<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span><div>seria isso?:</div><div><br></div><div>r <- rect.hclust(cluc, 3)</div><div>text(cumsum(sapply(r,length)), </div><div> rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)), </div><div> paste(unique(grp[cluc$ord])))</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><span style="font-size: 12pt; "> </span><br></div></span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Elias T. Krainski<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;"> <div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "> <div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif;
"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1"> <b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com><br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> r-br@listas.c3sl.ufpr.br <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Sábado, 3 de Março de 2012 2:42<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster<br> </font> </div> <br><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off"><div id="yiv892587430">Olá Humberto,<br><br>Obrigado pela atenção.<br><br>Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão".<br><br>Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem.<br>
<br>Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.<br><br>Se escrevermos o comando<br><br>plclust(cluc, labels = as.character(grp))<br>
<br>Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números.<br><br>Veja o tutorial do vegan (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf">http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf</a>), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.<br>
<br>Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção.<br><br>Abraços,<br><br>Antônio<br><br><div class="yiv892587430gmail_quote">Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <span dir="ltr"><<a rel="nofollow" ymailto="mailto:hghazin@hotmail.com" target="_blank" href="mailto:hghazin@hotmail.com">hghazin@hotmail.com</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="yiv892587430gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>
Olá Antonio,<br>
<br>
A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve
haver outra forma melhor, mais funcionou):<div class="yiv892587430im"><br>
library(vegan)<br>
data(dune)<br>
dis <- vegdist(dune)<br>
cluc <- hclust(dis, "complete")<br>
plot(cluc)<br>
rect.hclust(cluc, 3)<br>
grp <- cutree(cluc, 3)<br>
grp<br>
<br></div>
namesI<-c("I")<br>
namesII<-c("II")<br>
namesIII<-c("III")<br>
legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white")<br>
legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white')<br>
legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')<br>
<br>
Um abraço<br>
<br>
Humberto Hazin<br>
<br>
<br>
<br>
Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
<blockquote type="cite"><div><div class="yiv892587430h5">Olá<br>
<br>
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do
corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.<br>
<br>
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de
acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma
ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para
direita).<br>
<br>
Seria algo semelhante ao da figura <a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg">https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg</a>
<br>
<br>
Por exemplo exemplo:<br>
<br>
library(vegan)<br>
data(dune)<br>
dis <- vegdist(dune)<br>
cluc <- hclust(dis, "complete")<br>
plot(cluc)<br>
rect.hclust(cluc, 3)<br>
grp <- cutree(cluc, 3)<br>
grp<br>
<br>
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a
esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os
objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de
número 1.<br>
<br>
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao
lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.<br>
<br>
Agradeço qualquer dica. Abraços<br>
<br>
Antônio<br clear="all">
<br>
-- <br>
Antônio Olinto Ávila da Silva
<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div>
<div>Instituto de Pesca</div>
<div>São Paulo, Brasil</div>
<br>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
</div></div><pre>_______________________________________________
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Leia o guia de postagem (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
<br>
</div>
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Leia o guia de postagem (<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div><div>Instituto de Pesca (Fisheries Institute)</div><div>São Paulo, Brasil</div><br>
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