- R-br - DINF UFPR

Selecionar observações na base, para as análises serem só nos dados selecionados, no R
by Richard Santos 16 Nov '12

16 Nov '12

Caros, Eu que sou iniciante no R, após importar os dados do Excel, e tal, como fazer: - selecionar observações (linhas, ou registros) de forma que eu consiga fazer uma análise somente com os dados selecionados? Obrigado! Abraços, Att. Richard Estatístico

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correlação de pearson
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

eu tentei instalar os packages para a correlação e acontece-me o seguinte: > install.packages("ppcor") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning messages: 1: In open.connection(con, "r") : unable to resolve 'cran.r-project.org' 2: package ‘ppcor’ is not available (for R version 2.15.1) > library(ppcor) Error in library(ppcor) : there is no package called ‘ppcor’ > require(ppcor) Loading required package: ppcor Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ppcor’ > install.packages("ds") Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning message: package ‘ds’ is not available (for R version 2.15.1) > require(ds) Loading required package: ds Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ds’ obrigada. An Rocha

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Shiny ou RevolutionR????
by Gilbert Queiroz 16 Nov '12

16 Nov '12

E agora????

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Lattice Design
by FHRB Toledo 16 Nov '12

16 Nov '12

Senhores, Estou com uma dúvida com relação a reprodução de uma análise de um experimento em delineamento em lattice quadrado balanceado, tipo I, segundo Pimentel Gomes (cap 10). Escreve esse email baseado tanto no livro do Pimentel Gomes, como também no Cochran e Cox, cap 10, pag 274. Para quem interessar segue também um exemplo (teste) do livro Ramalho et al., Experimentação em Genética ... cap 11, pág 171 (mas não é estelionato, rsrs). Pois bem, como disse, trata-se da análise de blocos incompletos em lattice quadrado balanceado. A pergunta é: como obter a soma de quadrados de tratamentos ajustadas aos efeitos de blocos? E ainda, de que forma obter também as médias de tratamentos livre dos efeitos de blocos. Meu ponto de partida é o post do Walmes no wiki do LEG ( http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#analise_intrabloco_e_interbloco_d…) Todavia, minha implementação não "concorda" com o que lá é mostrado. Peço desculpas pela forma que procedi, mas a título didático me prendi exatamente ao modo como é originalmente apresentado em Cochran e Cox (pag 274) e seguindo o que lá é feito consegui reproduzir ipsis literis a análise. Assim, gostaria da ajuda de vocês para aprender um modo menos custoso de reproduzir o jeito original! Desde já agradeço qualquer ajuda/sugestão com relação a dúvida! Caso alguém se interesse disponibilizo outro conjunto de dados, da mesma natureza no mesmo lik, com o nome de "dados_magno.txt". att, FH Segue o CMR: rm(list = ls(all = TRUE)); ls() download <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/38195533/dados_CC.txt', header = TRUE, # com cabecalho sep = '\t', # separador de celulas <TAB> dec = ',', # separador de decimal <, (virgula)> na.string = '.') # indicador de omissao ## lendo e transformando variaveis em fator dados <- transform(download, trat = factor(trat), # transforma em fator rep = factor(rep), # idem bloco = factor(bloco)) # ... str(dados) # estrutura da planilha ## fator bloco dentro de repeticoes dados$blocoDrep <- factor(with(dados, paste(rep, bloco, sep = ''))) ## niveis de cada fator **apenas auxiliar** r <- nlevels(dados$rep) k <- nlevels(dados$bloco) ## array do experimento **generalizacao da matrix do delineamento** X <- with(dados, tapply(resp, list(rep, blocoDrep, trat), mean, na.rm = TRUE)) ## totais dos fatores R <- apply(X, 1, sum, na.rm = TRUE) # repeticoes B <- apply(X, 2, sum, na.rm = TRUE) # blocos dentro de repeticoes T <- apply(X, 3, sum, na.rm = TRUE) # tratamentos ## somas de quadrados do 'jetinho' Pimentel Gomes Sx <- sum(X, na.rm = TRUE) Sx2 <- sum(X^2, na.rm = TRUE) C <- Sx^2 / sum(!is.na(X)) SQtotal <- Sx2 - C SQr <- ( 1 / k^2 ) * sum( R^2 ) - C SQt <- ( 1 / r ) * sum( T^2 ) - C SQb.unadj <- ( 1 / k ) * sum( B^2 ) - C SQe.DBC <- SQtotal - (SQr + SQt) ## totais dos blocos onde os tratamentos ocorrem... ver Cochran e Cox (cap 10, pag 274) X.tb <- apply(X, c(2, 3), function(x) sum(!is.na(x))) Bt <- t(X.tb) %*% B W <- k * T - (k + 1) * Bt + sum(T) ## outras somas de quadrados... blocos ajustados e erros SQb.adj <- sum(W^2) / ( k^3 * ( k + 1 ) ) SQe.intra <- SQe.DBC - SQb.adj Eb <- SQb.adj / (r * ( k - 1 )) Ee <- SQe.intra / ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ) ## coeficiente 'mu' determina se existe ou nao ajuste das medias if( Eb <= Ee ) mu <- 0 else mu <- ( Eb - Ee ) / ( k * ( r - 1 ) * Eb ) Eel <- Ee * ( 1 + ( r * k * mu ) / ( k + 1 )) EDBC <- SQe.DBC / ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ) ## soma de quadrados de tratamentos ajustados **PROBLEMA** SQt.adj <- sum((T + mu * W - mean(T + mu * W))^2) / r ## montando quadro da ANOVA DofF <- c( (r - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( r * ( k - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( sum(!is.na(X)) - 1 )) SSs <- c(SQr, SQt, SQt.adj, SQb.adj, SQe.intra, SQe.DBC, Eel * (( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 )), SQtotal) table <- cbind(DofF, SSs, SSs / DofF) dimnames(table) <- list(c('Rep', 'Trat. unadj.', ' Adj.', 'Bloco Adj.', 'Error Intra-bloco', ' DBC', ' Effective', 'Total'), c('Df', 'Sum Sq', 'Mean Sq')) ## teste F para tratamentos ajustados F.trat <- table[3, 3] / table[7, 3] p.trat <- pf(F.trat, table[3, 1], table[7, 1], lower.tail = FALSE) ## ajuste via aov ajuste <- aov(terms(resp ~ rep/bloco + trat, keep = TRUE), contrasts = list(rep = contr.sum, bloco = contr.sum, trat = contr.sum), data = dados) ## comparando resultados ## ANOVAS table # anova 'made by hands' c('F value' = F.trat, 'Pr(>F)' = p.trat) # teste F 'made by hands' summary(ajuste) # anova via aov() ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) car::Anova(ajuste, type = 'III') drop1(ajuste, scope = .~., test = 'F') ## medias de tratamentos ajustadas data.frame(Unadj. = T / r, Adj. = (T + mu * W) / r, ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) Outro = coef(ajuste)[1] + ajuste$contrasts$trat %*% coef(ajuste)[ajuste$assign == 3]) ## \EOF

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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Geoestatística_dúvida...
by andrebvs 16 Nov '12

16 Nov '12

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Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 15 Nov '12

15 Nov '12

Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> escreveu: > No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será > que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? > > > Obrigado. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] < > ml-node+s2285057n4657017h4(a)n4.nabble.com> escreveu: > > Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >> >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >> estamos usando. >> >> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >> >> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >> antiga do MikTex que eu não estou usando. >> >> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >> com algumas mensagens de erro. >> >> Espero ter te ajudado. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na >> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >> >> OBS: Estou em uma máquina Linux. >> >> * using log directory >> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >> * using session charset: UTF-8 >> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >> * checking extension type ... Package >> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >> * checking package namespace information ... OK >> * checking package dependencies ... OK >> * checking if this is a source package ... OK >> * checking if there is a namespace ... OK >> * checking for executable files ... OK >> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >> * checking installed package size ... OK >> * checking package directory ... OK >> * checking for portable file names ... OK >> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >> * checking top-level files ... OK >> * checking index information ... OK >> * checking package subdirectories ... OK >> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >> * checking R files for syntax errors ... OK >> * checking whether the package can be loaded ... OK >> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... >> OK >> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >> ... OK >> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >> * checking S3 generic/method consistency ... OK >> * checking replacement functions ... OK >> * checking foreign function calls ... OK >> * checking R code for possible problems ... OK >> * checking Rd files ... WARNING >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >> * checking Rd metadata ... OK >> * checking Rd cross-references ... OK >> * checking for missing documentation entries ... OK >> * checking for code/documentation mismatches ... OK >> * checking Rd \usage sections ... OK >> * checking Rd contents ... OK >> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >> * checking examples ... OK >> * checking PDF version of manual ... ERROR >> Rd conversion errors: >> Warning: unknown option '-' >> Warning in file(con, "r") : >> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >> directory >> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4> >> > escreveu: >> >> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. >> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. >> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho >> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida >> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código >> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, >> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e >> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e >> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita >> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre >> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote >> que deve ser respeitada? >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu: >> >> >> >> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >> >> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >> de submissão? >> >> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >> em >> detalhes. >> >> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >> >> R CMD check SEU_PACOTE >> >> e corrija todos os eventuais problemas >> >> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >> atualizações >> > fiquem disponíveis? >> >> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >> >> > >> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não >> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >> primeira >> > vez? >> > >> >> Bem vindo ao Universo do Software livre >> >> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >> quiser >> >> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >> Leia sobre licxancas GPL e análogas >> >> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >> livre-se destas preocupacoes >> >> > >> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >> >> Nao sao somente suas. >> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >> controvérsias! >> >> > >> > Obrigado à todos. >> > [ ], >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > >> > >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp46… >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp46… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > >

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