Nossa muito obrigado Benilton. Me ajuda demais sua resposta.<br><br><br><div class="gmail_quote">Em 9 de maio de 2012 11:00, Benilton Carvalho <span dir="ltr"><<a href="mailto:beniltoncarvalho@gmail.com" target="_blank">beniltoncarvalho@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">sem modificar a funcao? nao que eu saiba... o caminho e' mandar o<br>
exemplo pro autor... ele tem um loop em termos de<br>
<br>
while(length(res) == 0)<br>
<br>
e, qdo vc nao tem nenhum "match" no servidor dele, o comprimento de<br>
"res" eh sempre 0... e acaba que vc nao consegue sair do loop.<br>
<br>
eu faria o loop com algo como funcao de um numero maximo de iteracoes (maxIter):<br>
<br>
while(length(res) == 0 & attemptNumber < maxIter){<br>
codigo ja existente<br>
attemptNumber <- attemptNumber+1<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">}<br>
<br>
b<br>
<br>
2012/5/9 Augusto Ribas <<a href="mailto:ribas.aca@gmail.com">ribas.aca@gmail.com</a>>:<br>
> Opa obrigado.<br>
><br>
> Estava olhando aqui ainda a função.<br>
> Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.<br>
><br>
><br>
>> library(seqinr)<br>
>> s <- choosebank("genbank")<br>
>> query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL<br>
>> RNA",s$socket,verbose=T)<br>
> I'm checking the arguments...<br>
> ... and everything is OK up to now.<br>
> I'm checking the status of the socket connection...<br>
> ... and everything is OK up to now.<br>
> I'm sending query to server...<br>
> ... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F<br>
> I'm trying to analyse answer from server...<br>
> ... and everything is OK up to now.<br>
> ... and the rank of the resulting list is: 2 .<br>
> ... and there are 1 elements in the list.<br>
> ... and the elements in the list are of type SQ .<br>
> ... and there are *not* only parent sequences in the list.<br>
> I'm trying to get the infos about the elements of the list...<br>
> ... and I have received 1 lines as expected.<br>
>><br>
><br>
> Agora com  o:<br>
> query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL<br>
> RNA",s$socket,verbose=T)<br>
> ... reading again.<br>
> ... reading again.<br>
> ... reading again.<br>
><br>
> Ele fica preso num loop eterno assim.<br>
> Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas<br>
> 100 linha pare, sem alterar a função do cara?<br>
> É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que ta<br>
> escrito depois da função.<br>
> Mas obrigado pela sugestão Benilton.<br>
><br>
><br>
> Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho <<a href="mailto:beniltoncarvalho@gmail.com">beniltoncarvalho@gmail.com</a>><br>
> escreveu:<br>
><br>
>> source('<a href="http://www.bioconductor.org/biocLite.R" target="_blank">http://www.bioconductor.org/biocLite.R</a>')<br>
>> biocLite('genomes')<br>
>> ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")<br>
>><br>
>><br>
>> b<br>
>><br>
>> 2012/5/9 Augusto Ribas <<a href="mailto:ribas.aca@gmail.com">ribas.aca@gmail.com</a>>:<br>
>> > Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de<br>
>> > DNA<br>
>> > pelo R<br>
>> > Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma<br>
>> > função chamada query() pra fazer isso.<br>
>> ><br>
>> > A principio tudo parece bem simples e intuitivo.<br>
>> > Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies<br>
>> > de<br>
>> > sapinhos.<br>
>> ><br>
>> > Ai se procuro pra uma especie tenho:<br>
>> ><br>
>> >> library(seqinr)<br>
>> >> s <- choosebank("genbank")<br>
>> >> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)<br>
>> >> SP$nelem<br>
>> > [1] 1<br>
>> >> getName(SP)<br>
>> > [1] "GU907196.RR1"<br>
>> ><br>
>> > Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra<br>
>> > acessar ela.<br>
>> ><br>
>> > Procuro outra<br>
>> >> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)<br>
>> >> print(SP$nelem)<br>
>> > [1] 2<br>
>> >> print(getName(SP))<br>
>> > [1] "JF789923" "JF789924"<br>
>> ><br>
>> > Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da<br>
>> > uma<br>
>> > olhada e estao la blz<br>
>> ><br>
>> > So que muitas especies que procuro  o R para.<br>
>> > Por exemplo:<br>
>> >> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL<br>
>> >> RNA",s$socket)<br>
>> ><br>
>> > O R fica parado e tenho que fechar ele.<br>
>> > Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas<br>
>> > especies<br>
>> > funcionam e outras não.<br>
>> > Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro<br>
>> > dela<br>
>> > procurando pelo site do genbank.<br>
>> > Mas a hora que vou usar o R num vai.<br>
>> > Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas<br>
>> > ele<br>
>> > para também.<br>
>> ><br>
>> > E a maior parte das especies num vai.<br>
>> > Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.<br>
>> ><br>
>> > Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de<br>
>> > errado?<br>
>> > E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca<br>
>> > usando o<br>
>> > R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve<br>
>> > fazer a<br>
>> > mesma coisa, mas não consegui usar.<br>
>> ><br>
>> > Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e<br>
>> > teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se<br>
>> > tenho<br>
>> > que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com<br>
>> > problemas<br>
>> > comum e soluções.<br>
>> ><br>
>> > Minha lista de especies caso alguem queria ver é:<br>
>> > lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia<br>
>> > rustica",<br>
>> > "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus",<br>
>> > "Leptodactylus<br>
>> > syphax",<br>
>> > "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus<br>
>> > soaresi",<br>
>> > "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",<br>
>> > "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister",<br>
>> > "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis<br>
>> > bifossatus"<br>
>> > )<br>
>> ><br>
>> > Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra<br>
>> > entender o que ta acontecendo.<br>
>> > Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > --<br>
>> > Grato<br>
>> > Augusto C. A. Ribas<br>
>> ><br>
>> > Site Pessoal: <a href="http://augustoribas.heliohost.org" target="_blank">http://augustoribas.heliohost.org</a><br>
>> > Lattes: <a href="http://lattes.cnpq.br/7355685961127056" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7355685961127056</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > R-br mailing list<br>
>> > <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
>> > <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
>> > Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça<br>
>> > código<br>
>> > mínimo reproduzível.<br>
>> _______________________________________________<br>
>> R-br mailing list<br>
>> <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
>> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
>> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça<br>
>> código mínimo reproduzível.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Grato<br>
> Augusto C. A. Ribas<br>
><br>
> Site Pessoal: <a href="http://augustoribas.heliohost.org" target="_blank">http://augustoribas.heliohost.org</a><br>
> Lattes: <a href="http://lattes.cnpq.br/7355685961127056" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7355685961127056</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> R-br mailing list<br>
> <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código<br>
> mínimo reproduzível.<br>
_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div>Grato<br>Augusto C. A. Ribas</div>
<div> </div>
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