Junho 2011 - R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Funcionamento (implementação) da função apply (lapply) em loops
by Junior Beleti 26 Jun '11

26 Jun '11

Muito obrigado pelas dicas sobre como visualizar o fonte das funções "apply". E obrigado Benilton pela explicação que foi esclarecedora. Vou continuar minhas pesquisas sobre programação paralela no R. Abraço a todos.. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

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Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
by Ivan Bezerra Allaman 24 Jun '11

24 Jun '11

Boa tarde Hugo! Ainda não estou conseguindo ler o seu arquivo. O que pode ser trivial para vc, para nós que estamos querendo ajudar as vezes não é. Por exemplo, salvei o seu arquivo com o nome de "clipboard", e mesmo assim a leitura do arquivo não sai. É preciso que vc passe detalhadamente o CMR, desde a leitura dos dados até a execução dos comandos. Não seria necessário primeiro um read.csv, read.table, ...., etc para ler o arquivo? Percebe-se que o seu CMR ainda está incompleto, pois "clone" em nenhum momento é requisitado pelas funções. Eu tenho um pouco de experiência com a "graphics", por isso é provável que eu possa ajudá-lo. Se vc quer utilizar a distância de Mahalanobis, procure por pacotes que tenham esta metodologia, pois ser digitar ?dist verás que não tem a metodologia de Mahalanobis. Instale a library "sos" para procurar por pacotes que tenha tal metodologia. install.packages("sos") library(sos) ???"Mahalanobis distance" Abraço. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Ajuda com pacote Chron / Horas
by Rafael Garcia Cunha 23 Jun '11

23 Jun '11

Boa noite! Estou com um problema e gostaria de saber se algum de vocês poderia me ajudar. Estou gerando um Processo de Poisson não homogêneo com valores compreendidos entre 0 e 1. A ideia é que estou pensando em um banco e o 0 representa 10:00 h e o 1 representa 16:00 h. Gero os valores de 0 até 1 [que representam os instantes de ocorrências do processo de Poisson] e aplico a função "times" do pacote "chron" para que transforme esses valores em horas. Só que as horas geradas estão compreendidas ao longo de um dia, de 00:00 h até 23:59. Alguém sabe alguma maneira de colocar algo como "from = 10:00:00 to = 16:00:00" no pacote chron? Ou alguma outra maneira que eu possa resolver esse problema? Atenciosamente, Rafael Cunha # lambda(t) = 12 - t , 0 <= t <= 1 # max(lambda) = 12 library(chron) proc.5 <- function(T = 1){ t <- 0 I <- 0 S <- 0 U <- runif(1) while(t < T){ t <- t - 1/12*log(U) V <- runif(1) if(V <= 12 - t){ I <- I + 1 S[I] <- t } } return(S[-length(S)]) } x <- proc.5() times(x) -- YNWA

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n misterioso
by Cristiano Strieder 21 Jun '11

21 Jun '11

Qndo chamo a função,mesmo sem pasar o valor de "n", ela executa normalmente. Porque? E debugando observo que "n" é um vetor de 15 posições. Como "n" adquire esse valor? dsad <- Vectorize(FUN= function(y,a,lambda){ poi <- function(y,n){ w <- y*log(a*n)-lfactorial(y)-a*n exp(w) } f1 <- function(n){ dexp(n,rate=lambda) * poi(y,n) } integrate(f1,0,Inf)$value }, "y") dsad(1,0.1,0.1)

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Teste de friedman
by Fernanda Balbino 21 Jun '11

21 Jun '11

Olá, Gostaria de saber como deve ser a entrada dos dados para realizar o teste de friedman, estou olhando as informações do help mas não entendi como devo inserir os dados e o grupo e blocos. Em uma tentativa que fiz deu erro 'groups' faltante. Obrigada. Fernanda.

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Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
by Ivan Bezerra Allaman 21 Jun '11

21 Jun '11

Neto, acho que seu exemplo não é reproduzível. Veja. require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043")soca35 <- matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do Excel # Erro em scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, : scan() esperava 'a real', obteve 'require(graphics)' Não estaria faltando o arquivo "clipboard"? De qualquer maneiro, nos envie um Código mínimo reproduzível (CMR) para que possamos ajudá-lo. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Aplicar teste CSR de Pearson a uma matriz
by Alexandre dos Santos 21 Jun '11

21 Jun '11

Boa tarde Pessoal, Tenho uma matriz que corresponde a dados de contagem em quadrats e gostaria de saber se tem como aplicar o teste de CSR de Pearson sobre os resultados da contagem, bom o spatstat faz por exemplo, mais queria fazer sem entrar com as coordenadas e criar um window, Alguem conhece algum pacote que faz diretamente sobre a matriz de resultados, Obrigado, > quadrat.ants [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [1,] 11 12 13 NA NA 16 17 18 19 20 [2,] 22 24 26 28 0 32 34 36 38 40 [3,] 33 36 39 42 45 48 51 54 57 60 [4,] 44 0 52 56 60 64 68 72 76 80 [5,] 55 60 65 70 75 80 85 0 95 100 [6,] 66 72 78 84 90 96 102 108 114 120 [7,] 77 84 91 98 105 112 119 126 133 140 [8,] 88 96 104 112 120 128 136 144 152 160 [9,] 99 108 117 126 135 144 153 162 171 NA [10,] 110 120 130 140 150 160 170 180 NA NA Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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Granularidade dos eixos
by Vinicius Brito Rocha 21 Jun '11

21 Jun '11

Senhores, como fazer a granularidade dos eixos aumentarem? Quere intervalos menores, por exemplo : a escala está de 50 em 50, gostaria que fosse exibido de 10 em 10. Abs. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Lendo formato HTML
by Leonard Assis 21 Jun '11

21 Jun '11

Bom dia Tenho que acessar uma tabela em uma página asp. tenho duas perguntas simples: 1. consigo ler estes arquivos no R sem precisar converter para, por exemplo, CSV? 2. Em caso positivo, existe como saltar as 2 primeiras linhas, pois os dados começam na linha 3. Cabeçalho está na linha 2. uma base de dados que pode ser usada como exemplo seriam as disponíveis pra download no site das loterias da Caixa (Diferença é que estes estão em .zip e com o htm incluido). Já lidei com esses dados, na época eu optei por importar no excel e salvar como CSV. Portanto, aguardo sugestões de como ler uma tabela no formato html direto no R. Segue o link da caixa como exemplo de base de dados similar. http://www1.caixa.gov.br/loterias/_arquivos/loterias/D_megase.zip

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Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
by Zeni 21 Jun '11

21 Jun '11

Pessoal, boa noite! Vou repassar na íntegra a minha dúvida que postei no R_STAT (grupo do yahoo) aqui no r-br. Estou tentando desenvolver um cluster e tenho duas linhas de comando distintas, vou tentar explicar o cenário: - Já tenho a matriz de distância de Mahalanobis (matriz de similaridade) e que no caso não está padronizada; - Preciso fazer o método de ligação UPGMA; A primeira linha de comando está abaixo: require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do Excel # x=dist(soca35,method="euclidean") #Não conseguir Mahalanobis# hc=hclust(x,method="average") (dend1=as.dendrogram(hc)) plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE) abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser cortar o cluster # São dois problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor com os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma; 2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um pouco mais estendida, talvez indo até 170; 3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar procedimento A segunda linha de comando: library(cluster) soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=82) is.matrix(soca35) sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE) #Cultivares cultivares=c("RB925211","SP70-1143","RB91537","SP91-1049","RB943339","RB971537", "RB72454","RB855511","RB855156","RB835486","IAC86-2210","RB912695","RB945065", "RB945962","RB947532","RB936001","RB965586","RB931604","RB957751","SP85-3877", "RB961005","RB966920","SP89-1115","Laica98-208","RB855035","SP80-3280", "RB947501","RB835089","RB872552","CO434","RB946915","IAC87-3396","RB855063", "RB9620","RB961530","SP70-1284","SP80-1842","RB83102","RB855563","RB855536", "RB945961","RB945956","IAC93-7009","H83-9998","RB9557","RB896342","RB961527", "RB961539","SP71-6949","SP83-2847","RB946022","RB957712","RB945954","CB45-155", "L60-14","RB951015","RB867515","RB9364","RB93522","RB957689","RB92606", "RB971551","RB71114","RB962002","RB965921","RB855127","RB915124","RB935860", "RB941531","RB915141","RB735200","RB965911","RB855322","RB855206","RB945964", "RB92508","RB863129","RB925345","RB957610","RB956911","CO775","RB739735") dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc)) pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ") abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) Problemas: 1º Quando consegui colocar o nome das indivíduos, no comando pltree não consigo deixar na horizontal como no primeiro exemplo; 2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis, pois como não acusa erro, se retirar o metric="mahalanobis" também funciona, gerando o mesmo resultado Se pudesse exemplificar todo o meu dilema, gostaria de encontrar um gráfico como no trabalho abaixo (Figura 2): http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452 No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito sucesso, como no comando pvclust() também não. Alguém poderia me ajudar? Abraços

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