Índice de concordância Kappa
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados. Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica. Agradecido, André -- *MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
Olá André Ha um tutorial bem interessante aqui: http://www.cookbook-r.com/Statistical_analysis/Inter-rater_reliability/ <http://www.cookbook-r.com/Statistical_analysis/Inter-rater_reliability/> abcs Ricardo
Em 26/10/2015, à(s) 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
--
MSc. André Lucas de O. Moreira http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://lattes.cnpq.br/7258065668864153> <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas>http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> 79 8837-3562 79 9132-9093
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Obrigado Ricardo, resolveu meu problema! Em 26 de outubro de 2015 14:52, Ricardo Primi <rprimi@mac.com> escreveu:
Olá André
Ha um tutorial bem interessante aqui: http://www.cookbook-r.com/Statistical_analysis/Inter-rater_reliability/
abcs
Ricardo
Em 26/10/2015, à(s) 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
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*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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Andre, O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa. O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1. http://www.agreestat.com/ Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader. epicalc::kap outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade. Abraço, Pedro Brasil Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
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*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1. Abraços, André Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
epicalc::kap
outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa
NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade.
Abraço,
Pedro Brasil
Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
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*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema. Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença? 2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com>:
Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
epicalc::kap
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NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade.
Abraço,
Pedro Brasil
Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
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Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa. Leonardo Ferreira Fontenelle[1] Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com>:
Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
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Abraço,
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Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
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Links: 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638 2. tel:79%208837-3562 3. tel:79%209132-9093
Leonardo, É possível *quase* concordar como você! Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte: A hipótese nula é verdadeira ou falsa? No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não há "associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as proporções das colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens. Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo") espera-se variações nos valores das células que difiram das proporções "reais" e por isso faz-se o teste estatístico. No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação acima não seria totalmente verdadeira... Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa." o problema, é que "*the devil is in the detail*" como atestam as 'n' tentativas dos nossos antepassados (desde Yule na déc. dos dez do século passado, até o Gwet [de quem comprei o *librito* há um tempo atrás]), de definir a [medida da] " dis/concordância"! Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen sofre do paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida dessa natureza, o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP ou não (ele precisa nos dizer como os dados foram colhidos e qual a interpretação para a tabela), as medidas de associação, precisam ser interpretadas com cuidado, por isso passei os links... Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo *somente* o OP poderia elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis categóricas estivesse classificando o resultado da outra, o que me parece impossível para os micro-organismos (a menos que a tabela indique se eles preferem a companhia do outro, por exemplo), eu entendi a tabela como uma outra instância do famoso exemplo de Snee para associação entre cor de cabelo e cor dos olhos (os dados desse exemplo existem no R no *dataset* " HairEyeColor"). HTH -- Cesar Rabak 2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle < leonardof@leonardof.med.br>:
Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa.
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
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Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
epicalc::kap
outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa
NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade.
Abraço,
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Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
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Sim, a importância do teste estatístico vem da variabilidade amostral. Mas a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade amostral, então eu não a desconsiderei. De qualquer forma, acho que concordamos com uma coisa. Se alguém tem uma concordância de 0,1 (kappa ou AC1), com intervalo de confiança de 95% entre 0,05 e 0,15, a pessoa pode até dizer que a concordância é estatisticamente significativa, mas mesmo assim os dois métodos concordam muito pouco. Com relação ao "diabo nos detalhes", eu não quis entrar nesse "detalhe", porque já foi muito bem discutido anteriormente. Com certeza não adianta ficar discutindo teste de hipótese versus estimação se aquilo que se está testando/estimando não for interpretável (ou bem interpretado). Att, Leonardo Ferreira Fontenelle[1] Em Sex 6 nov. 2015, às 19:08, Cesar Rabak escreveu:
Leonardo,
É possível *quase* concordar como você!
Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte:
A hipótese nula é verdadeira ou falsa?
No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não há "associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as proporções das colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens.
Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo") espera- se variações nos valores das células que difiram das proporções "reais" e por isso faz-se o teste estatístico.
No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação acima não seria totalmente verdadeira...
Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa." o problema, é que "*the devil is in the detail*" como atestam as 'n' tentativas dos nossos antepassados (desde Yule na déc. dos dez do século passado, até o Gwet [de quem comprei o *librito* há um tempo atrás]), de definir a [medida da] "dis/concordância"!
Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen sofre do paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida dessa natureza, o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP ou não (ele precisa nos dizer como os dados foram colhidos e qual a interpretação para a tabela), as medidas de associação, precisam ser interpretadas com cuidado, por isso passei os links...
Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo _somente_ o OP poderia elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis categóricas estivesse classificando o resultado da outra, o que me parece impossível para os micro-organismos (a menos que a tabela indique se eles preferem a companhia do outro, por exemplo), eu entendi a tabela como uma outra instância do famoso exemplo de Snee para associação entre cor de cabelo e cor dos olhos (os dados desse exemplo existem no R no *dataset* "HairEyeColor").
HTH -- Cesar Rabak
2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof@leonardof.med.br>:
__ Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa.
Leonardo Ferreira Fontenelle[2]
Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com>:
Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
epicalc::kap
outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa
NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade.
Abraço,
Pedro Brasil
Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
--
*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562[3] 79 9132-9093[4]
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Links: 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638 2. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638 3. tel:79%208837-3562 4. tel:79%209132-9093
Leonardo, Grato pela resposta, espero que a discussão seja útil para outros que só nós dois! Uma primeira consideração, que é a razão porque eu insisto na questão da tautologia, é a seguinte: seu ponto « . . . a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade amostral, . . .» é a demonstração de que a tentativa de transformar "macarrão em pão" só é possível porque ambos são feitos de farinha! Veja que tanto o IC como o valor-p para um determinado conjunto teste estatístico - estimador de IC são ligados funcionalmente por uma fórmula matemática, portanto um é apenas outra forma de escrever o outro. Ou para eu deixar bem clara minha posição: não se obtém nenhuma informação nova a respeito dos dados calculando um IC no lugar do valor-p, que no caso dos dados do OP ainda ensejam uma outra questão, que vou abordar mais abaixo. Sua consideração a respeito dos índices de concordância, como já postei acima, somente eu concordo em parte (s/trocadilho com a concordância!), pois o ponto basilar sobre esses índices Kappa e seus sucessores "melhorados" como o do Gwet, é que os julgadores (*raters*) poderiam estar acertando ao acaso, e por isso, essa parte da informação é descartada (muito mais severo no caso do Kappa do Cohen, onde a informação é descartada completamente); e minha discordância é exatamente essa: no caso dos dados do OP não há julgadores para "concordar" ou "discordar" que pode ser ao acaso, mas sim a co-ocorrência de atributos (*traits*), como é o caso nos dados de Snee, etc. Ou seja de novo, tanto para estimação como para um "teste estatístico" o modelo do problema, tem que anteceder os testes. No caso do Kappa do Cohen, o modelo (pode parecer uma caricatura, mas leiam o texto original dele se discordarem) dele é o mesmo de dois indivíduos que jogam cara e coroa e se faz uma tabela cruzada dos "acertos" e "desacertos", aí os "acertos" são atribuídos ao acaso e uma medida dos casos discordantes gera a medida do Kappa. No caso de uma tabela de contingência analisada pelos resíduos de Pearson, o modelo é que as distribuições marginais (linhas e colunas) representam a hipótese nula, e desvios numa coluna ou linha dessas distribuições geram resíduos que somados são testados usando-se uma distribuição qui². MAS, essa não a única hipótese nula possível de testar na tabela de contingência! Uma outra distribuição "teórica" de dados pode ser usada e os resíduos contra essa "tabela modelo" seria usada para calcular o qui², etc. Portanto, a questão ainda não respondida para poder dizer o que o valor-p obtido pelo OP inicialmente "significa" depende de o quê a tabela modela. Sem essa informação nada pode ser dito de concreto que não seja correto tecnicamente mas que não acrescenta informação (que é uma definição "macarrônica" de *tautologia*!). HTH -- Cesar Rabak 2015-11-06 22:51 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle < leonardof@leonardof.med.br>:
Sim, a importância do teste estatístico vem da variabilidade amostral. Mas a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade amostral, então eu não a desconsiderei.
De qualquer forma, acho que concordamos com uma coisa. Se alguém tem uma concordância de 0,1 (kappa ou AC1), com intervalo de confiança de 95% entre 0,05 e 0,15, a pessoa pode até dizer que a concordância é estatisticamente significativa, mas mesmo assim os dois métodos concordam muito pouco.
Com relação ao "diabo nos detalhes", eu não quis entrar nesse "detalhe", porque já foi muito bem discutido anteriormente. Com certeza não adianta ficar discutindo teste de hipótese versus estimação se aquilo que se está testando/estimando não for interpretável (ou bem interpretado).
Att,
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Sex 6 nov. 2015, às 19:08, Cesar Rabak escreveu:
Leonardo,
É possível *quase* concordar como você!
Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte:
A hipótese nula é verdadeira ou falsa?
No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não há "associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as proporções das colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens.
Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo") espera-se variações nos valores das células que difiram das proporções "reais" e por isso faz-se o teste estatístico.
No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação acima não seria totalmente verdadeira...
Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa." o problema, é que "*the devil is in the detail*" como atestam as 'n' tentativas dos nossos antepassados (desde Yule na déc. dos dez do século passado, até o Gwet [de quem comprei o *librito* há um tempo atrás]), de definir a [medida da] " dis/concordância"!
Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen sofre do paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida dessa natureza, o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP ou não (ele precisa nos dizer como os dados foram colhidos e qual a interpretação para a tabela), as medidas de associação, precisam ser interpretadas com cuidado, por isso passei os links...
Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo *somente* o OP poderia elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis categóricas estivesse classificando o resultado da outra, o que me parece impossível para os micro-organismos (a menos que a tabela indique se eles preferem a companhia do outro, por exemplo), eu entendi a tabela como uma outra instância do famoso exemplo de Snee para associação entre cor de cabelo e cor dos olhos (os dados desse exemplo existem no R no *dataset* " HairEyeColor").
HTH -- Cesar Rabak
2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle < leonardof@leonardof.med.br>:
Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa.
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com>:
Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Andre,
O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por conta do paradoxo do Kappa.
O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso tem o nome dele. Gewtt AC1.
Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de multirater multireader.
epicalc::kap
outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa
NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a estatísticas de concordância e confiabilidade.
Abraço,
Pedro Brasil
Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira < andremoreirazoo@gmail.com> escreveu:
Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me deparei com uma situação em que é necessário comparar a eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram segurança suficiente para executar no R e interpretar os resultados.
Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e também algum material teórico que me dê mais segurança no uso desta técnica.
Agradecido, André
--
*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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--
*MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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Prezado Cesar, Depois de uma sugestão sua de duas linhas eu fiz uma réplica, e desde então nossas mensagens têm sido cada vez mais longas. Além disso, a cada mensagem tenho menos certeza de estarmos discutindo a mesma coisa, e chego até mesmo a suspeitar que discutimos sobre algo sobre o que na verdade concordamos. Abraços, Leonardo Ferreira Fontenelle[1] Em Sáb 7 nov. 2015, às 11:52, Cesar Rabak escreveu:
Leonardo,
Grato pela resposta, espero que a discussão seja útil para outros que só nós dois!
Uma primeira consideração, que é a razão porque eu insisto na questão da tautologia, é a seguinte: seu ponto « . . . a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade amostral, . . .» é a demonstração de que a tentativa de transformar "macarrão em pão" só é possível porque ambos são feitos de farinha!
Veja que tanto o IC como o valor-p para um determinado conjunto teste estatístico - estimador de IC são ligados funcionalmente por uma fórmula matemática, portanto um é apenas outra forma de escrever o outro. Ou para eu deixar bem clara minha posição: não se obtém nenhuma informação nova a respeito dos dados calculando um IC no lugar do valor- p, que no caso dos dados do OP ainda ensejam uma outra questão, que vou abordar mais abaixo.
Sua consideração a respeito dos índices de concordância, como já postei acima, somente eu concordo em parte (s/trocadilho com a concordância!), pois o ponto basilar sobre esses índices Kappa e seus sucessores "melhorados" como o do Gwet, é que os julgadores (*raters*) poderiam estar acertando ao acaso, e por isso, essa parte da informação é descartada (muito mais severo no caso do Kappa do Cohen, onde a informação é descartada completamente); e minha discordância é exatamente essa: no caso dos dados do OP não há julgadores para "concordar" ou "discordar" que pode ser ao acaso, mas sim a co-ocorrência de atributos (*traits*), como é o caso nos dados de Snee, etc.
Ou seja de novo, tanto para estimação como para um "teste estatístico" o modelo do problema, tem que anteceder os testes.
No caso do Kappa do Cohen, o modelo (pode parecer uma caricatura, mas leiam o texto original dele se discordarem) dele é o mesmo de dois indivíduos que jogam cara e coroa e se faz uma tabela cruzada dos "acertos" e "desacertos", aí os "acertos" são atribuídos ao acaso e uma medida dos casos discordantes gera a medida do Kappa.
No caso de uma tabela de contingência analisada pelos resíduos de Pearson, o modelo é que as distribuições marginais (linhas e colunas) representam a hipótese nula, e desvios numa coluna ou linha dessas distribuições geram resíduos que somados são testados usando-se uma distribuição qui². MAS, essa não a única hipótese nula possível de testar na tabela de contingência! Uma outra distribuição "teórica" de dados pode ser usada e os resíduos contra essa "tabela modelo" seria usada para calcular o qui², etc.
Portanto, a questão ainda não respondida para poder dizer o que o valor- p obtido pelo OP inicialmente "significa" depende de o quê a tabela modela. Sem essa informação nada pode ser dito de concreto que não seja correto tecnicamente mas que não acrescenta informação (que é uma definição "macarrônica" de *tautologia*!).
HTH -- Cesar Rabak
2015-11-06 22:51 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof@leonardof.med.br>:
__ Sim, a importância do teste estatístico vem da variabilidade amostral. Mas a importância da precisão da estimativa (ou do intervalo de confiança, que dá mais ou menos no mesmo) também vem da variabilidade amostral, então eu não a desconsiderei.
De qualquer forma, acho que concordamos com uma coisa. Se alguém tem uma concordância de 0,1 (kappa ou AC1), com intervalo de confiança de 95% entre 0,05 e 0,15, a pessoa pode até dizer que a concordância é estatisticamente significativa, mas mesmo assim os dois métodos concordam muito pouco.
Com relação ao "diabo nos detalhes", eu não quis entrar nesse "detalhe", porque já foi muito bem discutido anteriormente. Com certeza não adianta ficar discutindo teste de hipótese versus estimação se aquilo que se está testando/estimando não for interpretável (ou bem interpretado).
Att,
Leonardo Ferreira Fontenelle[2]
Em Sex 6 nov. 2015, às 19:08, Cesar Rabak escreveu:
Leonardo,
É possível *quase* concordar como você!
Mas para a concordância total, temos que colocar na mesa o seguinte:
A hipótese nula é verdadeira ou falsa?
No caso de uma tabela de contingência 2x2 (a do OP) a nula é que não há "associação" entre as duas variáveis categóricas, ou seja as proporções das colunas (ou linhas) espelham as proporções das margens.
Como a tabela é uma amostragem do mundo ("a população sob estudo") espera-se variações nos valores das células que difiram das proporções "reais" e por isso faz-se o teste estatístico.
No caso de o efeito ser forte e a hipótese nula ser falsa a afirmação acima não seria totalmente verdadeira...
Quanto à proposição " Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa." o problema, é que "*the devil is in the detail*" como atestam as 'n' tentativas dos nossos antepassados (desde Yule na déc. dos dez do século passado, até o Gwet [de quem comprei o *librito* há um tempo atrás]), de definir a [medida da] "dis/concordância"!
Só para ficar nas medidas citadas nesta "trédi": o Kappa de Cohen sofre do paradoxo citado pelo Pedro, o valor-p *per se* não é medida dessa natureza, o OR ou RR não está claro se se aplica ao caso do OP ou não (ele precisa nos dizer como os dados foram colhidos e qual a interpretação para a tabela), as medidas de associação, precisam ser interpretadas com cuidado, por isso passei os links...
Ademais, uma questão de ordem aqui (que de novo _somente_ o OP poderia elucidar): o modelo para se usar o índice de concordância (dos quais o Kappa é um dos exemplos) só se aplicaria se uma das variáveis categóricas estivesse classificando o resultado da outra, o que me parece impossível para os micro-organismos (a menos que a tabela indique se eles preferem a companhia do outro, por exemplo), eu entendi a tabela como uma outra instância do famoso exemplo de Snee para associação entre cor de cabelo e cor dos olhos (os dados desse exemplo existem no R no *dataset* "HairEyeColor").
HTH -- Cesar Rabak
2015-11-06 17:36 GMT-02:00 Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof@leonardof.med.br>:
__ Dada uma amostra suficientemente pequena não haverá diferença estatisticamente significativa, e dada uma amostra suficientemente grande haverá diferença estatisticamente significativa, não importa o quanto os métodos concordem ou discordem. Acho mais produtivo *estimar* a dis/concordância, sem perder de vista a precisão da estimativa.
Leonardo Ferreira Fontenelle[3]
Em Sex 6 nov. 2015, às 16:01, Cesar Rabak escreveu:
Embora tardiamente, gostaria de fazer um comentário sobre seu problema.
Se a questão é a comparação da eficiência das técnicas, por que não simplesmente compará-las e ver se há significância estatística na diferença?
2015-10-28 11:17 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira <andremoreirazoo@gmail.com>:
Obrigado Pedro, vou pesquisar mais sobre o Gewtt AC1.
Abraços, André
Em 27 de outubro de 2015 14:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu: > Andre, > > O Kappa para dois "raters" é muito simples.É a concordância das > observações alem do acaso. Pessoalmente não gosto do Kappa por > conta do paradoxo do Kappa. > > O cara que fez esse sitio fez o melhor livro que ja lia respeito > de concordâncias. Ele sugere uma estatistica que não por acaso > tem o nome dele. Gewtt AC1. > > http://www.agreestat.com/ > > Mas se voce quiser conduzir um kappa o seguinta função é a > melhor que já usei, inclusive consegue analisar dados de > multirater multireader. > > epicalc::kap > > outras funções tambem legais. epiR::epi.kappa epibasix::epiKappa > > NO pacote irr também ha varias funções de kappa e outras > estatisticas de concordância. Esse pacote é dedicado somente a > estatísticas de concordância e confiabilidade. > > Abraço, > > > > > > Pedro Brasil > > Em 26 de outubro de 2015 13:02, André Lucas de Oliveira Moreira > <andremoreirazoo@gmail.com> escreveu: >> Olá pessoal, tudo bem? Aqui no trabalho, pela primeira vez me >> deparei com uma situação em que é necessário comparar a >> eficiência de técnicas que detectam que uma mesma espécie de >> parasita. A principio não sabia qual seria o melhor teste para >> verificar isso, mas me falaram pela primeira vez do kappa. >> Então tenho buscado sobre o assunto. Porém, nos livros que eu >> tive acesso fala disso muito rapidamente e não me deram >> segurança suficiente para executar no R e interpretar os >> resultados. >> >> Pensando que tenho resultados categóricos (presença e ausência >> dos parasitos para ambas técnicas), qual seria a melhor forma >> de analisar isso, melhor pacote e função? Também preciso do >> valor de p. Seria muito útil se alguém indicasse um tutorial e >> também algum material teórico que me dê mais segurança no uso >> desta técnica. >> >> >> Agradecido, André >> >> >> >> -- >> >> *MSc. André Lucas de O. Moreira* >> http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 >> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562[4] >> 79 9132-9093[5] >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível.
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