Isso foi a primeira coisa que conferi !!!! Olha só a saída:
> getwd()
[1] "C:/GS_tutorial"
> dir(getwd())
[1] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv"
[2]
"DatasetS2_29SAWSN_gbs.txt"
[3] "Geno_RRBLUP_All.txt"
[4] "RData"
> GBS = read.csv('DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
> parse.GBS <- function(x) {
+ unique.x <- unique(x)
+ alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
+ y <- rep(0,length(x))
+ y[which(x==alleles[1])] <- -1
+ y[which(x==alleles[2])] <- 1
+ y[which(x=="N")] <- NA
+ return(y)
+ }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
> dim(X)
NULL
E agora ???
O problema está aqui:
cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
o arquivo não existe no local que está.
veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome.
