Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes casos é o seguinte:
1- Entre no R e digite
.libPaths()
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados
2- No terminal, rode
ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt
Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada.
3- Formate o computador e instale o R
4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt nele e instale os pacotes contidos nele:
pacotes <- read.table(file="pacotes.txt")
install.packages(pacotes)
5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los também