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Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04
by Andre Oliveira 20 Nov '12

20 Nov '12

Versão ExpDes_1.1.1.tar.gz agora sim consegui instalar no linux. André Oliveira Souza ________________________________ De: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Para: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 11:05 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 O Walmes me disse, aqui mesmo na lista, ha algum tempo que realmente o pacote para linux em português ele não consegui colocar para funcionar. E no caso do windows eu não sabia que estava em inglês! Obrigado André Oliveira Souza ________________________________ De: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> Para: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 10:55 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá Andre, Que bom que não desistiu. Vamos por partes que solucionaremos todos os seus problemas. Quanto ao Windows, não se esqueça que a versão do CRAN está em ingles. Portanto, após carregar, voce deve pedir o help da função cdr (completely randomized design) e não dic, ou seja ?crd Veja se funciona. Quanto ao linux, talvez voce deva escrever para o Walmes, que faz parte dessa lista. Ele usa o ExpDes no Linux e diz que funciona perfeitamente. abs Eric. Em 5 de janeiro de 2012 10:42, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: Eric, > >eu acompanhei o pacote no seu site e nunca consegui coloca-lo para funcionar no Linux a versão em português. Agora com ele no CRAN voltei a tentar colocar o pacote para funcionar no Linux, mas sem sucesso. E para minha surpresa no windows não está funcionado também. Olha a minha tentativa no windows! >require(ExpDes) >Carregando pacotes exigidos: ExpDes >> ?dic >No documentation for ‘dic’ in specified packages and libraries: >you could try ‘??dic’ > > > Estou ansioso para colocar este pacote para funcionar por aqui. Já li o TCC e o manual sobre o mesmo e vi a importância do mesmo. Visto que antes tinha que usar muitos pacotes para a mesma análise e com o ExpDes é muito mais prático. > > > > > > > > > > >André Oliveira Souza > > > > > > >________________________________ > De: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> >Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> >Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 18:25 >Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 > > >Olá André, > >Se quiser trocar uma ideia em particular, posso tentar te ajudar. Sou o criador do ExpDes, mas não usu Linux. Não sei se serei útil. > >A princípio, posso te dizer que existe o pacote no CRAN e na minha página pessoal: https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1 > >Tente pegar o pacote de lá para ver se o erro se repete. >Peço gentilmente aos usuárioas de (R no) Linux que me ajudem a exclarecer o André. > >Atenciosamente, > >Eric. > > >Em 4 de janeiro de 2012 16:39, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: > >Opa vacilo meu erro no nome do pacote >> >> >> install.packages("ExpDes", dep=T) >> >> >> >> >> >> >>André Oliveira Souza >> >> >>________________________________ >> De: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> >>Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> >>Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 16:36 >>Assunto: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 >> >> >> >>Pessoal estou com problemas para reinstalar o EspDes !! Alguém saberia dizer o que pode ser? >> >> >> >> >>install.packages("EspDes", dep=T) >>Installing package(s) into ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14’ >>(as ‘lib’ is unspecified) >>--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- >>Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto >>Mensagens de aviso perdidas: >>In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : >> package ‘EspDes’ is not available (for R version 2.14.1) >> >> >> >> >> >> >> >>André Oliveira Souza >>obrigado >> >> >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> > > >-- >Dr Eric B Ferreira >Exact Sciences Department >Federal University of Alfenas >Brazil > > > -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil

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Dúvida sobre IC simultâneos para modelagem de variáveis binarias no R (multcomp)
by Gilenio Borges Fernandes 20 Nov '12

20 Nov '12

Prezados(as) Precisamos de ajuda no seguinte problema: Estamos ajustando um modelo de transição em dados binários longitudinais, usando a resposta imediatamente anterior como covariavel. Os dados estão no arquivo "d_dogs.txt" em anexo. O interesse é construir IC simultâneos para as probabilidades condicionais. d1=read.table("d_dogs.txt", header=T, quote="\"") attach(d1) gmod1 <- glm(y ~ Trat+y_ant, data = d1, family = binomial()) summary(gmod1) ########################################################### library(multcomp) gmod1_ci <- confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat = "Tukey",covariate_average = TRUE))) gmod1_ci$confint <- apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) gmod1_ci$confint apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1)) A dúvida é a seguinte: > apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) Estimate lwr upr B - A 0.5615396 0.5062051 0.6919771 C - A 0.7310586 0.5000000 0.7310586 D - A 0.5439900 0.5035155 0.6819754 C - B 0.7310586 0.5000000 0.7310586 D - B 0.5973698 0.5089817 0.7148991 D - C 0.5000000 0.5000000 0.7310586 Estes intervalos estão incoerentes com os resultados do gráfico: plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1)) Qual é o problema??????? Desde já agradeço -- Gilenio Borges Fernandes Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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ExpDes - Comparações múltiplas
by Andre Oliveira 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa tarde, estou aqui tentando reproduzir algumas análises do ExpDes. A analise abaixo não me deu as comparações múltiplas como faço para tais comparações? require(ExpDes) Carregando pacotes exigidos: ExpDes data(ex1) attach(ex1) dic(trat, ig, quali = FALSE, sigF = 0.05) André Oliveira Souza

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matrizes de correlação
by alanarocha＠sapo.pt 20 Nov '12

20 Nov '12

Olá, a actualização do R resultou para o meu problema. agora preciso de ajuda pois tou a tentar fazer uma matriz de correlação e outra de covariancias de 4 variaveis de um dataframe e dame estes erros: ##matriz de correlação cor.p<-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) cor.p dados=na.omit(dados[,2:4]) cat("valores NA retirados\n") x11() pairs(dados) x11() boxplot(dados) dados=dados[,2:4] x11() boxplot(dados) correl=cor(dados[2:4]) result=correl return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) ct <- cor.test(X1s10, X1s12) ct$p ct$v #matriz de covariancias cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) > cor.p<-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) Error: could not find function "cor.ps" > cor.p Error: object 'cor.p' not found > dados=na.omit(dados[,2:4]) > > cat("valores NA retirados\n") valores NA retirados > > > > > correl=cor(dados[2:4]) Error in `[.data.frame`(dados, 2:4) : undefined columns selected > result=correl Error: object 'correl' not found > return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) Error: object 'result' not found > cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error in cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12) : object 'X1s09' not found > cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value Error in `[.data.frame`(dados, , 2:4) : undefined columns selected > cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error: could not find function "cor_with_p_test" > ct <- cor.test(X1s10, X1s12) Error in cor.test(X1s10, X1s12) : object 'X1s10' not found > ct$p Error: object 'ct' not found > ct$v Error: object 'ct' not found > > #matriz de covariancias > cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) Error in cov(dados[, 2:4], na.rm = TRUE) : unused argument(s) (na.rm = TRUE) > cumprimentos e obrigada Ana Rocha

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Re: [R-br] (sem assunto)
by Eder Comunello 20 Nov '12

20 Nov '12

Edson e colegas, bom dia! Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um valor, p. ex. 'sem resposta', e rode novamente. Assim estes casos serão considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos. ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Gráfico de distribuiçoes estimadas
by Matheus Monteiro 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa noite, obtive as densidades aproximadas da 't' e da 'normal', gostaria de compara-las através de graficos dessas densidades estimadas. Alguma sugestão, como faria isso? *t * > fitdistr(x[,1],"t") m s df -0.001874414 0.009122738 3.522064232 ( 0.001726835) ( 0.001862692) ( 2.234067399)* **normal* fitdistr(x[,1],"normal") mean sd 0.0001040816 0.0128201843 (0.0018314549) (0.0012950342) x são dados simulados.

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Graficos de decomposição
by kaue veras 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa tarde prezados, Estou realizando um trabalho em que utilizo a decomposição, análises de previsão usando o modelo ARIMA e Holt-Winters e goataria de mudar os títulos do gráfico e titulos dos eixos. Com os comandos main, xlab e ylab não esta dando certo, poderiam me dar uma luz ou me ajudar como faço para gerar essas modificações? Desde já agradeço. Atenciosamente, Kauê P. Veras da Cunha Estatística - UERJ MSN: kaueveras(a)hotmail.com E-mail: kaueveras(a)gmail.com Cel: (21) 8254-9601

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excluir mar no ETOPO
by D'Apolito 20 Nov '12

20 Nov '12

Prezados, Estou graficando mapas com os dados do ETOPO01 de elevação e gostaria de excluir o mar, para que os dados iniciem em zero ao invés de números negativos (profundidades dos oceanos). Qualquer ajuda é bem vinda, desde já agradeço Att Carlos #código: library(raster) library(rgdal) etopo<-"ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif" r.etopo<-raster(etopo) ext <- extent(-95,-35,-31,31) zoom(r.etopo, ext=ext,col=rev(gray.colors(12)))

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Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
by Eder Comunello 20 Nov '12

20 Nov '12

Carlos e colegas, bom dia! Vou aproveitar um script anterior, fazendo algumas alterações. Como da outra vez, creio que dá pra adaptar facilmente pro seu caso. Vou trabalhar extraindo o vetor de interesse, substituindo este vetor no objeto origem ao final... ##### <begin> ##### require(sp); require(rgdal) ### Download do exemplo (399 Kb) download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif', file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb') alt = readGDAL("DDOS.tif"); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff image(alt, col=terrain.colors(21)) ## visualização slotNames(alt) ### nome dos slots (S4) proj4string(alt) ### projeçãoo definida no geotiff head(alt@data) ### observe os valores dos dados head(alt@data$band1) ### observe os valores dos dados ### Opção para fatiar (0 ou 1) alt2 <- alt ### para manipular uma cópia do objeto z <- alt2@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse n <- length(z); n for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0} else{z[i]=1}}; head(z) ### 0 ou 1 alt2@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto image(alt2) ## visualização ### Opção para mascarar valores abaixo de critério (com 0 ou NA) alt3 <- alt ### para manipular outra cópia do objeto z <- alt3@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse n <- length(z); n for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0}}; head(z) ### 0 ou 1 #for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=NA}}; head(z) ### 0 ou 1 alt3@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto image(alt3) ## visualização ##### <end> ##### ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento
by tiago souza marçal 20 Nov '12

20 Nov '12

Estes são os dados. Qualquer duvida eu estou a disposição. K A bloc rg ts nvi nv 0 37.5 1 14.55 136 22 56 30 37.5 1 21.51 159 2 62 60 37.5 1 24.62 156 0 66 120 37.5 1 21.88 171 2 68 180 37.5 1 28.11 190 0 82 0 50 1 17.16 140 20 63 30 50 1 24.44 193 6 86 60 50 1 28.5 200 6 94 120 50 1 32.94 208 7 86 180 50 1 28.76 237 10 97 0 62.5 1 14.13 132 23 58 30 62.5 1 19.71 178 10 80 60 62.5 1 31.05 231 5 99 120 62.5 1 38.35 271 0 110 180 62.5 1 36.97 262 1 106 0 37.5 2 15.72 120 22 48 30 37.5 2 19.72 146 0 64 60 37.5 2 24.29 159 1 62 120 37.5 2 25.39 152 0 60 180 37.5 2 28.45 159 0 62 0 50 2 15.44 124 12 52 30 50 2 28.12 239 9 103 60 50 2 31.49 248 4 103 120 50 2 29.95 190 1 87 180 50 2 30.06 240 4 101 0 62.5 2 15.42 140 14 64 30 62.5 2 23.68 167 7 77 60 62.5 2 33.27 237 3 96 120 62.5 2 36.63 240 1 94 180 62.5 2 41.04 248 0 105 0 37.5 3 12.77 106 4 44 30 37.5 3 20.45 157 3 63 60 37.5 3 24.35 204 1 84 120 37.5 3 27.15 169 0 66 180 37.5 3 24.08 147 1 58 0 50 3 16.01 133 22 56 30 50 3 24.57 199 7 81 60 50 3 28.85 211 3 92 120 50 3 26.23 223 7 91 180 50 3 26.36 261 5 100 0 62.5 3 16.08 128 21 50 30 62.5 3 20.99 164 9 71 60 62.5 3 30.45 216 3 94 120 62.5 3 36.83 215 2 89 180 62.5 3 34.6 228 2 89 0 37.5 4 14.26 125 11 60 30 37.5 4 23.71 185 7 75 60 37.5 4 22.76 159 1 67 120 37.5 4 22.46 176 2 76 180 37.5 4 22.97 154 1 63 0 50 4 15.54 133 27 51 30 50 4 18.48 149 4 60 60 50 4 25.54 170 1 67 120 50 4 30.29 215 2 90 180 50 4 30.64 186 4 80 0 62.5 4 17.26 147 18 62 30 62.5 4 20.51 154 10 67 60 62.5 4 24.47 179 2 75 120 62.5 4 34.52 229 0 90 180 62.5 4 37.62 216 1 87 0 37.5 5 10.3 92 5 36 30 37.5 5 16.28 133 5 57 60 37.5 5 23.61 139 2 53 120 37.5 5 29.66 166 0 69 180 37.5 5 23.34 128 1 50 0 50 5 14.41 131 26 57 30 50 5 17.24 150 1 61 60 50 5 29.08 218 4 92 120 50 5 29.52 236 1 96 180 50 5 27.98 261 4 110 0 62.5 5 17.56 150 17 69 30 62.5 5 20.05 156 13 63 60 62.5 5 29.9 215 3 95 120 62.5 5 33.21 128 0 55 180 62.5 5 35.5 208 2 90 Att. Tiago. From: sznelwar(a)uol.com.br To: tiagosouzamarcal(a)hotmail.com Subject: Fw: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento Date: Mon, 19 Nov 2012 20:07:34 -0200 Poderia enviar este arquivo UFPR1.txt, eu não estou conseguindo entrar na página do LEG. Só completando, o pacote ExpDes é a maneira mais fácil, mas caso você queira fazer da forma que esta fazendo é só utilizar os seguintes comandos: rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) attach(rend) A<-factor(A) K<-factor(K) bloc<-factor(bloc) m1 <- aov(rg~bloc+A/K) KinA<-sapply(paste("A",levels(A),sep=""),simplify=F,grep,x=names(coef(m1)[m1$assign==3])) DesKinA<-summary(m1, split=list("A:K"=KinA)) DesKinA m2 <- aov(rg~bloc+K/A) AinK<-sapply(paste("K",levels(K),sep=""),simplify=F,grep,x=names(coef(m2)[m2$assign==3])) DesAinK<-summary(m2, split=list("A:K"=AinK)) DesAinK Outra forma seria pelo método dos efeitos aninhados rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) attach(rend) A<-factor(A) K<-factor(K) bloc<-factor(bloc) m1 <- aov(rg~bloc+A/K) effects(m1) #A partir da matriz de efeitos você seleciona os efeitos de interesse. DesKinA<-summary(m1, split=list("A:K"=list(A37.5=c(1,4,7,10),A50=c(2,5,8,11),A62.5=c(3,6,9,12)))) DesKinA m2 <- aov(rg~bloc+K/A) effects(m2) DesAinK<-summary(m2, split=list("K:A"=list(K0=c(1,6),K30=c(2,7),K60=c(3,8),K120=c(4,9),K180=c(5,10)))) DesAinK Espero que tenhamos sanado sua duvida. Att. Tiago. Date: Sat, 17 Nov 2012 09:21:23 -0200 From: jhguilhen(a)gmail.com To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; camposagro(a)yahoo.com.br Subject: Re: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento Uma outra maneira de fazer isto e bem mais fácil é utilizar o pacote ExpDes, ele já faz o desdobramento automaticamente quando dá interação e bem fácil de utilizar. Atte.. Em 16 de novembro de 2012 21:41, Odirley Campos <camposagro(a)yahoo.com.br> escreveu: #Pessoal! Boa noite ! #Estou tentando sem sucesso fazer o desdobramento de interações com R. Cheguei a baixar alguns arquivos da net no endereço "http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#desdobramento_de_interacao_em_exp…" . Porêm tive o mesmo problema que tive com meus dados. #Usei os mesmos comandos retirados da net para os dados tirados de lá. A anova "geral" saiu normalmente: >rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) #após armezenar arquivo no meu PC# >rend >m1 <- aov(rg~bloc+A/K, data=rend) >summary(m1) #Anova geral saiu norma sem problemas# Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 >summary(m1,split=list("A:K"=list("A-37.5"=c(1,4,7,10),"A-50.0"=c(2,5,8,11),"A-62.5"=c(3,6,9,12)))) #Mas o desdobramento não mostra Quadrado médio nem mesmo, F-value ou mesmo o P-value. O que eu posso ter feito de errado?? Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** A:K: A-37.5 4 A:K: A-50.0 4 A:K: A-62.5 4 Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Odirley Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MG

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