[R-br] Duvida sobre a função query() do pacote seqinr

[Benilton Carvalho]

source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('genomes')
ncbiNucleotide("16S RIBOSOMAL RNA[KWD] AND  Leptodactylus syphax[ORGN]")


b

2012/5/9 Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>:
> Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de DNA
> pelo R
> Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma
> função chamada query() pra fazer isso.
>
> A principio tudo parece bem simples e intuitivo.
> Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies de
> sapinhos.
>
> Ai se procuro pra uma especie tenho:
>
>> library(seqinr)
>> s <- choosebank("genbank")
>> query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
>> SP$nelem
> [1] 1
>> getName(SP)
> [1] "GU907196.RR1"
>
> Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra
> acessar ela.
>
> Procuro outra
>> query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
>> print(SP$nelem)
> [1] 2
>> print(getName(SP))
> [1] "JF789923" "JF789924"
>
> Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da uma
> olhada e estao la blz
>
> So que muitas especies que procuro  o R para.
> Por exemplo:
>> query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket)
>
> O R fica parado e tenho que fechar ele.
> Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas especies
> funcionam e outras não.
> Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro dela
> procurando pelo site do genbank.
> Mas a hora que vou usar o R num vai.
> Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas ele
> para também.
>
> E a maior parte das especies num vai.
> Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial.
>
> Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de errado?
> E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca usando o
> R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve fazer a
> mesma coisa, mas não consegui usar.
>
> Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e
> teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se tenho
> que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com problemas
> comum e soluções.
>
> Minha lista de especies caso alguem queria ver é:
> lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia rustica",
> "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus", "Leptodactylus
> syphax",
> "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus soaresi",
> "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii",
> "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister",
> "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis
> bifossatus"
> )
>
> Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra
> entender o que ta acontecendo.
> Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos.
>
>
> --
> Grato
> Augusto C. A. Ribas
>
> Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
> mínimo reproduzível.