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erros do R em graficos
by alanarocha＠sapo.pt 15 Nov '12

15 Nov '12

porque será que me dá este erro e como o corrijo? urve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" > aCumprimentos An

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dúvidas de gráficos
by alanarocha＠sapo.pt 15 Nov '12

15 Nov '12

bom dia desta vez a minha duvida prende-se com graficos. fiz o teste ks e o resultado da a normalidade. Queria desenhar um grafico da curva da normal. Mostro meu codigo aqui: setwd("G:/SIN/Users/Ana Rua/Ana_trabalho") dados<-read.table("transplante.csv",header=TRUE,sep=";") dados dim(dados) summary(dados) quantis<-c(0.05,0.1,0.25,0.5,0.75,0.9,0.95) quantis ks.test(dados$X.Doentes,"pnorm",mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)) shapiro.test(dados$X.Doentes) main="curva da normal" hist(dados$X.Doentes, probability=TRUE) curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab="nome das clínicas no eixo do X" ylab="probabilidades no eixo do Y" as linhas hist e curve estao a dar o seguinte erro: > ist(dados$X.Doentes, probability=TRUE) Error: could not find function "ist" > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" > queria saber o que falta para o grafico ser desenhado. obrigada pela atenção. Cumprimentos An Rocha

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Re: [R-br] Fwd: como extrair dados de arquivos GEOtiff
by Eder Comunello 15 Nov '12

15 Nov '12

Olá, boa tarde! Sugiro tabalhar com a biblioteca {rgdal} (e {sp}), pois ela já interpreta o cabeçalho geotiff, lendo seus dados na escala apropriada. Segue uma rotina que usei pra ler dados de altitude tomados do projeto TOPODATA (INPE). Acredito que possa ser facilmente adaptada ao teu caso. Preciso dar uma melhorada, mas acho que dá pra pegar a ideia. ### <begin> ### #install.packages(c("geoR", "maptools","sp", "rgdal"), dep=TRUE) #require(geoR); require(maptools); require(sp); require(rgdal) ### Download do exemplo (399 Kb) para a pasta definida em getwd() download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif', file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb') alt = readGDAL("DDOS.tif"); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff image(alt) ### visualiza na forma de imagem image(alt, col=terrain.colors(21)) ## outra opção de visualização slotNames(alt) ### nome dos slots (S4) proj4string(alt) ### para conferir a projeção (definida no geotiff) head(alt@data) ### observe os valores dos dados (neste caso, altitudes) ### se quiser todos os valores, alojando em um objeto DF alt.sp <- SpatialPoints(alt); slotNames(alt.sp) alt.df <- data.frame(x=alt.sp@coords[,1],y=alt.sp@coords[,2],alt=alt@data) head(alt.df); length(alt.df$x) ### extrair as altitudes em alguns pontos aleatórios (ou não! ;D) ### exemplo com 14 pontos pts <- structure(list(x = c(712930.163349833, 715345.025457117, 718363.603091221, 720636.414486312, 724152.169613092, 723903.580866754, 721701.79482776, 719215.90736438, 716126.304374179, 713391.828164461, 713924.518335185, 717582.324174159, 720352.313061925, 723086.789271644), y = c(7548164.89958582, 7548306.95029801, 7548271.43761996, 7548271.43761996, 7548129.38690777, 7546105.16425902, 7546105.16425902, 7546069.65158097, 7546211.70229316, 7546034.13890292, 7543441.71340539, 7543583.76411759, 7543654.78947368, 7543832.35286393)), .Names = c("x", "y")) ### Coloca tudo na classe Spatial pra poder manipular com funções do {sp} pts.sp <- SpatialPoints(pts) ### transforma os pontos para SpatialPoints pts.sp@proj4string;alt@proj4string ### observe as projeções definidas pts.sp@proj4string <- alt@proj4string ### atribui projeção dos pontos usando do grid over(pts.sp, alt) ### extrai valor em cada par de coordenadas ### extrair as altitudes usando uma grade regular ### neste caso vou ler a cada 300m alt@bbox ### limites da imagem/grade de altitude grd <- expand.grid(seq(711985,725005,300), seq(7541995,7549015,300)) ### modo 1 grd <- expand.grid(seq(alt@bbox[1,1],alt@bbox[1,2],300), seq(alt@bbox [2,1],alt@bbox[2,2],300)) ### modo 2 grd.sp <- SpatialPoints(grd) grd.sp@proj4string;alt@proj4string ### observe as projeções definidas grd.sp@proj4string <- alt@proj4string ### atribui projeção dos pontos usando do grid over(grd.sp, alt) ### xtrai valor em cada par de coordenadas ### <end> ### ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Geoestatística_dúvida...
by Eder Comunello 14 Nov '12

14 Nov '12

Olá, novamente! Retomando a dúvida do colega André... Comecei a estudar a geoestatística de fato, faz pouco. Ainda estou longe de ser um profundo conhecedor, mas acredito que já seja possível arriscar uns palpites: Para uma primeira análise dá pra tomar a média (decendial, mensal), procurando atenuar este desbalanceamento. Por exemplo, tomando a média das estações com séries maiores que 20 anos, utilizando somente os dados a partir de 1970 (ou 1980). Uma opção melhor seria calcular a probabilidade de ocorrência de chuvas (p. ex. 75 ou 90%) para cada localidade e usar os valores obtidos para a análise geoestatística. É esperado que os dados de precipitação apresentem uma tendência em relação à latitude e altitude, que deve ser considerada no modelo geoestatístico ('remoção' da tendência). No caso de trabalhar com estações pluviométricas, é bastante comum que as grandes distâncias entre estações não permitam 'capturar' a variabilidade espacial e no final você acabe optando por uma interpolação mais simples, tipo 'inverso da distância'. À medida que você for fazendo suas análises seria legal poder contar com alguém da área de clima/meteorologia para balizar os procedimentos e interpretações. ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 Em 11 de novembro de 2012 21:56, andrebvs <[hidden email]<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656955…> > escreveu: > Olá pessoal! > > Estou iniciando os estudos em Geoestatística e não tenho muito > conhecimento na área, então, sei que alguns colegas aqui trabalham na área, > e se possível, gostaria de saber o seguinte: > > Tenho alguns dados de totais anuais de precipitação pluviométrica de > um determinado Estado, os quais estão organizados com as respectivas > coordenadas em graus (Latitude, Longitude e Altitude). Cada coordenada (com > o total pluviométrico), é referente à cada um dos 46 municipios do Estado. > A pergunta é: o que dá pra fazer de análise com esses dados dentro da > geoestatística, tendo em vista que alguns municipios vão do ano de 1911 à > 1990, outros vão de 1920 a 1985, ou seja, há um certo desbalanceamento dos > anos de um municipio para outro. > > desde já agradeço! > > *Att.* > *André* > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email]<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656955…> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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SAS e SPSS são os melhores, o R é o único que talvez entre nesse grupo
by Richard Santos 14 Nov '12

14 Nov '12

Porque nesse momento eu já descobri limitações em coisas que ainda seriam "simples" no Minitab, no StatPlus, etc, como essas que citei (difícil e demorado fazer um cluster misturando variáveis cat com numérica, tem que converter; regressão idem, etc, coisas que o SAS e o SPSS fazem bem rápido.) Vamos ver agora no R. A única esperança que eu tenho de não encontrar limitações significativas com relação ao SPSS e SAS, porque os outros... quando tem uma coisa não tem outra. O Stata não estou com ele aqui agora mas também acho que é assim. SAS e SPSS realmente mais completos, rápidos, e fáceis de usar, por enquanto, o R talvez entre nesse grupo, mas mesmo assim já acho a programação dele tão "difícil" qto o SAS, tem que aprender primeiro para fazer, e é diferente da linguagem C, então é totalmente diferente da que estou acostumado. Mas no mais, tomara que seja tão bom e COMPLETO quanto o SAS ou o SPSS. Abraços, Richard Em 14/11/12, Augusto Ribas<ribas.aca(a)gmail.com> escreveu: > http://www.statmethods.net/index.html > > Tente esse site, segundo o autor do site: > > "I created this website for both current *R* users, and experienced users > of other statistical packages (e.g., *SAS*, *SPSS*, *Stata*) who would like > to transition to *R*. My goal is to help you quickly access this language > in your work." > > Tem os comandos e exemplos para suas perguntas. > Espero que ajude. > > Em 14 de novembro de 2012 10:04, Richard Santos < > jamesrichardsantos(a)gmail.com> escreveu: > >> Prezados, >> Obrigado a todos. >> E Análise de Correspondência Múltipla? Regressão de Cox? Cluster >> independente se as variáveis são numéricas ou categóricas (porque o >> SPSS e o SAS conseguem)? >> Também no livro para cientistas? >> Valeu! >> Abraços, >> Att. >> Richard >> >> Em 14/11/12, Leandro Marino<leandromarino(a)leandromarino.com.br> escreveu: >> > Richard, >> > >> > sugiro à você a leitura do R para Cientistas Sociais é bem didático e >> > aborda do básico ao mais avançado. Tem, por exemplo, uma parte >> > dedicada à elaboração de mapas! >> > >> > http://www.lepem.ufc.br/aquino.php >> > >> > >> > >> > Em 14 de novembro de 2012 10:28, Leandro Marino >> > <leandromarino(a)leandromarino.com.br> escreveu: >> >> Richard, >> >> >> >> - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, >> >> escolhendo a estatística que eu quero? >> >> >> >> ?by >> >> ?aggregate >> >> >> >> - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? >> >> ?plot >> >> ?hist >> >> >> >> - como fazer uma regressão de cox? >> >> http://www.ms.uky.edu/~mai/Rsurv.pdf >> >> >> >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 10:19, Richard Santos >> >> <jamesrichardsantos(a)gmail.com> escreveu: >> >>> Prezados, >> >>> >> >>> Sou novo no R, e tenho 19 anos de experiência com o SAS e 12 anos com >> >>> o SPSS. Alguns meses com o Stata e o Minitab. >> >>> Gostaria de pedir a minha primeira ajuda: >> >>> >> >>> - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, >> >>> escolhendo a estatística que eu quero? >> >>> - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? >> >>> - como fazer uma regressão de cox? >> >>> >> >>> Obrigado. >> >>> >> >>> Abraços, >> >>> Att. >> >>> Richard >> >>> _______________________________________________ >> >>> R-br mailing list >> >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >>> código mínimo reproduzível. >> > _______________________________________________ >> > R-br mailing list >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> > mínimo reproduzível. >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: > http://recologia.wordpress.com/<http://augustoribas.heliohost.org> > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 >

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Fwd: Medidas repetidas com estruturas de co-variâncias
by Mauricio Morgado Oliveira 14 Nov '12

14 Nov '12

Olá. Estou com dificuldade de fazer atribuir corretamente os argumentos no meu modelo de medidas repetidas com estruturas de co-variâncias. . Estou tentando fazer no nlmer, talvez possam me ajudar. O código no sas seria: proc mixed data=cruza order=data; class raca data animal; model peso = raca data raca*data/outp=p ddfm=satterth; repeated data / subject = animal(raca) type = sp(pow)(data) r rcorr; run; no *R*: dados <- data.frame(read.csv("dados.txt", sep=" ", header=TRUE)) dados$Peso <- as.numeric(cruza$Peso) library(nlme) modelo <- lme(Peso~Data*Raca, .............., data=dados) Os dados (parcial) estão em: https://www.dropbox.com/s/eajz72kmgk1f897/dados.txt Att, Mauricio

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[1/2 OFF] Equações Diferenciais Estocásticas
by Listeiro 037 14 Nov '12

14 Nov '12

Bom dia a todos. Gostaria de ter uma referência de um livro ou de internet mesmo sobre Equações Diferenciais Estocásticas. Agradeço a todos desde agora.

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Diferenças de R2 entre regressões lineares com e sem intercepto
by marcelo claro de souza 14 Nov '12

14 Nov '12

Bom dia a todos. Rodei duas correlações lineares com e sem intercepto, utilizando o mesmo conjunto de dados, para a determinação de uma equação para determinação da área foliar de uma espécie arbórea. regressão com intercepto lm(y~x) regressão sem intercepto lm(y~0+x) ou lm(y~x-1) O R2 da equação sem intercepto foi maior que o R2 da regressão com intercepto, e o assessor de uma revista questionou que isso seria matematicamente improvável e solicitou que eu refizesse as análises. Refiz e obtive os mesmos resultados. É possível essa variação nos valores de R2 ou estou fazendo algo errado? Muito obrigado pela ajuda. Abraço Marcelo

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Ajuda no R
by Richard Santos 14 Nov '12

14 Nov '12

Prezados, Sou novo no R, e tenho 19 anos de experiência com o SAS e 12 anos com o SPSS. Alguns meses com o Stata e o Minitab. Gostaria de pedir a minha primeira ajuda: - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, escolhendo a estatística que eu quero? - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? - como fazer uma regressão de cox? Obrigado. Abraços, Att. Richard

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Re: [R-br] INLA Geoestatística
by Elias T. Krainski 14 Nov '12

14 Nov '12

Taynãna, fiz inla.upgrade(testing=TRUE) atualizou para a versao de 5 de novembro e consegui executar todo o script SwissRainfall.R sem problemas... Att. Elias T. Krainski >________________________________ > De: Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >Para: Elias T. Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br>; Paulo Justiniano <paulojus(a)leg.ufpr.br> >Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 12:04 >Assunto: Re: INLA Geoestatística > > >Oi, Elias. > > >O Havard Rue respondeu dizendo p tentar o comando inla.upgrade(testing=TRUE), mas não deu certo. >A versão que estou usando é de 5 de novembro. > > >Abraço, Taynãna > > > >________________________________ > De: Elias T. Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> >Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>; Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 11:10 >Assunto: Re: INLA Geoestatística > >Oi Taynãna, > >qual a versão do seu INLA. > inla.version() >Eu consegui executar sem problemas na versão de 18 de agosto > > > >Elias T. Krainski > > >>________________________________ >> De: Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >>Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> >>Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 10:12 >>Assunto: [R-br] INLA Geoestatística >> >> >> >> >>Pessoal, >> >>Estou tentando reproduzir um exemplo de modelagem espacial no INLA com dados de geoestatística, do artigo >> >>de Blangiardo et al (2012). O código em R está disponível e o exemplo 3 (SwissRainfall.R). >> >>Ao rodar o modelo aparece a seguinte mensagem: >> >>> mod = inla(formula, >>+ data=inla.stack.data(stack, spde=spde),family="gaussian", >>+ control.predictor=list(A=inla.stack.A(stack), compute=TRUE), >>+ >control.compute=list(cpo=TRUE, dic=TRUE), >>+ keep=FALSE, verbose=TRUE) >>Erro em .local(x, i, j, ..., value) : >> not-yet-implemented 'Matrix[<-' method >>Calls: inla -> inla.predictor.section -> [<- -> [<- -> .local >> >>Alguém tem idéia do quê possa estar acontecendo? >> >>Att, >>Taynãna >>Pesquisadora em Saúde Pública - ENSP/FIOCRUZ >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> > > > > >

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