Prezados, estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ?? Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s... OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados. Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing) Desde já agradeço. Att, Giselle
use apenas: GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) a razao deixo como exercicio p vc... b Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>escreveu:
Prezados,
estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??
Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s...
OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.
Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing)
Desde já agradeço. Att,
Giselle
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Agradeço pela ajuda, mas....
Continua não dando certo.....!!!
Olha só a saída:
GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
> parse.GBS <- function(x) {
+ unique.x <- unique(x)
+ alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
+ y <- rep(0,length(x))
+ y[which(x==alleles[1])] <- -1
+ y[which(x==alleles[2])] <- 1
+ y[which(x=="N")] <- NA
+ return(y)
+ }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
Error in apply(GBS[, -c(1:3)], 1, parse.GBS) : object 'GBS' not found
> dim(X)
[1] 12 4
> frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
> GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
E agora, poderia me ajudar ????
Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 12:07, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
use apenas:
GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
a razao deixo como exercicio p vc...
b
Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Prezados,
>
>
>estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4
>Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??
>
>
>Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz
>
>
>OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.
>
>
>Abaixo segue a rotina:
>GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE)
>parse.GBS <- function(x) {
> unique.x <- unique(x)
> alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
> y <- rep(0,length(x))
> y[which(x==alleles[1])] <- -1
> y[which(x==alleles[2])] <- 1
> y[which(x=="N")] <- NA
> return(y)
>}
>X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
>dim(X)
>frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
>length(which(frac.missing<0.5))
>hist(frac.missing)
>
>
>
>
>
>Desde já agradeço. Att,
>
>
>Giselle
>
>
>
>
>
>
>_______________________________________________
>R-br mailing list
>R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>
O problema está aqui: cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory o arquivo não existe no local que está. veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome. <http://www.showmetech.com.br> *LEANDRO MARINO* | Showmetech Estatístico | Fotógrafo Mobile: 55 21 9845-7707 Email: contato@leandromarino.com.br Profiles SMT: facebook <http://www.facebook.com/showmetech> | twitter<http://www.twitter.com/showmetech> | Google+ <https://plus.google.com/115440786884851522659> <http://www.leandromarino.com.br>
Isso foi a primeira coisa que conferi !!!! Olha só a saída:
Sys.setenv(HTTP_PROXY="http://giselle:selecaogenomic@2013@proxy.cnpms.embrapa.br:3128")
> getwd()
[1] "C:/GS_tutorial"
> dir(getwd())
[1] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv"
[2] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.txt"
[3] "Geno_RRBLUP_All.txt"
[4] "RData"
> GBS = read.csv('DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
> parse.GBS <- function(x) {
+ unique.x <- unique(x)
+ alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
+ y <- rep(0,length(x))
+ y[which(x==alleles[1])] <- -1
+ y[which(x==alleles[2])] <- 1
+ y[which(x=="N")] <- NA
+ return(y)
+ }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
> dim(X)
NULL
E agora ???
Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 13:31, Leandro Marino <leandromarino@leandromarino.com.br> escreveu:
O problema está aqui:
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
o arquivo não existe no local que está.
veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome.
LEANDRO MARINO | Showmetech
Estatístico | Fotógrafo
Mobile: 55 21 9845-7707
Email: contato@leandromarino.com.br
Profiles SMT: facebook | twitter | Google+
O melhor, Giselle, é vc tornar uma amostra do seu arquivo disponível (mesmo
que seja com valores trocados, etc). Eu usei como exemplo o arquivo que vc
passou como referência no sei primeiro email.
On Nov 20, 2013 1:44 PM, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> wrote:
> Isso foi a primeira coisa que conferi !!!! Olha só a saída:
>
> Sys.setenv(HTTP_PROXY="http://giselle:selecaogenomic@2013@
> proxy.cnpms.embrapa.br:3128")
> > getwd()
> [1] "C:/GS_tutorial"
> > dir(getwd())
> [1] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv"
> [2] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.txt"
> [3] "Geno_RRBLUP_All.txt"
> [4] "RData"
> > GBS = read.csv('DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv', header=TRUE,
> stringsAsFactors=FALSE)
> > parse.GBS <- function(x) {
> + unique.x <- unique(x)
> + alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
> + y <- rep(0,length(x))
> + y[which(x==alleles[1])] <- -1
> + y[which(x==alleles[2])] <- 1
> + y[which(x=="N")] <- NA
> + return(y)
> + }
> > X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
> > dim(X)
> NULL
>
> E agora ???
>
>
>
> Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 13:31, Leandro Marino <
> leandromarino@leandromarino.com.br> escreveu:
> O problema está aqui:
>
> cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
> o arquivo não existe no local que está.
>
> veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio
> com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome.
>
>
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