[R-br] Remover NA: PCA

Domingo Junho 9 04:48:57 BRT 2013

Vou cuidar melhor dos CMR, Benilton.
Tem como não incluir os nomes das colunas no PCA? Como fica a organização?

Benilton, reproduzi a análise sem os cabeçalhos, conforme você sugeriu, mas
também não houve sucesso.

#carreguei meus dados conforme, mas agora indiquei que não existe cabeçalho
> read.table(file = "clipboard", header = F, sep = "\t", dec = ",")-> TSF
>TSF
#chequei os nomes das colunas para confirmar
> names(TSF)
 [1] "V1"  "V2"  "V3"  "V4"  "V5"  "V6"  "V7"  "V8"  "V9"  "V10" "V11"
"V12" "V13"
#rodando o PCA
> model <- prcomp(TSF, scale = TRUE)
Erro em svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

Em 9 de junho de 2013 01:50, Benilton Carvalho
<beniltoncarvalho em gmail.com>escreveu:

> Vc tem certeza que quer incluir "Label" na PCA? E ja' que estamos no
> assunto, Acet tambem? A variavel Label e' texto e calcular media de
> texto e' indefinido, portanto a falha... Sobre 'Acet', veja o seu
> banco de dados e infira o motivo da minha sugestao.
>
> Deixo tbm uma recomendacao para leitura:
> https://gist.github.com/benilton/1088208
>
> b
>
> Em 9 de junho de 2013 01:41, Vinícius Lionel Mateus
> <vinynegrelli em gmail.com> escreveu:
> > Simone,
> > Obrigado testei a classe do objeto e realmente é um data.frame.
> >
> > Para tornar o exemplo mais reprodutível, compartilho o link dos dados:
> > https://www.dropbox.com/s/qopz8pg29pe3z3p/2013%2005%2009%20PCA_R.xls
> >
> >
> >
> >
> > Em 7 de junho de 2013 22:37, Sérgio Henrique almeida da silva ju
> > <sergio.edfisica em gmail.com> escreveu:
> >
> >> Bom, eu não chutei nada, só estou interpretando a saída do R. Mas, algo
> >> mais reproduzível ajudaria mais.
> >>
> >> Abraços
> >>
> >>
> >> Em 7 de junho de 2013 22:36, Benilton Carvalho
> >> <beniltoncarvalho em gmail.com> escreveu:
> >>
> >>> Se o exemplo fosse de fato reproduzível, ninguém ficaria chutando qual
> é
> >>> o problema....
> >>>
> >>> On Jun 7, 2013 10:28 PM, "Sérgio Henrique almeida da silva ju"
> >>> <sergio.edfisica em gmail.com> wrote:
> >>>>
> >>>> Simone
> >>>>
> >>>> Tanto faz você trabalhar com data.frame ou matriz, basta a variável
> >>>> estar como numérica.
> >>>>
> >>>> Abraços
> >>>>
> >>>>
> >>>> Em 7 de junho de 2013 22:25, Simone D. Sartorio
> >>>> <sisartorio em yahoo.com.br> escreveu:
> >>>>>
> >>>>> Na verdade Sérgio, como vc está fazendo uma ACP, seu "x" deve ser uma
> >>>>> matriz e provavelmente seu "x" está como um data.frame
> >>>>>
> >>>>> Verifique a classe do seu "x" assim:
> >>>>>
> >>>>> class(x)
> >>>>>
> >>>>> Se a resposta for diferente de uma matriz, pronto, é só transformar
> seu
> >>>>> x em 1 matriz!
> >>>>> ok?
> >>>>>
> >>>>> abraços
> >>>>> Si
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
> >>>>> *  Simone Daniela Sartorio
> >>>>> *   Professora Adjunta I da UFSCar, Centro de Ciências Agrárias,
> Campus
> >>>>> Araras/SP.
> >>>>> * Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica -
> >>>>> ESALQ/USP;
> >>>>> *   Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro.
> >>>>>
> >>>>>
> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
> >>>>>
> >>>>> Tenha um bom dia! ;)
> >>>>>
> >>>>> ________________________________
> >>>>> De: Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica em gmail.com>
> >>>>> Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>>>> Enviadas: Sexta-feira, 7 de Junho de 2013 21:21
> >>>>> Assunto: Re: [R-br] Remover NA: PCA
> >>>>>
> >>>>> O R esta entendendo que sua variavel não é numérica.
> >>>>> Tente
> >>>>> Tsfa$x = as.numeric(Tsfa$x)
> >>>>> Em 07/06/2013 20:52, "Vinícius Lionel Mateus" <
> vinynegrelli em gmail.com>
> >>>>> escreveu:
> >>>>>
> >>>>> Prezados,
> >>>>>
> >>>>> Estou executando o seguinte CRM:
> >>>>>
> >>>>> read.table(file = "clipboard", header = TRUE, sep = "\t", dec =
> ",")->
> >>>>> TSF
> >>>>> > TSF
> >>>>> > names(TSF)
> >>>>>  [1] "Date"  "Label" "PMF"   "BC"    "Acet"  "Form"  "Cl."   "NO3."
> >>>>> "PO43." "SO42." "Na."   "K."
> >>>>> [13] "Mg2."  "Ca2."  "NH4."
> >>>>> > TSFa <- TSF[,2:15]
> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, scale = TRUE)
> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, na.rm = TRUE, scale = TRUE)
> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
> >>>>>
> >>>>> Tentei diferentes métodos para remover o "NAs", mas não obtive
> sucesso.
> >>>>> Alguém tem alguma dica?
> >>>>>
> >>>>> --
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> >>>>>
> >>>>> VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665
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> >>>>> Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica
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> >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>>>> código mínimo reproduzível.
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> >>>> Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública
> >>>> Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ
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