN", "JPN", "KOR", "KOR", "MYS", "NGA", "NLD", "NOR", "RUS", "RUS", "USA", "USA", "AUS", "AUS", "BEL", "BEL", "BEL", "CHN", "CHN", "CHN", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "GBR", "GBR", "GBR", "IRN", "MYS", "MYS", "NLD", "POL", "RUS", "RUS", "SGP", "SGP", "SGP", "SGP", "USA" ), idd = c("JPN", "JPN", "KOR", "CHE", "DEU", "FRA", "USA", "JPN", "JPN", "HKG", "SGP", "CHN", "JPN", "SGP", "USA", "FRA", "GBR", "DEU", "ITA", "GBR", "KOR", "CHN", "JPN", "DEU", "FRA", "NLD", "GBR", "RUS", "SGP", "AUT", "BEL", "ESP", "FRA", "NLD", "POL", "USA", "ARE", "IRL", "USA", "ITA", "SGP", "USA", "BEL", "DEU", "CHE", "TUR", "CHN", "HKG", "IDN", "MYS", "ARE"), exports = c(13112242813, 12600200044, 11292363934, 8415084770, 34788506146, 28475980395, 46984336771, 14415189665, 4968556482, 27183303751, 20820248756, 18454539579, 20466015819, 18045941449, 11499435728, 22555328417, 12375241280, 9231828795, 7254325411, 41578521231, 27901876438, 12302482046, 21703963590, 64547770665, 57659467585, 39244445982, 18976473583, 13211283269, 16632262456, 53765327000, 54292454000, 49796586000, 98354819000, 60942951000, 27729562000, 86050473000, 10567139812, 29981708162, 56706301526, 6191623821, 22078782553, 27815727284, 40914697144, 25222684658, 10781703404, 10841448818, 19757037697, 21522016786, 22102891530, 30384988869, 8476570775 )), class = "data.frame", row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", "29", "30", "31", "32", "33", "34", "35", "36", "37", "38", "39", "40", "41", "42", "43", "44", "45", "46", "47", "48", "49", "50", "51")) Desde já, muito obrigado pela atenção! -- *Alexandre Loures* Professor Substituto Universidade Federal da Paraíba <https://ufpb.br> Pós-graduação em Economia - PPGE <https://sigaa.ufpb.br/sigaa/public/programa/portal.jsf?lc=pt_BR&id=1875> www.rodriguesloures.com

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