[R-br] Duvida sobre a função query() do pacote seqinr

Quarta Maio 9 12:07:23 BRT 2012

Nossa muito obrigado Benilton. Me ajuda demais sua resposta.

Em 9 de maio de 2012 11:00, Benilton Carvalho
<beniltoncarvalho em gmail.com>escreveu:

> sem modificar a funcao? nao que eu saiba... o caminho e' mandar o
> exemplo pro autor... ele tem um loop em termos de
>
> while(length(res) == 0)
>
> e, qdo vc nao tem nenhum "match" no servidor dele, o comprimento de
> "res" eh sempre 0... e acaba que vc nao consegue sair do loop.
>
> eu faria o loop com algo como funcao de um numero maximo de iteracoes
> (maxIter):
>
> while(length(res) == 0 & attemptNumber < maxIter){
> codigo ja existente
> attemptNumber <- attemptNumber+1
> }
>
> b
>
> 2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
> > Opa obrigado.
> >
> > Estava olhando aqui ainda a função.
> > Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.
> >
> >
> >> library(seqinr)
> >> s <- choosebank("genbank")
> >> query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL
> >> RNA",s$socket,verbose=T)
> > I'm checking the arguments...
> > ... and everything is OK up to now.
> > I'm checking the status of the socket connection...
> > ... and everything is OK up to now.
> > I'm sending query to server...
> > ... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F
> > I'm trying to analyse answer from server...
> > ... and everything is OK up to now.
> > ... and the rank of the resulting list is: 2 .
> > ... and there are 1 elements in the list.
> > ... and the elements in the list are of type SQ .
> > ... and there are *not* only parent sequences in the list.
> > I'm trying to get the infos about the elements of the list...
> > ... and I have received 1 lines as expected.
> >>
> >
> > Agora com  o:
> > query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
> > RNA",s$socket,verbose=T)
> > ... reading again.
> > ... reading again.
> > ... reading again.
> >
> > Ele fica preso num loop eterno assim.
> > Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas
> > 100 linha pare, sem alterar a função do cara?
> > É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que
> ta
> > escrito depois da função.
> > Mas obrigado pela sugestão Benilton.
> >
> >
> > Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho <
> beniltoncarvalho em gmail.com>
> > escreveu:
> >
> >> source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R')
> >> biocLite('genomes')
> >> ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")
> >>
> >>
> >> b
> >>
> >> 2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
> >> > Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências
> de
> >> > DNA
> >> > pelo R
> >> > Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem
> uma
> >> > função chamada query() pra fazer isso.
> >> >
> >> > A principio tudo parece bem simples e intuitivo.
> >> > Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias
> especies
> >> > de
> >> > sapinhos.
> >> >
> >> > Ai se procuro pra uma especie tenho:
> >> >
> >> >> library(seqinr)
> >> >> s <- choosebank("genbank")
> >> >> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
> >> >> SP$nelem
> >> > [1] 1
> >> >> getName(SP)
> >> > [1] "GU907196.RR1"
> >> >
> >> > Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho
> pra
> >> > acessar ela.
> >> >
> >> > Procuro outra
> >> >> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL
> RNA",s$socket)
> >> >> print(SP$nelem)
> >> > [1] 2
> >> >> print(getName(SP))
> >> > [1] "JF789923" "JF789924"
> >> >
> >> > Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados
> da
> >> > uma
> >> > olhada e estao la blz
> >> >
> >> > So que muitas especies que procuro  o R para.
> >> > Por exemplo:
> >> >> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
> >> >> RNA",s$socket)
> >> >
> >> > O R fica parado e tenho que fechar ele.
> >> > Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas
> >> > especies
> >> > funcionam e outras não.
> >> > Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro
> >> > dela
> >> > procurando pelo site do genbank.
> >> > Mas a hora que vou usar o R num vai.
> >> > Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas
> >> > ele
> >> > para também.
> >> >
> >> > E a maior parte das especies num vai.
> >> > Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.
> >> >
> >> > Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de
> >> > errado?
> >> > E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca
> >> > usando o
> >> > R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve
> >> > fazer a
> >> > mesma coisa, mas não consegui usar.
> >> >
> >> > Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos
> argumentos, e
> >> > teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se
> >> > tenho
> >> > que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com
> >> > problemas
> >> > comum e soluções.
> >> >
> >> > Minha lista de especies caso alguem queria ver é:
> >> > lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia
> >> > rustica",
> >> > "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus",
> >> > "Leptodactylus
> >> > syphax",
> >> > "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus
> >> > soaresi",
> >> > "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",
> >> > "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema
> diplolister",
> >> > "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis
> >> > bifossatus"
> >> > )
> >> >
> >> > Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar
> pra
> >> > entender o que ta acontecendo.
> >> > Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.
> >> >
> >> >
> >> > --
> >> > Grato
> >> > Augusto C. A. Ribas
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