Apenas como sugestão adicional, vejam este blog do Tal Galili, que parece ficou tão fissurado com esse tema de (re-)instalação de pacotes no R que até criou um para facilitar esse trabalho (o installr [mas não me lembro se a versão atual já funciona em "sabores" do Linux])
http://www.r-bloggers.com/automated-re-install-of-packages-for-r-3-0/
A lição mais importante, IMHO, é que existe um comando especialmente para saber quais são os pacotes instalados! Como se isso surpreenderia alguém que usa o R 😉
HTH
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Cesar Rabak