[R-br] Remover NA: PCA

Domingo Junho 9 09:49:40 BRT 2013

Tem uma variável como fator.

Você tem que transformar ela como numérica ou excluir da sua análise.

Abraços

str(TSFa)
'data.frame': 97 obs. of  14 variables:
* $ Label: Factor w/ 97 levels "TS-10 F","TS-11 F",..: 11 22 33 44 55 66 77
88 97 1 ...*
 $ PMF  : num  1.02 1.123 1.206 0.893 0.957 ...
 $ BC   : num  -0.0666 0.1347 0.0477 -0.2638 -0.2705 ...
 $ Acet : num  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Form : num  -1.72 -1.63 -1.77 -1.99 -1.91 ...
 $ Cl.  : num  -2.08 -2.14 -1.96 -2.24 -2.32 ...
 $ NO3. : num  -1.577 -2.027 -0.968 -1.287 -1.539 ...
 $ PO43.: num  -2.04 -2.16 -1.86 -2.19 -2.12 ...
 $ SO42.: num  -0.26 -0.0726 -0.1988 -0.3681 -0.4294 ...
 $ Na.  : num  -1.26 -1.51 -1.48 -1.3 -1.5 ...
 $ K.   : num  -0.772 -0.612 -0.541 -0.981 -0.952 ...
 $ Mg2. : num  -1.5 -1.92 -1.3 -1.75 -1.81 ...
 $ Ca2. : num  -1.244 -1.717 -0.972 -1.435 -1.422 ...
 $ NH4. : num  -0.768 -0.462 -0.886 -0.824 -0.807 ...

Em 9 de junho de 2013 01:41, Vinícius Lionel Mateus
<vinynegrelli em gmail.com>escreveu:

> Simone,
> Obrigado testei a classe do objeto e realmente é um data.frame.
>
> Para tornar o exemplo mais reprodutível, compartilho o link dos dados:
> https://www.dropbox.com/s/qopz8pg29pe3z3p/2013%2005%2009%20PCA_R.xls
>
>
>
>
> Em 7 de junho de 2013 22:37, Sérgio Henrique almeida da silva ju <
> sergio.edfisica em gmail.com> escreveu:
>
>> Bom, eu não chutei nada, só estou interpretando a saída do R. Mas, algo
>> mais reproduzível ajudaria mais.
>>
>> Abraços
>>
>>
>> Em 7 de junho de 2013 22:36, Benilton Carvalho <
>> beniltoncarvalho em gmail.com> escreveu:
>>
>> Se o exemplo fosse de fato reproduzível, ninguém ficaria chutando qual é
>>> o problema....
>>> On Jun 7, 2013 10:28 PM, "Sérgio Henrique almeida da silva ju" <
>>> sergio.edfisica em gmail.com> wrote:
>>>
>>>> Simone
>>>>
>>>> Tanto faz você trabalhar com data.frame ou matriz, basta a variável
>>>> estar como numérica.
>>>>
>>>> Abraços
>>>>
>>>>
>>>> Em 7 de junho de 2013 22:25, Simone D. Sartorio <
>>>> sisartorio em yahoo.com.br> escreveu:
>>>>
>>>>> Na verdade Sérgio, como vc está fazendo uma ACP, seu "x" deve ser uma
>>>>> matriz e provavelmente seu "x" está como um data.frame
>>>>>
>>>>> Verifique a classe do seu "x" assim:
>>>>>
>>>>> class(x)
>>>>>
>>>>> Se a resposta for diferente de uma matriz, pronto, é só transformar
>>>>> seu x em 1 matriz!
>>>>> ok?
>>>>>
>>>>> abraços
>>>>> Si
>>>>>
>>>>> *
>>>>> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
>>>>> *
>>>>> **  Simone Daniela Sartorio*
>>>>> *   Professora Adjunta I da UFSCar, Centro de Ciências Agrárias,
>>>>> Campus Araras/SP.
>>>>> * Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica -
>>>>> ESALQ/USP;
>>>>> *   Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro.
>>>>> *
>>>>> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***
>>>>> *
>>>>> *
>>>>>
>>>>>                 Tenha um bom dia! ;)
>>>>> *
>>>>>
>>>>>   ------------------------------
>>>>>  *De:* Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica em gmail.com>
>>>>> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>> *Enviadas:* Sexta-feira, 7 de Junho de 2013 21:21
>>>>> *Assunto:* Re: [R-br] Remover NA: PCA
>>>>>
>>>>> O R esta entendendo que sua variavel não é numérica.
>>>>> Tente
>>>>> Tsfa$x = as.numeric(Tsfa$x)
>>>>> Em 07/06/2013 20:52, "Vinícius Lionel Mateus" <vinynegrelli em gmail.com>
>>>>> escreveu:
>>>>>
>>>>> Prezados,
>>>>>
>>>>> Estou executando o seguinte CRM:
>>>>>
>>>>> read.table(file = "clipboard", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",")->
>>>>> TSF
>>>>> > TSF
>>>>> > names(TSF)
>>>>>  [1] "Date"  "Label" "PMF"   "BC"    "Acet"  "Form"  "Cl."   "NO3."
>>>>> "PO43." "SO42." "Na."   "K."
>>>>> [13] "Mg2."  "Ca2."  "NH4."
>>>>> > TSFa <- TSF[,2:15]
>>>>> > model <- prcomp(TSFa, scale = TRUE)
>>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
>>>>> > model <- prcomp(TSFa, na.rm = TRUE, scale = TRUE)
>>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico
>>>>>
>>>>> Tentei diferentes métodos para remover o "NAs", mas não obtive sucesso.
>>>>> Alguém tem alguma dica?
>>>>>
>>>>> --
>>>>> Vinícius
>>>>> --
>>>>> --
>>>>> Atenciosamente,
>>>>>
>>>>> VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665)
>>>>> Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica
>>>>> Laboratório de Química Atmosférica - Departamento de Química
>>>>> Pontifícia Universidade Católica - Rio de Janeiro (PUC - Rio)
>>>>> Rua Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ -
>>>>> Brasil CEP.: 22451-900
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>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>>> código mínimo reproduzível.
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>>>> Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública
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