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Definição de Prior do modelo
by Andre Oliveira 06 Mar '20

06 Mar '20

Pessoal, bom dia! estou com problemas de colocar priori para os efeitos fixos do modelo II. Alguém saberia onde estaria o erro? rm(list=ls(all=TRUE)) # Modelo I data(PlodiaPO) model1<-MCMCglmm(PO ~ plate, random=~FSfamily, data=PlodiaPO, verbose=FALSE, nitt=1300, burnin=300, thin=1) summary(model1) # Modelo II prioriC0 <- list(B = list(B1=list(mu = 0, V = 1e+8), B2=list(mu = 0, V = 1e+8), R = list(V=1, nu=1), G = list(G1=list(V=1, nu=1, alpha.mu = 0, alpha.V = 25^2))))model2<-MCMCglmm(PO ~ plate, random=~FSfamily, data=PlodiaPO, verbose=FALSE, nitt=13000, burnin=300, thin=2, prior=prioriC0)Error in MCMCglmm(PO ~ plate, random = ~FSfamily, data = PlodiaPO, verbose = FALSE, : either both or neither R and G structures need a priorsummary(model2) att,.André

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Rasterstack
by Rodolpho Medeiros 04 Mar '20

04 Mar '20

Calculei a média de uma série temporal de um arquivo rasterstack, tem como dessa média extrair só os dados de um polígono no formato csv? -- Att, Rodolpho Luiz Barros de Medeiros. Graduado e Mestrando em Meteorologia pela Universidade Federal de Campina Grande - UFCG Lattes: *http://lattes.cnpq.br/4495223945475265* <https://wwws.cnpq.br/cvlattesweb/PKG_MENU.menu?f_cod=441B5FA4192F2CAE928C84…>

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Script de função
by Luiz Leal 20 Fev '20

20 Fev '20

Prezados, boa noite.Como faço pra acessar o script desta função? > library(ellipse) > ellipse function (x, ...) UseMethod("ellipse") <bytecode: 0x00000000169e4040> <environment: namespace:ellipse> Desde já agradeço Luiz

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ajuda com o R
by Dayana Alves da Silva 15 Fev '20

15 Fev '20

Estou tentando rodar uma analise discriminante com meus dados (Rodando uma LDA) e da o seguinte erro: in qr.default(D %*% ss[[nt]] %*% D, tol = tol) : NA/NaN/Inf em chamada de função externa (argumento 1) precisava ver se alguém no forum poderia me esclarecer isso Obrigada! -- Dayana Alves da Silva Cunha Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul - UEMS Programa de Pós-graduação em Recursos Naturais - PGRN Rod. Dourados-Itaum, KM 12 – Bairro Aeroporto http://lattes.cnpq.br/3746386393452470

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Identificar valores fora da elipse
by Luiz Leal 10 Fev '20

10 Fev '20

Prezados, como faço para criar um script que identifique que os laboratórios 7042 e 9541 estão fora da elipse.Os dados seguem em anexo.Desde já agradeço.Luiz # Dados setwd("F:\\") library(xlsx) dados=read.xlsx("Lab.xlsx" , sheetIndex=1,encoding="UTF-8") elipse=read.xlsx("elipse.xlsx" , sheetIndex=1,encoding="UTF-8") x=dados$x y=dados$y # Graph limitex = c( min(c(x,elipse[,1])), max(c(x,elipse[,1])) ) limitey = c( min(c(y,elipse[,2])), max(c(y,elipse[,2])) ) plot(x, y, type = "n", xlab = "", xlim = limitex, ylim = limitey, ylab = "", cex.axis = 1.3, cex.lab = 1.3) text(x, y, dados$Lab, font = 2, cex = 0.8) points(elipse, type = "l", col = "red")

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knitr::kable() para pdf como aumentar o tamanho da fonte do caption?
by Paulo Eduardo de Mesquita 08 Fev '20

08 Fev '20

Olá pessoal, Paz e bem, O arquivo Rmd que segue anexo (e abaixo); produz um documento no formato pdf que contém a tabela exemplo ilustrada abaixo. Eu utilizei um template do pacote "rticles" que possui uma formatação esteticamente agradável. [image: T1.png] Contudo, o tamanho da fonte do caption da tabela é menor do que o tamanho da fonte no corpo da tabela o que, a meu ver, quebra a harmonia do documento e gera um desconforto cognitivo apreciável. Eu não sei onde é definido o tamanho da fonte do caption, talvez no template que eu utilizei (arquivo csl também segue anexo). Apesar de ter pesquisado bastante, não consegui encontrar solução que me permitisse realizar dois ajustes: (1) Trocar o "Table 1" por "Tabela 1" e aumentar o tamanho da fonte do caption. Agradeço as orientações que vocês possam me passar. Muito obrigado. -- Paulo Eduardo de Mesquita Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do Oeste Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil telefone: 5518 97718261 --- title: Planetary Statistics author: - name: Alice Anonymous email: alice(a)example.com affiliation: Some Institute of Technology footnote: 1 - name: Bob Security email: bob(a)example.com affiliation: Another University address: - code: Some Institute of Technology address: Department, Street, City, State, Zip - code: Another University address: Department, Street, City, State, Zip footnote: - code: 1 text: "Corresponding Author" - code: 2 text: "Equal contribution" journal: "An awesome journal" date: "`r Sys.Date()`" csl: elsevier-harvard.csl output: rticles::elsevier_article geometry: "left=3cm,right=2cm,top=2cm,bottom=2cm" --- ```{r 1, include = TRUE, message=FALSE, warning=FALSE} require(dplyr) require(knitr) require(kableExtra) require(rticles) Mercury <- c(57900000, 4878, 1416, 88, 0.38, 100, 0) Venus <- c(108160000, 12104, 5832, 224, 0.9, 480, 0) Earth <- c(149600000, 12756, 24, 365, 1, 14, 1) Mars <- c(227936640, 6794, 24, 687, 0.38, -63, 2) Jupiter <- c(778369000, 142984, 10, 4380, 2.64, -130, 79) Saturn <- c(1427034000, 120536, 11, 10585, 1.16, -130, 62) Uranus <- c(2870658186, 51118, 17, 30660, 1.11, -200, 27) Neptune <- c(4496976000, 49532, 16, 60225, 1.21, -200, 14) df <- rbind(Mercury, Venus, Earth, Mars, Jupiter, Saturn, Uranus, Neptune) colnames(df) <- c("DFS", "Diameter","Day","Year","Gravity","Temperature","Moons") kable(df, caption = "Planetary Statistics.", booktabs = T, linesep = "", align = "lcccccc", format = "latex") %>% kable_styling(bootstrap_options = "condensed", latex_options = "striped", stripe_color = "#D9D8D8") %>% kable_styling(font_size = 10) %>% kable_styling(latex_options = "HOLD_position") %>% footnote(alphabet = "https://www.bobthealien.co.uk/solarsystem/table.htm", alphabet_title = "Source:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "average temperature in oC", alphabet_title = "Temperature:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "ratio to Earth's gravity", alphabet_title = "Gravity:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "time to complete a full rotation around the sun in days", alphabet_title = "Year:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "time to complete a full rotation over its axis in hours", alphabet_title = "Day:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "in km", alphabet_title = "Diameter:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "distance from the sun in km", alphabet_title = "DFS:", footnote_as_chunk = T) ```

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Criar numeração única para dados iguais
by Bárbara Mazetti Nascimento 08 Fev '20

08 Fev '20

Boa tarde pessoal! Sou nova no R e estou me batendo um pouco com algumas edições de banco de dados que era acostumada a fazer no SAS. Preciso criar uma coluna com uma nova identificação para uma variável que eu criei agrupando outras variáveis. Eu trabalho com dados de bovinos e criei o que chamamos de grupo de contemporâneos: animais que vivenciaram o mesmo ambiente. Então geralmente são animais nascidos no mesmo ano, no mesmo mês e na mesma propriedade. Então, por exemplo, temos os seguintes animais: Animal Ano de nascimento Mês de nascimento Fazenda A 2018 Oct 1 B 2018 Oct 1 C 2018 Oct 1 D 2018 Oct 2 E 2018 Oct 2 F 2018 Oct 2 G 2018 Nov 1 H 2018 Nov 1 I 2018 Nov 1 J 2018 Nov 1 Eu agrupei essas variáveis em uma que eu chamei de Grupo: Animal Grupo A 2018 Oct 1 B 2018 Oct 1 C 2018 Oct 1 D 2018 Oct 2 E 2018 Oct 2 F 2018 Oct 2 G 2018 Nov 1 H 2018 Nov 1 I 2018 Nov 1 J 2018 Nov 1 Agora preciso criar essa nova numeração, para que os animais que tenham o mesmo Grupo sejam chamados pelo mesmo número (GC). A saída que eu espero é a seguinte: Animal Grupo GC A 2018 Oct 1 1 B 2018 Oct 1 1 C 2018 Oct 1 1 D 2018 Oct 2 2 E 2018 Oct 2 2 F 2018 Oct 2 2 G 2018 Nov 1 3 H 2018 Nov 1 3 I 2018 Nov 1 3 J 2018 Nov 1 3 Será que vocês poderiam me ajudar em como eu consigo criar essa nova numeração? Muito obrigada!! Bárbara -- _____________________________________________________ MSc. Bárbara Mazetti Nascimento PhD student in Animal Science Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA UFPR - Curitiba - PR - Brazil +55 41 99142-9495

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Re: [R-br] knitr::kable() para pdf como aumentar o tamanho da fonte do caption?
by sznelwar＠uol.com.br 08 Fev '20

08 Fev '20

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Script Entropia Bidimensional Padronizada
by Sarah Reis 07 Fev '20

07 Fev '20

Olá pessoal, Estou realizando análises em uma matriz de frequência de interações entre duas variáveis (ectoparasitas e hospedeiros). Com base em artigos de referência da área, li que a análise de Entropia Bidimensional Padronizada é utilizada para calcular essas interações no nível da rede. Porém, ainda estou no processo inicial de aprendizagem do R. Alguém já realizou esse tipo de análise e teria o script para fornecer? Desde já, muito obrigada pela tenção. Att., -- Sarah Fontes Reis Mestranda em Biologia Animal - UFV Bacharela em Ciências Biológicas - UFV Museu de Zoologia João Moojen Contato: (31)9-98993346 (wpp)

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Rodar RScript.exe especificando o encoding do arquivo
by Rodrigo de Souza Oliveira 05 Fev '20

05 Fev '20

Olá pessoal, Me deparei com um problema aqui, gostaria de saber se existe alguma solução mais sutil. Criei um arquivo "script.r" e o salvei com a codificação UTF-8 (padrão do MAC). Esse script recebe parâmetros através do terminal, então sempre executo ele pelo terminal com a rotina "Rscript script.r parametro" Acontece que preciso automatizar essa rotina em uma máquina virtual Windows, mas quando executo o Rscript.exe ele usa a codificação padrão do windows (ISO-8859-1), mesmo alterando a codificação do prompt (comando chcp 65001). Único jeito que consegui resolver foi salvando o arquivo "script.r" na codificação do Windows. Existe alguma outra forma, de passar um parâmetro no prompt para executar essa ação? Obrigado. -- Rodrigo Oliveira

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