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Fwd: Dados de contagem -Sugestão de modelo
by Fernando Souza 12 Set '21

12 Set '21

Boa tarde Cesar, Eu concordo com você que analisar dados de experimentos ja realizados é complicado. Você entendeu corretamente. Os tratamentos são diferentes concentrações de uma substância, sendo um dos níveis zero. A resposta é o numero de alevinos vivos 3 e 7 dias após a eclosão(nascimentos) Refletindo sobres seus pontos levantados, vejo que as hipóteses nao estão bem estabelecidas, pois o tratamento aplicado na fase de ovo persiste após o nascimento, nao sendo possível definir se o o efeito de mortalidade/sobrevivência foi devido a efeito sobre o desenvolvimento pre-nascimento ou efeito pós-nascimento. Entretanto como ha o nível de zero concentração a melhor hipótese seja comparar as demais concentrações com a concentração zero, para ambas as idades 3 e 7 dias respectivamente. A análise de sobrevivência parece ser mais adequada mesmo. Muito Obrigado. ---------- Forwarded message --------- De: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> Date: dom, 12 de set de 2021 17:14 Subject: Re: [R-br] Dados de contagem -Sugestão de modelo To: Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> Olá Fernando! He he, há um aforismo que encontrei num centro de pesquisa (Ames Research Center da NASA, nos anos noventas do séc. passado) « Fazendo perguntas, chegamos à Lua. », na IMNSHO, na verdade, *obtendo as respostas corretas às perguntas* que se chega a algum lugar, e em especial hodiernamente há uma prática em engenharia denominada "Elicitação de Requisitos". Esta interação ilustra bem como o jogo de perguntar e responder melhora o entendimento do problema (aliás, há uma fantástica figurinha que explana bem isso citada pelo prof. Colombo (POLI-USP), mas para não divagar vamos aos específicos do seu problema. Com esse aspecto melhor explicado, sem dúvida os casais passam a ser blocos, o que significa que o total de ovos que você tem dá oito mil ovos dos quais haveria que considerar a ciência da ictiologia da espécie em particular, dado que a forma como os ovos foram inseminados determina quais efetivamente poderiam eclodir, etc. Outra coisa que pode ser relevante ou não é se os seus tratamentos foram fatores *mesmo* ou poderiam tratar-se duma variável (explicativa) nominal, ou ainda se se trata de exposições de "doses" de alguma substância onde os tratamentos poderiam ser considerados: ou ordinais, ou, eventualmente, escalares (a.k.a. "intervalar" nos manuais de Estatística mais clássicos). Com esses números provavelmente a comparação das proporções seja uma alternativa adequada, mas não consigo ser assertivo, porque como a citação da frase de Fisher, estou tentando entender seu problema mais ou menos como o Diálogo da Caverna de Platão..., a análise estatística mais adequada é sempre ligada ao objetivo do experimento e obviamente a modelagem decorre de uma prévia teorização de como o processo que gerou os números funcionaria. Em outras palavras a palavra "mortos" para mim parece-me uma má epistemologia, porque no meu jeito de ver as coisas nada que não nasceu pode "morrer". Entretanto, se o experimento acompanhou a eclosão, registrou esse número e acompanha a partir daí a vida dos alevinos (por isso obs em três e sete dias[?]), a análise de sobrevivência parece-me a mais defensável, ainda que, insisto, ela pode ser uma sofisticação que complique a análise se o objetivo for apenas identificar o desfecho mais favorável vis a vis os tratamentos, se for considerado o resultado após sete dias. A blocagem (por casais) levaria em conta na modelagem o efeito da inseminação, imagino, mas de novo não tenho como ser assertivo porque os detalhes do experimento não me são suficientes para dar-me tranquilidade para esse julgamento. HTH e boa sorte na sua análise. -- Cesar Rabak On Sat, Sep 11, 2021 at 10:57 PM Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> wrote: > Boa noite Cesar e obrigado pelo retorno. > > So uma correção. Ao me expressar com precisão > > Nao eram 200 ovos ao todo. De cada um dos 40 casais foi obtido 200 > (40*200 no total) ovos que foram divididos 50 para cada um dos 4 > tratamentos. > > A desova de cada casal seria um bloco. > > Eu estava pensando como melhor análise avaliar se a proporção de vivo e > mortos diferia entre tratamentos, conforme sua sugestão. > > Diante da correção que lhe falei, essa abordagem se mantém? > > Obrigado. > > > > > Em sáb, 11 de set de 2021 22:35, Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > escreveu: > >> Bom, como dizia o famoso fundador da Estatística Moderna « Chamar o >> estatístico após o experimento ter sido realizado pode ser não mais que >> pedir-lhe que faça uma autópsia: ele pode ser capaz de dizer pelo que o >> experimento morreu. » Sir R. A. Fisher (1938). >> >> Seu experimento tem uns interessantes desafios do ponto de vista de >> análise: >> >> Uma interpretação simplista de que 200 ovos vieram de 40 casais de peixes >> indicaria, numa leitura otimista, que vc tem cinco ovos por casal e que >> seria capaz de discriminar essas genealogias, fazendo assim que a unidade >> estatística fosse o ovo e os casais seriam a identificação das replicações >> (cinco por casal). Por outro lado com ictiólogo amador antevejo que a >> obtenção de material com essa rastreabilidade enseja um trabalho não >> trivial e por isso não assumiria que esse fosse o caso, onde então os 50 >> ovos por tratamento seriam a única discriminação possível. >> >> O desfecho dos tratamentos seria basicamente binário (vivos) e poderiam >> ser modelados por uma contagem dos que nasceram, e sobreviveram após três e >> sete dias. >> >> A palavra "sobrevivência" sugere que uma análise usando modelos de >> sobrevivência pode ser considerada, além dos de análise binária ou contagem >> (Poisson, etc.). >> >> Se o objetivo do experimento for ver qual tratamento dá maior *yield* >> (seja por maximizar ou minimizar o nº de alevinos) a etapa com três dias >> seria curiosidade mas não relevante para o [desejado] desfecho, e um modelo >> binomial usando os tratamentos como fatores poderia dar conta do recado. >> >> YMMV, HTH >> >> -- >> Cesar Rabak >> >> >> On Fri, Sep 10, 2021 at 2:08 PM Fernando Souza por (R-br) < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >> >>> Boa tarde pessoal, >>> >>> Estou analisando uns dados e gostaria da opinião de vocês sobre como >>> proceder. >>> >>> O experimento consistiu de 200 ovos de 40 casais de peixes que foi >>> distribuídos em 4 tratamentos (T0,T1,T2,T3, ) sendo 50 ovos para cada >>> tratamento, foi feita a contagem de alevinos vivos após 3 e 7 dias após o >>> nascimento. O objetivo é avaliar o efeito do tratamento sobre a >>> sobrevivência dos alevinos 3 e 7 dias após o nascimento. >>> >>> Qual modelos vocês recomendam para analisar esses dados? >>> >>> Grato pela atenção. >>> >>> Att >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>

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Dados de contagem =?utf-8?Q?-Sugest=C3=A3o_?=de modelo
by Fernando Souza 12 Set '21

12 Set '21

Boa tarde pessoal, Estou analisando uns dados e gostaria da opinião de vocês sobre como proceder. O experimento consistiu de 200 ovos de 40 casais de peixes que foi distribuídos em 4 tratamentos (T0,T1,T2,T3, ) sendo 50 ovos para cada tratamento, foi feita a contagem de alevinos vivos após 3 e 7 dias após o nascimento. O objetivo é avaliar o efeito do tratamento sobre a sobrevivência dos alevinos 3 e 7 dias após o nascimento. Qual modelos vocês recomendam para analisar esses dados? Grato pela atenção. Att

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Extrair dados de uma lista
by Elias Carvalho 09 Set '21

09 Set '21

Boa tarde tenho a seguinte lista: [image: Captura de tela de 2021-09-08 11-09-45.png] Como faço para extrair apenas as linhas que apresentam o horário entre: "00:00:00" e "11:00:00" ? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Re: [R-br] Extrair dados de uma lista
by sznelwar＠uol.com.br 08 Set '21

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 127, assunto 1
by Rafael Tieppo 02 Set '21

02 Set '21

Os arquivos raster possuem a mesma resolução espacial (tamanho do pixel)? Rafael Tieppo site: https://rafatieppo.github.io On Monday, August 30, 2021, 11:00:41 AM GMT-4, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Extrair pixel por condição (Bia Rebelatto) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Mon, 30 Aug 2021 11:59:44 -0300 From: Bia Rebelatto <biafr8(a)gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Extrair pixel por condição Message-ID: <CAEh+SM4_YAXiE6ZQF6WJo8+6YyTOE0zOeb2e4aM6gM7YPVkFPw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá pessoal, Preciso selecionar os pixels de uma classe do mapbiomas que estejam com mais de 50% de sua área dentro dos pixels de uma classe de um outro raster que estou trabalhando. Pensei em construir uma função para usar dentro do extract, mas ainda não sei como poderia fazer isso. É possível fazer esse tipo de seleção no R? Não tenho um script com tentativas ainda, estava tentando trabalhar com o QGis para isso, porém sem sucesso. Desde já agradeço! Bianca Rebelatto -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20210830/11d72d4e/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 127, assunto 1 *****************************************

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Extrair pixel por condição
by Bia Rebelatto 30 Ago '21

30 Ago '21

Olá pessoal, Preciso selecionar os pixels de uma classe do mapbiomas que estejam com mais de 50% de sua área dentro dos pixels de uma classe de um outro raster que estou trabalhando. Pensei em construir uma função para usar dentro do extract, mas ainda não sei como poderia fazer isso. É possível fazer esse tipo de seleção no R? Não tenho um script com tentativas ainda, estava tentando trabalhar com o QGis para isso, porém sem sucesso. Desde já agradeço! Bianca Rebelatto

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Lista brasileira oficial de discussão do programa R
by Luiz Paulo Serrano 25 Jun '21

25 Jun '21

Prezadas (os) Solicito ajuda para corrigir esse código teoricamente bem simples mas que já tentei e não encontrei o erro. Agradeço desde já a atenção dispensada. Luiz Paulo Serrano. #Função Duplo Loop - Correção do código #A partir de um vetor qualquer #Exemplo para um vetor de 5 elementos (normalmente são mais de 30 elementos) #L1<-c(65.1537,62.0723,63.6386,63.9617,63.9687) n=5 #O que a função desenvolvida está fazendo loopD<-function(A){ n<-length(A) V<-NULL Vc<-NULL for (p in 1:(n-1)){ for(i in 1:(n-p)){ V[i]<-(A[i+p]-A[i])^2/(2*(n-p)) } print(V) Vc[p]<-sum(V)} print(Vc) } loopD(L1) #Saída da função está errada [1] 1.186878245 0.306661961 0.013049201 0.000006125 [1] 0.382588002 0.594972060 0.018161002 0.000006125 [1] 0.355216000 0.899083240 0.018161002 0.000006125 [1] 0.702112500 0.899083240 0.018161002 0.000006125 [1] 1.5065955 0.9957272 1.2724664 1.6193629 #Está fixando quatro parcelas por passo #Passo 1: Ve1 1.186878245+0.306661961+0.013049201+0.000006125 = 1.5065955 - OK quatro parcelas - OK #Passo 2: Ve2 0.382588002+0.594972060+0.018161002+0.000006125 = 0.9957272 - Não OK #quatro parcelas - Não OK #Valor correto: três parcelas Ve2: 0.382588002+0.594972060+0.018161002 = 0.9957211 #Passo 3: Ve3 0.355216000+0.899083240+0.018161002+0.000006125 = 1.2724664 - Não OK #quatro parcelas - Não OK #Valor correto: duas parcelas 0.355216000+0.899083240 = 1.254299 #Passo 4: Ve4 Ve4: 0.702112500+0.899083240+0.018161002+0.000006125 = 1.6193629 - Não OK quatro parcelas - Não OK #Valor correto: uma parcela 0.702112500 #O que a função deve fazer L1<-c(65.1537,62.0723,63.6386,63.9617,63.9687) n=5 #Passo 1: quatro parcelas Ve1<-((L1[2]-L1[1])^2+(L1[3]-L1[2])^2+(L1[4]-L1[3])^2+ (L1[5]-L1[4])^2)/(2*(n-1));Ve1# 1.506596 Ve1<-(L1[2]-L1[1])^2/(2*(n-1))=1.186878...+(L1[5]-L1[4])^2/(2*(n-1))=6.125e-06 Ve1=1.186878245+0.306661961+0.013049201+0.000006125 = 1.506596 #Passo 2: três parcelas Ve2<-((L1[3]-L1[1])^2+(L1[4]-L1[2])^2+(L1[5]-L1[3])^2)/(2*(n-2));Ve2#0.9957211 Ve2<-(L1[3]-L1[1])^2/(2*(n-2))=0,382588...+(L1[5]-L1[3])^2/(2*(n-2))=0.018161 Ve2= 0.382588002+0.594972060+0.018161002 = 0.9957272 #Passo 3: duas parcelas Ve3<-((L1[4]-L1[1])^2+(L1[5]-L1[2])^2) /(2*(n-3));Ve3# 1.254299 Ve3<-(L1[4]-L1[1])^2 Ve3=0.355216000+0.899083240 = 1.254299 #Passo 4: uma parcela Ve4<-(L1[5]-L1[1])^2/(2*(n-4));Ve4#0.7021125 Como corrigir?

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Um preditor e vários resultados
by Elias Carvalho 21 Jun '21

21 Jun '21

Boa tarde Pessoal Recebi uma base de dados com 272 registros, onde temos 54 variáveis dicotômicas sobre diagnósticos de crianças, como "risco de aspiração", "degluticao prejudicada", etc e uma variável dicotômica indicando se a mães dessas crianças tem ou não tem Near Miss Materno (NMM) que significa quase morte durante a gestação. A pessoa que me enviou quer saber se o fato da mãe ter Near Miss Materno contribui com alguns dos 54 diagnósticos de suas crianças. Neste caso eu teria um único preditor (NMM) e 54 possíveis resultados. Eeu pensei em fazer uma regressão logística binária NMM x V1...V54, mas claro, o resultado tem que ser confrontado com a literatura pelo pesquisador. Um amigo disse achar estranho um só preditor para 54 possíveis resultados. Alguém poderia dar uma opinião? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Extraindo formula do preditor linear GEE
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 18 Jun '21

18 Jun '21

Amigos de R, Venho procurar uma luz. Tenho certeza que é alguma coisa ridícula que não consigo ver. Eu gostaria de adicionar num relatório a fórmula do preditor linear de um modelo GEE. No pacote Hmisc há uma função Formula que faz isso, mas não funciona para objetos geeglm. Além disso, a formula possui um termo spline e depois de um tempo fuçando por ai eu não consegui fazer a formula funcionar. fitar1_11 <- geeglm(outcome ~ v1 + v2 + v4_recoded + v5_trunc + bs(weeks, df = 3), family = binomial(), data = M2, id = f1p0, corstr = "ar1") fitar1_11 geeglm(formula = outcome ~ v1 + v2 + v4_recoded + v5_trunc + bs(weeks, df = 3), family = binomial(), data = M2, id = f1p0, corstr = "ar1") Coefficients: (Intercept) v1 -1.586386e+00 8.363458e-02 v2 v4_recodedNET, NGT, JF, OET, GF or TPN -3.763166e-02 4.503599e+15 v5_trunc bs(weeks, df = 3)1 7.261799e-02 3.469451e-03 bs(weeks, df = 3)2 bs(weeks, df = 3)3 3.756985e-01 4.542696e+00 Degrees of Freedom: 472 Total (i.e. Null); 464 Residual > nd # newdata to predict at v1 v2 v4_recoded v5_trunc weeks 1 8 3 No catheter 36 2 > predict(fitar1_11, type = "response", newdata = nd) # prediction from the model 1 0.8345324 # Not working prediction from the hand made formula > plogis(-1.586386 + 0.08363458*nd$v1 + -0.03763166*nd$v2 + 4503599142291968*0 + 0.07261799*nd$v5_trunc + 0.003469451*nd$weeks + 0.3756985*pmax(nd$weeks-1,0)^3 + 4.542696*pmax(nd$weeks-8,0)^3) [1] 0.8772541 Alguem consegue me dar uma luz o que está errado para eu acertar esta previsão? Se puder indicar uma leitura que resolva eu gostaria também. Abraço forte e que a força esteja com voces, Pedro Brasil

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Modelos Jones e Jones Modificado
by Urias Otaviano Vaz 17 Jun '21

17 Jun '21

Bom dia! Estou fazendo uma pesquisa na área contábil-financeira e preciso gerar respectivamente os modelos de Jones (1991) e Jones Modificado (1995), porém não localizei algum pacote (se é que exista) que possa me auxiliar neste cálculo para depois eu fazer uma regressão com outras variáveis que estão sendo analisadas. As variáveis que compõem os Modelos eu até conheço, mas a minha dificuldade está sendo gerar tais modelos no R. Existe algum pacote ou alguém tem alguma sugestão que possa me auxiliar? Abraços, Urias

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