[R-br] Duvida sobre a função query() do pacote seqinr

Benilton Carvalho beniltoncarvalho em gmail.com
Quarta Maio 9 12:00:06 BRT 2012 

sem modificar a funcao? nao que eu saiba... o caminho e' mandar o
exemplo pro autor... ele tem um loop em termos de

while(length(res) == 0)

e, qdo vc nao tem nenhum "match" no servidor dele, o comprimento de
"res" eh sempre 0... e acaba que vc nao consegue sair do loop.

eu faria o loop com algo como funcao de um numero maximo de iteracoes (maxIter):

while(length(res) == 0 & attemptNumber < maxIter){
codigo ja existente
attemptNumber <- attemptNumber+1
}

b

2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
> Opa obrigado.
>
> Estava olhando aqui ainda a função.
> Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.
>
>
>> library(seqinr)
>> s <- choosebank("genbank")
>> query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL
>> RNA",s$socket,verbose=T)
> I'm checking the arguments...
> ... and everything is OK up to now.
> I'm checking the status of the socket connection...
> ... and everything is OK up to now.
> I'm sending query to server...
> ... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F
> I'm trying to analyse answer from server...
> ... and everything is OK up to now.
> ... and the rank of the resulting list is: 2 .
> ... and there are 1 elements in the list.
> ... and the elements in the list are of type SQ .
> ... and there are *not* only parent sequences in the list.
> I'm trying to get the infos about the elements of the list...
> ... and I have received 1 lines as expected.
>>
>
> Agora com  o:
> query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
> RNA",s$socket,verbose=T)
> ... reading again.
> ... reading again.
> ... reading again.
>
> Ele fica preso num loop eterno assim.
> Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas
> 100 linha pare, sem alterar a função do cara?
> É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que ta
> escrito depois da função.
> Mas obrigado pela sugestão Benilton.
>
>
> Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
> escreveu:
>
>> source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R')
>> biocLite('genomes')
>> ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")
>>
>>
>> b
>>
>> 2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
>> > Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de
>> > DNA
>> > pelo R
>> > Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma
>> > função chamada query() pra fazer isso.
>> >
>> > A principio tudo parece bem simples e intuitivo.
>> > Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies
>> > de
>> > sapinhos.
>> >
>> > Ai se procuro pra uma especie tenho:
>> >
>> >> library(seqinr)
>> >> s <- choosebank("genbank")
>> >> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
>> >> SP$nelem
>> > [1] 1
>> >> getName(SP)
>> > [1] "GU907196.RR1"
>> >
>> > Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra
>> > acessar ela.
>> >
>> > Procuro outra
>> >> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
>> >> print(SP$nelem)
>> > [1] 2
>> >> print(getName(SP))
>> > [1] "JF789923" "JF789924"
>> >
>> > Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da
>> > uma
>> > olhada e estao la blz
>> >
>> > So que muitas especies que procuro  o R para.
>> > Por exemplo:
>> >> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
>> >> RNA",s$socket)
>> >
>> > O R fica parado e tenho que fechar ele.
>> > Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas
>> > especies
>> > funcionam e outras não.
>> > Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro
>> > dela
>> > procurando pelo site do genbank.
>> > Mas a hora que vou usar o R num vai.
>> > Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas
>> > ele
>> > para também.
>> >
>> > E a maior parte das especies num vai.
>> > Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.
>> >
>> > Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de
>> > errado?
>> > E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca
>> > usando o
>> > R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve
>> > fazer a
>> > mesma coisa, mas não consegui usar.
>> >
>> > Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e
>> > teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se
>> > tenho
>> > que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com
>> > problemas
>> > comum e soluções.
>> >
>> > Minha lista de especies caso alguem queria ver é:
>> > lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia
>> > rustica",
>> > "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus",
>> > "Leptodactylus
>> > syphax",
>> > "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus
>> > soaresi",
>> > "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",
>> > "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister",
>> > "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis
>> > bifossatus"
>> > )
>> >
>> > Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra
>> > entender o que ta acontecendo.
>> > Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.
>> >
>> >
>> > --
>> > Grato
>> > Augusto C. A. Ribas
>> >
>> > Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org
>> > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
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>> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
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