[R-br] Duvida sobre a função query() do pacote seqinr

[Augusto Ribas]

Opa obrigado.

Estava olhando aqui ainda a função.
Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.

> library(seqinr)
> s <- choosebank("genbank")
> query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL
RNA",s$socket,verbose=T)
I'm checking the arguments...
... and everything is OK up to now.
I'm checking the status of the socket connection...
... and everything is OK up to now.
I'm sending query to server...
... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F
I'm trying to analyse answer from server...
... and everything is OK up to now.
... and the rank of the resulting list is: 2 .
... and there are 1 elements in the list.
... and the elements in the list are of type SQ .
... and there are *not* only parent sequences in the list.
I'm trying to get the infos about the elements of the list...
... and I have received 1 lines as expected.
>

Agora com  o:
query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
RNA",s$socket,verbose=T)
... reading again.
... reading again.
... reading again.

Ele fica preso num loop eterno assim.
Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas
100 linha pare, sem alterar a função do cara?
É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que ta
escrito depois da função.
Mas obrigado pela sugestão Benilton.


Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho
<beniltoncarvalho em gmail.com>escreveu:

> source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R')
> biocLite('genomes')
> ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")
>
>
> b
>
> 2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
> > Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de
> DNA
> > pelo R
> > Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma
> > função chamada query() pra fazer isso.
> >
> > A principio tudo parece bem simples e intuitivo.
> > Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies
> de
> > sapinhos.
> >
> > Ai se procuro pra uma especie tenho:
> >
> >> library(seqinr)
> >> s <- choosebank("genbank")
> >> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
> >> SP$nelem
> > [1] 1
> >> getName(SP)
> > [1] "GU907196.RR1"
> >
> > Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra
> > acessar ela.
> >
> > Procuro outra
> >> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
> >> print(SP$nelem)
> > [1] 2
> >> print(getName(SP))
> > [1] "JF789923" "JF789924"
> >
> > Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da
> uma
> > olhada e estao la blz
> >
> > So que muitas especies que procuro  o R para.
> > Por exemplo:
> >> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL
> RNA",s$socket)
> >
> > O R fica parado e tenho que fechar ele.
> > Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas
> especies
> > funcionam e outras não.
> > Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro
> dela
> > procurando pelo site do genbank.
> > Mas a hora que vou usar o R num vai.
> > Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas
> ele
> > para também.
> >
> > E a maior parte das especies num vai.
> > Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.
> >
> > Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de errado?
> > E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca
> usando o
> > R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve
> fazer a
> > mesma coisa, mas não consegui usar.
> >
> > Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e
> > teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se
> tenho
> > que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com
> problemas
> > comum e soluções.
> >
> > Minha lista de especies caso alguem queria ver é:
> > lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia
> rustica",
> > "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus", "Leptodactylus
> > syphax",
> > "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus
> soaresi",
> > "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",
> > "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister",
> > "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis
> > bifossatus"
> > )
> >
> > Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra
> > entender o que ta acontecendo.
> > Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.
> >
> >
> > --
> > Grato
> > Augusto C. A. Ribas
> >
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