- R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Fwd: Dúvidas sobre leitura de "p".
by sznelwar＠uol.com.br 27 Jul '20

27 Jul '20

2 1

GLM com alta proporção de zeros
by Emerson Cotta Bodevan 23 Jul '20

23 Jul '20

Prezados, boa tarde. Estou com dificuldade para cálculo de Razão de Prevalência, com respectivos IC95% para meus dados. Meus dados estão com a seguinte estrutura: Variável resposta: - ocorrência de AVC (0: Não, 1: Sim) Variáveis independentes: - Faixa Etária (18 a 28 - referência, 29 a 39, 40 a 59, 60 a 79 e 80 ou mais) - Escolaridade (Nunca estudou - referência, Ens Fun, Ens Med, Ens Sup) - Saúde (Excelente - referência, Muito Boa, Boa, Regular, Ruim) - Número Doenças Crônicas (Nenhuma - referência, Uma, Duas ou mais) - Automedicação (Não - referência, Sim) Importante dizer que tenho alta proporção de zeros na variável resposta: 371 zeros e 11 uns. *Tentei inicialmente a regressão de poisson da seguinte forma:* library(sandwich) library(lmtest) fit.poisson=glm(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,data=dados,family=poisson) *Obtive a seguinte mensagem:* glm.fit: taxas ajustadas numericamente 0 ocorreu *Vi que o problema pode ser o excesso de zeros. Então, lendo algumas postagens aqui da lista tentei o seguinte:* library(pscl) fit.hurdle<-hurdle(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,dist="poisson",zero.dist="poisson",data=dados) *Obtive a seguinte mensagem:* Warning messages: 1: glm.fit: fitted rates numerically 0 occurred 2: glm.fit: fitted rates numerically 0 occurred 3: In value[[3L]](cond) : Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[7,7] = 0FALSE *Tentei então* fit.zeroinflPoisson<-zeroinfl(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,dist="poisson",link="logit",data=dados) *Obtive a seguinte mensagem:* Warning messages: 1: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred 2: In value[[3L]](cond) : sistema é computacionalmente singular: condição recíproca número = 8.9423e-20FALSE Não consigo encontrar uma saída. Alguém pode me dar uma dica? Agradeço imensamente. Atenciosamente, *Emerson*

4 6

Pacote ARTools - Opinião sobre sua metodologia
by Fernando Souza 14 Jul '20

14 Jul '20

Olá Pessoal tudo bem? Eu gostaria de ouvir a opinião de vocês a respeito de um pacote que tive conhecimento recentemente. O nome do pacote é ARTools https://depts.washington.edu/acelab/proj/art/index.html (https://link.getmailspring.com/link/AEDB11B3-C17A-41DE-ADA1-2917EEF0D926@ge…) Pelo que andei lendo ele oferece uma forma de realizar análise de fatorial para dados não paramétricos. Ele também oferece meios de realizar comparação multipla, via o pacote emmeans e possui até um modelo de efeitos misto. Não estou inteirado da técnica utilizada. Me parece ser algo muito recente (ou pouco conhecido). Assim gostaria de saber a opinião de vocês a respeito. É seguro utilizar? Como é a aceitação dessa metodologia? Obrigado

1 0

Dúvida sobre a função gls do pacote nlme
by Luiz Leal 25 Jun '20

25 Jun '20

Prezados colegas, preciso de ajuda.Eu sei como os pesos são calculados pra o caso 'varFixed' conforme exemplo abaixo, mas não sei como os pesos são calculados em attr(modelo$modelStruct$varStruct[], which="weights") para 'varExp', 'varPower' e 'varConstPower'. Alguém sabe como é calculado. Eu li a documentação do R, referências e procurei na internet, mas não achei nada.Desde já agradeço.Luiz# Data x <- c(20, 30, 30, 30, 40, 40, 50, 50, 50, 60, 70, 70, 70, 80, 80, 80, 90, 90, 90, 90, 100, 100, 110, 110, 120) y <- c(113, 121, 212, 273, 160, 244, 157, 221, 268, 224, 252, 323, 361, 342, 352, 399, 376, 377, 389, 468, 353, 420, 421, 435, 546)# Design matrix X = model.matrix(~x)# Package library(nlme)# varFixed modelo = gls(y~x, weights = varFixed(~x)) h = sqrt(1/x) w = 1/h^2 W = diag(w) b = solve(t(X)%*%solve(W)%*%X)%*%t(X)%*%solve(W)%*%y b ; coef(modelo) # 'b' computed by hand and 'coef(modelo)' match# varExp modelo = gls(y~x, weights = varExp()) h = attr(modelo$modelStruct$varStruct[], which="weights") # how are these values calculated? w = 1/h^2 W = diag(w) b = solve(t(X)%*%solve(W)%*%X)%*%t(X)%*%solve(W)%*%y

1 0

Probleminha com Rfast
by Alejandro C. Frery 25 Jun '20

25 Jun '20

Bom dia, Eu gosto muito da biblioteca Rfast, e recentemente achei um probleminha nela. Vejam o seguinte código: set.seed(1234567890) gammamle(rgamma(100000, shape=2, rate=3)) $iters [1] 4 $loglik [1] -47638.33 $param shape scale 2.013402 3.020945 Claramente, a estimação dos parâmetros da distribuição gama retorna a taxa (rate) como se fosse a escala (scale). Comuniquei o problema aos desenvolvedores, que rapidamente responderam confirmando que é um erro. Eles me informaram que a versão do Rfast no Github já foi atualizada, e que ela virá na próxima versão. Eu aviso aos colegas da lista para que tenham cuidado com essa função. Abraços, Alejandro

1 0

Modelo Estatístico
by Andre Oliveira 25 Jun '20

25 Jun '20

Prezad@s, bom dia!Tenho um experimento montado em faixas (bloco, sistema de plantio e lâminas de irrigação). Porém teve quatro ciclos de plantio. Qual melhor modelo para análise destes dados? Como declarar este modelo no R? Grato.

1 0

Arguivo *.tps
by Leonardo Luiz Calado 18 Jun '20

18 Jun '20

Caros Colegas da lista, venho a procura de um arquivo do tipo *.tps denominado "sneathd.tps" que estava disponibilizado na versão mais antiga software gratuito tpsRelw, com a finalidade de estudo da forma. Por ser muito específico tenho perguntado a diversos grupos que trabalham com R, já que o presente arquivo faz parte das ações de estudo que tenho efetuado no livro morfometria com R, cuja questões já me foram sanadas aqui. Desde já agradeço qualquer ajuda. LCalado PhD. Biotechnology in natural resources http://lattes.cnpq.br/2459740082072347 leonardocalado(a)hotmail.com 84-9 9931-1630

1 0

help Pacote rsm, superfície de resposta
by Katieli Química 08 Jun '20

08 Jun '20

Caros amigos usuários do RStudio Preciso gerar uma superfície de resposta pelo RStudio. Tenho as superfícies geradas pelo Design Expert (bem mais simples de mexer, mas é um software pago e tenho somente a versão de teste) e comparo as equações geradas com as obtidas pelo R. Não tenho experiência com o RStudio, por isso tenho insegurança se o que fiz está ou não correto. Poderiam me dar a opinião de vocês? Caso tenham também algum argumento que melhore/otimize meus ajustes, ficaria imensamente grata. Meu planejamento é um 2^2 com triplicata do ponto central. Anotei as dúvidas nos scripts. Dados: x1 <- c(-1,+1,-1,+1,0,0,0) x2 <- c(-1,-1,+1,+1,0,0,0) y <- c(6.07,6.67,6.25,6.7,6.43,6.47,6.44) dados1<-data.frame(x1,x2,y) dados1 modelo<-lm(y~x1*x2) summary(modelo) O código abaixo fornece o mesmo resultado, não entendo o porquê. Deve ser facultativo usar qualquer um dos scripts. modelo1<-lm(y~x1+x2+x1*x2) summary(modelo1) anova(modelo) library(alr3) pureErrorAnova(modelo) Gera um R^2 ajustado de 0.987 e falta de ajuste não significativa (p>0,05) pela ANOVA. mod <- lm(y ~ x1+x2++x1*x2+I(x1^2)+I(x2^2)) summary(mod) anova(mod) pureErrorAnova(mod) # EM pureErrorAnova(mod) DA ERRO E NÃO GERA OS DADOS . VOCÊS SABEM COMO CONSIGO ARRUMAR O SCRIPT? PRECISO DOS DADOS DA FALTA DE AJUSTE PARA COMPARAR, EMBORA O R2 AJUSTADO TENHA DADO 0,991 PARA ESSE AJUSTE. PARECE SER MELHOR QUE O ANTERIOR. Trabalhando com o pacote RSM para superfície de resposta x1 <- c(-1,+1,-1,+1,0,0,0) x2 <- c(-1,-1,+1,+1,0,0,0) y <- c(6.07,6.67,6.25,6.7,6.43,6.47,6.44) dados1<-data.frame(x1,x2,y) dados1 Não consegui gerar o planejamento pelo RStudio. Se eu usar ChemReact, por exemplo, os dados são diferentes e não consigo inserir os meus. Consigo apenas da forma demonstrada acima. library(rsm) ajuste <- rsm(y ~ FO(x1, x2), data = dados1) summary(ajuste) ajuste2 <- rsm(y ~ FO(x1, x2)+ TWI(x1, x2), data = dados1) summary(ajuste2) o ajuste abaixo gera estruturas de confundimento, é isso? Fornece um erro ao tentar rodar. ajuste3 <- rsm(y~SO(x1,x2), data = dados1) summary(ajuste3) graficos: Fiquei na dúvida porque o ajuste 2 parecia melhor (maior R2 ajustado), mas o gráfico de resíduos ficou estranho. Considerando os resíduos, o ajuste 1 parece mais adequado. O que vocês acham? contour(ajuste2,~x1+x2, image=TRUE, img.col = terrain.colors(50), xlabs=c("x1","x2")) persp(ajuste,~x1+x2, col=rainbow(50), contours = "colors", xlabs=c("x2","x3"),zlab="Resposta", theta = -30, phi= 50) O plot de resíduos achei estranho plot(fitted(ajuste2),resid(ajuste2),xlab = "Valores ajustados", ylab = "Resíduos", main = "Resíduos x Valores ajustados") abline(h=0,lty=2,col=2) Obrigada pela ajuda

2 1

Manipulando banco de dados no R
by Wenceslau Teixeira 08 Jun '20

08 Jun '20

Caros, Bom dia. Sei que um dos usos do R e a manipulação de arquivos. Nunca tive muito contato com estes comandos. Mas chegou a hora. Agradeço se puderem me enviar alguma dica, material para o estudo sobre este tópico no R. O problema específico que enfrento é extrair dados selecionados com algumas regras de banco de dados (BD). O BD com informações sobre diversos parâmetros dentre estes teores de Areia (A), Silte (S), Argila (Ar) em % sem decimais, tem também dados da água retida na Capacidade de Campo (CC), no Ponto de Murcha permanente (PMP) também em % sem decimais. Eu criei um dataframe teórico de todas as combinações possíveis de resultados de granulometria do solo. Considerando que a soma A+S+Ar = 100 e os dados são sem decimais, num passo de 1% isto cria 5151 combinações possíveis. O que pretendo é buscar no BD as combinações que têm resultados no BD para uma determinada combinação (p.ex. A = 70, S=10, Ar=20 –> PMP = 10). Eu percebi que algumas das combinações da granulometria existem várias informações (dados) da PMP. (a p.ex. A = 60, S=10, Ar=30 –> CC = 12; CC = 11; CC = 20; CC=11). Para algumas nao tem informações de PMP e para algumas combinações há uma informação de PMP. O que quero é criar um script que leia o BD e preencha o data frame teórico de todas as combinações possíveis de granulometria com os dados existentes no BD de PMP. Os dados que tiver repetição que as as mesmas sejam colocadas lado a lado, ID AREIA(A) SILTE(S) ARGILA PMP 1 0 0 100 -ND 2 0 1 99 30 .. 35 0 20 80 29; 29; 27 -- 80 10 20 70 25; 25; 24 5151 100 0 0 ND Se alguém tem alguma dica. Eu agradeço Se cuidem. Cordialmente, Wenceslau Teixeira (Embrapa Solos –RJ)

2 2

Ratio
by Eugenio Rosa 06 Jun '20

06 Jun '20

Sou inciante no R, quero calcular o Ratio entre as ações de um data.frame, iniciei o código mas não consigo ir adiante: Primeiro preciso calcular o ratio par a par das ações do data.frame, Segundo criar gráfico dos ratios incluindo bandas de bollinger de 20 períodos e 1,96 desvios, Terceiro que me retorne quais ratios estão nas bandas inferior e superior do Bollinger. Abaixo, até onde fui com o código: library(reshape2) library(readxl) dados <- readxl::read_excel("C:/Users/User/Desktop/Estudos Corr/!teste.xlsx", sheet = "Ibxx", skip = 1) dados <- as.data.frame(dados) Ativos<- dados -- Eugenio Santos da Rosa Vega Invest Fone: +55 53 3227-5615 Cel.: +55 53 99964-3189 / 98108-3767 Whatsapp Av. Cidade de Rio Grande, 139 96076-240 | Porto | Pelotas-RS

3 2