[R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste

Terça Março 22 07:05:32 BRT 2011

Olá pessoal,

Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema
ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a
partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no
R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard
deviation/intervalo de confiança.  Como é que os colegas que trabalham com
melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus
orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro
design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para
esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem.

Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas
estatísticas no R?

Abraços,

Paulo Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em cirad.fr / skype: paulo_hein

------------------------------
*De:* paulo_hein <paulo_hein em yahoo.com.br>

*Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
*Enviadas:* Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47
*Assunto:* [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas
de herdabilidade em um teste

Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.

Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio
padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores
ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das
variâncias, não é?

O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site
e erro. Aqui vai um exmplo:

2581 > Resume1
2582 [[1]]
2583 Linear mixed-effects model fit by REML
2584 Data: Data
2585 Log-restricted-likelihood: -521.7632
2586 Fixed: Y ~ 1 + Site
2587 (Intercept) Site302 Site303
2588 60.79 -3.38 6.52
2590 Random effects:
2591 Formula: ~1 | Clone
2592 (Intercept)
2593 StdDev: *2.348988*
2595 Formula: ~1 | Site %in% Clone
2596 (Intercept) Residual
2597 StdDev: *5.427933* *7.052537*
2599 Number of Observations: 150
2600 Number of Groups:
2601 Clone Site %in% Clone
2602 10 30

Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]]
como:

H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)

O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de
herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais
revistas da área. Algo do tipo:
H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)

Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero
fazer isso no R.

Abraços,

Paulo Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA
B-40/16 bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein

> >
> >
> > ------------------------------
> > *De:* paulo_hein paulo_hein em ...
> > *Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
> > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20
> > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas
de
> > herdabilidade em um teste
> >
> >
> >
> > Olá,
> > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de
madeira.
> > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade
de
> > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design
> > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone
é
> > representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150 árvores
(10
> > clones x 5 repetições x 3 sites).
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados
por
> > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem
interação).
> > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC
> > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos
seguintes
> > scripts:
> >
> > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)
> > Data$Site <- as.factor(Data$Site)
> > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
> >
> > ## Estimating variance components
> > Resume <- NULL
> > Resume1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML")
> > Resume <- c(Resume,list(lme))
> > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}
> > Resume
> > Resume1
> >
> > ## For calculating BIC
> > Selection <- NULL
> > Selection1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")
> > Selection <- c(Selection,list(lme))
> > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
> >
> > ## To display BIC results
> > Resultat <- NULL
> > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]
> > lme1 <- Selection1[[i]]
> > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}
> > Resultat
> >
> > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
> >
> > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou
> > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +
> > sdev(Error)^2]
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Atenciosamente,
> >
> > Paulo Ricardo Gherardi Hein
> > PhD candidate at University of Montpellier 2
> > CIRAD - PERSYST Department
> > Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
> > bur.145
> > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> > phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> > email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein
> >
> >
> >
> >
> >
>

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<ivanalaman em yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>|
através
de email<R_STAT em yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>|
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através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868>|
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