[R-br] Índice de concordância Kappa

Sexta Novembro 6 22:51:54 BRST 2015

Sim, a importância do teste estatístico vem da variabilidade amostral.
Mas a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de
confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade
amostral, então eu não a desconsiderei.

De qualquer forma, acho que concordamos com uma coisa. Se alguém tem uma
concordância de 0,1 (kappa ou AC1), com intervalo de confiança de 95%
entre 0,05 e 0,15, a pessoa pode até dizer que a concordância é
estatisticamente significativa, mas mesmo assim os dois métodos
concordam muito pouco.

Com relação ao "diabo nos detalhes", eu não quis entrar nesse "detalhe",
porque já foi muito bem discutido anteriormente. Com certeza não adianta
ficar discutindo teste de hipótese versus estimação se aquilo que se
está testando/estimando não for interpretável (ou bem interpretado).

Att,

Leonardo Ferreira Fontenelle[1]

Em Sex 6 nov. 2015, às 19:08, Cesar Rabak escreveu:
> Leonardo,
>
> É possível *quase* concordar como você!
>
> Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte:
>
> A hipótese nula é verdadeira ou falsa?
>
> No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não
> há "associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as
> proporções das colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens.
>
> Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo") espera-
> se variações nos valores das células que difiram das proporções
> "reais" e por isso faz-se o teste estatístico.
>
> No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação
> acima não seria totalmente verdadeira...
>
> Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a
> dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa." o
> problema, é que  "*the devil is in the detail*" como atestam as 'n'
> tentativas dos nossos antepassados (desde Yule na déc. dos dez do
> século passado, até o Gwet [de quem comprei o *librito* há um tempo
> atrás]), de definir a [medida da] "dis/concordância"!
>
> Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen
> sofre do paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida
> dessa natureza, o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP
> ou não (ele precisa nos dizer como os dados foram colhidos e qual a
> interpretação para a tabela), as medidas de associação, precisam ser
> interpretadas com cuidado, por isso passei os links...
>
> Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo _somente_ o OP poderia
> elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o
> Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis
> categóricas estivesse classificando o resultado da outra, o que me
> parece impossível para os micro-organismos (a menos que a tabela
> indique se eles preferem a companhia do outro, por exemplo), eu
> entendi a tabela como uma outra instância do famoso exemplo de Snee
> para associação entre cor de cabelo e cor dos olhos (os dados desse
> exemplo existem no R no *dataset* "HairEyeColor").
>
> HTH
> --
> Cesar Rabak
>
>
> 2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle
> <leonardof em leonardof.med.br>:
>> __
>> Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença
>> estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente
>> grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o
>> quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo
>> *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da
>> estimativa.
>>
>>
>> Leonardo Ferreira Fontenelle[2]
>>
>>
>>
>> Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
>>> Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu
>>> problema.
>>>
>>> Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não
>>> simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na
>>> diferença?
>>>
>>>
>>>
>>> 2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira
>>> <andremoreirazoo em gmail.com>:
>>>> Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o  Gewtt AC1.
>>>>
>>>> Abraços, André
>>>>
>>>> Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano
>>>> do Brasil <emmanuel.brasil em gmail.com> escreveu:
>>>>> Andre,
>>>>>
>>>>> O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das
>>>>> observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por
>>>>> conta do paradoxo do Kappa.
>>>>>
>>>>> O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito
>>>>> de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem
>>>>> o nome dele. Gewtt AC1.
>>>>>
>>>>> http://www.agreestat.com/
>>>>>
>>>>> Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor
>>>>> que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater
>>>>> multireader.
>>>>>
>>>>> epicalc::kap
>>>>>
>>>>> outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa
>>>>>
>>>>> NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras
>>>>> estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a
>>>>> estatísticas de concordância e confiabilidade.
>>>>>
>>>>> Abraço,
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Pedro Brasil
>>>>>
>>>>> Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira
>>>>> <andremoreirazoo em gmail.com> escreveu:
>>>>>> Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me
>>>>>> deparei com uma situação em que é necessário comparar a
>>>>>> eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de
>>>>>> parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para
>>>>>> verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então
>>>>>> tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive
>>>>>> acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança
>>>>>> suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
>>>>>>
>>>>>> Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência
>>>>>> dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de
>>>>>> analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de
>>>>>> p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também
>>>>>> algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta
>>>>>> técnica.
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Agradecido, André
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>>
>>>>>> *MSc. André Lucas de O. Moreira*
>>>>>> http://lattes.cnpq.br/7258065668864153
>>>>>> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562[3]
>>>>>> 79 9132-9093[4]
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