[R-br] identificação de grupos em um cluster

[Antonio Silva]

Grande Elias! Isto mesmo, muito obrigado!

Tenha um ótimo final de semana.

Abç

Antônio

Em 3 de março de 2012 09:45, Elias T. Krainski
<eliaskrainski em yahoo.com.br>escreveu:

> seria isso?:
>
> r <- rect.hclust(cluc, 3)
> text(cumsum(sapply(r,length)),
>      rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)),
>      paste(unique(grp[cluc$ord])))
>
> Elias T. Krainski
>
>   ------------------------------
> *De:* Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com>
> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Enviadas:* Sábado, 3 de Março de 2012 2:42
> *Assunto:* Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster
>
> Olá Humberto,
>
> Obrigado pela atenção.
>
> Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais
> são os grupos e coloca-los "na mão".
>
> Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e
> não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se
> sobrepõem.
>
> Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo
> identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.
>
> Se escrevermos o comando
>
> plclust(cluc, labels = as.character(grp))
>
> Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim
> também não funcionou pois não consigo ler os números.
>
> Veja o tutorial do vegan (
> http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as
> duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não
> prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo
> dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a
> menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há
> nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.
>
> Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De
> qualquer forma muito obrigado pela atenção.
>
> Abraços,
>
> Antônio
>
> Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com>escreveu:
>
>  Olá Antonio,
>
> A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver
> outra forma melhor, mais funcionou):
>
> library(vegan)
> data(dune)
> dis <- vegdist(dune)
> cluc <- hclust(dis, "complete")
> plot(cluc)
> rect.hclust(cluc, 3)
> grp <- cutree(cluc, 3)
> grp
>
> namesI<-c("I")
> namesII<-c("II")
> namesIII<-c("III")
> legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white")
> legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
> legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
>
> Um abraço
>
> Humberto Hazin
>
>
>
> Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
>
> Olá
>
> Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o
> número referente ao grupo, como indicado em cutree.
>
> Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo
> com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem
> ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
>
> Seria algo semelhante ao da figura
> https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
>
> Por exemplo exemplo:
>
> library(vegan)
> data(dune)
> dis <- vegdist(dune)
> cluc <- hclust(dis, "complete")
> plot(cluc)
> rect.hclust(cluc, 3)
> grp <- cutree(cluc, 3)
> grp
>
> Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda
> no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7,
> representado no meio do dendrograma é o de número 1.
>
> Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das
> barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
>
> Agradeço qualquer dica. Abraços
>
> Antônio
>
> --
> Antônio Olinto Ávila da Silva
> Biólogo / Oceanógrafo
> Instituto de Pesca
> São Paulo, Brasil
>
>
>
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Antônio Olinto Ávila da Silva
Biólogo / Oceanógrafo
Instituto de Pesca (Fisheries Institute)
São Paulo, Brasil
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