[R-br] identificação de grupos em um cluster

[Elias T. Krainski]

seria isso?:

r <- rect.hclust(cluc, 3)
text(cumsum(sapply(r,length)), 
     rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)), 
     paste(unique(grp[cluc$ord])))
 

Elias T. Krainski


>________________________________
> De: Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com>
>Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br 
>Enviadas: Sábado, 3 de Março de 2012 2:42
>Assunto: Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster
> 
>
>Olá Humberto,
>
>Obrigado pela atenção.
>
>Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão".
>
>Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem.
>
>Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.
>
>Se escrevermos o comando
>
>plclust(cluc, labels = as.character(grp))
>
>Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números.
>
>Veja o tutorial do vegan (http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.
>
>Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção.
>
>Abraços,
>
>Antônio
>
>
>Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com> escreveu:
>
>Olá Antonio,
>>
>>A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve
    haver outra forma melhor, mais funcionou):
>>
>>library(vegan)
>>data(dune)
>>dis <- vegdist(dune)
>>cluc <- hclust(dis, "complete")
>>plot(cluc)
>>rect.hclust(cluc, 3)
>>grp <- cutree(cluc, 3)
>>grp
>>
>>
namesI<-c("I")
>>namesII<-c("II")
>>namesIII<-c("III")
>>legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white")
>>legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
>>legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
>>
>>Um abraço
>>
>>Humberto Hazin
>>
>>
>>
>>Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu: 
>>Olá
>>>
>>>Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do
      corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
>>>
>>>Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de
      acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma
      ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para
      direita).
>>>
>>>Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg 
>>>
>>>Por exemplo exemplo:
>>>
>>>library(vegan)
>>>data(dune)
>>>dis <- vegdist(dune)
>>>cluc <- hclust(dis, "complete")
>>>plot(cluc)
>>>rect.hclust(cluc, 3)
>>>grp <- cutree(cluc, 3)
>>>grp
>>>
>>>Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a
      esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os
      objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de
      número 1.
>>>
>>>Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao
      lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
>>>
>>>Agradeço qualquer dica. Abraços
>>>
>>>Antônio
>>>
>>>-- 
>>>Antônio Olinto Ávila da Silva 
>>>Biólogo / Oceanógrafo
>>>Instituto de Pesca
>>>São Paulo, Brasil
>>>
>>>
>>>
>>>_______________________________________________
R-br mailing list R-br em listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>
>>_______________________________________________
>>R-br mailing list
>>R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>
>
>
>-- 
>Antônio Olinto Ávila da Silva
>Biólogo / Oceanógrafo
>Instituto de Pesca (Fisheries Institute)
>São Paulo, Brasil
>
>_______________________________________________
>R-br mailing list
>R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120303/9f70df3b/attachment.html>