[R-br] identificação de grupos em um cluster

[Antonio Silva]

Olá Humberto,

Obrigado pela atenção.

Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais
são os grupos e coloca-los "na mão".

Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e
não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se
sobrepõem.

Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo
identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.

Se escrevermos o comando

plclust(cluc, labels = as.character(grp))

Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também
não funcionou pois não consigo ler os números.

Veja o tutorial do vegan (
http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as
duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não
prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo
dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a
menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há
nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.

Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De
qualquer forma muito obrigado pela atenção.

Abraços,

Antônio

Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com> escreveu:

>  Olá Antonio,
>
> A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver
> outra forma melhor, mais funcionou):
>
> library(vegan)
> data(dune)
> dis <- vegdist(dune)
> cluc <- hclust(dis, "complete")
> plot(cluc)
> rect.hclust(cluc, 3)
> grp <- cutree(cluc, 3)
> grp
>
> namesI<-c("I")
> namesII<-c("II")
> namesIII<-c("III")
> legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white")
> legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
> legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
>
> Um abraço
>
> Humberto Hazin
>
>
>
> Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
>
> Olá
>
> Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o
> número referente ao grupo, como indicado em cutree.
>
> Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo
> com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem
> ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
>
> Seria algo semelhante ao da figura
> https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
>
> Por exemplo exemplo:
>
> library(vegan)
> data(dune)
> dis <- vegdist(dune)
> cluc <- hclust(dis, "complete")
> plot(cluc)
> rect.hclust(cluc, 3)
> grp <- cutree(cluc, 3)
> grp
>
> Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda
> no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7,
> representado no meio do dendrograma é o de número 1.
>
> Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das
> barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
>
> Agradeço qualquer dica. Abraços
>
> Antônio
>
> --
> Antônio Olinto Ávila da Silva
> Biólogo / Oceanógrafo
> Instituto de Pesca
> São Paulo, Brasil
>
>
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Antônio Olinto Ávila da Silva
Biólogo / Oceanógrafo
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