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Iniciar no Pyton
by sznelwar＠uol.com.br 27 Jan '21

27 Jan '21

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AIC vs Teste de significância
by Wagner Wolff 27 Jan '21

27 Jan '21

Olá pessoal, Fiz uma análise de escolha de modelos mistos (geoestatísticos) me baseando no valor de AIC. Fui questionado em uma revisão se eu deveria usar a significância dos parâmetros em conjunto com o AIC. Acredito que as duas coisas não batem, ou seja, um modelo com AIC menor (melhor modelo pelo AIC) às vezes tem parâmetros que sejam insignificantes e um modelo com AIC maior pode ter todos os parâmetros significativos (melhor modelo por teste de significância). Então minha pergunta é porque deve usar o AIC ao invés de testes de significância e qual a vantagem? Tem alguma explicação da estatística teórica nisso? Não é minha praia e acabo ficando com muitas dúvidas. Abraços -- *Wagner Wolff, **PhD* "*Luiz de Queiroz**" College of Agriculture,* University of São Paulo Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil Phone: +55 19 982385582 <+55%2019%2098238-5582> http://orcid.org/0000-0003-3426-308X https://github.com/wwolff7 http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1 ᐧ

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Análise de crescimento de peixe pelo modelo de Gompertz
by Alisson Lucrécio 27 Jan '21

27 Jan '21

Prezado colegas, Bom dia. O modelo de gompertz mais adequado para análise de crescimento de peixe é o disponibilizado pelo pacote *stats* na função *SSgompertz()* : *Asym*exp(-b2*b3^x)* ou é o modelo disponibilizado pelo pacote *FSA* na função *GompertzFuns()*: *Linf * exp(-exp(-gi * (t - ti)))* Os dois modelos apresentam bastante semelhança entre si, eles são iguais? Obrigado -- Alisson Lucrecio da Costa

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Duvidas Análise de Componentes Principais
by Fernando Souza 09 Dez '20

09 Dez '20

Olá pessoal tudo bem Estou realizando uma análise de componentes principais, com o objetivo de selecionar as melhores variáveis para uma análise multivariada. Gostaria de uma orientação sobre a interpretação. Eu interpretei de forma correta? Variáveis que possuem alta correlação com um CP também estão correlacionadas entre si. Isso significa que posso utilizar somente uma das principais variáveis do CP1 (por exemplo) para incluir no modelo multivariado? No caso a variável que apresentar significado para o trabalho. Os círculos de correlação, screem plot e corrplot geradas pelo Pca estão disponíveis no link https://drive.google.com/open?id=1jS5tCX-2-qHo2Gbej00DkFQBpLztwXks A interpretação que fiz foi a seguinte: Considerei as variáveis PC,IC e Prod leite (Azul no gráfico) como variável suplementar quantitativa. Baseado no ScreenPlot selecionei somente 5 CP para avaliação que explicaram 67,80% da variancia total. Pela minha interpretação cheguei as seguintes conclusões Principais variáveis para cada componente: Consumos (CP1): CMS,CMO,CPB,CEE,CCNF,CFDNcp,CFDA,CNDT,CEB,CED,CEM,CEL Energia (CP2) : EB,ED,EM,EL Peso (CP3): PV,PCJ,PCVZ,PCVZ075 Composição do Leite(CP4) : Solido e DCNF Variaveis sanguíneas (CP5): PT e ALBUMINA Segue uma descrição do trabalho para compreensão. Aceito sugestões sobre a melhor forma trabalhar esses dados O banco de dados é oriundo dois estudos realizados pelo mesmo grupo de pesquisa nas mesmas condições experimentais (animais,instalação,dieta,manejo) e avaliaram 48 variáveis. Os fatores experimentais foram: *Raça*: Estudo 1 avaliou 12 animais (6 raça1 e 6 da raça 2). O estudo 2 avaliou 13 animais (6 raça 1 e 7 raça 2) *Plano nutricional:* O estudo 1 avaliou os níveis (0,15,30) o estudo 2 avaliou os níveis (0,5,10,20) *Dias em lactação-DEL* (medidas repetidas no tempo): Estudo 1, dias dispersos entre os períodos de 30 a 120 dias. No estudo 2 os DEL foram avaliados em dias entre 150 a 250 dias. Eu realizei uma análise gráfica e não há indicações de haver diferenças entre estudos, o que era de certo modo esperado. Raça e DEL parecem ser os fatores que afetam as variáveis respostas. -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Re: [R-br] Problema na conversão de datum: SIRGAS2000 para WGS84
by José Lucas Safanelli 07 Dez '20

07 Dez '20

Bia, Acredito que não seja um problema do R ou pacote 'sf'. Digo isso porque fazendo as mesmas operações que você, percebi que não houve nenhuma alteração do CRS. Você pode verificar isso utilizando a função st_crs(). Além disso, você pode exportar teus dados espaciais usando o próprio pacote sf com o comando st_write. library(sf) dadosibge <- st_transform(municipios, 4326) st_crs(municipios) st_crs(dadosibge) df <- inner_join(dadosibge, df, by= c("geocodigo"="cod_municipio")) %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs = 4326) st_crs(df) st_write(df, dsn = getwd(), layer = "teste", driver = 'ESRI Shapefile') teste <- st_read(dsn = getwd(), layer = "teste") st_crs(teste) Gostaria de saber como você verificou essa inconsistência do CRS, foi utilizando um SIG externo? Penso que talvez tenha acontecido isso porque a nomenclatura descreve o termo visualization, então pode ser que teu SIG tenha trocado automático para talvez otimizar a visualização, não!? Acho que não somente o nome, mas seria bom conferir se os parâmetros elipsoidais se alteram com essa pequena mudança. Enfim, precisa investigar melhor. José Lucas Safanelli https://zecojls.netlify.app/

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Problema na conversão de datum: SIRGAS2000 para WGS84
by Bia Rebelatto 03 Dez '20

03 Dez '20

Olá pessoal! Após a produção de shapefiles no R, eles apresentaram o seguinte datum: Geographic Coordinate System: GCS_WGS_84_with_axis_order_normalized_for_visualization Datum: D_WGS_1984 Sendo que o que preciso seria: Geographic Coordinate System: GCS_WGS_1984 Datum: D_WGS_1984 Ou seja, preciso fazer a transformação sem gerar essa extensão de "with_axis_order_normalized_for_visualization", mas não consigo encontrar uma solução. Resumindo o que fiz: 1. Download de dados municipais do IBGE (o datum deles é o SIRGAS2000) 2. Transformação dos dados do IBGE para o datum que preciso (WGS84) com a função 'st_transform': dadosibge <- st_transform(dadosibge, 4326) 3. União destes dados do IBGE com minha planilha de dados, mais a transformação de objeto st em sf: df <- inner_join(dadosibge, df, by="id") %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs=4326) 4. Transformação do data frame em objeto espacial: df <- as(df, "Spatial") 5. Exportação do shapefile: writeOGR(df, dsn = "diretorio", layer = i, driver = 'ESRI Shapefile') Obs.: fiz com múltiplas planilhas, então o código está em um loop. Segue o meu código: ###Pacotes x<-c("geobr","ggplot2","dplyr","RColorBrewer","ggspatial","maps","mapdata","rworldmap","maptools","mapproj","ggmap","sf","raster","spData","spDataLarge", "rgdal") lapply(x, require, character.only=T) ###Carregar dados IBGE ##All municipalities limits of all states spatial <- read_municipality(code_muni = 'all', year = 2019) ##Check CRS - If this fuction return "NA", the CRS is unknown st_is_longlat(spatial) ##Verify the DATUM. In this case, shows SIRGAS 2000 st_crs(spatial) ##Transform SGC SIRGAS 2000 to WGS84 ###WGS84 EPSG code: 4326 spatial <- st_transform(spatial, 4326) st_crs(spatial) class(spatial) ###Carregar diretorio dos meus dados setwd('diretorio') list.files() alldata = list.files() ###Loop para exportar varios shapefiles for (i in alldata) { df = read.csv(i, sep = ";", stringsAsFactors = FALSE) %>% #Unindo meus dados com o df do IBGE df <- inner_join(spatial_f, df, by="id") %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs=4326) #Transformando df em dados espaciais df <- as(df, "Spatial") #Exportando shapefile writeOGR(df, dsn = "C:/Users/Bianca/Desktop/ipam_consult/shapes_test", layer = i, driver = 'ESRI Shapefile') } Agradeço desde já!

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Forçar a geração do número das linhas em as.matrix() combinado com funções do pacote dplyr
by ASANTOS 25 Nov '20

25 Nov '20

Prezados Membros do r-br, Estou tentando criar um objeto X_train através de funções do pacote dplyr e a função as.matrix(), mas eu não consigo criar o número das linhas para esse objeto. Meu CMR é: |library(dplyr) RES_F<-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/trash/main/cnn_ds.csv",sep=",",h=T) RES_train<-RES_F%>% group_by(status) %>% sample_n(1280) X_train <- RES_train %>% select(-status) %>% as.matrix(nrow = length(RES_train[,2]), ncol = ncol(RES_train)-1, byrow = TRUE) str(X_train) # chr [1:2560, 1:5] "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" ... # - attr(*, "dimnames")=List of 2 # ..$ : NULL # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| Podemos ver que aparece NULL: |# ..$ : NULL # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| , mas eu quero que meu output seja: |# ..$ : chr [1:2560] "1" "2" "3" "4" ... # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| Por favor, alguma sugestão? Obrigado e abraços, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Excluir parte dos caracteres e colocar caracteres em minúsculos
by Bia Rebelatto 18 Nov '20

18 Nov '20

Olá pessoal, Eu gostaria de retirar a UF que vem junto com os municípios dos dados do IBGE, coloca-la em uma nova coluna para os estados, e deixar todos os caracteres em minúsculo. Exemplo: De Nova_Nazare_(MT) para nova_nazare Este é o script que estou utilizando: #Calling the package group ---- library(tidyverse) #Load data ---- setwd('...') alldata = list.files() #Change especial character ---- chg = function(x){ iconv(x, to = "ASCII//TRANSLIT") } #Put NA info ---- ##We will replace all in this loop ##In the and, we will exporting all for (i in alldata) { df = read.csv(i, sep = ";") df[df == "-"] <- c(NA) df[df == "..."] <- c(NA) df$municipalities = chg(df$municipalities) df$municipalities = gsub("'", "", df$municipalities) df$municipalities = gsub(" ", "_", df$municipalities) Desde já agradeço! Bianca

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Conversão de alguns elementos de texto em variáveis de um data frame com o pacote tidyverse
by ASANTOS 12 Nov '20

12 Nov '20

Bom dia Membros, Eu gostaria de realizar a manipulação de um *txt para uso de algumas informações como variáveis em um data frame a ser criado. Em meu exemplo: #Pacote library(tidyverse) # Leitura do arquivo myfile<-read_lines("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/trash/main/result_imgall_f_te…") # Visualização parcial da informação contida no *txt # [1] "Start processing imgall/sample_59178.jpg" # [2] "imgall/sample_59178.jpg: Predicted in 7337.640000 milli-seconds." # [3] "End" # [4] "Start processing imgall/sample_34773.jpg" # [5] "imgall/sample_34773.jpg: Predicted in 7376.639000 milli-seconds." # [6] "End" # [7] "Start processing imgall/sample_24908.jpg" # [8] "imgall/sample_24908.jpg: Predicted in 7412.858000 milli-seconds." # [9] "End" #[10] "Start processing imgall/sample_18922.jpg" #[11] "imgall/sample_18922.jpg: Predicted in 7424.998000 milli-seconds." #[12] "End" #[13] "Start processing imgall/sample_31653.jpg" #[14] "imgall/sample_31653.jpg: Predicted in 7311.578000 milli-seconds." #[15] "lca: 90.681282%\tleft_x: 18\ttop_y: 33\twidth: 18\theight: 30" #[16] "End" #[17] "Start processing imgall/sample_17341.jpg" #[18] "imgall/sample_17341.jpg: Predicted in 7418.365000 milli-seconds." #[19] "End" #[20] "Start processing imgall/sample_11440.jpg" #[21] "imgall/sample_11440.jpg: Predicted in 7365.160000 milli-seconds." #[22] "lca: 66.567978%\tleft_x: 54\ttop_y: 34\twidth: 18\theight: 23" #[23] "lca: 33.219677%\tleft_x: 74\ttop_y: 15\twidth: 23\theight: 22" #[24] "End" #Como output final eu gostaria de ter o seguinte dataframe: #[1] left top width height obj_id lca #[2] 54 34 18 23 sample_11440 66.567978 #[3] 74 15 23 22 sample_11440 33.219677 #[4] 1 38 19 28 sample_40452 66.658073 #Estou tentando algo com o pacote tidyverse, mas sem sucesso e com muita dificuldade em isolar o que esta após "imgall/" e recuperar o que está contido após "\t" : names_col <- c("left", "top", "width", "height", "obj_id","lca") mydf <- myfile %>% str_subset("lca$") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col, sep = "[\t]") mydf # A tibble: 0 x 6 # ... with 6 variables: left <dbl>, top <dbl>, width <dbl>, height <dbl>, obj_id <dbl>, lca <dbl #Dicas e/ou sugestões. Obrigado! -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Re: [R-br] Traçar linha representando a média em gráfico ggplot2
by sznelwar＠uol.com.br 12 Nov '20

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