Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação
Caros colegas. Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver Att -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================================================
Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes casos é o seguinte: 1- Entre no R e digite .libPaths() [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados 2- No terminal, rode ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada. 3- Formate o computador e instale o R 4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt nele e instale os pacotes contidos nele: pacotes <- read.table(file="pacotes.txt") install.packages(pacotes) 5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los também 2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com
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Caros colegas.
Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver
Att
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-- Marcus Nunes http://marcusnunes.me/
Obrigado Marcus! Em 28 de agosto de 2015 13:24, Marcus Nunes <marcus.nunes@gmail.com> escreveu:
Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes casos é o seguinte:
1- Entre no R e digite
.libPaths() [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados
2- No terminal, rode
ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt
Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada.
3- Formate o computador e instale o R
4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt nele e instale os pacotes contidos nele:
pacotes <- read.table(file="pacotes.txt") install.packages(pacotes)
5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los também
2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza < nandodesouza@gmail.com>:
Caros colegas.
Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver
Att
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-- Marcus Nunes http://marcusnunes.me/
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Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote", lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos. À disposição. Walmes.
Apenas como sugestão adicional, vejam este blog do Tal Galili, que parece ficou tão fissurado com esse tema de (re-)instalação de pacotes no R que até criou um para facilitar esse trabalho (o installr [mas não me lembro se a versão atual já funciona em "sabores" do Linux]) http://www.r-bloggers.com/automated-re-install-of-packages-for-r-3-0/ A lição mais importante, IMHO, é que existe um comando especialmente para saber quais são os pacotes instalados! Como se isso surpreenderia alguém que usa o R 😉 HTH -- Cesar Rabak 2015-08-28 14:31 GMT-03:00 Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>:
Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote", lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos.
À disposição. Walmes.
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pac <- packageStatus() names(pac) terá uma dista com istalados e dispobíveis exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o install.packages() On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote:
Caros colegas.
Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver
Att
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Para uma solução mais permanente, crie um diretório onde vc tem permissão de escrita, por exemplo em /home/fernando/R/library Ainda no seu HOME, crie um arquivo .Renviron (/home/fernando/.Renviron) com a seguinte variável de ambiente: R_LIBS=~/R/library Salve esse arquivo e reinicie uma sessão do R. Agora seu .libPaths() deve ser algo como .libPaths() [1] "/home/fernando/R/library" "/usr/local/lib64/R/library" O importante é que sua biblioteca particular é a primeira dessa lista. Agora qualquer pacote que vc instalar, tanto com install.packages() ou devtools::install_git() por exemplo, será instalado nessa biblioteca por padrão. Quando vc for formatar seu computador basta salvar esse diretório, e na nova instalação colocar ele no mesmo lugar e não esquecer de criar o ~/.Rprofile. Dessa forma tudo funcionará como antes. Esse procedimento também é válido para quando vc atualizar a versão do R. Se o seu .Rprofile estiver presente, a nova versão já ira carregar os pacotes desse local, sem a necessidade de fazer qualquer configuração adicional, e sem ter que reinstalar tudo novamente. Para mais detalhes de instalação e gerenciamento de pacotes no R, veja: http://git.leg.ufpr.br/fernandomayer/R-pacotes-rautu/blob/master/R_gerenciam... --- Fernando de Pol Mayer Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG Departamento de Estatística - DEST Universidade Federal do Paraná - UFPR URL: http://www.leg.ufpr.br/~fernandomayer e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} 2015-08-28 15:36 GMT-03:00 Paulo Justiniano <paulojus@leg.ufpr.br>:
pac <- packageStatus() names(pac)
terá uma dista com istalados e dispobíveis
exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o install.packages()
On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote:
Caros colegas.
Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver
Att
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Em sex 28 ago 2015, às 22:42:56, Fernando Mayer escreveu:
Para uma solução mais permanente, crie um diretório onde vc tem permissão de escrita, por exemplo em /home/fernando/R/library
Ainda no seu HOME, crie um arquivo .Renviron (/home/fernando/.Renviron) com a seguinte variável de ambiente:
R_LIBS=~/R/library
Salve esse arquivo e reinicie uma sessão do R. Agora seu .libPaths() deve ser algo como
.libPaths() [1] "/home/fernando/R/library" "/usr/local/lib64/R/library"
O importante é que sua biblioteca particular é a primeira dessa lista. Agora qualquer pacote que vc instalar, tanto com install.packages() ou devtools::install_git() por exemplo, será instalado nessa biblioteca por padrão.
Quando vc for formatar seu computador basta salvar esse diretório, e na nova instalação colocar ele no mesmo lugar e não esquecer de criar o ~/.Rprofile. Dessa forma tudo funcionará como antes.
Esse procedimento também é válido para quando vc atualizar a versão do R. Se o seu .Rprofile estiver presente, a nova versão já ira carregar os pacotes desse local, sem a necessidade de fazer qualquer configuração adicional, e sem ter que reinstalar tudo novamente.
Para mais detalhes de instalação e gerenciamento de pacotes no R, veja:
http://git.leg.ufpr.br/fernandomayer/R-pacotes-rautu/blob/master/R_gerenciam ento_de_pacotes.md
--- Fernando de Pol Mayer Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG Departamento de Estatística - DEST Universidade Federal do Paraná - UFPR URL: http://www.leg.ufpr.br/~fernandomayer e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br}
2015-08-28 15:36 GMT-03:00 Paulo Justiniano <paulojus@leg.ufpr.br>:
pac <- packageStatus() names(pac)
terá uma dista com istalados e dispobíveis
exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o install.packages()
On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote:
Caros colegas.
Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. Caros Colegas
Gostaria de agradecer todas as dicas recebidas. Eu acabei utilizando um pouco do que cada um disse e foi um sucesso! Durante a formatação fiz uma partição home, conforme sugerido pelo Walmes e criei um biblioteca R no home conforme as orientações do Fernando Mayer. Infelizmente as dicas do Marcus, não funcionaram para mim, mas consegui através de umas dicas que encontrei na internet (não lembro o site) e que compartilho agora para registro. Faça as devidas alterações conforme seu sistema ( altere o caminho para o diretório onde será salvo o arquivo rda) # backup dos pacotes intalados no R # # stores a list of your currently installed packages tmp = installed.packages() installedpackages = as.vector(tmp[is.na(tmp[,"Priority"]), 1]) save(installedpackages, file="/media/fernando/SINERGIA/Backup Ubuntu/installed_packages.rda") #---------------------------------------------------------------------------- #Restaurar os pacotes no R (Recomendo fazer após seguir as recomendações do Fernando Mayer) restore_packages.R # # installs each package from the stored list of packages load("/media/fernando/SINERGIA/Backup Ubuntu/installed_packages.rda") for (count in 1:length(installedpackages)) install.packages(installedpackages[count]) Abraço a todos
participantes (7)
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Cesar Rabak -
Fernando Antonio de souza -
Fernando Mayer -
Marcus Nunes -
nandodesouza＠gmail.com
-
Paulo Justiniano -
Walmes Zeviani