[R-br] Res: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste

Terça Março 22 08:47:39 BRT 2011

Ricardo,

Pelo que você apresentou, ou talvés não tenha visto direito nao ficou claro
qual o "material" genético que vocês está analisando. Se por acaso você
esteja utilizando o delineamento da Mather, com os pais, F1, F2 e os
retrocruzamentos, existe um estimador formal para esse desvio padrão de
Vello e Vencovsky, caso o seu delineamento genético tenha sido outro, como
avaliação de progênies aparentadas, a coisa complica um pouco. Pois eu não
conheço um estimador formal para isso.

De qualquer forma vou ver se consigo tirar algumas idéias sobre como se
estimar nesses casos e em tempo posto alguma coisa aqui no tópico.

att,
Fernando H

2011/3/22 Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>

> Veja a função HPDinterval e mcmcsamp para estimar o intervalo de confiança
> via método de monte carlo!
>
> Essa questão de IC para h2 já foi abordada no grupo!
>
> Caso vc não consiga, diga!
>
>
>             Fábio Mathias Corrêa
>         Departamento de Estatística
>    Universidade Estadual de Santa Cruz
>
>
>
> Tel.: 73-3680-5076
> Cel.: 73-9991-8155
>
>
> ------------------------------
> *De:* Paulo Ricardo Gherardi Hein <phein1980 em gmail.com>
> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Enviadas:* Terça-feira, 22 de Março de 2011 7:05:32
> *Assunto:* Re: [R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas
> de herdabilidade em um teste
>
> Olá pessoal,
>
> Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu
> problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades
> estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa
> simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo
> standard deviation/intervalo de confiança.  Como é que os colegas que
> trabalham com melhoramento apresentam as suas estimativas de
> herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no
> ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não
> tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano
> que vem.
>
> Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas
> estatísticas no R?
>
> Abraços,
>
> Paulo Ricardo Gherardi Hein
> PhD candidate at University of Montpellier 2
> CIRAD - PERSYST Department
> Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
> bur.145
> Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> email: paulo.hein em cirad.fr / skype: paulo_hein
>
>
>
> ------------------------------
> *De:* paulo_hein <paulo_hein em yahoo.com.br>
>
> *Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
> *Enviadas:* Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47
> *Assunto:* [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas
> de herdabilidade em um teste
>
>
>
> Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.
>
> Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio
> padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores
> ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das
> variâncias, não é?
>
> O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x
> site e erro. Aqui vai um exmplo:
>
> 2581 > Resume1
> 2582 [[1]]
> 2583 Linear mixed-effects model fit by REML
> 2584 Data: Data
> 2585 Log-restricted-likelihood: -521.7632
> 2586
> Fixed: Y ~ 1 + Site
> 2587 (Intercept) Site302 Site303
> 2588 60.79 -3.38 6.52
> 2590 Random effects:
> 2591 Formula: ~1 | Clone
> 2592 (Intercept)
> 2593 StdDev: *2.348988*
> 2595 Formula: ~1 | Site %in% Clone
> 2596 (Intercept) Residual
> 2597 StdDev: *5.427933* *7.052537*
> 2599 Number of Observations: 150
> 2600 Number of Groups:
> 2601 Clone Site %in% Clone
> 2602 10 30
>
> Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]]
> como:
>
> H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)
>
> O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de
> herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais
> revistas da área. Algo do tipo:
> H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)
>
> Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero
> fazer isso no R.
>
> Abraços,
>
> Paulo Ricardo Gherardi Hein
> PhD candidate at University of Montpellier 2
> CIRAD - PERSYST Department
> Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA
> B-40/16 bur.145
> Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein
>
>
>
>
> > >
> > >
> > > ------------------------------
> > > *De:* paulo_hein paulo_hein em ...
> > > *Para:* R_STAT em yahoogrupos.com.br
> > > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20
> > > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas
> de
> > > herdabilidade em um teste
> > >
> > >
> > >
> > > Olá,
> > > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de
> madeira.
> > > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e
> herdabilidade de
> > > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O
> design
> > > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone
> é
> > > representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150
> árvores (10
> > > clones x 5 repetições x 3 sites).
> > >
> > > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são
> > > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
> Alguém
> > > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> > >
> > > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados
> por
> > > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem
> interação).
> > > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC
> > > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos
> seguintes
> > > scripts:
> > >
> > > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)
> > > Data$Site <- as.factor(Data$Site)
> > > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
> > >
> > > ## Estimating variance components
> > > Resume <- NULL
> > > Resume1 <- NULL
> > > for (i in 4:124){
> > > Y <- Data[,i]
> > > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")
> > > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,
> method="REML")
> > > Resume <- c(Resume,list(lme))
> > > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}
> > > Resume
> > > Resume1
> > >
> > > ## For calculating BIC
> > > Selection <- NULL
> > > Selection1 <- NULL
> > > for (i in 4:124){
> > > Y <- Data[,i]
> > > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")
> > > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")
> > > Selection <- c(Selection,list(lme))
> > > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
> > >
> > > ## To display BIC results
> > > Resultat <- NULL
> > > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]
> > > lme1 <- Selection1[[i]]
> > > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}
> > > Resultat
> > >
> > > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
> > >
> > > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou
> > > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +
> > > sdev(Error)^2]
> > >
> > > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são
> > > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las.
> Alguém
> > > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
> > >
> > > Atenciosamente,
> > >
> > > Paulo Ricardo Gherardi Hein
> > > PhD candidate at University of Montpellier 2
> > > CIRAD - PERSYST Department
> > > Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16
> > > bur.145
> > > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France
> > > phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60
> > > email: paulo.hein em ... / skype: paulo_hein
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >
> >
>
>
>
>  __._,_.___
>
> <ivanalaman em yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| através
> de email<R_STAT em yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste>| Responder
> através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868>| Adicionar
> um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNudHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM->
> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtkBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawN2dHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDMEdHBjSWQDMTU4MTY->(
> 5)
>  Atividade nos últimos dias:
>
>    - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2bWJycwRzdGltZQMxMzAwMjA5MDQz?o=6>
>    9
>
>  Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2Z2hwBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM->
>    Você pode ser quem está faltando para alguém.<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.12960164/D=brclubs/S=2137111605:MKP1/Y=BR/EXP=1300216243/L=2906f3f2-4f27-11e0-b260-f7d98fbc4947/B=f9YZHtj8fXA-/J=1300209043184208/K=pYIjgOSFvAYXGxXsECIIeg/A=6351150/R=0/id=mkp1/SIG=135ssl89g/*http://tracking.parperfeito.com.br/ppbanner/bannerTracker?originId=1&identifierId=461808&actionId=1>
>   [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNnZnAEc3RpbWUDMTMwMDIwOTA0Mw-->
> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional em yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>,
> Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest em yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair
> do grupo <R_STAT-unsubscribe em yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos
> de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html>
>    .
>
> __,_._,___
>
>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110322/95380809/attachment-0001.html>