[R-br] Remover NA: PCA

Domingo Junho 9 10:24:32 BRT 2013

Eu não recomendei sem os cabeçalhos. Eu recomendei sem a coluna 2 (label)
e, possivelmente, sem a coluna acet.
On Jun 9, 2013 4:49 AM, "Vinícius Lionel Mateus" <vinynegrelli em gmail.com>
wrote:

> Vou cuidar melhor dos CMR, Benilton.
> Tem como não incluir os nomes das colunas no PCA? Como fica a organização?
>
> Benilton, reproduzi a análise sem os cabeçalhos, conforme você sugeriu,
> mas também não houve sucesso.
>
> #carreguei meus dados conforme, mas agora indiquei que não existe cabeçalho
> > read.table(file = "clipboard", header = F, sep = "\t", dec = ",")-> TSF
> >TSF
> #chequei os nomes das colunas para confirmar
> > names(TSF)
>  [1] "V1"  "V2"  "V3"  "V4"  "V5"  "V6"  "V7"  "V8"  "V9"  "V10" "V11"
> "V12" "V13"
> #rodando o PCA
> > model <- prcomp(TSF, scale = TRUE)
> Erro em svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'
>
>
>
> Em 9 de junho de 2013 01:50, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com
> > escreveu:
>
>> Vc tem certeza que quer incluir "Label" na PCA? E ja' que estamos no
>> assunto, Acet tambem? A variavel Label e' texto e calcular media de
>> texto e' indefinido, portanto a falha... Sobre 'Acet', veja o seu
>> banco de dados e infira o motivo da minha sugestao.
>>
>> Deixo tbm uma recomendacao para leitura:
>> https://gist.github.com/benilton/1088208
>>
>> b
>>
>> Em 9 de junho de 2013 01:41, Vinícius Lionel Mateus
>> <vinynegrelli em gmail.com> escreveu:
>> > Simone,
>> > Obrigado testei a classe do objeto e realmente é um data.frame.
>> >
>> > Para tornar o exemplo mais reprodutível, compartilho o link dos dados:
>> > https://www.dropbox.com/s/qopz8pg29pe3z3p/2013%2005%2009%20PCA_R.xls
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > Em 7 de junho de 2013 22:37, Sérgio Henrique almeida da silva ju
>> > <sergio.edfisica em gmail.com> escreveu:
>> >
>> >> Bom, eu não chutei nada, só estou interpretando a saída do R. Mas, algo
>> >> mais reproduzível ajudaria mais.
>> >>
>> >> Abraços
>> >>
>> >>
>> >> Em 7 de junho de 2013 22:36, Benilton Carvalho
>> >> <beniltoncarvalho em gmail.com> escreveu:
>> >>
>> >>> Se o exemplo fosse de fato reproduzível, ninguém ficaria chutando
>> qual é
>> >>> o problema....
>> >>>
>> >>> On Jun 7, 2013 10:28 PM, "Sérgio Henrique almeida da silva ju"
>> >>> <sergio.edfisica em gmail.com> wrote:
>> >>>>
>> >>>> Simone
>> >>>>
>> >>>> Tanto faz você trabalhar com data.frame ou matriz, basta a variável
>> >>>> estar como numérica.
>> >>>>
>> >>>> Abraços
>> >>>>
>> >>>>
>> >>>> Em 7 de junho de 2013 22:25, Simone D. Sartorio
>> >>>> <sisartorio em yahoo.com.br> escreveu:
>> >>>>>
>> >>>>> Na verdade Sérgio, como vc está fazendo uma ACP, seu "x" deve ser
>> uma
>> >>>>> matriz e provavelmente seu "x" está como um data.frame
>> >>>>>
>> >>>>> Verifique a classe do seu "x" assim:
>> >>>>>
>> >>>>> class(x)
>> >>>>>
>> >>>>> Se a resposta for diferente de uma matriz, pronto, é só transformar
>> seu
>> >>>>> x em 1 matriz!
>> >>>>> ok?
>> >>>>>
>> >>>>> abraços
>> >>>>> Si
>> >>>>>
>> >>>>>
>> >>>>>
>> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
>> >>>>> *  Simone Daniela Sartorio
>> >>>>> *   Professora Adjunta I da UFSCar, Centro de Ciências Agrárias,
>> Campus
>> >>>>> Araras/SP.
>> >>>>> * Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica -
>> >>>>> ESALQ/USP;
>> >>>>> *   Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro.
>> >>>>>
>> >>>>>
>> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
>> >>>>>
>> >>>>> Tenha um bom dia! ;)
>> >>>>>
>> >>>>> ________________________________
>> >>>>> De: Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica em gmail.com>
>> >>>>> Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> >>>>> Enviadas: Sexta-feira, 7 de Junho de 2013 21:21
>> >>>>> Assunto: Re: [R-br] Remover NA: PCA
>> >>>>>
>> >>>>> O R esta entendendo que sua variavel não é numérica.
>> >>>>> Tente
>> >>>>> Tsfa$x = as.numeric(Tsfa$x)
>> >>>>> Em 07/06/2013 20:52, "Vinícius Lionel Mateus" <
>> vinynegrelli em gmail.com>
>> >>>>> escreveu:
>> >>>>>
>> >>>>> Prezados,
>> >>>>>
>> >>>>> Estou executando o seguinte CRM:
>> >>>>>
>> >>>>> read.table(file = "clipboard", header = TRUE, sep = "\t", dec =
>> ",")->
>> >>>>> TSF
>> >>>>> > TSF
>> >>>>> > names(TSF)
>> >>>>>  [1] "Date"  "Label" "PMF"   "BC"    "Acet"  "Form"  "Cl."   "NO3."
>> >>>>> "PO43." "SO42." "Na."   "K."
>> >>>>> [13] "Mg2."  "Ca2."  "NH4."
>> >>>>> > TSFa <- TSF[,2:15]
>> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, scale = TRUE)
>> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
>> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, na.rm = TRUE, scale = TRUE)
>> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
>> >>>>>
>> >>>>> Tentei diferentes métodos para remover o "NAs", mas não obtive
>> sucesso.
>> >>>>> Alguém tem alguma dica?
>> >>>>>
>> >>>>> --
>> >>>>> Vinícius
>> >>>>> --
>> >>>>> --
>> >>>>> Atenciosamente,
>> >>>>>
>> >>>>> VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc (
>> http://lattes.cnpq.br/6501001637020665)
>> >>>>> Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica
>> >>>>> Laboratório de Química Atmosférica - Departamento de Química
>> >>>>> Pontifícia Universidade Católica - Rio de Janeiro (PUC - Rio)
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>> forneça
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