Junho 2011 - R-br - DINF UFPR

gerar diversos subconjuntos
by Vinicius Brito Rocha 27 Jun '11

27 Jun '11

Senhores, estou com um problema muito peculiar. Preciso geara diversos subconjuntos, para ent'ao obter os histogrmas de cada um. Num primeiro momento estou mais preocupado com os subconjuntos do que com os histogramas. Note que tenho um data frame, com um output continuo e diversos fatores, cada um com diversos níveis. A idéia é obter todos os subconjuntos possíveis para a variável resposta, a partir dos fatores e então construir todos os histogramas possíveis. Pensei em alguma coisas com lapply, mas não obtive sucesso. Alguém tem alguma sugestão? abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
by Ivan Bezerra Allaman 27 Jun '11

27 Jun '11

Bom dia Hugo! Após passar dias estudando para chegar em um gráfico semelhante ao que você estava querendo, creio consegui me aproximar uns 90%. Perceberás que o eixo x não está no topo como no da figura do artigo. Mandei um email para o criador da ggplot2 (pacote que usei para elaborar o gráfico) e ele me disse que não é possível ainda colocar o eixo x no topo do gráfico, mais que está trabalhando para que isso seja possível nas próximas versões. Creio que com o CMR que lhe enviarei será possível você manipulá-lo da maneira que lhe for mais conveniente. Para outros esclarecimentos consulte o site http://had.co.nz/ggplot2/. Segue o CMR abaixo: require(graphics) require(utils) require(ggplot2) require(NeatMap) dHN <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/DadosHugoNeto.txt',h=T) dendHN <- hclust(dist(sqrt(dHN)),method='complete') clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") ggplot.default() + opts(panel.background = theme_blank(), panel.grid.major = theme_blank(), panel.grid.minor = theme_blank(), legend.position ='none', axis.title.x = theme_blank(), axis.title.y = theme_blank(), axis.text.y = theme_text(angle=0,size=8))+ scale_x_continuous(breaks=seq(0:11),labels=seq(0,0.5,by=0.045))+ scale_y_continuous(breaks=seq(1:66),labels=clones) + geom_vline(xintercept=2.2,colour='red',linetype=2)+ geom_text(aes(x=2.6,y=-1,label='0.06',colour='red',size=5)) + geom_text(aes(x=3.1,y=67,label='Magic method',colour='red',size=5))+ geom_text(aes(x=5.3,y=30,label='88',colour='green',size=5))+ draw.dendrogram(dendHN, dendro.dir="right") Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Re: [R-br] MANOVA! Comparações múltiplas multivariadas!
by Thiago De paula protásio 27 Jun '11

27 Jun '11

Entendi Ivan; Talvez seja uma boa opção mesmo.....usar a manova com caráter exploratório e partir para outras técnicas multivariadas.....ou um "fazer um mix" entre multivariada e univariada. Mas pelo que eu andei lendo a aproximação Bonferroni pode ser utilizada para esse tipo de comparação, mas este tópico de comparação múltipla multivariada tem poucas coisas implementadas nos softwares, mas como o R evolui a cada minuto...... Por isso recorri a ajuda de vcs! Muito obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Re: [R-br] MANOVA! Comparações múltiplas multivariadas!
by Ivan Bezerra Allaman 27 Jun '11

27 Jun '11

Thiago, A abordagem de comparações múltiplas sob o enfoque multivariada salve engano é diferente da abordagem univariada. Quando a hipótese de nulidade é rejeitada, você deve buscar métodos como cluster analisys, discriminante entre outras. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Re: [R-br] help - Ajuda com seleção de dados de uma coluna e criação de funções.
by Rafael Fernandes 27 Jun '11

27 Jun '11

Olá pessoal, Valeu pela ajuda, eu é que tava selecionando errado, agora já deu certo. Obrigado pela ajuda de todos. Em 27 de junho de 2011 11:59, Rafael Fernandes <rafadreux(a)gmail.com>escreveu: > Olá pessoal, agora eu consegui ler a tabela, com o read.csv, e trocando os > ; por , no notepad, e selecionando com o comando x2 = x1[1:49,4]. > Também consegui fazer o summary(x2), mas não estou conseguindo fazer a soma > total desse x1, é só sum(x1). > > > 2011/6/26 Rafael Fernandes <rafadreux(a)gmail.com> > >> Olá, segue em anexo parte da tabela que estou tentando trabalhar. >> Estou lendo com o read.table(). >> >> Em 23 de junho de 2011 12:01, Felipe Emanoel Barletta Mendes < >> felipe(a)leg.ufpr.br> escreveu: >> >> Rafael, pode enviar uma parte dos dados? >>> E como você está lendo eles no R? >>> >>> >>> Rafael Fernandes >>> > Cuntinua dando o mesmo erro de mudar os números. >>> > Não sei o que está acontecendo. >>> > >>> > Em 22 de junho de 2011 10:10, Felipe Emanoel Barletta Mendes < >>> > felipe(a)leg.ufpr.br> escreveu: >>> > >>> >> Rafael se dia é uma tabela de de 4 colunas e você quer selecionar os >>> >> valores de 2 a 49 desta coluna faça desta forma: >>> >> >>> >> >>> >> PAR<-dias[2:49,4] >>> >> PAR<-as.numeric(PAR) >>> >> >>> >> Seu objeto dias é um data frame? >>> >> is.data.frame(dias) >>> >> Se não for, transforme em data frame.Fica melhor para trabalhar com >>> ele. >>> >> as.data.frame(dias) >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> Rafael Fernandes >>> >> > Olá, eu acho que não adiantou, pq eu fiz o seguinte comando: >>> >> > >>> >> >> PAR <- as.numeric(dias$V4[2:49]) >>> >> > E deu esse resultado: >>> >> >> PAR >>> >> > [1] 1 1 2 1 1 1 1 1 1 5 7 13 41 14 24 32 40 53 62 71 73 >>> 46 >>> >> 80 >>> >> > 64 >>> >> > 66 >>> >> > [26] 57 60 43 26 42 50 34 10 11 28 35 17 8 2 2 3 1 1 1 1 1 >>> 1 >>> >> 1 >>> >> >> >>> >> > Que não é a quarta coluna dos valores 2 a 49. >>> >> > Sendo que o objeto "dias" é uma tabela de 4 colunas e eu quero >>> >> selecionar >>> >> > a >>> >> > quarta. >>> >> > Por favor me ajudem. >>> >> > >>> >> > >>> >> > >>> >> > Em 21 de junho de 2011 12:07, Felipe Emanoel Barletta Mendes < >>> >> > felipe(a)leg.ufpr.br> escreveu: >>> >> > >>> >> >> Olá rafael. >>> >> >> >>> >> >> O que acontece é que seus dados estão como fator. >>> >> >> Você precisa transformá-lo em numeric. >>> >> >> >>> >> >> dados$coluna<-as.numeric(dados$coluna) >>> >> >> >>> >> >> >>> >> >> >>> >> >> >>> >> >> Rafael Fernandes >>> >> >> > Olá Felipe, >>> >> >> > Eu não consegui fazer com que a função >>> >> >> > >>> >> >> >>soma = sum(c)*3.6 >>> >> >> > >>> >> >> > leia os dados, porque eu acho que eles não estão em uma coluna, >>> >> estão >>> >> >> só >>> >> >> > como uma sequência de números. >>> >> >> > Dá o seguinte erro: >>> >> >> > >>> >> >> >>Error in Summary.factor(c(1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, >>> >> 7L, >>> >> >> : >>> >> >> > sum not meaningful for factors >>> >> >> > >>> >> >> > Como faço para mudar? >>> >> >> > >>> >> >> > Em 17 de junho de 2011 22:55, Felipe Emanoel Barletta Mendes < >>> >> >> > felipe(a)leg.ufpr.br> escreveu: >>> >> >> > >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> Rafael, >>> >> >> >> >>> >> >> >> Talvez isto lhe ajude: >>> >> >> >> >>> >> >> >> ===== criando matriz >>> >> >> >> x<-rnorm(200) >>> >> >> >> y <- rnorm(200) >>> >> >> >> dados <- data.frame(x,y) >>> >> >> >> head(dados) >>> >> >> >> >>> >> >> >> ===== selecionando a coluna y >>> >> >> >> dados2<-as.vector(dados[,2]) >>> >> >> >> soma <- function(c) >>> >> >> >> { >>> >> >> >> resp <- sum(c)*3.6 >>> >> >> >> resp >>> >> >> >> } >>> >> >> >> soma(dados2) >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> Rafael Fernandes >>> >> >> >> > Olá, gostaria de saber como selecionar uma coluna de uma >>> tabela, >>> >> e >>> >> >> >> criar >>> >> >> >> > uma >>> >> >> >> > nova tabela com esses dados. E aí eu queria fazer uma função >>> que >>> >> >> some >>> >> >> >> essa >>> >> >> >> > coluna e multiplique por 3,6. >>> >> >> >> > >>> >> >> >> > Obrigado. >>> >> >> >> > >>> >> >> >> > -- >>> >> >> >> > Rafael Dreux Miranda Fernandes >>> >> >> >> > Estudante de Graduação em Engª Agronômica >>> >> >> >> > http://opinioesrafadreux.blogspot.com/ >>> >> >> >> > _______________________________________________ >>> >> >> >> > R-br mailing list >>> >> >> >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> >> >> >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >> >> >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> >> >> forneça >>> >> >> >> > código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> >>> >> >> >> >>> >> >> >> Felipe E. Barletta Mendes >>> >> >> >> (41)9189-5198 >>> >> >> >> (41)3025-2150 >>> >> >> >> (41)3328-7216 >>> >> >> >> http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:felipe >>> >> >> >> >>> >> >> >> _______________________________________________ >>> >> >> >> R-br mailing list >>> >> >> >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> >> >> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> >> >> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> >> forneça >>> >> >> >> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> >>> >> >> > >>> >> >> > >>> >> >> > >>> >> >> > -- >>> >> >> > Rafael Dreux Miranda Fernandes >>> >> >> > Estudante de Graduação em Engª Agronômica >>> >> >> > http://opinioesrafadreux.blogspot.com/ >>> >> >> > >>> >> >> >>> >> >> >>> >> >> Felipe E. 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Re: [R-br] Sites para colocar arquivos para ser lido no R
by Ivan Bezerra Allaman 27 Jun '11

27 Jun '11

Aeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee Beniltovisk!!! Valeuuuuuuuuuuuuuu agora ficou certinho. Muito obrigado! Gustavo, o link é esse: http://pastebin.com/kByUsY7d. Perceba que o arquivo não fica da maneira como foi colado antes. O R lê certinho, mais fica da maneira que está aí no link, e esta configuração não está correta. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Re: [R-br] Sites para colocar arquivos para ser lido no R
by Ivan Bezerra Allaman 27 Jun '11

27 Jun '11

Bom dia pessoal! Desde já agradeço a atenção de todos. Daniel, não deu certo com o dropbox. Fiz o meu cadastro, o download, criei a pasta, no entanto, quando clico com o mouse no botão direito em cima da pasta ou do arquivo txt, não aparece as opções que vc falou. Já procurei em tudo qualquer barra de ferramentas e não entrei nada que me gerasse um link. Gustavo, deu quase certo. O problema é que quando submeto o arquivo, ele modifica o arquivo. Veja as figuras em anexo antes de submeter o arquivo e depois de submetido. Gostaria que o arquivo ficasse do jeito que foi colado. Se puder me ajudar, fico grato. Quero aprender isso para poder ajudar o pessoal aqui do grupo mesmo, para que os códigos sejam mais otimizados, sem precisar fazer o downloado do arquivo. Obrigado a todos! Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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MANOVA! Comparações múltiplas multivariadas!
by Thiago De paula protásio 27 Jun '11

27 Jun '11

Prezados membros da R-br; Novamente recorro a experiência e conhecimento de vcs. Estou trabalhando com a análise de variância multivariada (manova). Obtive sucesso utilizando a função manova, mas como a hipótese de efeitos iguais para os tratamentos foi rejeitada gostaria de realizar a comparação múltipla das médias. Alguém conhece funções implementadas no R ou já trabalhou com comparações múltiplas multivariadas? Muito obrigado! Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Sites para colocar arquivos para ser lido no R
by Ivan Bezerra Allaman 26 Jun '11

26 Jun '11

Bom tarde senhores! Alguém conhece algum site onde eu possa disponibilizar um arquivo que possa ser lido pelo nosso grupo? Por exemplo, tem professores que disponibilizam arquivos via suas páginas pessoais, para que possa ser usado em um código mínimo reproduzível. Algo como: dados <- read.?('http://blablablabla/arquivo.?) Como eu não tenho site, gostaria de saber se alguém conhece algum site onde eu possa fazer algo semelhante ao exemplo. Já tentei usar o google docs por meio de um tutorial de um blog, mais o link gerado pelo google docs não está sendo lido pelo R. dweb <- read.csv('http://spreadsheets.google.com/spreadsheet/pub?key=0AiaQxeatudIYdHFSLWcxNTV…',header=TRUE) Erro em file(file, "rt") : não é possível abrir a conexão Obrigado mais uma vez. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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odfWeave: tabelas com estilo ABNT
by Jakson Alves de Aquino 26 Jun '11

26 Jun '11

Olá a Todos! Preparei um script que modifica os estilos do odfWeave, tornando as tabelas mais próximas do sugerido pela ABNT. Os interessados deverão ler a seção 9.5 do "R para Cientistas Sociais" e examinar os arquivos: novo_estilo_odfWeave.R analisar_senado_2006.R exemploWeave2.odt O RparaCS (pdf e dados) está disponível em: http://www.lepem.ufc.br/aquino.php Encontrei as sugestões da ABNT para formatação de tabelas em: http://www2.unopar.br/tccs_adm/manual_adm/abnt_elementos_de_apoio_ao_texto.… Se alguém tiver alguma sugestão de melhoria, por favor, escreva. Até+, -- Jakson Aquino

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