Opa obrigado.<br><br>Estava olhando aqui ainda a função.<br>Ela tem um argumento verbose=T que ela fala o que ta fazendo.<br><br>> library(seqinr)<br>> s <- choosebank("genbank")<br>> query("bb","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket,verbose=T)<br>
I'm checking the arguments...<br>... and everything is OK up to now.<br>I'm checking the status of the socket connection...<br>... and everything is OK up to now.<br>I'm sending query to server...<br>... answer from server is: code=0&lrank=2&count=1&type=SQ&locus=F <br>
I'm trying to analyse answer from server...<br>... and everything is OK up to now.<br>... and the rank of the resulting list is: 2 .<br>... and there are 1 elements in the list.<br>... and the elements in the list are of type SQ .<br>
... and there are *not* only parent sequences in the list.<br>I'm trying to get the infos about the elements of the list...<br>... and I have received 1 lines as expected.<br>><br><br>Agora com  o:<br>query("bb","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket,verbose=T)<br>
... reading again.<br>... reading again.<br>... reading again.<br><br>Ele fica preso num loop eterno assim.<br>Tem como eu falar pro R tipo, tente rodar a função, mas se passar de umas 100 linha pare, sem alterar a função do cara?<br>
É tão rapido pra encher de ... reading again. que nem consigo ver o que ta escrito depois da função.<br>Mas obrigado pela sugestão Benilton.<br><br><br><div class="gmail_quote">Em 9 de maio de 2012 10:36, Benilton Carvalho <span dir="ltr"><<a href="mailto:beniltoncarvalho@gmail.com" target="_blank">beniltoncarvalho@gmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">source('<a href="http://www.bioconductor.org/biocLite.R" target="_blank">http://www.bioconductor.org/biocLite.R</a>')<br>

biocLite('genomes')<br>
ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")<br>
<br>
<br>
b<br>
<br>
2012/5/9 Augusto Ribas <<a href="mailto:ribas.aca@gmail.com">ribas.aca@gmail.com</a>>:<br>
<div><div class="h5">> Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de DNA<br>
> pelo R<br>
> Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma<br>
> função chamada query() pra fazer isso.<br>
><br>
> A principio tudo parece bem simples e intuitivo.<br>
> Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies de<br>
> sapinhos.<br>
><br>
> Ai se procuro pra uma especie tenho:<br>
><br>
>> library(seqinr)<br>
>> s <- choosebank("genbank")<br>
>> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)<br>
>> SP$nelem<br>
> [1] 1<br>
>> getName(SP)<br>
> [1] "GU907196.RR1"<br>
><br>
> Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra<br>
> acessar ela.<br>
><br>
> Procuro outra<br>
>> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)<br>
>> print(SP$nelem)<br>
> [1] 2<br>
>> print(getName(SP))<br>
> [1] "JF789923" "JF789924"<br>
><br>
> Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da uma<br>
> olhada e estao la blz<br>
><br>
> So que muitas especies que procuro  o R para.<br>
> Por exemplo:<br>
>> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)<br>
><br>
> O R fica parado e tenho que fechar ele.<br>
> Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas especies<br>
> funcionam e outras não.<br>
> Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro dela<br>
> procurando pelo site do genbank.<br>
> Mas a hora que vou usar o R num vai.<br>
> Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas ele<br>
> para também.<br>
><br>
> E a maior parte das especies num vai.<br>
> Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.<br>
><br>
> Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de errado?<br>
> E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca usando o<br>
> R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve fazer a<br>
> mesma coisa, mas não consegui usar.<br>
><br>
> Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e<br>
> teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se tenho<br>
> que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com problemas<br>
> comum e soluções.<br>
><br>
> Minha lista de especies caso alguem queria ver é:<br>
> lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia rustica",<br>
> "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus", "Leptodactylus<br>
> syphax",<br>
> "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus soaresi",<br>
> "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",<br>
> "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister",<br>
> "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis<br>
> bifossatus"<br>
> )<br>
><br>
> Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra<br>
> entender o que ta acontecendo.<br>
> Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.<br>
><br>
><br>
> --<br>
> Grato<br>
> Augusto C. A. Ribas<br>
><br>
> Site Pessoal: <a href="http://augustoribas.heliohost.org" target="_blank">http://augustoribas.heliohost.org</a><br>
> Lattes: <a href="http://lattes.cnpq.br/7355685961127056" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7355685961127056</a><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> R-br mailing list<br>
> <a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
> <a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
> Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código<br>
> mínimo reproduzível.<br>
_______________________________________________<br>
R-br mailing list<br>
<a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div>Grato<br>Augusto C. A. Ribas</div>
<div> </div>
<div>Site Pessoal: <a href="http://augustoribas.heliohost.org" target="_blank">http://augustoribas.heliohost.org</a></div>
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