[R-br] Índice de concordância Kappa

[Cesar Rabak]

Leonardo,

É possível *quase* concordar como você!

Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte:

A hipótese nula é verdadeira ou falsa?

No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não há
"associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as proporções das
colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens.

Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo")
espera-se variações nos valores das células que difiram das proporções
"reais" e por isso faz-se o teste estatístico.

No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação acima
não seria totalmente verdadeira...

Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem
perder de vista a precisão da estimativa." o problema, é que  "*the devil
is in the detail*" como atestam as 'n' tentativas dos nossos antepassados
(desde Yule na déc. dos dez do século passado, até o Gwet [de quem comprei
o *librito* há um tempo atrás]), de definir a [medida da] "
dis/concordância"!

Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen sofre do
paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida dessa natureza,
o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP ou não (ele precisa
nos dizer como os dados foram colhidos e qual a interpretação para a
tabela), as medidas de associação, precisam ser interpretadas com cuidado,
por isso passei os links...

Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo *somente* o OP poderia
elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o
Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis categóricas
estivesse classificando o resultado da outra, o que me parece impossível
para os micro-organismos (a menos que a tabela indique se eles preferem a
companhia do outro, por exemplo), eu entendi a tabela como uma outra
instância do famoso exemplo de Snee para associação entre cor de cabelo e
cor dos olhos (os dados desse exemplo existem no R no *dataset* "
HairEyeColor").

 HTH
--
Cesar Rabak


2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle <
leonardof em leonardof.med.br>:

> Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença
> estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande
> haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os
> métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a
> dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa.
>
> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>
>
> Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
>
> Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
>
> Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não
> simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
>
>
>
> 2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira <
> andremoreirazoo em gmail.com>:
>
> Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o  Gewtt AC1.
>
> Abraços,
> André
>
> Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
> Brasil <emmanuel.brasil em gmail.com> escreveu:
>
> Andre,
>
> O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das
> observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do
> paradoxo do Kappa.
>
> O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de
> concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome
> dele. Gewtt AC1.
>
> http://www.agreestat.com/
>
> Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já
> usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
>
> epicalc::kap
>
> outras funções tambem legais.
> epiR::epi.kappa
> epibasix::epiKappa
>
> NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de
> concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância
> e confiabilidade.
>
> Abraço,
>
>
>
>
>
> Pedro Brasil
>
> Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira <
> andremoreirazoo em gmail.com> escreveu:
>
> Olá pessoal, tudo bem?
> Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é
> necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma
> espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para
> verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho
> buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso
> muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e
> interpretar os resultados.
>
> Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos
> parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso,
> melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se
> alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais
> segurança no uso desta técnica.
>
>
> Agradecido,
> André
>
>
>
> --
>
> *MSc. André Lucas de O. Moreira*
> http://lattes.cnpq.br/7258065668864153
> <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas>
> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas
> 79 8837-3562
> 79 9132-9093
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