<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">Veja a função HPDinterval e mcmcsamp para estimar o intervalo de confiança via método de monte carlo!<br><br>Essa questão de IC para h2 já foi abordada no grupo! <br><br>Caso vc não consiga, diga!<br><div> </div> Fábio Mathias Corrêa<br> Departamento de Estatística<br> Universidade Estadual de Santa Cruz<br><br><br><br><div>Tel.: 73-3680-5076<br>Cel.: 73-9991-8155<div><br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="padding-left: 5px; margin: 5px 0px 5px 5px; border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span
style="font-weight: bold;">De:</span></b> Paulo Ricardo Gherardi Hein <phein1980@gmail.com><br><b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> r-br@listas.c3sl.ufpr.br<br><b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Terça-feira, 22 de Março de 2011 7:05:32<br><b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste<br></font><br><div>Olá pessoal,</div><div><br></div><div>Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://SEI.GE">SEI.GE</a>"), mas o meu problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de confiança. Como é que os colegas que trabalham com melhoramento
apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem.</div>
<div><br></div><div>Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas estatísticas no R?</div><div><br></div><div>Abraços,</div><div><br></div>Paulo Ricardo Gherardi Hein<br>PhD candidate at University of Montpellier 2<br>
CIRAD - PERSYST Department<br>Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145<br>Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60<br>
email: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:paulo.hein@cirad.fr" target="_blank" href="mailto:paulo.hein@cirad.fr">paulo.hein@cirad.fr</a> / skype: paulo_hein<br>
<br><br><div class="gmail_quote"><div style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><div><div><div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 14pt;"><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 14pt;"><br>
<div style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">De:</span></b> paulo_hein <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:paulo_hein@yahoo.com.br" target="_blank" href="mailto:paulo_hein@yahoo.com.br">paulo_hein@yahoo.com.br</a>><div class="im">
<br><b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br" target="_blank" href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br">R_STAT@yahoogrupos.com.br</a><br></div><b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste<br></font><div><div></div><div class="h5"><br>
<span> </span>
<div>
<p></p><div><div>Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.</div><div><br></div><div>Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não é?</div>
<div><br></div><div>O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e erro. Aqui vai um exmplo:</div><div><br></div><div>2581<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>><span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Resume1<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2582<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>[[1]]<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2583<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Linear<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>mixed-effects<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>model<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>fit<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>by<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>REML<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2584<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Data:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Data<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2585<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Log-restricted-likelihood:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>-521.7632<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2586<span style="white-space: pre-wrap;"> <br> </span>Fixed:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Y<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>~<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>1<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>+<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Site<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2587<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>(Intercept)<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Site302<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Site303<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2588<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>60.79<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>-3.38<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>6.52<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2590<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Random<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>effects:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2591<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Formula:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>~1<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>|<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Clone<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2592<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>(Intercept)<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2593<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>StdDev:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span><b>2.348988</b><span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2595<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Formula:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>~1<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>|<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Site<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>%in%<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Clone<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2596<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>(Intercept)<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Residual<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2597<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>StdDev:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span><b>5.427933</b><span style="white-space: pre-wrap;"> </span><b>7.052537</b><span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2599<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Number<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>of<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Observations:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>150<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2600<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Number<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>of<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Groups:<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2601<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Clone<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Site<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>%in%<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>Clone<span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div>
<div>2602<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>10<span style="white-space: pre-wrap;"> </span>30</div><div><br></div><div>Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: </div><div><br></div>
<div>H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)</div><div><br></div><div>O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas da área. Algo do tipo:</div>
<div>H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)</div></div><div><br></div><div>Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer isso no R.</div><div><br></div><div>Abraços,</div><div><br></div><div>Paulo
Ricardo Gherardi Hein<br>PhD candidate at University of Montpellier 2<br>CIRAD - PERSYST Department<br>Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145<br>Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>
phone: <a rel="nofollow">+33 4 67 61 44 51</a> / mobile: <a rel="nofollow">+33 6 47 90 57 60</a><br>email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein</div>
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>> ><br>> ><br>> > ------------------------------<br>> > *De:* paulo_hein paulo_hein@...<br>> > *Para:* <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br" target="_blank" href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br">R_STAT@yahoogrupos.com.br</a><br>
> > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20<br>> > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas de<br>> > herdabilidade em um teste<br>> ><br>> ><br>> ><br>
> > Olá,<br>> > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira.<br>> > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de<br>> > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design<br>
> > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é<br>> > representado por 5 individuos,
totalizando uma amostragem de 150 árvores (10<br>> > clones x 5 repetições x 3 sites).<br>> ><br>> > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são<br>> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém<br>
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?<br>> ><br>> > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por<br>> > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação).<br>
> > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC<br>> > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes<br>> > scripts:<br>> ><br>> > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)<br>
> > Data$Site <- as.factor(Data$Site)<br>> > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)<br>> ><br>> > ##
Estimating variance components<br>> > Resume <- NULL<br>> > Resume1 <- NULL<br>> > for (i in 4:124){<br>> > Y <- Data[,i]<br>> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")<br>
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML")<br>> > Resume <- c(Resume,list(lme))<br>> > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}<br>> > Resume<br>> > Resume1<br>
> ><br>> > ## For calculating BIC<br>> > Selection <- NULL<br>> > Selection1 <- NULL<br>> > for (i in 4:124){<br>> > Y <- Data[,i]<br>> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")<br>
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")<br>> > Selection <- c(Selection,list(lme))<br>> > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}<br>> ><br>> > ## To display BIC
results<br>> > Resultat <- NULL<br>> > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]<br>> > lme1 <- Selection1[[i]]<br>> > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}<br>> > Resultat<br>
> ><br>> > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:<br>> ><br>> > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou<br>> > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +<br>
> > sdev(Error)^2]<br>> ><br>> > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são<br>> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém<br>> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?<br>
> ><br>> > Atenciosamente,<br>> ><br>> > Paulo Ricardo Gherardi Hein<br>> > PhD candidate at University of Montpellier 2<br>> > CIRAD - PERSYST Department<br>> >
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16<br>> > bur.145<br>> > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>> > phone: <a rel="nofollow">+33 4 67 61 44 51</a> / mobile: <a rel="nofollow">+33 6 47 90 57 60</a><br>
> > email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein<br>> ><br>> ><br>> ><br>> > <br>> ><br>><br>
</div>
</div></div></div></div>
</div><br>
<p></p>
</div>
<div style="color: rgb(255, 255, 255); min-height: 0pt;">__._,_.___</div>
<div style="clear: both; margin-bottom: 10px; white-space: nowrap; color: rgb(102, 102, 102); padding-top: 15px;"><div><div></div><div class="h5">
<div>
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste" target="_blank" href="mailto:ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste" style="margin-right: 0pt; padding-right: 0pt;">
<span style="font-weight: 700;"></span></a> |
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste" target="_blank" href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste">
<span style="font-weight: 700;">através de email</span></a> |
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868">Responder <span style="font-weight: 700;">através da web</span></a> |
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNudHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-" style="font-weight: 700;">Adicionar um novo tópico</a>
</div>
</div></div><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtkBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawN2dHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDMEdHBjSWQDMTU4MTY-">Mensagens neste tópico</a>
(<span style="font-weight: 700;">5</span>)
</div><div class="im">
<div style="background-color: rgb(224, 236, 238); font-family: Verdana; font-size: 10px; margin-bottom: 10px; padding: 10px;">
<span style="font-weight: bold; color: rgb(51, 51, 51); text-transform: uppercase;">Atividade nos últimos dias:</span>
<ul style="list-style-type: none; margin: 0pt; padding: 0pt; display: inline;">
<li style="border-right: 1px solid rgb(0, 0, 0); font-weight: 700; display: inline; padding: 0pt 5px; margin-left: 0pt;">
<span><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2bWJycwRzdGltZQMxMzAwMjA5MDQz?o=6" style="text-decoration: none;">Novos usuários</a></span>
<span style="color: rgb(255, 121, 0);">9</span>
</li>
</ul>
<div style="clear: both; padding-top: 2px; color: rgb(30, 102, 174);">
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2Z2hwBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-" style="text-decoration: none;">Visite seu Grupo</a>
</div>
</div>
</div><div style="border: 1px solid rgb(216, 216, 216); clear: both; float: left; font-family: Arial; margin: 5px 0pt 10px; padding: 0pt 10px;">
<div style="color: rgb(98, 140, 42); font-size: 85%; font-weight: 700; line-height: 122%; margin: 10px 0pt;"></div>
<div style="margin-bottom: 10px;">
<div style="color: rgb(98, 140, 42); font-family: Arial; font-weight: 700; padding: 0pt;">
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.12960164/D=brclubs/S=2137111605:MKP1/Y=BR/EXP=1300216243/L=2906f3f2-4f27-11e0-b260-f7d98fbc4947/B=f9YZHtj8fXA-/J=1300209043184208/K=pYIjgOSFvAYXGxXsECIIeg/A=6351150/R=0/id=mkp1/SIG=135ssl89g/*http://tracking.parperfeito.com.br/ppbanner/bannerTracker?originId=1&identifierId=461808&actionId=1">Você pode ser quem está faltando para alguém.</a><img alt="" width="1" height="1"> </div>
</div>
</div><div class="im">
<div style="font-family: Arial; font-size: 11px; margin-top: 5px; padding: 0pt 2px 0pt 0pt; clear: both;">
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNnZnAEc3RpbWUDMTMwMDIwOTA0Mw--" style="float: left;"><img alt="Yahoo! Grupos" style="border: 0pt none;" width="141" height="19"></a>
<div style="color: rgb(116, 117, 117); float: right;">Trocar para: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional" target="_blank" href="mailto:R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional" style="text-decoration: none;">Só Texto</a>, <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha" target="_blank" href="mailto:R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha" style="text-decoration: none;">Resenha Diária</a> • <a rel="nofollow" ymailto="mailto:R_STAT-unsubscribe@yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo" target="_blank" href="mailto:R_STAT-unsubscribe@yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo" style="text-decoration: none;">Sair do grupo</a> • <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://br.yahoo.com/info/utos.html" style="text-decoration: none;">Termos de uso</a></div>
</div>
</div></div>
<div style="width: 160px; float: right; clear: none; margin: 0pt 0pt 25px; background: none repeat scroll 0% 0% rgb(255, 255, 255);">
<div>
</div>
</div>
<div style="clear: both; color: rgb(255, 255, 255); font-size: 1px;">.</div>
</div>
<img width="1" height="1"> <br>
<div style="color: rgb(255, 255, 255); min-height: 0pt;">__,_._,___</div>
</div>
</div><br>
</div></div></div>
</div><br>
</body></html>