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Comparar 2 rasterbricks usando pacote TSdist
by Jackson Rodrigues 28 Mai '20

28 Mai '20

Pessoal Bom Dia! Estou com uma demanda aqui e não estou consigo enxergar onde estou errando. Preciso comparar 2 rasterbricks usando a função de dissimilaridade CorDistance do pacote TSdist. No entanto ela não funciona com NA's. Eu tentei remover ou ignorar os NA's sem sucesso. Alguém poderia me dar uma luz sobre como proceder? Abaixo está uma cópia do código que estou trabalhando. Saudações, Jackson ################### library(raster) library(TSdist) set.seed(12) r <- raster(nrow=10, ncol=10) s <- lapply(1:200, function(i) setValues(r, rnorm(ncell(r), sample.int(5,1), 0.5))) s <- stack(s) s[s < 0] <- NA s2<-s^2 # Visualizando que alguns pixels são NA hasna <- stackApply(s, indices = 1, fun = function(x, na.rm){anyNA(x)}) hasna2 <- stackApply(s2, indices = 1, fun = function(x, na.rm){anyNA(x)}) par(mfrow=c(1,2)) plot(hasna);plot(hasna2) # CorDistancenão funciona com NA CorDistance(as.vector(s[1]),as.vector(s2[1])) [1] 0.2192382 CorDistance(as.vector(s[2]),as.vector(s2[2])) <simpleError in .common.ts.sanity.check(x): NA in the series> [1] NA fun <- function(x,y){ out <- ifelse(anyNA(x) | anyNA(y), #Preciso resolver esta questão yes = NA, no = unname(CorDistance(x,y))) return(out) } # Aqui funciona fun(as.vector(s[1]),as.vector(s2[1])) [1] 0.2192382 # Aqui não funciona fun(as.vector(s[2]),as.vector(s2[2])) [1] NA new_s1 <- fun(s,s2) <simpleError in if (any(is.na(x))) { stop("NA in the series")}: argument is not interpretable as logical> # Veja que não funciona com calc new_s2 <- calc(s,s2, fun = fun) Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) : cannot use this function plot(s_out) ############# -- Jackson M. Rodrigues

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Duvida teste de correlação
by Rodrigo Zucaratto 27 Mai '20

27 Mai '20

Prezados, Estou com uma duvida em relação ao teste de correlação. Quando faço uma correlação, não ha uma relação de causa e efeito (até aqui entendo). No entanto, estou querendo avaliar a inluência de variáveis ambientais (temperatura e pluviosidade) na fenologia de uma palmeira. To fazendo a correlação usando a função "cor.test". Um dos argumentos na função é method=pearson (normalidade) ou method=sperman (dados sem normalidade). Gostaria de saber como testo a normalidade em uma correlação, alguem pode ajudar? Abraços *Rodrigo Zucaratto* Bacharel em Ciências Biológicas Mestre em Ciências - Conservação da Natureza Doutor em Ecologia e Evolução Laboratório de Ecologia de Mamíferos - Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ Laboratório de Ecologia e Conservação de Florestas - LECF - UFRuralRJ Currículo: http://lattes.cnpq.br/2138780069263641 BSc - Biology MSc - Nature Conservation PhD - Ecology and Evolution Mammalian Ecology Lab - Rio de Janeiro State University - UERJ Ecology and Conservation Forests Lab - LECF - Federal Rural University of Rio da Janeiro Curriculum: http://lattes.cnpq.br/2138780069263641 https://scholar.google.com/citations?view_op=list_works&hl=en&user=on_Y4WYA…

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Expoente de Lyapunov: horizonte de predição
by Nilson Guiotoku 27 Mai '20

27 Mai '20

Pessoal, quero encontrar o horizonte de previsões, usando o expoente de Lyapunov. O exemplo proposto no R, a serie de lorenz.ts funciona. Porém, quando troco pela minha variável que estou predizendo, da erro. Gostaria de entender qual parâmetro estou colocando errado. Segue o código mínimo reproduzível. #===================================== set.seed(22) y_obs <- 1:100 + rnorm(100,mean=0, sd=5) # supondo essa ser a variavel observada (100 observações temporais) y_estimado <- 1:80 # supondo essa ser a variavel estimada, até o tempo 80 y_pred <- 81:100 + rnorm(20,mean=0, sd=3) # suponha que usando uma rede recorrente chegue nesse resultado, como codigo minimo reproduzido, #simplifiquemos com uma rnorm com tendencia linear, para predição usando 80 tempos de predição plot(y_obs) points(1:80,1:80, type = "l") points(81:100,y_pred, type = "l", col="blue") legend("topleft", c("Observado","Estimado", "Predito"), col=c("black","black", "blue"), pch = c(1,NA, NA), lty = c(NA,1, 1)) # Horizonte de predicao usando o expoente de Lyapunov require("tseriesChaos") y_pred = as.ts(y_pred) output <-lyap_k(y_pred, m=3, d=2, s=200, t=2, ref=2, k=2, eps=4) par = lyap(output, 0.73, 2.47) lambda = par[2] plot(output) #=================================== O erro é esse: > output <-lyap_k(y_pred, m=3, d=2, s=200, t=2, ref=2, k=2, eps=4) Finding nearests Error in find_knearests(series, m = m, d = d, t = t, ref = length(ref), : cannot allocate memory block of size 134217728 Tb OBS: No meu caso, já havia testado e a dimensão m e d, são exatamente 3 e 2. Porém, não sei como controlar os demais parâmetros. Fico no aguardo, se alguém conseguir me explicar o problema. Agradeço e obrigado.

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Re: [R-br] Selecionar bancos específicos de uma pasta
by sznelwar＠uol.com.br 22 Mai '20

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Ajuda na função matplot
by Gilenio Borges Fernandes 21 Mai '20

21 Mai '20

Prezados(as) No CMR seguinte, esperava 255 linhas no matplot. Está plotando apenas uma linha e a seguinte mensagem: Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : tipo de gráfico inválido ',' Alguma ideia/sugestão? set.seed(1000) u = 0.25 dp = 0.15 periodo = 1:256 n_sim = 50 total_sim = matrix(0, nrow = 256, ncol = n_sim) p_inicial = 10 for(j in 1:n_sim) { aux = 2 p = p_inicial preco = c(p) dist = rnorm(255, 0, 1) for (i in dist) { P = p+p*(u/255 + dp/sqrt(255)*i) preco[aux] = P p = P aux = aux +1 } total_sim[,j] = preco } matplot(periodo,total_sim, main = "Simulacao Monte Carlo", xlab= "Tempo", ylab = "Valor", type = "l,", col = 1:n_sim) Gilênio Borges Fernandes Professor substituto da UFBA (03/2019 a ...) Professor substituto da UEFS/DEXA (01/2018 a 03/2019) Professor substituto Adjunto A (UFBA - 03/2015 a 03/2017) Professor Associado IV (Aposentado) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática e Estatística Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 ORCID: http://orcid.org/0000-0002-2364-0954 Lattes: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860 https://gilenio.github.io/ Skype: gilenio.fernandes

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Re: [R-br] Selecionar bancos específicos de uma pasta
by sznelwar＠uol.com.br 20 Mai '20

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Selecionar bancos específicos de uma pasta
by Diogo Jerônimo 18 Mai '20

18 Mai '20

Lista, bom dia e boa semana!!! Criei o "reproduzível" para explicar a dúvida. Nesse exemplo, de uma pasta, identifiquei arquivos "*.csv", e depois apliquei o lapply e o do.call para importar e juntar esses bancos: dir.create('c:/users/diogo/desktop/bancosex/')banco1=data.frame(cbind(c("Diogo","Patrícia"),c(42,40),c(5000,7000))) write.csv2(banco1,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco1.csv',row.names=FALSE)banco2=data.frame(cbind(c("João","Alexandre"),c(41,40),c(8000,9000))) write.csv2(banco2,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco2.csv',row.names=FALSE)banco3=data.frame(cbind(c("Angélica","Nádia"),c(40,38),c(9500,7500))) write.csv2(banco3,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco3.csv',row.names=FALSE) setwd('c:/users/diogo/desktop/bancosex/') lista<-list.files() arquivos<-lapply(lista, function(x) read.csv2(x, header=TRUE, sep=";")) dados<-do.call("rbind", arquivos) Meu problema: esse código vai "pegar" TODOS os bancos da pasta antes de importar e juntar. Eu gostaria de pegar somente PARTE desses bancos (ex: apenas banco1 e banco2, apenas banco2 e banco3...). Alguém saberia como fazer isso? Obrigado!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE A

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Dificuldades em substituição de programas
by Leonardo Luiz Calado 17 Mai '20

17 Mai '20

Caros Amigos, boa tarde. Estou com dificuldades, por ser iniciante no R, em conseguir substituir um pacote no mesmo de essencial funcionamento no meu escopo de trabalho. O pacote a ser 'rimage' já não consta nas instalações do R e mesmo os antigos não funcionam. Gostaria de saber se existe algum que substituiria o mesmo realizando o mesmo trabalho. Atualmente estou trabalhando fotos para morfometria geométrica em especies animais e necessito em suma manipular e transformar essas fotos estabelecendo coordenadas na imagem para landmarks, estabelecer escalas, transformar grids de deformação dentre outras coisas. Grande abraço a todos e muito obrigado LCalado PhD. Biotechnology in natural resources http://lattes.cnpq.br/2459740082072347 leonardocalado(a)hotmail.com 84-9 9931-1630

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Dificuldade em instalar pacotes
by Marco Tadeu Gonçalves 13 Mai '20

13 Mai '20

Bom dia, Sou novo no R e estou com dificuldade na instalação de um pacote. Uso o Ubuntu 18.04 e também utilizo o Rstudio. O pacote que não consigo instalar é o devtools. Já tentei no script do Rstudio e também pelo terminal o comando install.packages, mas não funcionou, aparecendo a seguinte mensagem: 1: In install.packages("devtools") : installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status 2: In install.packages("devtools") : installation of package ‘roxygen2’ had non-zero exit status 3: In install.packages("devtools") : installation of package ‘rversions’ had non-zero exit status 4: In install.packages("devtools") : installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status Desde já agradeço. -- *Marco Tadeu Gonçalves - Professor EBTT* *Área de atuação: Matemática* Instituto Federal do Paraná Campus Avançado de Goioerê Rodovia BR 180 - Trevo da UEM s/n CEP: 87360-000 (44) 3522 - 5432

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Informações para análises na nuvem.
by Ze Henrique 13 Mai '20

13 Mai '20

Bom dia Srs., estou necessitando realizar análises de um grande conjunto de dados só que estou sem servidor neste momento e meu computador não suporta. Gostaria de saber se os Srs. poderiam me recomendar alguma plataforma que tenha um preço acessível e posso realizar para realizar as análises pelo R. Desde já obrigado. -- *José Henrique Soler Guilhen* Doutor em Genética e Melhoramento Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES [image: Mailtrack] <https://mailtrack.io?utm_source=gmail&utm_medium=signature&utm_campaign=sig…> Remetente notificado por Mailtrack <https://mailtrack.io?utm_source=gmail&utm_medium=signature&utm_campaign=sig…> 13/05/20 08:14:43

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