Junho 2011 - R-br - DINF UFPR

Simulação de baralho
by Mauro Sznelwar 17 Jun '11

17 Jun '11

Como faço a simulação deste problema? Um baralho possui dez cartas numeradas de 1a 10. Após embaralhadas as cartas são viradas uma a uma, deixando aparecer a face com o número. Nós dizemos que ocorreu uma coincidência se a carta de número i é a i-ésima carta a ser virada. Considere a variável aleatória X que conta o número de coincidências. Escreva um algoritmo pra gerar de X.

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Pacote Multicomp
by Eduardo Vargas 16 Jun '11

16 Jun '11

Bom dia pessoal,estou com um problema. Preciso usar o pacote multicomp,porém instalo e quando vou usar dá a seguinte mensagem de erro: library ("multicomp") Erro em library("multicomp") : não há nenhum pacote chamado 'multicomp' Será que alguem pode me ajudar? Obrigado -- José Eduardo Vargas Lopes de Aráujo Engenheiro Agrônomo Contato:(38)8811-6985 duvargas(a)gmail.com

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Problema com apply em loop
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Boa Tarde Pessoal, Estou reorganizando minhas coordenadas geográficas (pontos) para calcular todas os arranjos possíveis de pontos em diferentes distâncias (código abaixo), até aí tudo bem, mas o problema é quando utilizo o comando apply(), dentro do loop para remover as linhas que contem NAs e ficar somente com as coordenadas em X com correspondencia em Y (xyc) e posteriormente adicionar os resultados em maille. Neste objeto maille que guarda o resultado de cada loop se eu adiciono c(xyc,n.pontos,Bk[m]) o resultado fica todo bagunçado, com n.pontos na mesma coluna que xyc , mais se deixo só xyc o resultado fica correto, tem alguma forma de fazercom que xyc,n.pontos,Bk[m] apareça individualmente em cada maille[i,], Obrigado, ############################################################################ ################### pt0 <- c(725990,7912746)#Ponto inicial h.b.a.f.p1<- expand.grid(latitude=seq(pt0[1], by=25, length.out=12),longitude=seq(pt0[2], by=25, length.out=12)) ##Malha x<-c(20,100,110,144) h.b.a.f.p1<-h.b.a.f.p1[-(x),]##Removendo alguns pontos para criar distâncias inexistentes Bk=seq(0,50,25)###Diferentes distâncias entre pontos amostrais maille<-NULL for(m in 1:length(Bk)){ Px<-c(h.b.a.f.p1[,1])###Coordenadas X Py<-c(h.b.a.f.p1[,2])###Coordenadas Y Pxy<-cbind(Px,Py) plot(Pxy) sqx<-seq(min(Px)+Bk[m],max(Px),25)###Sequência de distancias em X sqy<-seq(min(Py)+Bk[m],max(Py),25)###Sequência de distancias em Y for(j in 1:length(Px)){ for(k in 1:length(Py)){ n.pontos<-1:length(Px) xx=sqx[j] ###Coordenada X presente ou não nesta posição yy=sqy[k] ###Coordenada Y presente ou não nesta posição xyc=cbind(xx,yy) xyc=xyc[apply(xyc, 1, function(x)!any(is.na(x))), drop=F] ###Remove linhas se NA maille=rbind(maille,c(xyc,n.pontos,Bk[m]))###Resultado }}} # Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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Código de barra
by Rodrigo Pereira 16 Jun '11

16 Jun '11

Caros Colegas, boa tarde. Tenho uma lista de 50 indivíduos e para cada um há 15 amostras (um total de 750 amostras) e gostaria de gerar códigos de barra para cada indivíduo associada à respectiva amostra sequencial para leitura. Há algum pacote do R que gere esses valores de uma forma que depois eu possa utilizá-los para criar etiquetas de identificação para leitura? (Estou perguntando isso, porque é a primeira vez que farei este tipo de coisa!) Desde já obrigado pela atenção! Abraço! Rodrigo Pereira (31)9326 3139

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Problema com o pacote gamlss
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Bom dia Pessoal, Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo: require(gamlss) mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T) dd=NULL dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath) dd$y dd$nhole=nhole mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1, data=dd, family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log")) Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo: > mm Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial") Fitting method: RS() Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", sigma.link = "log"), data = dd) Mu Coefficients: (Intercept) nhole -2.10530 0.02949 Sigma Coefficients: (Intercept) -3.422 Nu Coefficients: (Intercept) nhole -2.367 NA Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104 Global Deviance: 420.808 AIC: 428.808 SBC: 439.537 Alguém que utiliza ou já utilizou o pacote gamlss, saberia me dizer o que esta acontecendo, os dados que utilizei estão anexo, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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Problema com apply em loop
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Boa Tarde Pessoal, Estou reorganizando minhas coordenadas geográficas (pontos) para calcular todas os arranjos possíveis de pontos em diferentes distâncias (código abaixo), até aí tudo bem, mas o problema é quando utilizo o comando apply(), dentro do loop para remover as linhas que contem NAs e ficar somente com as coordenadas em X com correspondencia em Y (xyc) e posteriormente adicionar os resultados em maille. Neste objeto maille que guarda o resultado de cada loop se eu adiciono c(xyc,n.pontos,Bk[m]) o resultado fica todo bagunçado, com n.pontos na mesma coluna que xyc , mais se deixo só xyc o resultado fica correto, tem alguma forma de fazercom que xyc,n.pontos,Bk[m] apareça individualmente em cada maille[i,], Obrigado, ############################################################################ ################### pt0 <- c(725990,7912746)#Ponto inicial h.b.a.f.p1<- expand.grid(latitude=seq(pt0[1], by=25, length.out=12),longitude=seq(pt0[2], by=25, length.out=12)) ##Malha x<-c(20,100,110,144) h.b.a.f.p1<-h.b.a.f.p1[-(x),]##Removendo alguns pontos para criar distâncias inexistentes Bk=seq(0,50,25)###Diferentes distâncias entre pontos amostrais maille<-NULL for(m in 1:length(Bk)){ Px<-c(h.b.a.f.p1[,1])###Coordenadas X Py<-c(h.b.a.f.p1[,2])###Coordenadas Y Pxy<-cbind(Px,Py) plot(Pxy) sqx<-seq(min(Px)+Bk[m],max(Px),25)###Sequência de distancias em X sqy<-seq(min(Py)+Bk[m],max(Py),25)###Sequência de distancias em Y for(j in 1:length(Px)){ for(k in 1:length(Py)){ n.pontos<-1:length(Px) xx=sqx[j] ###Coordenada X presente ou não nesta posição yy=sqy[k] ###Coordenada Y presente ou não nesta posição xyc=cbind(xx,yy) xyc=xyc[apply(xyc, 1, function(x)!any(is.na(x))), drop=F] ###Remove linhas se NA maille=rbind(maille,c(xyc,n.pontos,Bk[m]))###Resultado }}} # Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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adicionar curva de ajuste no grafico
by Gilson Sanchez 16 Jun '11

16 Jun '11

Pessoal mais uma vez com minhas coisas. O seguinte estou tentando fazer um grafico de fotossintese com pontos que representam a média e desvio padrão em diferente intesidades de luz que variam de 0 até 2000. Mas eu quero adicionar uma curva de ajuste [por exemplo dada pela equação A.Det~a+b/(1+exp(-(PAR-c)/d))]. Como estimo os valores de a,b,c e d; de esta equação? Como eu posso adcioar esse ajuste no meu grafico... da pra fazer isso? Desde já agradeço dados http://www.datafilehost.com/download-061180ff.html CMR: require(XLConnect) especie<-loadWorkbook("especie1.xls", create= FALSE) especie1<-readWorksheet(especie, sheet="especie.1") especie1 attach(especie1) #------------------------------------------------------------------------- #Média especie.me <- tapply(especie1$A.Det, INDEX = especie1$PAR, FUN = mean) especie.me plot(especie.me) #Luz luz<-c(0,25,50,75,100,500,1000,1500,2000) #Desvio padrão especie.sd <- tapply(especie1$A.Det, INDEX = especie1$PAR, FUN = sd) especie.sd #Amplitude total especie.le <- tapply(especie1$A.Det,INDEX = especie1$PAR, FUN = length) especie.le especie.se <- especie.sd / sqrt(especie.le) especie.se plot(especie.me~luz) stripchart(especie.me~luz, ylim=c(-1,5), vert = TRUE, pch = 1, method = "jitter", jit = 0.05, xlab = "PAR", ylab = "Fotossintese", data=especie1) points(1:9, especie.me, pch = 16, col=2,cex = 1.0) arrows(1:9, especie.me, 1:9, especie.me + especie.se, lwd = 1.5, angle = 90, length = 0.1, col=2, add=TRUE) arrows(1:9, especie.me,1:9, especie.me - especie.se, lwd = 1.5, angle = 90, length = 0.1, col=2) abline(h=0, lty=4) MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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3D waterfall plot
by Marcelo Claro de Souza 16 Jun '11

16 Jun '11

Olá, Estou tentando plotar 3 espectros na mesma figura e gostaria de fazer um gráfico waterfall 3d. Eu utilizava esse tipo de figura no origin, como posso fazer isso no R? meus dados estão dispostos da seguinte maneira: counts, deciduous, semideciuous, evergreen eu quero que o counts seja o Y, no caso será o mesmo p todos e cada uma das três colunas será um espectro. Muito obrigado.

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Dificuldade para manipular interlavo de minutos.
by Augusto Ribas 15 Jun '11

15 Jun '11

Ola pessoal, estou aqui tendo problemas para usar horas com o R. Bem basicamente o que eu queria fazer é o seguinte, fiquei observando uns propágulos de macrófitas descendo o rio, ai marcando que horas eu os via. Quando subia algum barquinho eu marcava numa planilha barco subiu, e continuava marcando. Ai ficou uma planilha mais ou menos assim: classe hora s 06:45 s 08:30 s 09:17 b 10:20 b 10:30 b 10:40 b 11:10 b 11:22 b 11:33 onde "s" é sem barco e "b" com barco ai a partir dessa planilha eu queria gerar uma planilha com a diferença de tempo entre cada propágulo, tipo linha 2 - linha 1 por classe; segue um código do que estive fazendo e no final algumas perguntas: ############################################################## # exemplo hora<-c("11:33","9:17","6:45","8:30","10:20","10:30","10:40","11:10","11:22") classe<-c("b",rep("s",3),rep("b",5)) exemplo<-data.frame(cbind(classe,hora)) exemplo #transformando em hora exemplo$hora<-as.POSIXct(strptime(exemplo$hora,format="%H:%M")) exemplo #organizando a planilha por hora exemplo<-exemplo[order(exemplo$hora),] exemplo #o que eu preciso são as diferenças de tempo assim: difftime(exemplo[2,2],exemplo[1,2]) #tentando gerar a planilha que gostaria com um loop de for e um if dif<-NA evento<-NA for (n in 1:(nrow(exemplo)-1)) { if(exemplo$classe[n+1]==exemplo$classe[n]) { dif[n]<-difftime(exemplo[n+1,2],exemplo[n,2]) evento[n]<-exemplo$classe[n] } } final<-data.frame(cbind(evento,dif)) final #########################################################################3 Bem, estou quebrando cabeça aqui, se alguem puder dar uma luz no seguinte: 01 - Porque o difftime se torna um numero quando o loop o coloca dentro do dif? O Dif tem que ser de antemão da classe Date-time? 02 - Porque o evento ali sai numeros e não a classe s ou b? 03 - no meu final, eu nao quero a diferença de tempo da hora que ta trocando de sem barco pra com barco, onde fica NA, como eu faria fazer aquilo nao existir? Tem que colocar algo no else pra não realizar nenhuma operação? 04 - A mensagem truncated se dar por causa do if não calcular a diferença da linha 4 com a 3? Bem é isso, se alguem puder ajudar... -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Re: [R-br] Plotar dois tipos de gráficos em uma mesma janela gráfica com a lattice
by Ivan Bezerra Allaman 15 Jun '11

15 Jun '11

Valeu Walmes! Quanto a sua inequação, eu tenho uma outra bem mais realística e menos poética. if(necessidade + disposição = tempo) "êxito" else "fudeu" rsrsrsrsr. Abração e obrigado de novo. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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