[R-br] Obtenção de matriz completa

Luiz Roberto Martins Pinto luizroberto.uesc em gmail.com
Quarta Fevereiro 10 12:54:00 BRST 2016


Mauricio,

1) Penso que seja apropriado que um tema novo seja encaminhado por meio de
e-mail específico. Fica mais fácil o acompanhamento da discussão e os
e-mails ficam menos poluídos.

2) Estou interessado na geração de matriz de dissimilaridade com dados
qualitativos e quantitativos. Qual é a função que você está utilizando? Ou,
que tipo de distancia está utilizando?

Luiz Roberto.



Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc em gmail.com
skype: lrmpinto
http://lattes.cnpq.br/2732314327604831



Em 9 de fevereiro de 2016 14:55, <mau.gm em hotmail.com> escreveu:

> Boa tarde.
> Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de
> dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira.
> Entretanto só consigo visualizar parte da matriz.  Como obter a matriz
> completa e salvá-la em planilha Excel?
>
> Obrigado
>
> Maurício Silva
>
> Enviado do Outlook Mobile <https://aka.ms/blhgte>
>
>
>
> On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>
> wrote:
>
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>         https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
>         r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
>         r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
>    1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos)
>    2. Re: Função com vários if e else if que não é
>       SpatialGridDataFrame (Éder Comunello)
>    3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello)
>    4. Re: Função com vários if e else if que não é
>       SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS)
>    5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures)
>    6. Re: Bug report (Leonard Assis)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC)
> From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Bug report
> Message-ID:
>         <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo em mail.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria
> contatar os autores e/ou mantenedores do pacote:
> https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, --
> Thiago V. dos Santos
> PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota
>
>     On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <
> assis.leonard em gmail.com> wrote:
>
>
>  <!--#yiv2394202994 _filtered #yiv2394202994 {font-family:"Cambria
> Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;} _filtered #yiv2394202994
> {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}#yiv2394202994
> #yiv2394202994 p.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994
> li.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 div.yiv2394202994MsoNormal
> {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",
> sans-serif;}#yiv2394202994 a:link, #yiv2394202994
> span.yiv2394202994MsoHyperlink
> {color:#0563C1;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 a:visited,
> #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlinkFollowed
> {color:#954F72;text-decoration:underline;}#yiv2394202994
> span.yiv2394202994EstiloDeEmail17 {font-family:"Calibri",
> sans-serif;color:windowtext;}#yiv2394202994 .yiv2394202994MsoChpDefault
> {font-family:"Calibri", sans-serif;} _filtered #yiv2394202994
> {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}#yiv2394202994
> div.yiv2394202994WordSection1 {}-->Bom dia a todos  Eu estava (na verdade,
> ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.  O fato é que se
> descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo
> fazer para reportar este problema?
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo
> m�imo reproduz�el.
>
>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.html
> >
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> Um anexo não-texto foi limpo...
> Nome: não disponível
> Tipo: image/png
> Tamanho: 7861 bytes
> Descrição: não disponível
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.png
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
> Cc: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é
>         SpatialGridDataFrame
> Message-ID:
>         <
> CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Alexandre, bom dia!
>
> Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
>
> ### <code r>
> require(raster)
> require(sp)
>
> # RasterLayer inventado
> r <- raster(nrows=10, ncols=10)
> r <- setValues(r, 1:ncell(r))
> plot(r)
>
> band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame')  ### transforma em
> SpatialGridDataFrame
>
>
> ##Função para conversão DN para radiância - LISS III
> ---------------------------
> radconvL<-function(x, band = 2)
> {
>      Lmax <- switch(as.character(band),
>                     "2" = 120.64,
>                     "3" = 151.31,
>                     "4" = 157.57,
>                     "5" = 69.03,
>                     NA)
>
>      if (is.na(Lmax)) stop("invalid band")
>
>      Lmin = 0
>      Qmax = 127
>      x <- as.vector(as.matrix(x))
>      results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
>
>      x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax
>      if (class(results) == "SpatialGridDataFrame")
>          results em data[, 1] <- x
>      else if (is.data.frame(x))
>          results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results),
>              ncol = ncol(results)))
>      else results <- x
>      print(paste(band, Lmax))
>      print(results)
>      results
> }
> ######--
>
> teste2<-radconvL(band2, band = 2)
> spplot(teste2)
>
> teste3<-radconvL(band2, band = 3)
> teste1<-radconvL(band2, band = 1)
>
> ### </code>
>
>
>
>> ================================================
> Éder Comunello
> PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis
> Message-ID:
>         <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=
> c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Alexandre, boa tarde!
>
> Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas
> sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e
> veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto.
> Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória
> esteja em um bloco de endereço contínuo.
>
> Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou
> legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
>
> ### <code r>
> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439)
> n <- n*1000
>
> for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i]))))
> ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
>
> for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb")
> # 0.5 Mb
> # 3.3 Mb
> # 2.8 Mb
> # 62.9 Mb
> # 52.5 Mb
>
> x <- cbind(a, b, c, d, e)
> str(x)
>  # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
>
> print(object.size(x), units="Mb")
> # 121.9 Mb
>
> gc()
> ### </code>
>
>
>
>> ================================================
> Éder Comunello
> PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
>
>
>
>
> Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures <
> alexandre.loures em ymail.com> escreveu:
>
> > Boa tarde pessoal!
> >
> > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no
> > último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a
> > seguinte mensagem de erro:
> >
> > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
> >
> > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
> >
> > a = 30
> > b = 217
> > c = 181
> > d = 4123
> > e = 3439
> >
> > Total = 7990
> >
> > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o
> > erro supracitado.
> >
> >
> > Desde já muito obrigado!
> >
> >
> > --
> > *Alexandre Rodrigues Loures*
> > Doutorando em Economia Aplicada
> > Universidade Federal da Paraíba - UFPB
> > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA
> > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE
> > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge
> > [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.html
> >
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo não-texto foi limpo...
> Nome: iD icon.gif
> Tipo: image/gif
> Tamanho: 1221 bytes
> Descrição: não disponível
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.gif
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 4
> Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300
> From: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
> To: comunello.eder em gmail.com
> Cc: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é
>         SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO]
> Message-ID: <56B8FC47.6010309 em yahoo.com.br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
>
> Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!!
>
>         Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta
> a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes,
> sendo:
>
> radconvL <- function(x, band = 2) {
>       Lmax <- switch(band,
>                      "2" = 120.64,
>                      "3" = 151.31,
>                      "4" = 157.57,
>                      "5" = 69.03,
>                      NA)
>
>       if (is.na(Lmax)) stop("invalid band")
>       Lmin = 0
>       Qmax = 127
>       setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax)
> }
>
> library(raster)
> b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster"))
> test <- radconvL(b[[2]], band = 2)
>
> Abraços,
>
> --
> ======================================================================
> Alexandre dos Santos
> Proteção Florestal
> IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
> Campus Cáceres
> Caixa Postal 244
> Avenida dos Ramires, s/n
> Bairro: Distrito Industrial
> Cáceres - MT                      CEP: 78.200-000
> Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM)   (+55) 65 9686-6970 (VIVO)
> e-mails:alexandresantosbr em yahoo.com.br
>          alexandre.santos em cas.ifmt.edu.br
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680
> OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722
> Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10
> LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635
> ======================================================================
>
> Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu:
> > Alexandre, bom dia!
> >
> > Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
> >
> > ### <code r>
> > require(raster)
> > require(sp)
> >
> > # RasterLayer inventado
> > r <- raster(nrows=10, ncols=10)
> > r <- setValues(r, 1:ncell(r))
> > plot(r)
> >
> > band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame')  ### transforma em
> > SpatialGridDataFrame
> >
> >
> > ##Função para conversão DN para radiância - LISS III
> > ---------------------------
> > radconvL<-function(x, band = 2)
> > {
> >    Lmax <- switch(as.character(band),
> >                   "2" = 120.64,
> >                   "3" = 151.31,
> >                   "4" = 157.57,
> >                   "5" = 69.03,
> >                   NA)
> >
> >    if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band")
> >
> >    Lmin = 0
> >    Qmax = 127
> >    x <- as.vector(as.matrix(x))
> >    results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
> >
> >    x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax
> >    if (class(results) == "SpatialGridDataFrame")
> >        results em data[, 1] <- x
> >    else if (is.data.frame(x))
> >        results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results),
> >            ncol = ncol(results)))
> >    else results <- x
> >    print(paste(band, Lmax))
> >    print(results)
> >    results
> > }
> > ######--
> >
> > teste2<-radconvL(band2, band = 2)
> > spplot(teste2)
> >
> > teste3<-radconvL(band2, band = 3)
> > teste1<-radconvL(band2, band = 1)
> >
> > ### </code>
> >
> >
> >
> > ​
> > ================================================
> > Éder Comunello
> > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
> >
> >
> >
>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/319620ad/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 5
> Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300
> From: Alexandre Loures <alexandre.loures em ymail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder em gmail.com
> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis
> Message-ID: <56B91ED3.4040107 em ymail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"
>
> Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno!
>
> Meus objetos possuem:
>
> 72.7 Mb
> 455.6 Mb
> 382.4 Mb
> 8401.1 Mb
> 7009.7 Mb
>
> Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não
> consigo fazer o cbind dos cinco objetos.
>
>
>
>
> Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu:
> > Alexandre, boa tarde!
> >
> > Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas,
> > mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da
> > operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do
> > último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o
> > espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo.
> >
> > Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e
> > rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
> >
> > ### <code r>
> > n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439)
> > n <- n*1000
> >
> > for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i]))))
> > ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
> >
> > for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb")
> > # 0.5 Mb
> > # 3.3 Mb
> > # 2.8 Mb
> > # 62.9 Mb
> > # 52.5 Mb
> >
> > x <- cbind(a, b, c, d, e)
> > str(x)
> >  # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
> >
> > print(object.size(x), units="Mb")
> > # 121.9 Mb
> >
> > gc()
> > ### </code>
> >
> >
> >
> > ​
> > ================================================
> > Éder Comunello
> > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
> >
> >
> >
> >
> > Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures
> > <alexandre.loures em ymail.com <mailto:alexandre.loures em ymail.com
> <alexandre.loures em ymail.com>>> escreveu:
> >
> >     Boa tarde pessoal!
> >
> >     Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e).
> >     Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o
> >     erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
> >
> >     Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
> >
> >     Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
> >
> >     a = 30
> >     b = 217
> >     c = 181
> >     d = 4123
> >     e = 3439
> >
> >     Total = 7990
> >
> >     Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está
> >     reportando o erro supracitado.
> >
> >
> >     Desde já muito obrigado!
> >
> >
> >     --
> >     *Alexandre Rodrigues Loures*
> >     Doutorando em Economia Aplicada
> >     Universidade Federal da Paraíba - UFPB
> >     Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA
> >     Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE
> >     Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge>
> >     orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
> >     <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135>
> >
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> >     https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >     Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
> >     forneça código mínimo reproduzível.
> >
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> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a
> c�digo m�nimo reproduz�vel.
>
> --
> *Alexandre Rodrigues Loures*
> Doutorando em Economia Aplicada
> Universidade Federal da Paraíba - UFPB
> Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA
> Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE
> Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge
> orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 6
> Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200
> From: Leonard Assis <assis.leonard em gmail.com>
> To: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso em yahoo.com.br>,
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Bug report
> Message-ID:
>         <
> CAEG0FK8CG0H+4u5ZyS0uazg3hcG+w6GqaGDpwCxtf8-shgjF5A em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> É bug
> Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles).
> É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown
> Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" <
> thi_veloso em yahoo.com.br> escreveu:
>
> > Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria
> > contatar os autores e/ou mantenedores do pacote:
> > https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html
> >
> > Greetings,
> >  -- Thiago V. dos Santos
> >
> > PhD student
> > Land and Atmospheric Science
> > University of Minnesota
> >
> >
> > On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <
> > assis.leonard em gmail.com> wrote:
> >
> >
> > Bom dia a todos
> >
> > Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.
> >
> > O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta
> então
> > fica: como devo fazer para reportar este problema?
> >
> >
> >
> >
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> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�
> c�igo
> > m�imo reproduz�el.
> >
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> > código mínimo reproduzível.
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> Subject: Legenda do Digest
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> Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9
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