Prezados,

estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4

Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??

Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz

OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.

Abaixo segue a rotina:

GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE)

parse.GBS <- function(x) {

   unique.x <- unique(x)

   alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))

   y <- rep(0,length(x))

   y[which(x==alleles[1])] <- -1

   y[which(x==alleles[2])] <- 1

   y[which(x=="N")] <- NA

   return(y)

}

X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)

dim(X)

frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})

length(which(frac.missing<0.5))

hist(frac.missing)

Desde já agradeço. Att,

Giselle

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