[R-br] Res: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste

Terça Março 22 08:13:33 BRT 2011

Veja a função HPDinterval e mcmcsamp para estimar o intervalo de confiança via 
método de monte carlo!

Essa questão de IC para h2 já foi abordada no grupo! 

Caso vc não consiga, diga!

             Fábio Mathias Corrêa
        Departamento de Estatística
   Universidade Estadual de Santa Cruz

Tel.: 73-3680-5076
Cel.: 73-9991-8155

________________________________
De: Paulo Ricardo Gherardi Hein <phein1980 em gmail.com>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Terça-feira, 22 de Março de 2011 7:05:32
Assunto: Re: [R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de 
herdabilidade em um teste

Olá pessoal,

Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema 
ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de 
modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores 
das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de 
confiança.  Como é que os colegas que trabalham com melhoramento apresentam as 
suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso 
no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas 
eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o 
ano que vem.

Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas 
estatísticas no R?

Abraços,
Paulo Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em cirad.fr / skype: paulo_hein

________________________________
De: paulo_hein <paulo_hein em yahoo.com.br>

Para: R_STAT em yahoogrupos.com.br
Enviadas: Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47
Assunto: [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de 
herdabilidade em um teste

Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.

Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão 
de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao 
quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não 
é?

O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e 
erro. Aqui vai um exmplo:

2581>Resume1
2582[[1]]
2583Linearmixed-effectsmodelfitbyREML
2584Data:Data
2585Log-restricted-likelihood:-521.7632
2586
Fixed:Y~1+Site
2587(Intercept)Site302Site303
258860.79-3.386.52
2590Randomeffects:
2591Formula:~1|Clone
2592(Intercept)
2593StdDev:2.348988
2595Formula:~1|Site%in%Clone
2596(Intercept)Residual
2597StdDev:5.4279337.052537
2599NumberofObservations:150
2600NumberofGroups:
2601CloneSite%in%Clone
26021030

Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: 

H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)

O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de 
herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas 
da área. Algo do tipo:
H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)

Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer 
isso no R.

Abraços,

Paulo  Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein

> >
> >
> > ------------------------------
> > *De:* paulo_hein paulo_hein em ...
> > *Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
> > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20
> > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas de
> > herdabilidade em um teste
> >
> >
> >
> > Olá,
> > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira.
> > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de
> > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design
> > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é
> > representado por 5 individuos,  totalizando uma amostragem de 150 árvores 
(10
> > clones x 5 repetições x 3 sites).
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por
> > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação).
> > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC
> > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes
> > scripts:
> >
> > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)
> > Data$Site <- as.factor(Data$Site)
> > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
> >
> > ##  Estimating variance components
> > Resume <- NULL
> > Resume1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML")
> > Resume <- c(Resume,list(lme))
> > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}
> > Resume
> > Resume1
> >
> > ## For calculating BIC
> > Selection <- NULL
> > Selection1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")
> > Selection <- c(Selection,list(lme))
> > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
> >
> > ## To display BIC  results
> > Resultat <- NULL
> > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]
> > lme1 <- Selection1[[i]]
> > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}
> > Resultat
> >
> > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
> >
> > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou
> > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +
> > sdev(Error)^2]
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Atenciosamente,
> >
> > Paulo Ricardo Gherardi Hein
> > PhD candidate at University of Montpellier 2
> > CIRAD - PERSYST Department
> >  Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
> > bur.145
> > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> > phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> > email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein
> >
> >
> >
> > 
> >
>

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