[R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste

Paulo Ricardo Gherardi Hein phein1980 em gmail.com
Terça Março 22 07:05:32 BRT 2011


Olá pessoal,

Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema
ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a
partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no
R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard
deviation/intervalo de confiança.  Como é que os colegas que trabalham com
melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus
orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro
design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para
esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem.

Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas
estatísticas no R?

Abraços,

Paulo Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em cirad.fr / skype: paulo_hein



------------------------------
*De:* paulo_hein <paulo_hein em yahoo.com.br>

*Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
*Enviadas:* Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47
*Assunto:* [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas
de herdabilidade em um teste



Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.

Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio
padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores
ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das
variâncias, não é?

O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site
e erro. Aqui vai um exmplo:

2581 > Resume1
2582 [[1]]
2583 Linear mixed-effects model fit by REML
2584 Data: Data
2585 Log-restricted-likelihood: -521.7632
2586 Fixed: Y ~ 1 + Site
2587 (Intercept) Site302 Site303
2588 60.79 -3.38 6.52
2590 Random effects:
2591 Formula: ~1 | Clone
2592 (Intercept)
2593 StdDev: *2.348988*
2595 Formula: ~1 | Site %in% Clone
2596 (Intercept) Residual
2597 StdDev: *5.427933* *7.052537*
2599 Number of Observations: 150
2600 Number of Groups:
2601 Clone Site %in% Clone
2602 10 30

Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]]
como:

H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)

O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de
herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais
revistas da área. Algo do tipo:
H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)

Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero
fazer isso no R.

Abraços,

Paulo Ricardo Gherardi Hein
PhD candidate at University of Montpellier 2
CIRAD - PERSYST Department
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA
B-40/16 bur.145
Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein




> >
> >
> > ------------------------------
> > *De:* paulo_hein paulo_hein em ...
> > *Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
> > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20
> > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas
de
> > herdabilidade em um teste
> >
> >
> >
> > Olá,
> > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de
madeira.
> > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade
de
> > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design
> > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone
é
> > representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150 árvores
(10
> > clones x 5 repetições x 3 sites).
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados
por
> > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem
interação).
> > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC
> > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos
seguintes
> > scripts:
> >
> > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)
> > Data$Site <- as.factor(Data$Site)
> > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
> >
> > ## Estimating variance components
> > Resume <- NULL
> > Resume1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML")
> > Resume <- c(Resume,list(lme))
> > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}
> > Resume
> > Resume1
> >
> > ## For calculating BIC
> > Selection <- NULL
> > Selection1 <- NULL
> > for (i in 4:124){
> > Y <- Data[,i]
> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")
> > Selection <- c(Selection,list(lme))
> > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
> >
> > ## To display BIC results
> > Resultat <- NULL
> > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]
> > lme1 <- Selection1[[i]]
> > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}
> > Resultat
> >
> > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
> >
> > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou
> > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +
> > sdev(Error)^2]
> >
> > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são
> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
Alguém
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> >
> > Atenciosamente,
> >
> > Paulo Ricardo Gherardi Hein
> > PhD candidate at University of Montpellier 2
> > CIRAD - PERSYST Department
> > Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
> > bur.145
> > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> > phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> > email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein
> >
> >
> >
> >
> >
>



 __._,_.___

<ivanalaman em yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>|
através
de email<R_STAT em yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>|
Responder
através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868>|
Adicionar
um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNudHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM->
Mensagens neste
tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtkBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawN2dHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDMEdHBjSWQDMTU4MTY->(
5)
 Atividade nos últimos dias:

   - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2bWJycwRzdGltZQMxMzAwMjA5MDQz?o=6>
   9

 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2Z2hwBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM->
   Você pode ser quem está faltando para
alguém.<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.12960164/D=brclubs/S=2137111605:MKP1/Y=BR/EXP=1300216243/L=2906f3f2-4f27-11e0-b260-f7d98fbc4947/B=f9YZHtj8fXA-/J=1300209043184208/K=pYIjgOSFvAYXGxXsECIIeg/A=6351150/R=0/id=mkp1/SIG=135ssl89g/*http://tracking.parperfeito.com.br/ppbanner/bannerTracker?originId=1&identifierId=461808&actionId=1>
  [image: Yahoo!
Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNnZnAEc3RpbWUDMTMwMDIwOTA0Mw-->
Trocar para: Só
Texto<R_STAT-traditional em yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>,
Resenha Diária<R_STAT-digest em yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>•
Sair
do grupo <R_STAT-unsubscribe em yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos
de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html>
   .

__,_._,___
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110322/e604c3de/attachment-0001.html>


Mais detalhes sobre a lista de discussão R-br